miniatura|Crist expulsa els mercaders del Temple, d'El Greco, 1600. La separació del cristianisme primitiu del judaisme es dugué a terme durant els primers segles després de Crist. S'atribueix de manera comuna a una sèrie d'esdeveniments, incloent-hi el rebuig i la crucifixió de Jesús (c.33), el Concili de Jerusalem (c.50), la destrucció del Segon Temple i la institució de l'impost jueu l'any 70 dC, allò postulat pel Concili de Jàmnia (c.90) i la revolta de Bar Kokhebà (132-135). Si bé es creu que l'apòstol Pau establí una església principalment gentil durant la seva vida, calgueren segles perquè es manifestés una ruptura total amb el judaisme; a més a més, la relació entre Pau i el judaisme encara fou molt estreta.
La visió tradicional ha estat que el judaisme existí abans del cristianisme, i que el cristianisme se separà del judaisme en algun temps després de la destrucció del Segon Temple. Recentment, alguns investigadors han argumentat que hi havia moltes sectes jueves que competien entre elles a Terra Santa durant el període del Segon Temple; i que els qui es convertiren al judaisme rabínic i al cristianisme proto-ortodox no eren més que unes altres dues. Alguns d'aquests estudiosos han proposat un model que preveu un naixement simultani entre el judaisme rabínic i el cristianisme proto-ortodox, en comptes d'una separació del segon des del primer. Per exemple, Robert Goldenberg afirma que és cada vegada més acceptat entre els estudiosos que «al final del segle primer dC encara no hi havia dues religions separades anomenades judaisme i cristianisme».Robert Goldenberg. Reseña de Dying for God: Martyrdom and the Making of Christianity and Judaism por Daniel Boyarin en The Jewish Quarterly Review, New Series, Vol. 92, No. 3/4 (ene.–abr., 2002), p. 586–588.
Daniel Boyarin proposa una comprensió revisada de les interaccions entre el cristianisme naixent i el judaisme a l'antiguitat tardana; la visualització de les dues «noves» religions tan intensa i de manera complexa entrellaçades al llarg d'aquest període. Boyarin escriu: «almenys durant els primers tres segles de la seva vida comuna, el judaisme en totes les seves formes i el cristianisme en totes les seves formes eren part d'una família religiosa complexa, bessons a l'úter, en pugna entre si per la identitat i la precedència, però que compartien amb la resta el mateix aliment espiritual».
Philip S. Alexander descriu a la pregunta de «quan el cristianisme i el judaisme van separar-se i van anar per camins separats?» com «una d'aquelles preguntes enganyosament simples que han de ser abordades amb molta cura».Jews and Christians: The Parting of the Ways en Durham-Tubingen Research Symposium on Earliest Christianity and Judaism (2da: 1989: University of Durham), James D. G. Dunn
Robert M. Price afirma que el «clàssic» i de tipus «ortodox» cristianisme no es veu gaire com el judaisme rabínic de Yavne:
Hom ha argumentat que pocs jueus s'uniren al moviment cristià al segle I i que aquest probablement mai no tingué més de 1.000 membres jueus en qualsevol moment durant el primer segle. D'altra banda, hi ha qui sostenen que la mida i la importància del moviment cristià en general durant el primer segle poden ser exagerats; el sociòleg R. Stark, suposant una població cristiana de 1.000 persones l'any 40 i una taxa de creixement de 40% per dècada fins a l'any 300, arribà a la conclusió que al final del primer segle la població cristiana total fou de només 7.530 persones, tot i que d'altres estudiosos no estan d'acord amb aquesta anàlisi.
Compatibilitat del cristianisme amb el judaisme del Segon Temple El messianisme jueu El judaisme és conegut per permetre múltiples messies, els dos més importants són el Messies ben Iósef i el tradicional Messies ben David. Alguns estudiosos han argumentat en diversos graus que el cristianisme i el judaisme no se separaren tan de sobte o tan dramàticament com de vegades hom pensa, i que la idea de dos messies, l'un de sofrint i l'altre complidor de la funció tradicional messiànica, era normatiu per al judaisme antic, de fet anterior a Jesús. A més a més, Jesús hauria estat vist complint aquesta funció.
