El virus de l'encefalitis japonesa (VEJ) és un virus RNA esfèric d'uns 40 nm de diàmetre amb una coberta externa que té projeccions irregulars de glicoproteïna E; el qual forma part del gènere Flavivirus, pertanyent a la familia Flaviviridae i és causant d'encefalitis principalment en cavalls i en humans. També afecta els porcs, en els quals provoca avortaments i naixements de cries mortes o malformades. El seu genoma està format per uns 11.000 nucleòtids, encara que el nombre exacte varia lleugerament segons la soca viral. El principal vector del VEJ és un mosquit culícid, Culex tritaeniorhynchus, amb independència de les seves variants poblacionals; encara que altres espècies del mateix gènere de mosquits i del gènere Aedes també poden transmetre el virus. L'encefalitis per VEJ es troba a àmplies zones d'Àsia i a la zona del Pacífic occidental.

Etiologia Es tracta d'un Arbovirus del gènere Flavivirus i de la família Flaviviridae. S'ha identificat només un serotip del VEJ però dos subtipus de virus (Nakayama i JaGar-01), tot i que s'han identificat diferències antigèniques i genètiques entre soques d'aquest agent mitjançant proves com la fixació del complement, la inhibició de l'hemaglutinació o proves de neutralització utilitzant anticossos monoclonals. Biomolecularment, ara per ara es coneixen cinc genotips del virus.

Forma part del serocomplex (grup antigènic) de l'encefalitis equina veneçolana juntament amb altres virus zoonòtics importants com el virus de l'encefalitis de St. Louis, el virus de l'encefalitis de la Vall de Murray i el virus del Nil occidental (introduït als EUA a finals dels 90 i que és endèmic en aus silvestres i mosquits natius). El virus causant de l'encefalitis japonesa no persisteix fora de l'hoste viu, però pot mantenir-se en els mosquits, rèptils, amfibis i ratpenats quan aquests hivernen.

Espècies afectades El virus de l'encefalitis japonesa afecta principalment a l'espècie humana, a porcs i a cavalls. Poden infectar-se també animals domèstics (gos, gat, vaca, ovella, cabra), rèptils, amfibis i aus. S'han descrit infeccions letals pel JEV en foques d'un aquàrium xinés. Les aus i els porcs representen els hostes de manteniment més importants. Existeixen vacunes veterinàries pel bestiar porcí i equí.

Malaltia en el bestiar porcí miniatura|5 porcs nascuts morts i 2 més petits momificats, a causa d'una truja afectada per VEJ|209x209px La infecció en el porc produeix grans pèrdues econòmiques a causa de l'alta taxa d'avortaments i morts neonatals.

Durant l'epidèmia de 1947-1949, al Japó, es va arribar a registrar una taxa de 50-70% de mortalitat neonatal i avortaments en bestiar porcí.

Els parts de les truges solen contenir major nombre de morts nascuts, també fetus momificats o amb hidrocefàlia, amb simptomatologia nerviosa i normals.

Els animals adults infectats amb prou feines mostren símptomes, de vegades només un període febril; les truges, però, si tenen una infecció severa pot portar-les a la infertilitat.

Els mascles presenten una disminució en el nombre i motilitat dels espermatozous. S'ha observat en ells edema testicular i infertilitat temporal. La majoria de porcs infectats tornen a la normalitat perquè les partícules víriques (i per tant el virus) poden eliminar-se pel semen.

Malaltia en el bestiar equí La letalitat en equins pot arribar al 25%. La infecció equina pot cursar seguint tres patrons diferents: transitori, letàrgic i hiperexcitable.

Entre 1948-1967 la morbiditat en aquests animals va ser d'un 44,8/100.000 a Àsia, mentre que en la gran epidèmia del 1948 del Japó la mortalitat va ascendir a un 337,1/100.000. Després de l'ús de pesticides i la reducció del nombre de cavalls, la malaltia pràcticament ha desaparegut al Japó.

Entre els signes generals que presenta aquesta malaltia, cal destacar en aquest cas l'avortament i la mort neonatal. 

