miniatura|Artesania pre-dinàstica: Una figura mortuària, una gerra de Naqada, una figura d'ivori, un vas diorita, un ganivet flint i una paleta cosmètica.
La prehistòria a Egipte es refereix al període que va des dels primers assentaments humans fins al començament del Període tinita al voltant del 3100 aC i que s'inicia amb el primer faraó, Narmer o Aha, segons els egiptòleg. Aquesta època pre-dinàstica equival al final del Neolític que correspon al període Naqada III de principi del 6000 aC.
Les dates del període predinàstic foren definits abans que es realitzessin excavacions arqueològiques i les troballes recents entren en controvèrsia sobre el final exacte del període pre-dinàstic. A vegades s'utilitza el terme de període protodinàstic per a parlar de l'època que és considerada com a pre-dinàstica per alguns historiadors o com a època de les primeres dinasties per altres.
El període pre-dinàstic es sol dividir en eres culturals anomenades segons el tipus d'assentament egipci que fou descobert per primera vegada. De totes maneres, el desenvolupament gradual que caracteritza el període protodinàstic ja està present en el període pre-dinàstic i les cultures particulars no es poden interpretar com entitats separades si no com a divisions subjectives que faciliten l'estudi del període. miniatura|Eina amb bifaç d'estil abbevilià
La gran majoria de les troballes arqueològiques de l'època pre-dinàstica s'han fet a l'Alt Egipte, ja que els assentaments del Delta del Nil foren posteriors.
Paleolític tardà El paleolític tardà a Egipte va començar al voltant del 30000 aC. E 2980 es va trobar l'esquelet de Nazlet Khater que al 1982 es va establir que tenia entre 35.1000 i 30.360 anys. Aquest és l'únic esquelet humà complert de finals de l'edat de pedra a Àfrica. miniatura|Punta ateriana
Excavacions al riu Nil han exposat eines de pedra primerenques. La més antiga d'aquestes indústries lítiques fou localitzada en una terrassa fluvial de 30 metres. Aquestes peces eren clactonianes, abbevil·lianes i acheulianes. Als 15 metres de profunditat s'hi han trobat de cultura acheuliana. Als 10 metres de profunditat s'hi han trobat restes de la cultura mosteriana primerenca amb transició al levalloiseà. Entre 4.5 i 3 metres de profunditat s'hi han trobat restes del levalloiseà que també s'han considerat una versió egípcia del mosterià. Finalment, s'han trobat eines de tecnologia sebiliana i d'una versió egípcia de tecnologia ateriana.
Waddi Halfa Al sud de la ciutat fronterera del Sudan, Wadi Halfa, l'arqueòleg Waldemar Chmielewski hi va descobrir uns dels edificis més antics d'Egipte. Aquests eren estructures mòbils que proveïen d'habitació a caçadors-recol·lectors semi-nòmades.
Indústria Ateriana
A Egipte s'hi han trobat eines de la indústria ateriana datades del 40.000 aC.
Indústria Khormusana Entre el 42.000 aC i el 32.000 aC va començar a Egipte la indústria khormusana. Els khormusans van desenvolupar eines no només de pedra, si no també d'ossos d'animals i d'hematita. També van desenvolupar petites puntes de sageta semblants a les fetes pels amerindis però no se n'han trobat arcs. Al voltant del 16.000 aC es va acabar la indústria khormusana i es van desenvolupar altres cultures com la gemaiana.
Mesolític Cultura Halfana Entre el 18.000 aC i el 15.000 aC va florir a la Vall del Nil i a Núria Cadenes i Alabèrnia la Cultura halfana que s'anomena així degut a un dels jaciments arqueològics en que s'hi ha trobat restes de la mateixa datats d'abans del 24.000 aC. Durant aquesta època els egipcis s'alimentaven de caça i pesca. L'existència de grans concentracions d'artefactes indiquen que no tenien assentaments estacionals si no que vivien en un lloc durant un període llarg. Es considera que estan emparentats amb la cultura Iber-Mauritana que existí entre el Sàhara i la península Ibèrica. La cultura halfana derivà de la khormusana que s'havia especialitzat en la caça, la pesca i la recol·lecció. D'aquesta indústria es conserven sobretot eines de pedra, escates i moltes pintures rupestres.
