L Armada Equatoriana, juntament amb l'Exèrcit de l'Equador, i la Força aèria equatoriana, és una branca de les Forces Armades Equatorianes, responsable en temps de guerra de salvaguardar la sobirania marítima de l'Equador i en temps de pau és responsable de controlar les activitats il·lícites com el contraban de combustibles, migració il·legal, pesca il·legal, tràfic de drogues, entre d'altres.
Història La vinculació del port de Guayaquil amb el comerç marítim, imposada per la geografia mateixa, s'evidencia per la seva importància com a proveïdora per al Virregnat de fustes com ara el guachapelí, el roure, la canya fistola, la canya guadua o canya de Guayaquil, matèria primera que va permetre abastir abundantment les drassanes d'aquest port. La importància de les drassanes de Guayaquil durant la Colònia va ser ja subratllada en nombroses ocasions pels seus propis contemporanis, arribant-se a afirmar al que eren superiors a totes les altres de les dues Amèriques i als més cèlebres d'Europa. Antonio de Ulloa i Jorge Juan van dir que era la millor drassana que es coneixia en tota la costa de l'oceà Pacífic. Per la seva banda, el que va ser Governador espanyol de Guayaquil fins al 1797, Jose de Aguirre Irisarri, el 18 d'octubre del 1807, va informar al Príncep Generalíssim Almirall la importància de les drassanes de Guayaquil per a la marina virregnal dient textualment:
"Conciliant la seva localitat (Guayaquil) amb la seva immensa abundància d'exquisides fustes i barats jornals facilita mitjans dels més abundants i econòmics per aconseguir ... vaixells de tots els ports ... Abunda també Guayaquil d'operaris de fusteria i calafats, com que són els artistes més necessaris per a totes les seves fàbriques civils i de les drassanes."
Aquestes afirmacions es deuen a l'existència d'una nombrosa i experta comunitat de constructors navals, agrupats en el seu gremi característic, la Maestranza, els membres de la qual van arribar a ser el més selecte de tots aquells mars en l'últim terç del . Pel que fa a l'autoritat marítima, al llarg de la vida colonial de Guayaquil, exercia aquestes funcions el corregidor, qui era l'encarregat del registre de les naus que arribaven i salpaven del port. Però quan Guayaquil va deixar de ser corregiment per erigir-se en govern militar, per Reial Cèdula de 8 de desembre del 1762, seria el governador qui realitzaria aquestes funcions. Havent estat designat primer governador el tinent coronel Juan Antonio Zelaya i Vergara, que havia arribat a Guayaquil l'11 d'octubre del 1763, i prèvia exhibició dels títols i certificats respectius, va fer jurament i es va fer càrrec del govern de la ciutat. L'escrivania respectiva estava adscrita a la del Cabildo. Va ser només a partir del 1747 que es va comptar amb un escriba especial per als registres. Pel que sembla l'organització de la Capitania del port, segons Julio Estrada, data del 1797. Per establir el Apostadero del Callao, va arribar el brigadier de la Reial Armada, senyor Tomás d'Ugarte i Liaño. La creació d'aquest Apostadero va ser disposada per reals ordres de 23 de maig i 22 juliol del 1797; simultàniament es creaven les capitanies de port en Concepcion, Valparaíso, Callao i Guayaquil. L'any 1804 exercia com a capità del port el senyor José María Cucalón, segons una comunicació que li envia el governador Bartolomé Cucalón i Villamayor el 10 de maig d'aquell any. Segons el mateix Estrada, aquest seria el primer capità del Port de Guayaquil que s'ha identificat, però hi ha la possibilitat que hi hagi tingut antecessors en el càrrec.
Pel que fa a l'edificació per a la Capitania, el governador Cucalón li informava al Virrei el 21 abril del 1805: Al moll d'aquesta duana, que és l'únic del riu, hi ha una casella del Rei summament decent i còmoda que el senyor José de Moraleda, capità de la corbeta "Castor", va acomodar amb acord meu per al servei i ocupació del capità del port. Com succeïa llavors amb els ports colonials espanyols, Guayaquil no es va lliurar dels successius atacs de bucaners que van assolar les costes americanes d'aquella època.
