Els missioners cristians van arribar amb Francesc Xavier i els jesuïtes en la dècada de 1540 i van florir breument, amb més de 100.000 conversos, entre ells molts dàimios de Kyushu. Tot d'una, en 1587, el cristianisme va ser reprimit com una amenaça a la unitat nacional i va deixar d'existir públicament. Molts catòlics van passar a la clandestinitat, convertint-se en “cristians ocults” (隠れキリシタン Kakure Kirishitan), mentre que altres van perdre la vida. Només després de la Restauració Meiji es va restablir el cristianisme al Japó.
Rerefons miniatura|esquerra|El martiri de Sant Sebastià, 1590-1600, pintura al tremp, Japó
Els vaixells portuguesos van arribar al Japó el 1543,Ruiz-de-Medina, Father Juan G., Documentos de Japon, Rome 1990, 1995 i les activitats missioneres catòliques al Japó va començar de debò al voltant de 1549, realitzat en la seva major part pels jesuïtes patrocinats pels portuguès fins que els franciscans i els dominics patrocinats pels castellans van tenir accés al Japó. Dels 95 jesuïtes que treballaven al Japó fins a 1600, 57 eren portuguesos, 20 eren espanyols i 18 italians.Ruiz-de-Medina, Father Juan G., Cultural Interactions in the Orient 30 years before Matteo Ricci. Catholic Uni. of Portugal, 1993. Francesc Xavier,Catholic Encyclopedia, 1909 on St. Francis Xavier Cosme de Torres i el pare John Fernandes van ser els primers que va arribar a Kagoshima amb l'esperança de portar el cristianisme i el catolicisme al Japó.
L'objectiu principal era salvar ànimes per a Déu.Robert Richmond Ellis. “The Best Thus Far Discovered”: The Japanese in the Letters of St. Francisco Xavier. Hispanic Review, Vol. 71 No. 2 (Spring 2003), p. 155-169 in jstor No obstant això, la religió era també una part integral de l'estat i l'evangelització es considerava que tenia tant beneficis seculars com espirituals, tant per a Portugal i per a Castella. Sempre que aquestes potències van tractar d'ampliar els seus territoris o influència, aviat els seguirien missioners. Pel Tractat de Tordesillas, les dues potències es dividiren el món entre ells en esferes d'influència exclusiva, el comerç i la colonització. Encara que en el moment de la demarcació, cap nació tenia cap contacte directe amb el Japó, aquest va caure en l'esfera dels portuguesos.
miniatura|La làpida (segona des de l'esquerra), a l'església de Sant Pau a Melaka, de Pedro Martins SJ, el segon bisbe de Funai, que havia mort al febrer de 1598Catholic Hierarchy of Japan
Els països es van disputar l'atribució del Japó. Atès que no podien colonitzar-lo, el dret exclusiu per a propagar el cristianisme al Japó significava el dret exclusiu per al comerç amb Japó. Els jesuïtes patrocinats pels portuguesos sota Alessandro Valignano van prendre l'avantatge al proselitisme al Japó sobre l'objecció dels castellans. El fet consumat va ser aprovat mitjançant butlla del papa Gregori XIII al 1575, la qual va decidir que el Japó pertanyia a la diòcesi portuguesa de Macau. El 1588, la diòcesi de Funai (el domini de Funai, centrat a Nagasaki) va ser fundada sota la protecció portuguesa.
En rivalitat amb els jesuïtes, els ordes mendicants patrocinats pels castellans, van introduir-se al Japó a través de Manila. Mentre criticaven les activitats dels jesuïtes, van pressionar activament el papa. Les seves campanyes van donar com a resultat el decret del 1600 del papa Climent VIII, pel qual es va permetre els frares castellans entrar al Japó a través de l'Índia portuguesa; i el decret de 1608 del papa Pau V, que va abolir les restriccions a la ruta. El portuguesos acusaren els jesuïtes castellans de treballar per al seu país d'origen en lloc del seu patró. La lluita pel poder entre els jesuïtes i els ordes mendicants va causar un cisma dins de la diòcesi de Funai. D'altra banda, els ordes mendicants van tractar en va d'establir una diòcesi a la regió de Tōhoku que havia de ser independent de la portuguesa.