Cultura Qadan
miniatura|Situació de la cultura Qadan al llarg del riu, aproximadament fa 15.000 anys La cultura qadana (13.000 aC - 9000 aC) fou una indústria del Mesolític que, segons les evidències arqueològiques, es va originar a l'Alt Egipte aproximadament fa 15.0000 anys. Es considera que aquesta cultura va durar aproximadament 4000 anys. Es caracteritzen per a sobreviure gràcies a la caça, tot i que també consumien plantes i gramínies silvestres. Tot i que no van arribar a tenir agricultura, van fer esforços en regar i recollir plantes locals.
A l'alta Núbia s'hi han trobat una vintena de jaciments arqueològics que donen evidència de que la cultura qadana molien grans. També recol·lectaven grans silvestres al llarg del Nil durant el començament de la fase Sahaba Daru quan la desertització del Sàhara va fer que residents de la zona de Líbia emigressin cap a la vall del Nil. Entre els jaciments arqueològics qadans, el cementiri Djebel Sahaba ha estat datada com a pertanyent al Mesolític.
Els pobles qadans van crear moles de molí i falçs que els ajudaven a recol·lectar i a processar les plantes abans del seu consum. Tot i això, no hi ha evidències que s'utilitzaven aquestes eines al voltant del 10.000 aC, quan pobles caçadors-recol·lectors els havien reemplaçat.
Cultura Sebiliana Entre el 13.000 i el 10.000 aC es va desenvolupar a Egipte la Cultura Sebiliana. S'han trobat nou jaciments arqueològics d'aquesta cultura a la zona de Wadi Halfa i la seva zona s'inclou entre aquesta localitat i Qena, a prop del riu Nil. miniatura|Animació de com es fa una eina amb la tècnica levallois
Anàlisis de pol·len trobat en jaciments arqueològics indiquen que la cultura sebiliana (també coneguda com a cultura d'Esna) recol·lectaven blat i ordi. No s'hi han trobat plantes domesticades. Tot i això hi ha hipòtesis de que l'estil de vida sedentari que era normal entre els agricultors tendia a incrementar la guerra que va causar que aquest període s'acabés i que era perjudicial pel desenvolupament de l'agricultura.
La cultura sebiliana es localitza a les terrasses fluvials entre 10 i 15 metres de profunditat. Es diferencia entre la cultura sebiliana I, la cultura sebiliana II i la cultura sebiliana III. A la primera hi ha indústries basades en l'ús de la diorita amb la tècnica Levallois en el que s'hi troben alguns microburins. A les dues últimes èpoques d'aquesta cultura es produeixen eines fetes amb tecnologia microblada en la que s'utilitzava el silex i ja s'hi trobaven molts més microburins.
Era una cultura semi-sedentària que vivia a prop del riu Nil que menjava habitualment peixos i també s'alimentava de cocodrils i tortugues.
Cultura Harifiana Es considera que els harifians van migrar des d'el Faium i els deserts de l'est d'Egipte durant el final del Mesolític per a esdevenir una cultura pre-ceràmica del Neolític B (PPNB) que feien eines semblants a les dels harifians. Aquests pobles es van assimilar amb pobles pastors nòmades circum-àrabs que havien inventat el pastoralisme nòmada i podrien haver estat la cultura original que van estendre les llengües proto-semítiques a través de Mesopotàmia.
Neolític miniatura|Expansió de les Llengües afroasiàtiques. La segona part mostra la formació de les Llengües semítiques
Baix Egipte Cultura Faiyum A Com que el Sàhara es continuava desertitzant, els ancestres dels egipcis es van anar assentant al llarg del riu Nil de manera cada cop més permanent i van anar adaptant estils de vida sedentaris.