La independència i la gran Colòmbia miniatura En produir-se la revolució del 9 d'octubre del 1820, després del goig i alegria conseqüents per l'èxit assolit, es va constituir una junta de guerra i es va nomenar com a cap polític a José Joaquín d'Olmedo. Aconseguida la independència, es va decidir despatxar a la goleta "Abast" portant una comissió encarregada de participar al general San Martín i al Comandant Thomas Cochrane, cap de l'Esquadra Libertadora del Perú, el triomf de la revolució de Guayaquil. Aquesta embarcació va ser armada amb 10 carronades; es va nomenar comandant de la mateixa al seu antic amo José María Villamil, Segon Comandant senyor Lorenzo de Garaycoa i Cap de la Guarnició de bord a don Miguel Letamendi. L' "Abast" va presentar una tripulació de més de cent homes amb suficient experiència en alta mar, amb bons coneixements del sistema de navegació a la vela. És un succés d'importància històrica el fet que una nau estigui a punt per salpar de forma immediata per complir la missió encomanada. La "Abast" va complir la seva comesa amb èxit, el que demostra que en l'ambient marítim en què vivia Guayaquil existia gent preparada i amb tradició, que li permetia pescar al mar. Va ser aquest, doncs, el nostre primer vaixell de guerra, i va continuar participant en algunes accions fins que, el 19 de setembre del 1821, es va perdre per haver encallat a la costa de xucladors. Consolidat el triomf de la Independència Nacional, el 24 de maig del 1822, Guayaquil independent deixava de ser-ho per incorporar-se a la Gran Colòmbia; és aquí quan sorgeix la figura rellevant d'un distingit marí: el capità de navili Juan Illingworth, a qui el Libertador va designar Comandant General del IV Departament marítim. Immediatament es va ocupar d'organitzar tot el concernent a la Marina de Guerra, a més de prendre interès en la creació de l'Escola Nàutica nacional. El govern va anar adquirint alguns vaixells indispensables per al manteniment de la sobirania grancolombiana al Pacífic; és així que el 1823 es conforma la primera força naval amb els següents vaixells de guerra: la goleta "Guayaquileña", el bergantí "Chimborazo" i la corbeta "Pichincha". Thomàs Wright, que el febrer de 1824 va ser ascendit a capità de navili, exercia com a Comodor de l'Esquadra del Sud, embarcat en el bergantí "Chimborazo", on tenia hissada la seva insígnia, i va realitzar patrulles al llarg de la costa peruana amb 7 transports degudament proveïts i llestos per prestar ajuda en el trasllat de les tropes quan Bolívar, que es trobava amb el seu exèrcit a Perú, ho requerís. Bolívar amb el seu gran exèrcit va derrotar les forces realistes en la batalla de Junín el 6 agost del 1824; després d'això, Wright va rebre instruccions de procedir al Callao i posar-se sota les ordres de l'almirall Guisi, cap de l'Esquadra Unida. Les unitats grancolombianes, conformant aquesta esquadra, van participar en algunes accions navals contra els realistes i també en el bloqueig del Callao, últim reducte espanyol a Amèrica del Sud. A l'inici de l'any 1825, l'almirall Guise, Comandant en Cap de l'Esquadra bloquejadora del Callao, a dalt de Guayaquil a bord de la fragata "Protector" per a realitzar reparacions, i per presentar-se en aquest port un conflicte entre Guisi i l'Intendent de Guayaquil, general Juan Pau del Castell, per certes irregularitats en el comportament del primer, és destituït, nomenant en el seu reemplaçament com a comandant de l'esquadra Unida al comandant Juan Illingworth. Fins llavors no existia una organització que s'encarreguès de l'educació dels futurs marins però no trigaria a aparèixer l'Escola Nàutica.