Les rivalitats religioses entre catòlics i protestants van arribar al Japó amb l'arribada dels comerciants holandesos i anglesos en el . Encara que Anglaterra es va retirar de les operacions en deu anys sota Jaume I a causa de la manca de rendibilitat, els Països Baixos van continuar amb el comerç amb el Japó i es van convertir en l'únic país europeu que mantingué relacions comercials amb el Japó fins al . Com competidors comercials, els països protestants participaren en una campanya negativa contra el catolicisme, i posteriorment afectà les polítiques del shogunat vers els regnes d'Espanya i Portugal.
Francesc Xavier miniatura|Campana inscrita en japonès i portuguès, 1570, col·lecció Nantoyōsō, Japó Francesc Xavier va ser el primer jesuïta que anar al Japó com a missioner. A la Malaca portuguesa, al desembre de 1547, Xavier va conèixer a un japonès originari de Kagoshima anomenat Anjirō. Anjirō havia sentit de Xavier el 1545 i havia viatjat des de Kagoshima a Malaca amb el propòsit de trobar-se amb ell. Després d'haver estat acusat d'assassinat, Anjirō havia fugit del Japó. Va explicar a Xavier extensament sobre la seva vida anterior i els costums i la cultura de la seva estimada terra natal. Anjirō va ajudar a Xavier com a mediador i traductor per a la missió al Japó que ara semblava molt més possible. «Vaig preguntar [Anjirō] si els japonesos podrien esdevenir cristians si jo anava amb ell a aquest país, i em va contestar que no ho farien immediatament, però em primer em farien moltes preguntes i veurien el que jo sabia. Per sobre de tot, ho farien per veure si la meva vida es corresponia amb el meu ensenyament.»
Xavier va tornar a l'Índia al gener de 1548. Els següents 15 mesos van estar ocupats amb diversos trajectes i mesures administratives a l'Índia. Llavors, a causa del descontentament pel que ell considerava la vida i els costums anti-cristians per part dels portuguesos que impedien el treball missioner va abandonar l'Índia i va viatjar cap a l'Àsia Oriental. Va deixar Goa el 15 d'abril de 1549, es va aturar a Malaca, visitant Canton. Va ser acompanyat per Anjirō, dos homes japonesos més, el pare Cosme de Torres i el germà João Fernandes. Portava presents per al "Rei del Japó", ja que tenia la intenció de presentar-se a si mateix com el nunci apostòlic.
Xavier va arribar al Japó el 27 de juliol de 1549, amb Anjirō i tres jesuïtes més, però no va ser fins al 15 d'agost que va anar a terra a Kagoshima, el principal port de la Província de Satsuma, a l'illa de Kyūshū. Com a representant del rei portuguès, va ser rebut d'una manera amable i va esser hoste de la família de Anjirō fins a octubre de 1550. D'octubre a desembre de 1550, va residir a Yamaguchi. Poc abans de Nadal, va anar a Kyoto, però no va poder trobar-se amb l'emperador. Va tornar a Yamaguchi el març de 1551, on el daimyo de la província li va permetre predicar. No obstant això, a falta de fluïdesa en l'idioma japonès, va haver de limitar-se a llegir en veu alta una traducció al japonès d'un catecisme.
El poble japonès no es convertí fàcilment; moltes de les persones ja eren budistes o sintoistes. Francesc va intentar combatre la disposició d'alguns dels japonesos que un Déu que ho havia creat tot, inclòs el mal, no podia ser bo. El concepte d'infern era també una lluita; els japonesos estaven molestos per la idea dels seus avantpassats que viuen a l'infern. Tot i religió diferent de Francesc, sentia que eren bones persones, igual que els europeus, i podrien ser convertits.Ellis, Robert Richmond. “The Best Thus Far Discovered”: The Japanese in the Letters of St. Francisco Xavier. Hispanic Review, Vol. 71 No. 2 (Spring 2003), p. 155-169 University of Pennsylvania Press. 30 November 2008 jstorXavier, Francis. The Letters and Instructions of Francis Xavier. Translated by M. Joseph Costellos, S.J. St Louis: The Institute of Jesuit Sources, 1992
Xavier portar amb ell pintures de la Mare de Déu i la Verge amb el Nen. Aquestes pintures van ser utilitzats per ajudar a ensenyar als japonesos sobre el cristianisme. Hi havia una enorme barrera de l'idioma japonès com era diferent a altres idiomes missioners havien trobat prèviament. Durant molt de temps, Francesc va tenir problemes per aprendre l'idioma. Les il·lustracions va seguir exercint un paper en els ensenyaments de Francesc a Àsia.