Sobre el període entre el 9000 a.C i el 6000 aC s'hi han trobat poques evidències arqueològiques. Al voltant de l'any 6000 aC van anar apareixent assentaments neolítics a tot el país. Estudis basats en estudis de morfologia, genètica i arqueologia han atribuït aquests assentaments a migrants del Creixent Fèrtil al proper orient que van retornar durant el Neolític i que van portar a la regió l'agricultura. Tot i això, aquesta també es va desenvolupar al mateix temps de manera independent a altres zones d'Àfrica: l'altiplà etíop, el Sahel i Àfrica occidental.
Estudis morfològics del seu crani ha relacionat aquestes poblacions agrícoles primerenques del Fayum, Merimbe i El-Badari amb pobles del proper orient. Tot i això, dades arqueològiques també suggereixen que la domesticació fou incorporada des del proper orient i es va desenvolupar lentament cap a un estil de vida sedentari contràriament al que s'esperaria dels colons del proper orient. Finalment, els noms dels domesticats importats des del proper orient a Egipte no eren paraules sumèries ni protosemítiques, cosa que fa disminuir encara més la possibilitat d'una immigració massiva que provingués del proper orient durant l'època de transició a l'agricultura.
Des dels primers moments del període de Faiyum A ja hi ha evidències de Teixidura. A diferència dels posteriors egipcis, els d'aquest període enterraven el seus difunts molt a prop, i fins i tot a dins, dels seus assentaments.
Tot i que les recerques arqueològiques han rebel·lat poc d'aquesta època, un examen de moltes paraules de l'egipci per a "ciutat" proveeixen una llista hipotètica de raons del perquè els egipcis es van assentar. A l'Alt Egipte, la terminologia indica el comerç, la protecció dels ramats, el refugi contra contra les riuades i els llocs sagrats com a algunes raons.
Cultura de Merimde miniatura|Gra de la Cultura de Merimde La Cultura de Merimde fou una cultura neolítica que es va desenvolupar a l'oest del Delta del Nil al Baix Egipte entre la Cultura de Faiyum A i la Cultura badariana entre el 4800 aC i el 4300 aC i que rep el nom del jaciment arqueològic homòleg. Aquesta cultura tenia fortes connexions amb la cultura de Faiyum A que estava situada més a l'est. Els seus habitants vivien en petites barraques, produïen ceràmica simple no decorada i eines de pedra. Tenien ramats d'ovelles, porcs i cabres. Tenien plantacions de blat, sorgo i ordi. El poble de Merimde enterrava els seus difunts dins dels seus pobles i produïen petites figures d'argila. La primera figura d'argila que representava un cap d'un animal pertany a la cultura de Merimde.
Cultura d'El Omari La Cultura d'El Omari rep el nom d'un jaciment arqueològic situat a prop de l'actual ciutat del Caire. La seva població vivia en cabanes però només n'han quedat postes i boxes. La seva ceràmica no estava decorada. Tenien eines de pedra com petits flocs, destrals i falçs. Encara no coneixien el metall. Els seus assentaments foren ocupats des del 4000 aC fins al període arcaic.
Cultura Maadi La Cultura de Maadi (o la Cultura de Buto Maadi) és la cultura del baix Egipte més destacada contemporània amb les de Naqada I i Naqada II, que es donen a l'Alt Egipte. Aquesta rep el nom per les ruïnes de Maadi, a prop del Caire, tot i que també va ocupar molts altres llocs del Delta del Nil i de la regió de Faiyum. Aquesta cultura està marcada pel desenvolupament de l'arquitectura i la tecnologia. Igual que les cultures que la van precedir, la seva ceràmica tampoc està decorada.
Coneixien el coure, material del que se n'han trobat diverses aixes. La terrissa és simple i sense decorar i mostra, en algunes de les seves formes, forts lligams amb les cultures més meridionals. La gent vivia en petites cabanes parcialment excavades en el sòl. Els difunts estaven enterrats en cementiris però amb pocs béns. La cultura de Maadi fou reemplaçada per la cultura de Naqada III, tot i que encara no és clar que sigui per conquesta o infiltració.
Alt Egipte Cultura Tasiana
miniatura|Figura mortuària femenina del badarià conservada al museu del Louvre