miniatura|Àguila daurada (Aquila chrysaetos) La fauna d'Escòcia és, a grans trets, la típica del nord-oest de la zona europea de la Zona paleàrtica. Gran part dels mamífers més grans del país van ser caçats fins a la seva extinció en certs períodes històrics i l'activitat humana també hi ha introduït algunes espècies. Els diferents ecosistemes temperats d'Escòcia alberguen seixanta-dues espècies de mamífers silvestres, incloent-hi una població de gats salvatges, un gran nombre de foques grises i foques comunes i la colònia més septentrional del món de dofins mulars.Matthews (1968), p. 254.
Algunes poblacions d'aus dels erms, incloent-hi el gall de cua forcada i el lagòpode escocès, viuen a Escòcia, i el país té zones d'implantació molt extenses aptes per a les aus aquàtiques, com el mascarell comú.Fraser Darling and Boyd (1969), pàg. 7, 98-102. L'àguila reial ha esdevingut una icona nacional; l'àguila marina i l'àguila pescadora han tornat a colonitzar aquest territori recentment.Benvie (1994), p. 12. El trencapinyes escocès és l'única espècie vertebrada endèmica de les illes Britàniques.Gooders (1994), p. 273.
Els mars d'Escòcia es troben entre els més productius del món des del punt de vista biològic: s'estima que el nombre total d'espècies marines escoceses supera les quaranta mil. Hi ha un lloc conegut com a Darwin Mounds, que alberga esculls de corall d'aigües gelades profundes, descobert el 1988. Als rius d'Escòcia viuen prop de quatre-centes poblacions de salmó de l'Atlàntic diferents genèticament. De les quaranta-dues espècies de peixos que viuen en les aigües fredes del país, la meitat hi ha arribat per colonització natural i l'altra meitat ha estat introduïda per l'ésser humà.
Només sis amfibis i quatre rèptils terrestres són nadius d'Escòcia; moltes espècies d'invertebrats, poc comuns a Gran Bretanya, però, hi viuen.Miles i Jackman (1991), p. 48. Hi ha aproximadament catorze mil espècies d'insectes, incloent-hi algunes abelles i papallones poc comunes, protegides per les lleis de conservació del medi ambient. Les agències encarregades de la conservació animal a Gran Bretanya estan preocupades pel canvi climàtic, especialment per les seves conseqüències potencials als altiplans muntanyencs i en la vida aquàtica, que amenacen gran part de la fauna d'Escòcia.Johnston, I. (29.11.2006): "Sea change as plankton head north'".
Hàbitats miniatura|Bosc de pins silvestres, a Deeside Escòcia té una gran varietat d'ambients de clima temperat, incloent-hi boscos d'arbres caducifolis i coníferes, i també erms, estatges montans, estuaris, aigua dolça, oceans i tundres. Aproximadament el catorze per cent de la superfície d'Escòcia està coberta per boscos, sobretot en les plantacions forestals. Abans, però, que l'ésser humà comencés a ocupar les terres hi havia moltíssims més boscos caledonians i d'arbres amb fulles amples. Encara que de caràcter molt reduït, poden trobar-se romanents del bosc nadiu de pins silvestres. El disset per cent d'Escòcia està cobert per erms i torbes d'ericàcies. Les regions de Caithness i Sutherland contenen una de les àrees de pantans més intactes del món, en la qual viu una comunitat d'animals salvatges. El setanta-cinc per cent de la terra d'Escòcia està classificada com a apta per a l'agricultura (incloent-hi alguns erms), mentre que les àrees urbanes n'ocupen aproximadament el tres per cent. La costa té 11.803 quilòmetres d'extensió i el nombre d'illes amb vegetació terrestre és proper a vuit-cents, sis-centes de les quals són a la costa occidental. Escòcia té més del noranta per cent del volum i el setanta per cent de la superfície total de l'aigua dolça present al Regne Unit. Hi ha més de trenta mil llacs d'aigua dolça i sis mil rius.
