El 12 d'abril de 2012 va tenir lloc un cop d'estat a Guinea-Bissau orquestrat per elements de les forces armades al voltant de dues setmanes abans de la segona ronda de les eleccions presidencials entre Carlos Gomes Júnior i Kumba Ialá. El cop va començar a la tarda amb personal i equip militar caminant pels carrers, seguits pels mèdia estatals seguint-los.
Els dos candidats en la segona volta i el president en exercici van ser detinguts inicialment per la Junta. Els membres del Consell Militar, que va dirigir el país fins que es va establir un Consell Nacional de Transició provisional el 15 d'abril, va dir que una de les raons pel cop va ser que l'actual administració civil havia demanat d'Angola per reformar l'exèrcit. Després de la condemna i les sancions internacionals contra els líders de la junta, es va signar un acord que va portar al candidat en tercera posició a les eleccions, Manuel Serifo Nhamadjo, a ser escollit com a president interí. Les eleccions presidencials va ser avortades i es va posposar durant almenys durant els dos propers anysr. Un govern interí s'encarregà de l'administració de Guinea-Bissau.
Antecedents Els mitjans i think tanks internacionals havien posat en relleu la inestabilitat del país i la qualificà com a narcoestat. El país ha patit freqüents implicacions dels militars en l'administració civil des de la independència. Com a tal, els esdeveniments que van conduir al cop d'Estat de 2012 inclouen la revolta militar a 2010 i el fallit cop d'Estat de 2011. A aquest últim el va seguir la lluita interna entre l'Armada i l'Exèrcit del país. la inestabilitat de Guinea-Bissau també s'agreuja com a punt de trànsit per als carregaments de droga des d'Amèrica Llatina cap a Europa and there are allegations that government ministers and military personnel are bribed to keep silent.
Després de la mort del President Malam Bacai Sanhá el 9 de gener de 2012, es convocaren noves eleccions en el termini de 90 dies d'acord amb la constitució. Malgrat una campanya pacífica, hi va haver temors externs de la possible violència o un cop d'Estat si l'exèrcit no estava d'acord amb el guanyador. En aquest sentit, el secretari general de l'ONU Ban Ki-moon va fer una crida a unes eleccions "pacífiques, ordenades i transparents". Just abans de l'atac, el candidat presidencial Kumba Ialá, que afirmava tenir vincles amb els membres del dru grup ètnic dels balantes, que són els ètnia més gran en l'exèrcit, ha advertit de "conseqüències" si hi havia una campanya per a la segona volta de les eleccions a causa de les seves acusacions de frau en la primera ronda que estaven sense resposta. El resultat de la primera ronda va ser rebutjada per cinc dels nou candidats. La campanya per la segona ronda havia de començar el 13 d'abril, fins seva interrupció a conseqüència del cop d'Estat.
Dies abans del cop, Angola va anunciar que les seves forces acabarien els dos anys de la Missió Militar Angolana a Guinea-Bissau (MISSANG) que fou seguit d'un esforç fallit similar de la Unió Europea com a part de l'Oficina Integrada de les Nacions Unides per la Consolidació de la Pau a Guinea-Bissau (UNIOGBIS). L'agència estatal de notícies d'Angola ANGOP, va dir que les tropes d'Angola van ser enviats a Guinea-Bissau al març de 2011 en conformitat amb un acord militar bilateral per reformar les forces armades. El 16 d'abril el ministre de defensa de Guinea-Bissau Jorge Tolentino Araújo havia d'anar a Angola per reunir-se amb el seu homòleg Cândido Pereira dos Santos Van-Dúnem i el cap d'estat major militar Geraldo Sachipengo Nunda. També s'esperava que visités l'Escola Superior de Guerra (ESG) i l'Institut Superior Tècnic Militar (ISTM). El mateix dia del cop, els dos països lusòfons d'Angola i Cap Verd va accedir a revisar els seus acords de cooperació en defensa. El candidat presidencial i antic primer ministre Carlos Gomes Júnior era força impopular en l'exèrcit pels seus intents de reformar la institució.