Malaltia en el bestiar boví, caprí i oví La morbiditat en aquests animals és baixa.

Distribució Distribució geogràfica miniatura|Distribució geogràfica de l'encefalitis japonesa És endèmica en 24 països del Pacífic Occidental i d'Àsia Sud-oriental. A principis del la malaltia es va concentrar en zones temperades d'Àsia (Japó, península de Corea, Taiwan i Xina), però actualment es troba en diferents zones de l'Àsia temperada i tropical, amb major prevalença a Índia, Nepal, Xina, Sri Lanka, Filipines i Tailàndia. S'ha propagat també al nord d'Austràlia, Vietnam, Cambodja, Laos, Papua Nova Guinea, Indonèsia, Guam, Bangladesh Myanmar i Pakistan. A moltes d'aquestes regions és l'encefalitis vírica més important i amb l'índex de mortalitat més alt.

D'altra banda, la malaltia també es troba en zones rurals i periurbanes on les persones estan properes i poden contactar amb mosquits Culex spp. infectats. L'augment de la criança domèstica de porcs sense cap control sanitari dins d'àrees urbanes amb una forta expansió poblacional, motivat per la necessitat d'aconseguir menjar d'un cost baix a països en desenvolupament i escasses infraestructures, és un factor que incrementa el risc de transmissió urbana als tròpics i les possibilitats d'emergència del virus fora d'Àsia. El canvi climàtic i l'ampliació del flux internacional de mercaderies i persones són elements a tenir en compte a l'hora d'avaluar aquest darrer supòsit.

L'anàlisi molecular de mosquits recollits al nord d'Itàlia entre 2010 i 2011 va posar de manifest la presència en una població de Culex pipiens d'ARN viral idèntic al de les soques de VEJ existents en els ratpenats xinesos. Experimentalment, s'ha comprovat que els Aedes albopictus and Culex pipiens europeus són vectors competents per transmetre els genotips III i V del VEJ.

Distribució per edat Pot afectar persones de qualsevol edat centrant-se principalment en nens de 3 a 6 anys. Als països on la malaltia és endèmica, la taxa de mortalitat es redueix a causa que gran part dels adults estan immunitzats naturalment en haver patit la infecció durant la infància. 

Distribució estacional En gran part de la zona temperada d'Àsia el virus de l'encefalitis japonesa es transmet essencialment a l'estiu. En conseqüència, és en aquesta època quan es produeixen les grans epidèmies.

A les regions tropicals i subtropicals la transmissió pot donar-se durant tot l'any; a les zones d'arrossars la transmissió es dona en els períodes previs a la collita. 

En l'època de pluges augmenta la població de vectors, intensificant d'aquesta manera la transmissió. 

Distribució temporal Cada 2-15 anys es produeixen els principals brots d'encefalitis japonesa a les zones amb més prevalença. 

La incidència anual de la malaltia varia segons els països i les zones, però de mitjana és de 1:1000 habitants; en casos d'epidèmia la incidència arriba a augmentar fins a 1:25. En tot el món es detecten 68.000 casos d'encefalitis japonesa a l'any.

Segons un informe del Butlletí de l'OMS d'octubre de 2011, es produeixen 20.400 morts a l'any provocats per aquesta malaltia, ja que té una alta taxa de mortalitat (20-30%). 

Transmissió i període d'incubació miniatura|Culex pipiens, un tipus de culícid vector del VEJ Els principals vectors de la malaltia són culícids dels gèneres Culex i Aedes. Aquests queden infectats després d'alimentar-se de la sang d'algun dels reservoris del virus, com ara els porcs, determinades espècies de ratpenats i algunes aus. Els garrins infectats són un reservori molt important del virus, ja que quan perden la immunitat calostral desenvolupen una virèmia subclínica molt intensa  i poden infectar a un gran nombre de vectors. Els porcs adults també poden eliminar el virus pel semen, fet que implica una possible transmissió venèria; una característica que es va comprovar en inseminar dues truges joves amb semen d'un porc infectat, les quals després presentaren febre i infertilitat. A més, l'àmplia i estreta proximitat dels ànecs domèstics i els humans als països asiàtics suggereix el fet que aquests animals podrien ser hostes secundaris rellevants, amb un impacte possiblement similar al dels porcs en la disseminació dels diferents genotips del virus, segons indiquen estudis experimentals.

