El Paraguai va ser descobert per Alejo García i Sebastián Gaboto, a les ordres d'Espanya, l'any 1524. La ciutat d'Asunción va ser fundada el 1537 per Juan de Salazar i Espinosa natural d'Espinosa de los Monteros (Espanya) sent consolidada per Juan de Ayolas. Iniciant una llarga història de colonialisme, fins a l'any 1811, any en què es va independitzar d'Espanya.
Època precolombina El territori del Paraguai oriental, és a dir l'àrea ubicada entre el riu Paranà a l'est i el riu Paraguai a l'oest, estava habitat per diverses ètnies indoamericanes que es trobaven en estat de guerra entre elles. Encara no se sap si els lágidos van ser els primers a ocupar el territori o si van ser precedits pels pampes. Ho documentat és que cap al segle XV els amazònics ava coneguts comunament com a guaranís van aconseguir avançar des del nord i l'est gràcies a la seva superioritat numèrica i a la possessió d'una cultura material més desenvolupada, ja que practicaven l'horticultura de mandioca, blat de moro i maní. La pràctica d'una agricultura de frega els permetia excedents com per mantenir a una població en continu augment demogràfic que requeria nous territoris.
Gràcies a la seva organització econòmica bàsica i a la seva demografia, els "guaranís" van arribar a organitzar-cuasiestatalmente, amb caps anomenatsmburuvicháituvichá. S'arriba a parlar d'una civilització precolombina en el territori que avui és el Paraguai oriental. En efecte, s'han trobat grafismes (erròniament confosos amb escriptures completes) en diverses zones de Paraguai (Tacuatí, Paraguarí, etc.), Encara que no es pot precisar la o les ètnies que els van realitzar. El que ara és el Paraguai oriental consistia en nombroses tribus ameríndies seminómadas parlants principalment l'idioma avañeé o guaraní, que eren reconegudes pels seus feres tradicions guerreres. Practicaven una religió politeista mítica, que més tard es va barrejar amb el cristianisme (en un primer moment els espanyols i altres europeus van ser anomenatskaraýocaraí, paraula que antigament en guaraní ludia a algú al qual se suposava dotat de poders sobrenaturals; després la paraulakaraýes resignificació com a sinònim de "senyor".
Colonització miniatura|Cabildo del Paraguai, avui un museu. La primera trobada documentat dels "guaranís" amb els europeus és el de Alejo García, explorador espanyol o en tot cas portuguès nacionalitzat espanyol que després d'haver naufragat a l'illa de Santa Catarina en 1525, va liderar abans de 1533 a un fort contingent de "guaranís" que, remuntant aproximadament el curs del riu Pilcomayo va arribar a les fronteres del Tawantinsuyu. D'aquesta expedició és que sorgiria en el Chaco Boreal l'ètnia mixogénica amb predomini guaraní anomenada despectivament pels quítxues "chiriguanos". Així, les aliances (gairebé sempre asimètriques) entre guaranís i espanyols van proliferar en oposició a altres ètnies, principalment contra les dels anomenats pejoratives "guaycurús" i "Mbayes".
miniatura|esquerra|Virregnat del Riu de la Plata. Després de la destrucció de la primera fundació de la ciutat de Buenos Aires, gran part dels europeus procedents d'aquesta es van refugiar a la casa forta que va fundar Juan de Salazar y Espinosa. En efecte, l'explorador espanyol, natural d'Espinosa de los Monteros, va fundar Assumpció en el dia de l'Assumpció, el 15 d'agost de 1537, en les proximitats del poblat liderat pel tuvichá Lambaré.
Per l'aliança entre guaranís i espanyols, els barons dels espanyols van arribar a practicar la poligínia. Per això en els seus inicis Asunción era coneguda com "El paradís de Mahoma". Els fills mestissos d'espanyols van ser anomenats "mancebos de la terra" i-quelcom insòlit a la resta de l'Amèrica colonial-van ser considerats espanyols amb les prerrogatives de tal "casta". El motiu per a això es troba en el valor estratègic que tenia el territori del Paraguai. Pocs anys després, Espanya repoblà Buenos Aires amb "mancebos de la terra" nascuts a Asunción i va fundar les ciutats de Santa Cruz de la Sierra, Corrientes, Santa Fe i les després destruïdes de Ontiveros, Ciudad Real del Guayrá i Concepción de Buena Esperanza.
