La història de les Comores es remunta a quan van ser poblades des de la segona meitat del primer mil·lenni, les diferents illes de l'arxipèlag de les Comores van tenir una història molt annexa, encara que no totalment comuna. Va ser França, qui les va convertir en part del seu imperi colonial, qui les va unir administrativament. La història de les illes es va separar novament el 1975, després que en un referèndum l'illa de Mayotte optés per quedar sota govern francès i la resta d'illes integressin la República Federal Islàmica de les Comores.
El poblament original Els primers traços de població daten del i es creu que fou una onada de pobles austronesians, que van contribuir al poblament de l'illa de Madagascar, va passar per l'illa, però no es van establir. Inicialment, els pobles eren regits pels caps de les famílies més importants. Aquests portaven el títol de Mafé, mfaume o mafani a Anjouan i Mohéli (Mfalume a kiunguja).
La islamització L'islam va fer aparició a les illes a finals del , com testifiquen les sepultures de ritu musulmà descobertes a Mayotte a la necròpolis funerària de Bagamoyo. Va arribar sobretot de la mà de mercaders de pas que arribaven provinents de l'Orient Mitjà, de la ciutat de Siraz, qui van constituir les primeres comunitats musulmanes de l'arxipèlag, a Kilwa, Mogadiscio i la costa de Benadir. Aquestes dinasties shirazies, originàries de la costa suahili van fundar en efecte els primers sultanats, unificant sota la seva autoritat les comunitats vilatanes, llavors comandades per mafés, (Anjouan, Mohéli i Mayotte) i un bedja (Gran Comore). Va ser amb el seu contacte que les elits comoreses es van anar islamitzant progressivament. Es creu que ja al tota l'aristocràcia comoresa estava totalment islamitzada.
La més antiga mesquita de l'arxipèlag se situa a Anjouan, sobre el lloc de l'antiga Sima i dataria del . L'islam practicat a aquesta data estava molt influenciat pel xiisme i es rescata particularment el seu ressò en la presència de sepultures en l'eix del mihrab de nombroses mesquites antigues (culte del sant fundador). L'islam sunnita xafita no es va imposar al sud-oest de l'oceà Índic fins a partir del . Sima va esdevenir la capital del sultanat shirazi d'Anjouan. Va ser en aquesta època que es va construir la mesquita shirazi, les seves ruïnes són encara visibles avui. Domoni va ser seu d'una altra mesquita shirazi a fi del . Una inscripció present a la mesquita del Vendredi de Moroni data la construcció l'any 1427, mentre que a Mbeni, una inscripció data la mesquita del Vendredi l'any 1470.
La instal·lació del xafiisme El 1506 una flota shirazi comandada per Mohamed ben Haissa va abordar l'arxipèlag i va regirar l'ordre econòmic i social. Aquest va ser el començament de l'edat Shirazi a les Comores, qui van introduir la fusteria i l'arquitectura. Des de llavors, manuscrits en caràcters de l'alfabet àrab i escrits sobretot en àrab, comorès o suahili, permeten reconstruir les genealogies dels clans i els sultanats. Mitjançant la subjugació i el joc d'aliances, ells van contribuir així a l'establiment de nous llinatges matrimonials, sobretot a la Gran Comore i a l'illa d'Anjouan. La instal·lació dels sultanats xafiites va contribuir a l'adopció i després a la generalització de la doctrina xafi a les Comores com ho testifica la descripció de l'arxipèlag per l'almirall turc Piri Reis el 1521.
La mesquita shirazi de Tsingoni, molt de temps interpretada com la més antiga, data en realitat del 1538, fet que ensenya la inscripció conservada en el seu mihrab.
Mentrestant, el caràcter elitista de l'islam a les Comores i l'existència d'una aclaparadora majoria d'esclaus entre la població comportava la feble implantació de l'islam a la societat comoresa fins arribat el . És per això que les mesquites, notablement les mesquites reials xafiites, estan fetes per abrigar un petit nombre de fidels. L'abolició de l'esclavitud i l'èxit de les confraries a partir de finals del expliquen l'extensa conversió dels comoresos a l'islam a aquesta data.
Durant aquesta època, el poder va estar a les mans de nombrosos sultans. Finalment Anjouan, la més àrab de les illes, acaba per prendre el control, poc o molt, de Mohéli.
El sistema social Els sistemes nascuts d'aquesta unió superposen costums africans i àrabs musulmans, però no estan en condicions de proveir al posseïdor del poder dels mitjans de controlar grans superfícies. Així a la Gran Comore cohabiten diversos sultanats dirigits per diferents sultans que decideixen concedir una importància honorífica a un d'ells, el sultà Tibé. A Anjouan tres llinatges reials implantats en les tres principals ciutats (Mutsamudu, Ouani i Domoni) es reparteixen el poder.
Aquest sistema ha de tenir en compte opinions d'un Gran Consell (Mandjelissa) que reuneix els principals grans notables. El sultà també és secundat per visirs, que són delegats del poder en certes regions. Trobem també en el pla local altres empleats: naïbs (assimilables a caps de cantó), caps de la policia, els recol·lectors d'impostos, els caps de poble (nomenats pel sultà) i els caps religiosos. D'aquesta època daten els documents escrits i els manuscrits en llengua àrab, en suahili o en comorès, tot presentat en alfabet àrab.
Les invasions malgaixes A partir del segle XVI els malgaixos skalaves van començar a efectuar desembarcaments a les illes i robatori d'esclaus. Els comoresos, en aquesta època, ja eren ells mateixos esclavistes, traficants al món àrab i europeu. Els malgaixos es van acabar instal·lant a les illes i més especialment a Mayotte. Per aquesta raó, encara es parla malgaix a Mayotte.