Alan Segal ha escrit que «es pot parlar d'un 'naixement simultani' de dos nous judaismes, ambdós marcadament diferents dels sistemes religiosos que els van precedir. No només eren bessons religiosos el judaisme rabínic i el cristianisme; sinó que, com Jacob i Esaú, els fills bessons d'Isaac i Rebeca, van lluitar a l'úter, preparant l'escenari per a la vida després de la matriu».Alan F. Segal, Rebecca's Children: Judaism and Christianity in the Roman World, Cambridge: Harvard University Press, 1986.
Per a Martin Buber, el judaisme i el cristianisme eren variacions sobre el mateix tema del messianisme. Buber feu aquest tema a partir d'una famosa definició de la tensió entre el judaisme i el cristianisme:
El messianisme jueu té la seva arrel en la literatura apocalíptica del segle segon aC fins al segle primer aC, amb la promesa d'un futur líder «ungit» o messies per ressuscitar el poble d'Israel, en comptes dels governants estrangers de l'època. Això es correspondria amb la rebel·lió dels macabeus dirigida contra els selèucides. Després de la caiguda dels asmoneus, fou dirigit en contra de l'administració romana de la província de Judea, que, segons Flavi Josep, començà amb la formació dels zelotes durant el cens de Quirí (6 dC), tot i que la rebel·lió oberta a gran escala no es produí fins a la Primera Guerra Judeoromana l'any 66 dC. L'historiador H.H. Ben-Sasson ha proposat que la «crisi sota Calígula» (37-41) fou la «primera ruptura oberta entre Roma i els jueus», malgrat que els problemes ja eren evidents durant el cens de Quirí (6 dC) i sota Sexà (abans del 31).H.H. Ben-Sasson, A History of the Jewish People, Harvard University Press, 1976, , The Crisis Under Gaius Caligula, p. 254–256: «The reign of Gaius Caligula (37–41) witnessed the first open break between the Jews and the Julio-Claudian empire. Until then—if one accepts Sejanus' heyday and the trouble caused by the census after Archelaus's banishment—there was usually an atmosphere of understanding between the Jews and the empire … These relations deteriorated seriously during Caligula's reign, and, though after his death the peace was outwardly re-established, considerable bitterness remained on both sides. … Caligula ordered that a golden statue of himself be set up in the Temple in Jerusalem. … Only Caligula's death, at the hands of Roman conspirators (41), prevented the outbreak of a Jewish-Roman war that might well have spread to the entire East».Traducció al català: «El regnat de Gai Calígula (37-41) fou testimoni de la primera ruptura oberta entre els jueus i l'imperi [de la dinastia] Júlio-Clàudia. Fins aleshores —si hom accepta l'apogeu de Sexà i els problemes causats pel cens després del desterrament d'Arquelau— generalment hi havia un clima d'enteniment entre els jueus i l'imperi. (...) Aquestes relacions es van deteriorar seriosament durant el regnat de Calígula, i, tot i que després de la seva mort es va restablir la imatge exterior de pau, una considerable amargor es va mantenir a tots dos bàndols. (...) Calígula va ordenar que es construís una estàtua d'or de si mateix al Temple de Jerusalem. (...) Només la mort de Calígula, a mans de conspiradors romans (41), va impedir l'esclat d'una guerra judeoromana, que bé es podria haver estès a tot Orient».
El judaisme en aquell moment es dividí en faccions antagòniques. Les principals eren els fariseus, saduceus i els zelotes, però també s'hi inclouen moltes altres sectes menys influents (com els essenis). Això donà lloc a nous aldarulls, i el segle primer aC i el segle primer dC va ser un temps de molts líders religiosos carismàtics, contribuint al que seria la Mixnà del judaisme rabínic, com Yohanan ben Zakai i Hanina ben Dosa. El ministeri de Jesús, segons el relat dels Evangelis, cau en aquest patró de predicadors sectaris amb deixebles devots.