En 1541 la monarquia espanyola va nomenar governador de "La Paraguaria" o Paraguai al cèlebre Álvaro Núñez Cabeza de Vaca. Aquest infatigable andariego va arribar a L'Assumpció l'11 de març de 1542, marxant des de l'illa de Santa Catarina, i en aquest trajecte va descobrir per als europeus les Cascades de l'Iguaçú, després d'arribar a Asunción va remuntar el riu Paraguai fins a l'actualment anomenat Gran Pantanal. Però, els asuncenos van considerar una "intromissió" la presència d'Àlvar Núñez, per la qual cosa en 1544 el va destituir, empresonar i van remetre a Espanya i van designar a un veí com a governador. El rei va confirmar a Irala a tal ocupació, de manera que els asuncenos van aconseguir el singular dret de nomenar als seus propis governadors durant 182 anys, fins a 1735.
Durant el govern del afamado criollo Hernando Arias de Saavedra (Hernandarias), la ciutat d'Asunción finalment va ser convertida per Reial Ordre del 16 de desembre de 1617 en el centre d'una província colonial espanyola, separada de la jurisdicció de Buenos Aires i altres territoris. Va ser una cosa paradoxal i contraproduent: si Juan de Garay des d'Asunción i amb asuncenos refon la ciutat de Buenos Aires perquè li servís al Paraguai com una "porta de la terra" és a dir, com una fàcil sortida a l'Oceà aprofitant la còmoda hidrovía del riu Paraná, la ràpida prosperitat del port de Buenos Aires va induir a la monarquia espanyola que se li donés pròpia jurisdicció. Així van quedar Assumpció i el seu territori molt aïllats del circuit econòmic mundial. D'altra banda, la relació entre europeus criolls i "indis" guaranís no sempre va ser idíl lica, tal com ho demostra el gran alçament liderat pel tuvichá Obere entre 1579 i 1616, que es va estendre des de la regió de Guarambaré fins a Asunción i la conca del Ypané.
Independència
miniatura|Casa de la Independència (1811). miniatura|Gaspar de França. miniatura|Francisco Solano López. La creació del virregnat va obeir a la necessitat d'organitzar millor l'administració de l'extens territori assetjat pel contraban i la constant penetració dels portuguesos i lusobrasileños.
El 1782, es va establir en el virregnat el règim de les intendencias . Asunción era, a la Província o Intendència del Paraguai, l'única població amb categoria de ciutat. La zona al sud del riu Tebicuary ia l'est de la serralada de Caaguazú per la seva part corresponia a la Governació de les Missions guaranís (o Província Subordinada de les Missions) constituïda amb les restes de les Missions Jesuíticas que van poder quedar sota control espanyol.
Entre 1806 i 1807 es produeixen les invasions angleses que ocupen les zones del Virregnat del Riu de la Plata corresponents a la Banda Oriental (avui Uruguai) i a gran part de Buenos Aires, des d'Asunción i des de Córdoba es van enviar tropes per a combatre els enemics i aconseguir la victòria contra els atacants.
El 1810 va arribar a Buenos Aires la notícia que Espanya havia estat ocupada per tropes franceses de Napoleó Bonaparte. Els patriotes argentins van preparar el moviment revolucionari. A Buenos Aires es van reunir en un Cabildo Obert i van establir la Primera Junta (25 de maig de 1810) amb l'objectiu de formar un congrés de totes les províncies del Virregnat del Riu de la Plata, és la Revolució de Maig.
El 1810, a causa de la Primera Junta independent de Buenos Aires, el governador realista d'Asunción, Bernardo de Velasco va remetre a Buenos Aires una nota comunicant la separació de la Província del Paraguai del Virregnat del Riu de la Plata. Velasco i els seus seguidors van formar una junta del 24 de juny de 1810, junta que va reiterar la seva fidelitat a la monarquia espanyola de Ferran VII.