Durant aquest període, en el curs de l'exploració sistemàtica de tota aquesta regió, els portuguesos van abordar les illes de la Lluna (K'm'r en àrab significa lluna) el 1505. El 1529 els francesos, per l'intermediari d'un germà de Parmentier, van visitar l'arxipèlag així com la costa nord de Madagascar. Les illes van constituir durant molts segles, tant per als navegants europeus com per als pirates, una escala sobre la costa d'Àfrica. Les relacions entre aquests europeus i els sobirans locals es basaven sobretot en el reclutament de forces. Una tradició reporta doncs que un cap de la Gran Comore va haver de marxar alguna vegada fugint de la tirania dels portuguesos i refugiar-se amb una partida dels seus a Mayotte. Anjouan va estar submisa a un sol poder durant aquest segle.
Al l'arxipèlag es va convertir en un punt d'aprovisionament per als navilis europeus, holandesos i francesos que viatjaven per la Ruta de la Seda. Anjouan es va fer igualment popular per als pirates i corsaris que atracaven els navilis occidentals que passaven pel Cap de Bona Esperança. El Combat d'Anjouan va ser conseqüència d'aquests esdeveniments.
A partir d'una data desconeguda Moheli es va subordinar al sultanat d'Anjouan fins al 1830. El 1830 immigrants de Madagascar conduïts per Ramanetaka, que més tard prendria el nom d'Abderemane, van envair l'illa i van establir el sultanat de Moheli.
La colonització miniatura|El sultà Saidi Abdallah bin Salim el 1897. El sultà d'Anjouan Abdallah I es va rendir el 1816 a l'Illa Borbó per demanar la protecció de Lluís XVIII de França. Les divisions internes i l'amenaça malgaix va permetre a les potències colonials, que rivalitzaven per la possessió d'aquesta estratègica zona al centre del comerç d'Orient, intervenir en els assumptes polítics dels sobirans locals. El 25 d'abril de 1841, a conseqüència de la signatura d'un tractat, Mayotte va esdevenir un protectorat francès i el sultà Adrian Tsouli, que havia conquerit l'illa 9 anys abans, va rebre, a canvi de la pèrdua del poder reial, una suma de plata en compensació i els pagaments de les despeses d'escolaritat dels seus nens a l'illa de Reunió. França va obtenir amb aquest acord, que va constituir de fet una venda forçada encara que presentada com un conveni comercial, un port estratègicament important. El rei Lluís Felip I va confirmar aquesta adquisició el 1843. L'esclavitud va ser abolida el 1846.
El 1866 França va establir un protectorat sobre Anjouan i va utilitzar la seva armada per imposar-se davant el sultà Saidi Abdallah bin Salim. El 24 de juny de 1886 el sultà de la Gran Comore li va prestar finalment vassallatge a França. Va ser llavors exiliat per no tornar més, els seus somnis de governar un sultanat compost per totes les illes van ser d'aquesta manera trencats. Moheli va ser igualment col·locada sota protectorat aquest mateix any. Encara seguien posseint certa autonomia donada la baralla entre les potències colonials, les illes estaven fortament submises i els sultans locals no podien fer res davant d'això. A partir de 1892 el poder sobre les illes locals va passar dels residents subordinats als governadors de Mayotte, que a poc a poc van prendre el poder.
Com la mà d'obra a Reunió es feia cada vegada més cara, les Comores, oblidades per l'administració central, van oferir als colons i a les societats colonials (com la Bambao) perspectives i una mà d'obra més barata en les plantacions de plantes de perfum i de vainilla. Durant aquest període els colons van expropiar totalment les terres dels camperols comoresos i van emprar a aquests en les plantacions colonials.
El francès va esdevenir la llengua oficial, desplaçant l'àrab en l'educació. L'ús del suahili es va imposar al seu torn en el mitjà del comerç.
El 1904 la unificació jurídica de les illes es va fer oficial. Va ser seguida, el 9 d'abril de 1908, d'un segon decret que unia Mayotte i les seves dependències amb la colònia de Madagascar. i finalment després de molts abusos es va seguir endavant amb la colonització, les illes van ser annexades per llei a la Colònia de Madagascar i dependències el 1914.
L'annexió a Madagascar A poc a poc, les terres van ser retornades als comoresos. Una revolta important va tenir lloc el 1915 a la Gran Comore. França va enviar tropes malgaixes, seguides d'un destacament de tiradors senegalesos, i al mateix temps va demanar a la seva administració que cerqués el suport dels notables locals per restablir la pau. A poc a poc, el moviment es va esfumar, i el govern va enviar a l'exili a certs agitadors. El 1940 a Anjouan va esclatar una vaga en un període en què l'administració necessitava fortament mà d'obra per a l'economia colonial. Actes de violència van seguir la suspensió de la vaga, els notables van acabar per apel·lar a la calma. De 1940 a 1942 l'administració colonial va ser exercida pel règim de Vichy. El 25 de setembre de 1942 Madagascar i les illes Comores foren ocupades per forces britàniques en cooperació amb la França Lliure. El 9 de maig de 1946 adquiriren autonomia administrativa; l'11 de desembre de 1958, aprovada la nova Constitució francesa, optaren per convertir-se en territori d'ultramar, i del 22 de desembre de 1961 al 22 de desembre de 1974 gaudiren d'una plena autonomia interna.
Independència