Sota els auspicis de la Directiva d'Hàbitats de la Unió Europea, fins a desembre del 2007 un total de 239 llocs a Escòcia que cobreixen més de 8.750 km² han estat acceptats per la Comissió Europea d'Àrees Especials de Conservació (SAC). Els mars d'Escòcia es troben entre els més productius del món biològicament, i contenen més de quaranta mil espècies. Vint-i-quatre dels llocs acceptats per la SAC són marins, i altres nou són a la costa, amb elements marins o no marins. Aquests elements marins cobreixen una àrea d'aproximadament 350 km². Els Darwin Mounds, que ocupen aproximadament 100 km², han estat el primer lloc situat prop de la costa acceptat per la SAC."Prop de la costa" en aquest context significa que no incorpora terra.
Mamífers Escòcia es va cobrir de gel completament durant les glaciacions ocorregudes en el Plistocè.Excepte l'arxipèlag de Saint Kilda. A mesura que la temperatura va anar augmentant, els mamífers començaren a estendre's pel paisatge. La superfície terrestre de Gran Bretanya va albergar només dos terços de les espècies que viatjaven cap a Escandinàvia, i les Illes Hèbrides, al voltant de la costa occidental d'Escòcia, van proveir-se de només la meitat d'aquestes espècies que arribaren a Gran Bretanya.Murray (1973), p. 72. Seixanta-dues espècies de mamífers salvatges viuen a Escòcia i als seus voltants, incloent-hi tretze espècies marines. Les poblacions d'un terç de les espècies de mamífers terrestres estan experimentant un descens en el nombre d'individus a causa de la contaminació ambiental, la fragmentació dels seus hàbitats, els canvis en les produccions agrícoles, el clima, i la competència amb les espècies introduïdes. No hi ha espècies úniques de mamífers a Escòcia, encara que el ratolí de camp de Saint Kilda és una subespècie endèmica del ratolí de camp i en duplica la grandària; i el talp de les Òrcades, que només viu a l'arxipèlag de les Òrcades, és una subespècie del talpó camperol.Benvie (2004), p. 645. Tal vegada fou introduït pels primers ocupants de la regió fa uns quatre mil anys.
Carnívors miniatura|Gat salvatge (Felis silvestris) Les espècies de mustèlids d'Escòcia són les mateixes que en la resta de Gran Bretanya, excepte que a la regió no habiten turons i a Escòcia és el baluard illenc de la marta europea, encara que la puresa d'aquesta última està amenaçada per un creixement en la població de marta americana del nord d'Anglaterra.Corbet i Ovenden (1984), pàg. 180–86.Benvie (2004), p. 48. Escòcia alberga les úniques poblacions de gat salvatge europeu de les illes Britàniques, amb un total d'entre quatre-cents i dos mil animals, i la subespècie de guineu vermella Vulpes vulpes vulpes, més comuna que V. v. crucigera i que existeix en dues formes diferents.Matthews (1968), pàg. 231–32. El gat salvatge està en perill d'extinció a causa de la poca protecció que se li presta.Benvie (2004), p. 18.Hull (2007), pàg. 184–89. L'extermini de la població de visó americà, introduït a Gran Bretanya per extreure'n el pelatge en la dècada de 1950, es feu amb el patrocini del Projecte Visó Hebridean. Aquests s'han propagat cap a altres àrees on els visons són abundants, com ara al Parc Nacional Cairngorms, i tal vegada també al llarg de les illes.Haworth, Jenny (3 de febrer de 2009), "National cull may exterminate UK mink".
A més de mamífers que ocasionalment migren al país, entre les foques només estan representades les Phocidae, o foques sense orelles. Dues espècies, la foca grisa i la comuna, estan presents al voltant de la costa escocesa en nombre molt elevat. El 2002 la població de foques grises d'Escòcia s'estimava en 120.600 animals adults, la qual cosa conforma al voltant del trenta-sis per cent de la població mundial i més del noranta per cent de la britànica. La població al país de la foca comuna és de 29.700 exemplars, aproximadament el noranta per cent dels espècimens de Gran Bretanya i el trenta-sis de tot Europa.