El 1811 les tropes al comandament del General Manuel Belgrano van marxar en una expedició per llibertat al Paraguai, però van ser derrotades en la batalla de Tacuarí (9 de març de 1811) i en la de Paraguarí pels realistes. El 14 de maig de 1811, va esclatar el moviment revolucionari paraguaià dirigit militarment pel capità Pedro Juan Caballero i políticament pel governador Velasco; el componien a més Juan Valeriano Zeballos i José Gaspar Rodríguez de França. Velasco seria destituït abans d'un mes.
El 17 de juny de 1811 un congrés nomena una junta governativa presidida per Fulgencio Yegros. S'estableix un projecte de confederació entre les Províncies Unides del Riu de la Plata i Paraguai, però els interessos contraposats de les elits porteñas i asuncenas xoquen a despit de les intencions dels patriotes i els pobles, tal desinteligencia és incentivada pel Regne Unit de Portugal, el Brasil i l'Algarve. El 12 d'octubre de 1811 es va signar amb l'enviat de Buenos Aires, el general Manuel Belgrano, un Tractat d'Amistat, Auxili i Comerç.
El Segon Congrés Nacional es va reunir del 30 de setembre al 12 d'octubre de 1813. Les decisions d'aquest segon Congrés van ser les següents: es va escollir una nova forma de govern, el Consul ado al capdavant de Fulgencio Yegros i del Dr José Gaspar de França, adoptant el nom de República que substitueix el de Província. Poc després Yegros és tret del poder i França pot declarar completament oposat a la confederació paraguaiano-argentina atès que a Buenos Aires preponderaban els unitaris (en aquest cas els partidaris d'un govern centralitzat a Buenos Aires). Reunit el 3 d'octubre de 1814, va resoldre concedir el títol de Dictador Suprem de la República del Paraguai, per un període de 5 anys, a José Gaspar de França. No complerts encara dos anys de la Dictadura Temporal, el Quart Congrés Nacional, reunit el 30 de maig de 1816, va declarar dictador perpetu a José Gaspar de França, càrrec que va ocupar fins a la seva mort el 1840.
El govern de José Gaspar de França que va durar 24 anys, va tancar pràcticament el país a la influència estrangera. Aquest govern no tenia ministres, i no es va permetre a l'exèrcit un grau més gran que el d'alferes. En els punts estratègics de la República (Itapúa, Pilar, Concepció, Villarrica, Missions, Fuerte Olimpo) mantenia delegats, encarregats d'informar i de fer complir les seves ordres.
En 1820, es va produir una conspiració contra el Dictador, però va ser descoberta i només van anar a presó, entre els quals hi havia alguns pròcers de la independència.
En l'aspecte econòmic es va tendir a una autarquia. Es va incrementar l'agricultura, la ramaderia i la indústria casolana. Es van confiscar la major part de les grans propietats, repartint la terra per treballar. En l'aspecte educatiu es va tancar el col·legi de San Carlos, l'única institució d'ensenyament superior. El Dr França va morir sense deixar cap disposició sobre la seva successió. Després d'un breu període anàrquic, un congrés va restablir un segon consolat a 1841, compost de la mateixa manera que el primer, per un militar, el comandant general d'armes Mariano Roque Alonso i un civil, Carlos Antonio López (nebot de Gaspar Rodríguez de França).
Carlos Antonio López, un dels cònsols, és elegit president en 1844 i es proclama una constitució, la primera del país, que consagra un règim de tipus presidencialista. Durant el seu govern cessa la política d'aïllament, s'organitza la instrucció pública gratuïta i obligatòria, i s'inicia la construcció de camins, ferrocarrils i edificis.
Aconseguiu més de ratificar la independència paraguaiana i el suport del Brasil (primer país a reconèixer gràcies a les facilitats duaneres que va donar França al comerç brasiler, especialment en Itapúa i Fort Olimp) després del qual va seguir el reconeixement de la Confederació Argentina.