En el cas que el vector invertebrat infecti a èquids o humans, aquests no experimentaran una virèmia suficient i el virus no es transmetrà. Per això s'anomenen hostes accidentals o de carreró sense sortida. Si un culícid infectat pica a un bòvid, aquest esdevé infectat però no desenvolupa la malaltia i tampoc la virèmia.

El risc de transmissió d'aquesta malaltia augmenta a l'estiu, sobretot a les zones càlides d'Àsia, així com als arrossars, zones rurals i periurbanes que es troben en contacte amb els reservoris vertebrats i amb els vectors de la malaltia. Conèixer les espècies de mosquits d'un lloc en particular responsables de la transmissió del virus és molt important, ja que el comportament de cadascuna és diferent i les intervencions dirigides a disminuir el nombre de C. tritaeniorhynchus no sempre són aplicables en determinades àrees. Durant l'hivern el virus es pot mantenir en els vectors, sobretot en els ous de mosquit, gràcies a la seva capacitat de transmissió transestadial i transovàrica i sobrevivint en els ratpenats o altres hostes homeoterms.

El JEV es pot adquirir també per inoculació accidental parenteral o a través d'una transfusió de sang.

El període d'incubació, és a dir, el temps que passa des que s'ha produït la infecció fins que apareixen els símptomes, oscil·la entre 4 i 16 dies. A partir d'aquest temps podem entreveure els signes de la infecció.

En cavalls, aquest període es troba entre 8 i 10 dies. En porcs infectats de forma experimental, en canvi, a les 24 hores ja es pot apreciar un augment de la temperatura i de la virèmia.

Patogènia i lesions La majoria de les infeccions del virus de l'encefalitis japonesa són lleus i els individus només presenten febre i cefalea transitòries, o poden ser asimptomàtiques. Ara bé, aproximadament una de cada 250 infeccions pot arribar a convertir-se en una malaltia greu amb simptomatologia com ara febre elevada, cefalea, rigidesa nucal, desorientació, reflexos exaltats, paràlisi espàstica, pèrdua del nivell de consciència, coma i mort. Rares vegades, la infecció pel VEJ es manifesta de forma sobtada amb una trombosi del si venós cerebral. La taxa de letalitat pot arribar al 30% en les persones que presenten signes evidents d'encefalitis. Aquesta variabilitat en el curs de les infeccions pel VEJ implica que, a banda de la predilecció del virus per les cèl·lules cerebrals, altres factors influeixen en la gravetat del procés, com ara l'edat i les diferències en el funcionament de la immunitat cel·lular dels subjectes infectats. Estudis in vitro indiquen que el virus infecta preferentment cèl·lules glials i cèl·lules precursores neurals i no neurones. Experiments en organoids demostren que les cèl·lules més afectades són els astròcits i les cèl·lules glials corticals externes del cervell en desenvolupament. L'entrada del VEJ dins del teixit nerviós es produeix gràcies a la seva glicoproteïna E de superfície, la qual lliga els virions i les cèl·lules a infectar i fa possible el posterior alliberament del genoma viral en el citoplasma d'aquestes. El mecanisme patogènic fonamental del VEJ és la inducció d'una resposta inflamatòria incontrolada en el SNC, en la qual l'activació microglial i els monòcits tenen un paper important.

S'ha descrit la coinfecció per VEJ i el bacteri Burkholderia pseudomallei, germen causal de la melioïdosi (una malaltia infecciosa semblant al borm que afecta els animals i les persones, provocant pneumònies greus, abscessos cutanis i ocasionalment sèpsia), i es creu possible l'existència d'alguna interacció entre els dos microorganismes. La concurrència d'encefalitis japonesa i neurocisticercosi no és infreqüent, fet que s'atribueix a un efecte sinèrgic provocat pels els cisticercs que facilita l'entrada del virus al cervell.