Fonament Segons la portuguesa SIC Notícias, un dia abans del cop un comandant militar no identificat va afirmar que Gomes Júnior instal·laria tropes angoleses al país. També va afirmar que els soldats posseïen un "document secret" que el govern de Guinea-Bissau permetria un atac d'Angola a l'exèrcit de Guinea-Bissau. Els líders de la junta van publicar un comunicat sense signatura afirmant que "no tenien ambicions de poder" i que el cop va ser una reacció al suposat acord amb Angola, perquè els 200 instructors militars volien "aniquilar les forces armades de Guinea-Bissau." El portaveu de la junta que es va fer càrrec després del cop, el tinent coronel Daha Bana na Walna, va dir més tard que Gomes Júnior i Pereira van ser expulsats a causa del "malestar" en les forces armades durant les eleccions, un sentiment compartit pels diplomàtics. Gomes Junior també va ser vist com el "candidat d'Angola" a les eleccions, segons el director de Chatham House per l'Àfrica Alex Vines. També va dir que els mesos previs al cop hi havia comentaris dels mitjans hostils cap a Angola.
Cop d'estat miniatura|esquerra|La casa del candidat presidencial Carlos Gomes Júnior fou atacada durant el cop i més tard fou arrestat. El 12 d'abril es van escoltar trets entre les 19:00 i les 21:00, mentre les tropes rebels intentaven enderrocar el govern per prendre el control del centre de la capital Bissau. Els informes inicials de diplomàtics al país van dir que el candidat presidencial Carlos Gomes Júnior i el president interí Raimundo Pereira havien desaparegut. Els amotinats van prendre el control de les oficines del Partit Africà per la Independència de Guinea i Cap Verd i les estacions de ràdio. També s'enfrontaren als policies lleials al govern, obligant-los a retirar-se després de disparar-los amb RPGs. Els soldats van bloquejar les carreteres dins i fora de la capital i van ocupar la ràdio i televisió nacionals a les 20:00.
Els autors del cop d'estat es dirigiren a la residència de Gomes Júnior, que fou atacada amb granades i envoltada per les tropes, els trets es va escoltar als voltants. També es va impedir als periodistes acostar-se a l'escena. Camilo Lima da Costa, fill del cap de la Comissió Nacional Electoral Desejado Lima da Costa, va dir a RDP África, una de les estacions de ràdio que encara emetien, que els soldats havien saquejat la casa del seu pare, però que els seus pares estaven fora de perill. Els soldats van saquejar i van saquejar altres cases. Els soldats també van tancar les ambaixades per evitar que els membres del govern fugissin i s'amaguessin amb diplomàtics estrangers. Nombrosos polítics anònims foren arrestats durant la nit per l'exèrcit.
Peter Thompson, cap de la Missió d'Observació Electoral del Regne Unit al país per les eleccions, va descriure la situació en la nit del cop com "una gran presència dels militars als carrers. Sembla bastant coordinada l'última nit en termes de com les carreteres s'apaguen ... Avui els carrers són molt tranquils, la ciutat és molt més tranquil·la del que normalment seria. La gent es queda a casa. Jo sé que l'exèrcit ha pres el control de la televisió i els mitjans estatals, i que no han publicat res oficial." Es va especular a RFM Ràdio de Senegal pel reporter Noé Mankali que Gomes Júnior havia estat assassinat per l'exèrcit durant la nit pels soldats del mateix grup ètnic balanta que Ialá Embaló.
miniatura|El president interí Raimundo Pereira fou arrestat durant el cop.
Un nombre no identificat de ministres del govern, així com el director general de la Policia Judicial João Biague, eren amagats. El Ministre d'Interior Fernando Gomes, que podia haver estat sota custòdia dels soldats amotinats, va dir que "temia per la seva vida." El 14 d'abril el periodista de Lusa Antonio Aly Silva va dir que havia estat detingut un curt temps, però que va ser alliberat més tard al mateix temps que la cantant Dulce Neves i molts dels guardaespatlles de Gomes Junior. Senegal tancà les seves fronteres terrestres amb Guinea-Bissau el 13 d'abril.