Comprensió cristiana de Jesús com a messies Paula Fredriksen, a De Jesús a Crist, suggereix que l'impacte de Jesús als seus seguidors fou tan gran que no podien acceptar el fracàs implícit de la seva mort. Segons el Nou Testament, els seguidors de Jesús informaren que trobaren Jesús després de la seva crucifixió; argumentaren que havia estat ressuscitat (la creença de la resurrecció dels morts a l'era messiànica era el nucli de la doctrina farisea), i que aviat tornaria (Parusia) per marcar l'inici del Regne de Déu i complir amb la resta de la profecia messiànica com la resurrecció dels morts i el Judici Final. D'altres adaptaren el gnosticisme com una forma de mantenir la vitalitat i la validesa de les ensenyances de Jesús. Els primers cristians ja creien que Jesús havia substituït el Temple com l'expressió d'un nou pacte, per la qual cosa eren relativament indiferents a la destrucció del Temple, malgrat que arribà a ser vista com un símbol de la doctrina de supersessionisme.
Segons molts historiadors, la major part de les ensenyances de Jesús eren intel·ligibles i acceptables en termes de judaisme del Segon Temple; el que configurà els cristians com a diferent dels jueus era la seva fe en Crist com el Messies ressuscitat.Shaye J.D. Cohen (1987). From the Maccabees to the Mishnah. Library of Early Christianity. Wayne Meeks (editor). The Westminster Press. p. 167–168. La creença en un Messies ressuscitat és inacceptable per als jueus avui i per al judaisme rabínic, i les autoritats jueves han emprat durant molt de temps aquest fet per explicar la ruptura entre el judaisme i el cristianisme.
Un treball recent d'historiadors pinta un retrat més complex dels darrers temps del judaisme del Segon Temple i el cristianisme primitiu. Alguns historiadors han suggerit que, abans de la seva mort, Jesús creà entre els seus creients tal certesa que el Regne de Déu i la resurrecció dels morts estaven a l'abast de la mà, que, amb poques excepcions (Joan 20:24-29) quan el veieren poc després de la seva execució, no tenien cap dubte que ell havia ressuscitat, i que la restauració del Regne i la resurrecció dels morts era a prop. Aquestes creences específiques eren compatibles amb el judaisme del Segon Temple.Paula Fredricksen. From Jesus to Christ. Yale university Press. p. 133–134. Els anys posteriors a la restauració del Regne, que els jueus esperaven, no tingueren pas lloc. Alguns cristians creuen en canvi que Crist, en comptes de ser el Messies jueu, era Déu fet carn, qui morí pels pecats de la humanitat, i que la fe en Jesucrist oferí la vida eterna (cristologia).Paula Fredricksen. From Jesus to Christ. Yale university Press. p. 136-142.
Rebuig jueu de Jesús com a messies Els primers cristians (els deixebles de Jesús) eren essencialment tots ètnicament jueus o jueus prosèlits. Dit altrament, Jesús era jueu, predicà al poble jueu i en cridà els primers deixebles. Tanmateix, la Gran Comissió, emesa després de la Resurrecció es dirigeix específicament a «totes les nacions». Els judeocristians, com fidels jueus religiosos, consideraren el cristianisme com una afirmació de tots els aspectes del judaisme contemporani, amb l'addició d'una creença extra que Jesús era el Messies.McGrath, Alister E., Christianity: An Introduction. Blackwell Publishing (2006). . p. 174: «In effect, they Jewish Christians seemed to regard Christianity as an affirmation of every aspect of contemporary Judaism, with the addition of one extra belief—that Jesus was the Messiah. Unless males were circumcised, they could not be saved (Acts 15:1)».Traducció al català: «En efecte, els judeocristians semblaven considerar el cristianisme com una afirmació de tots els aspectes del judaisme contemporani, amb l'addició d'una sola creença que Jesús era el Messies. Si els homes no eren circumcidats, no podien ser salvats (Fets 15:1)».