Rosegadors, insectívors i lagomorfs El setanta-cinc per cent dels esquirols vermells de Gran Bretanya viuen a Escòcia. Aquesta espècie s'enfronta a amenaces que inclouen la competència amb l'esquirol de les Carolines, una espècie introduïda, i l'"Estratègia Escocesa per a la Preservació de l'Esquirol Vermell" proveeix un pla per a fomentar-ne la conservació.El Fons de Vida Salvatge d'Escòcia anuncià un projecte de quatre anys de durada, que començaria l'estiu de 2009, anomenat "Salvant els Esquirols Vermells d'Escòcia". Una recerca duta a terme el 2007 va demostrar el creixement de les poblacions de les martes, basant-se en un programa en què es caçaren de manera selectiva diversos esquirols de les Carolines.Watson, Jeremy (30 de desembre de 2007): "Tufty's saviour to the rescue". A Escòcia no hi ha poblacions de lirons grisos, de muscardins, o de ratolins de coll groc, i l'abast del ratolí de camp es limita a la part sud del país. Encara que el ratolí de camp de Saint Kilda i el ratolí de camp de les Illes Òrcades són endèmics d'Escòcia, la distribució de les poblacions no és major que la de la resta de Gran Bretanya.Corbet i Ovenden (1984), pàg. 152, 167–68. Hi ha colònies de rates negres a l'illa d'Inchcolm, a Fiord de Forth i a les Illes Shiant.
Les poblacions d'insectívors terrestres són en general similars a les de la resta de Gran Bretanya. L'associació recent de la Scottish Natural Heritage, el Scottish Executive i la RSPB per eliminar l'eriçó europeu de les Hèbrides, on la seva introducció ha causat baixes en poblacions internacionalment importants d'aus xanqueres com el territ variant, el corriol gros i la gamba roja vulgar, ha creat una controvèrsia considerable, i el sacrifici d'eriçons es va detenir el 2007. Els animals atrapats s'han retornat al seu hàbitat natural. El programa ha reduït el nombre d'individus; només dos van ser atrapats el 2007.Ross, John (3 de novembre de 2007): "3,2,1... and then there were none".
Els únics lagomorfs que habiten Escòcia són les llebres i els conills. La llebre de les neus és l'únic membre nadiu de la família de les llebres i és l'espècie dominant al llarg de la major part de les zones més elevades del país. La llebre comuna i el conill de bosc estan presents; aquest últim va ser portat a Gran Bretanya pels antics romans; no s'escamparen pel país, però, fins al .MacCormick, Finbar y Buckland, Paul C. The Vertebrate Fauna en Edwards, Kevin J. & Ralston, Ian B.M. (Eds) (2003) Scotland After the Ice Age: Environment, Archaeology and History, 8000 BC - AD 1000.
Artiodàctils miniatura|esquerra|145x145px|Cérvol vermell (Cervus elaphus) La pintura d'Edwin Henry Landseer d'un cérvol, Monarch of the Glen, és una de les imatges més notables d'Escòcia durant l'era victoriana. L'espècie, membre de l'ordre biològic dels artiodàctils, està representada per quaranta mil exemplars, tot i que la seva existència està amenaçada pels encreuaments híbrids amb el Sika, un animal introduït. Sent una espècie habitant dels pujols (i molt més petita d'alçada que el seu parent europeu, que habita els boscos), sol ser reemplaçada pel cabirol a les terres més baixes.Benvie (2004), pàg. 14, 44. Encara que poden trobar-se en qualsevol lloc del Regne Unit, no hi ha poblacions salvatges de cérvol aquàtic xinès i molt pocs o cap de muntjac a Escòcia. Hi ha poblacions aïllades de cabres Capra aegagrus hircus i d'ovelles Ovis àries, a més d'un ramat de mil exemplars d'ovelles de Soay a Saint Kilda.Quine (2000), pàg. 30, 199. Des del 1952, al Parc Nacional Cairngorms viu un ramat de rens semidomesticats, ja que l'espècie s'ha extingit a Escòcia per haver estat caçada indiscriminadament durant el .Benvie (2004), p. 36.Hull (2007), p. 268.
Altres mamífers Només nou de les setze o disset espècies de ratpenats presents a Gran Bretanya habiten Escòcia. Les més difoses són la pipistrel·la, el ratpenat soprano, el ratpenat orellut septentrional, el rater d'aigua i el rater de Natterer. Els que tenen una distribució més restringida són el rater de bigotis gros, els pertanyents al gènere Nyctalus, el nòctul petit i el Ratpenat fals. No hi ha al país ferradura grossa, ratpenat de ferradura petit, rater gros ni rater de Bechstein. No hi ha ratapinyades a les illes Shetland; només n'existeixen migrants o exemplars perduts.