Xavier va ser ben rebut pels monjos Shingon, ja que ell va usar la paraula Dainichi per al Déu dels cristians, intentant adaptar el concepte a les tradicions locals. A mesura que Xavier aprenia més sobre els matisos religiosos de la paraula, ho va canviar per Deusu. del llatí i portuguès Deus. Els monjos més tard es van adonar que Xavier predicava una religió rival i es van tornar més agressius amb els seus intents de conversió.
Quan Xavier va arribar al Japó, el país es va veure embolicat en una guerra civil a nivell nacional. Ni l'emperador ni el shogun Ashikaga podrien exercir el poder sobre la nació. En un primer moment, Xavier planejà per obtenir permís per a la construcció d'una missió de l'emperador, però estava decebut amb la devastació de la residència imperial. Els jesuïtes es van acostar al daimyo al sud-oest del Japó i va tenir èxit en la conversió d'alguns d'ells. Una de les raons per a la seva conversió pot haver estat el comerç portuguès en el qual els jesuïtes van actuar com a intermediaris. Els jesuïtes van reconèixer això i es va acostar als governants locals amb les ofertes de comerç i regals exòtics.
Els jesuïtes creien que era més eficaç per tractar d'influir en les persones al poder i per passar la religió cap avall fins als plebeus. Almenys, necessitaven per obtenir el permís dels governants locals per propagar el catolicisme dins dels seus dominis. De fet, com a senyors feudals convertits al catolicisme, el nombre de creients en els seus territoris també va augmentar dràsticament. Després que el decret que prohibia el cristianisme, havia comunitats que mantenien a la pràctica el catolicisme sense cap contacte amb l'Església fins que els missioners van poder tornar molt més tard.
Quan Xavier va desembarcar a Kagoshima, els principals caps de les dues branques de la família Shimazu, Sanehisa i Katsuhisa, estaven en guerra per la sobirania de les seves terres. Katsuhisa, va adoptar Takahisa Shimazu que en 1542 va ser acceptat com a cap del clan que prèviament va rebre els comerciants portuguesos a l'illa de Tanegashima, aprenent sobre l'ús d'armes de foc. Més tard, va conèixer a Xavier a si mateix al castell de Uchiujijo i va permetre la conversió dels seus vassalls.
Tenir un fons religiós, Takahisa va demostrar ser benèvol i ja va permetre la llibertat de culte, però no ajudar els missioners ni afavorí la seva església. En no trobar un camí cap al centre dels assumptes, la cort de l'emperador, Xavier aviat cansat i marxà cap a Yamaguchi començant així el període de Yamaguchi.Lopez-Gay, St Francis Xavier and the Shimazu Family, Bulletin of Portuguese/Japanese Studies, Uni. Nova de Lisboa, Portugal 2003 Xavier es va quedar a Yamaguchi durant dos mesos en el seu camí a una audiència abortiva amb l'emperador a Kyoto. Yamaguchi era una ciutat pròspera i refinada i els seus líders, la família Ouchi, eren conscients que el viatge al Japó Xavier havia començat després de la finalització de la seva missió a l'Índia.
Van considerar el catolicisme com algun tipus de nova secta del budisme i tenien curiositat de saber sobre la doctrina del capellà. Tolerants però sagaços, els seus ulls menys posats en el baptisme que en els carguers portuguesos de Macau, van concedir el permís per predicar al jesuïta. L'inflexible Xavier va sortir als carrers de la ciutat denunciant, entre altres coses, l'infanticidi, la idolatria i l'homosexualitat (l'última sent àmpliament acceptada en el moment). Els malentesos són inevitables.