La gent va començar a sortir de les seves cases a l'alba i semblava que hi havia poca o cap presència de soldats als carrers i no hi havia missatges dels líders del govern o del cop a la ràdio o a la televisió. Hi havia un silenci "inusual" a Bissau, encara que les fotografies van mostrar un gran forat a la residència de Gomes Júnior com a resultat de l'atac. Els soldats van ser vistos fent guàrdia fora de les estacions de ràdio i televisió, incloses l'oficina de la televisió estatal, i les oficines presidencials a Bissau. L'endemà es va imposar un toc de queda amb l'ordre als membres del govern civil de lliurar-se a l'exèrcit. Les emissores de ràdio privades també van ser tancades. El 14 d'abril algunes empreses van començar a obrir de nou però aviat van tancar de conformitat amb el toc de queda.
Conseqüències i Govern d'Unitat Nacional Els líders del cop van formar el "Comandament Militar", sota la direcció del Cap Adjunt de l'Estat Major de les Forces Armades general Mamadu Ture Kuruma. L'endemà posen les condicions per a un govern d'unitat nacional després d'haver anunciat l'expulsió de Gomes Júnior. Els seus objectius eren: l'eliminació dels obstacles a la reforma del sector de la seguretat; lluitar contra el tràfic i el consum de drogues; la superació d'una cultura de la immunitat; i la continuació de la millora del procés democràtic.
El president interí Raimundo Pereira i el Cap d'Estat Major de la Forces Armades, general Antonio Indjai estaven "sota el control de l'exèrcit," però hi circulaven rumors Indjai podia estar amagat i que els soldats anaven a totes les ambaixades a la seva recerca. El portaveu d'Indjai, Daba Naualna va dir que Pereira i Gomes Júnior eren "vius i sans" i va afegir que "ell [cap d'estat major] pensa, pel bé del país, que el poder no pot caure als carrers i vam decidir [els militars] jugar el seu paper en la recerca de solucions amb la classe política per resoldre aquesta crisi." El Comandament Militar va anunciar més tard que també tenien Ialá Embaló. Els funcionaris detinguts foren alliberats posteriorment. L'ONU va informar més tard que el cap de la Cort Suprema i de la Comissió Electoral també eren en la clandestinitat amb tres ministres no identificats.
Els alts oficials de l'exèrcit també es van reunir amb els líders dels partits polítics i van demanar-los formar un govern de transició, però van afegir que l'exèrcit controlaria els ministeris de defensa i de l'interior. A la reunió també hi van assistir Indjai, que va ser detingut més tard; el general Mamadu Ture Kuruma; els caps de l'exèrcit, la força aèria i la marina; i el portaveu de l'exèrcit tinent coronel Daha Bana na Walna i quatre coronels; però no hi havia ningú del PAIGC. En les consultes amb 23 partits parlamentaris i extraparlamentaris es van discutir temes com: un govern de transició entre ells, un president interí i cap de l'Assemblea Nacional, així com un primer ministre nomenat pel PAIGC, un govern d'unitat nacional incloent tots els partits; i la dissolució de l'Assemblea Nacional amb un govern dirigit pel Consell Nacional de Transició (CNT) sota lideratge provisional.
Els cinc principals candidats de l'oposició (Mohamed Ialá Embaló, Manuel Serifo Nhamadjo, Henrique Pereira Rosa, Baciro Djá, i Vicente Fernandes) van anunciar en una conferència de premsa conjunta que el boicot a la segona volta de l'elecció s'havia fet en el nom de la "justícia." Agnela Regalla d'Unió pel Canvi, que també havia assistit a la reunió, va dir que "els caps militars van suggerir la idea de noves eleccions presidencials i legislatives." El portaveu de la coalició de partits de l'oposició, Fernando Vaz, va dir que la discussió va continuar un tercer dia i que l'agrupació havia convidat a participar en el PAIGC. Després de la reunió la coalició va acordar un conjunt de propostes per elevar al Comandament Militar per a un govern d'unitat de transició.