La República El 3 de novembre de 1832, el Congrés Constitucional de l'Equador va decretar que l'establiment de la Marina Militar es digués Departament Marítim de l'Equador en comptes de l'antiga denominació d'Apostadero de Guayaquil. El 8 del mateix mes, el general Juan José Flores disposava la seva formació. El comandament d'aquest Departament va ser entregat a un general de brigada de Marina o capità de navili, sota la denominació de Comandant General. Es va establir també la Majoria de Marina dirigida per un capità de fragata. D'aquesta manera es va legalitzar la Marina durant la República. El 1832 i 1833, i potser encara més tard, l'Armada consistia en sis vaixells de guerra: la fragata "Colòmbia", armada inicialment amb 62 canons grans, 30 canons de 42 lliures i 32 canons de a 32 lliures (referint-se al pes de les bales que llançava cada canó, que era l'única mesura utilitzada en aquella època); el bergantí "27 de Febrer", armat amb 2 canons de 12 lliures, i 14 canons de 18 lliures, el bergantí-goleta "Guayaquileña", amb 9 canons de 12 lliures, i 12 canons de 18 lliures, les goletes "Ismeña" i "Gràcia del Guayas" i el bot "Diligència", que muntava cadascú un sol canó de 12 lliures. Durant la guerra dels Chihuahuas (1833), es van conformar dues forces navals. Del costat del govern de Flores van participar les goletes "Ismeña" i "Valerosa", i el bergantí "Atrevido"; en canvi els revolucionaris, liderats per Vicente Rocafuerte, van comptar amb la fragata "Colòmbia", les goletes "Guayaquileña", "Juanita" i "Gràcia del Guayas", i el bergantí "27 de febrer". El 1837 romanien únicament les goletes "Guayaquileña" i "Diligencia", encara que la primera de les esmentades, estava en precàries condicions, però el 1840 només quedava la goleta "Diligencia".
Guerra Equador-Perú La guerra Equador-Perú fou un conflicte armat entre aquestes dues repúbliques que va tenir lloc entre el 1941 i el 1942. El conflicte fou conseqüència de les llargues disputes fronteres entre ambdós països, que només han quedat resoltes finalment el 1998, amb la signatura d'un tractat de pau definitiu i un acord de delimitació.
L'era del míssil miniatura Als albors de la dècada dels 70 s'adquireix a Alemanya les llanxes torpedineres "Manta", "Tulcán" i "Nou Rocafuerte", que van arribar a l'Equador el 1971. Cinc anys després, un nou tipus d'arma ingressava a l'esquadra Equatoriana, el míssil, amb la incorporació el 1976, de les llanxes missileres "Quito", "Guayaquil" i "Conca". Equador havia fet incursions en l'era de l'alta tecnologia de la guerra electrònica i de les armes amb abastos majors al l'horitzó visual. En la dècada dels 80, es va adquirir un destructor nord-americà classe Gearing que, en arribar a l'Equador, va prendre el nom de "President Alfaro" (tercer vaixell amb aquest nom); -sis corbetes missileres italianes equipades amb moderns sistemes d'armes i sensors, per solucionar els requeriments de la guerra naval contemporània, davant qualsevol amenaça exterior. La primera d'elles va iniciar la seva construcció el 27 de febrer del 1979 a les drassanes Cantieri Navali Ruinniti de Spezia, Itàlia, i el seu casc va ser botat l'1 d'octubre de 1980. Aquesta nau va ser el prototip d'aquestes corbetes de 650 tones i alta velocitat, la que va ser batejada com a "Classe Esmeraldas", produint-se la seva arribada al port de Guayaquil el 25 d'octubre de 1982. La cerimònia d'incorporació va tenir lloc al port d'Esmeraldas el 23 de novembre del 1982. El seu primer comandant va ser el Capità de Fragata-EM Carlos García Mata. Posteriorment, els anys 1991 i 1992, s'adquireixen les fragates misileres angleses classe Leander, les quals van reemplaçar a dues unitats més grans que, després d'haver complert el seu cicle, es van donar de baixa en l'armada de l'Equador.
Guerra del Cenepa