La història de la farmàcia com a ciència moderna i independent es remunta al primer terç del . Abans d'això, la farmàcia va evolucionar des de l'antiguitat com a part de la medicina . Abans de l'arribada dels farmacèutics, existien apotecaris que treballaven al costat dels sacerdots i metges pel que fa a l'atenció al pacient. miniatura|Farmàcia a Roma, Itàlia
Farmàcia prehistòrica Estudis paleofarmacològics demostren l'ús de plantes medicinals a la prehistòria. Per exemple, es van descobrir herbes a la cova de Shanidar i restes de la nou d'areca (Areca catechu) a la cova de l'Esperit . L'home prehistòric va aprendre tècniques farmacèutiques per instint, observant ocells i bèsties, i utilitzant aigua fresca, fulles, terra o fang com a agent calmant.
Era antiga Mesopotàmia i Egipte Les tauletes cuneïformes sumèries registren receptes de medicaments. El coneixement farmacològic de l'antic Egipte es va registrar en diversos papirs, com ara el papir d'Ebers del 1550 aC i el papir d'Edwin Smith del .
Els inicis dels textos farmacèutics van ser escrits en tauletes d'argila pels mesopotàmics. Alguns textos incloïen fórmules, instruccions mitjançant la polvorització, la infusió, l'ebullició, el filtratge i l'escampament; també s'esmentaven herbes. Babilònia, un estat dins de Mesopotàmia, va proporcionar la primera pràctica coneguda de dirigir una apotecaria, és a dir, una farmàcia. Al costat de la persona malalta hi havia un sacerdot, un metge i un farmacèutic per atendre les seves necessitats.
Grècia miniatura|Dioscòrides, De Materia Medica, Imperi Romà d'Orient, A l'antiga Grècia, existia una separació entre metge i herbolari. Les funcions de l'herbolari eren subministrar als metges matèries primeres, incloses plantes, per fabricar medicaments. Segons Edward Kremers i Glenn Sonnedecker, "abans, durant i després de l'època d'Hipòcrates hi havia un grup d'experts en plantes medicinals. Probablement el representant més important d'aquests rizotòmics va ser Diocles de Carist (segle IV aC). Se'l considera la font de tots els tractats farmacoterapèutics grecs entre l'època de Teofrast i Dioscòrides".Edward Kremers, Glenn Sonnedecker (1986). "Kremers and Urdang's History of pharmacy". Amer. Inst. History of Pharmacy. p.17.
Entre els anys 60 i 78 dC, El metge grec Pedanius Dioscòrides va escriure un llibre en cinc volums, De materia medica, que abastava més de 600 plantes i va encunyar el terme materia medica . Va formar la base de molts textos medievals i va ser desenvolupat per molts científics de l'Orient Mitjà durant l'Edat d'Or Islàmica .
Àsia El manual xinès més antic conegut sobre matèria mèdica és el Shennong Ben Cao Jing ( El clàssic de les herbes i les arrels del pagès diví ), que data del segle I dC. Va ser compilat durant la dinastia Han i s'atribuïa al mític Shennong . La literatura anterior incloïa llistes de prescripcions per a malalties específiques, exemplificades per un manuscrit "Receptes per a 52 malalties", trobat al Mawangdui, segellat l'any 168 aC. La farmàcia xinesa actual és el resultat dels intercanvis farmacèutics entre la Xina i la resta del món en els segles passats.
La primera recopilació coneguda de substàncies medicinals en la medicina tradicional índia data del segle III o IV dC (atribuïda a Sushruta, que està registrat com a metge del segle VI aC).
Hi ha un rètol de pedra per a una farmàcia amb un trípode, un morter i una maça de morter davant d'un d'un metge a la Via Arcàdia a Efes, Turquia.
Japó Al Japó, al final del període Asuka (538–710) i al principi del període Nara (710–794), els homes que complien funcions similars a les dels farmacèutics moderns eren molt respectats. El lloc dels farmacèutics a la societat es va definir expressament al Codi Taihō (701) i es va reformular al Codi Yōrō (718). Es van establir posicions jeràrquiques a la cort imperial pre- Heian ; i aquesta estructura organitzativa va romandre en gran part intacta fins a la Restauració Meiji (1868). En aquesta jerarquia altament estable, els farmacèutics —i fins i tot els ajudants de farmacèutics— van rebre un estatus superior a tots els altres en camps relacionats amb la salut, com ara metges i acupuntors. A la casa imperial, el farmacèutic fins i tot estava classificat per sobre dels dos metges personals de l'emperador.Titsingh, Isaac. (1834) Annales des empereurs du japon, p. 434.
Edat Mitjana Orient Mitjà A Bagdad, les primeres farmàcies, o magatzems d'adroguers, es van establir el 754, sota el califat abbàssida durant l'edat d'or islàmica . Al segle IX, aquestes farmàcies estaven regulades per l'estat. esquerra|miniatura|Guia de fitoterapia romana de Dioscòrides . Comí i anet. C. 1334. Els avenços realitzats a l'Orient Mitjà en botànica i química van portar la medicina de l'Islam medieval a desenvolupar substancialment la farmacologia . Muhammad ibn Zakarīya Rāzi (Rhazes) (865–915), per exemple, va actuar per promoure els usos mèdics dels compostos químics. Abu al-Qasim al-Zahrawi (Abulcasis) (936–1013) va ser pioner en la preparació de medicaments per sublimació i destil·lació . El seu Liber servitoris és de particular interès, ja que proporciona al lector receptes i explica com preparar els "simples" a partir dels quals es componen els fàrmacs complexos que s'utilitzaven generalment en aquell moment. Shapur ibn Sahl (m. 869) va ser, però, el primer metge a iniciar una farmacopea, descrivint una gran varietat de fàrmacs i remeis per a malalties. Al-Biruni (973–1050) va escriure una de les obres islàmiques més valuoses sobre farmacologia titulada Kitab al-Saydalah ( El Llibre dels Medicaments ), on va donar coneixements detallats de les propietats dels medicaments i va descriure el paper de la farmàcia i les funcions i deures del farmacèutic.
Ibn Sina (Avicenna) també va descriure no menys de 700 preparacions, les seves propietats, el mode d'acció i les seves indicacions. De fet, va dedicar un volum sencer a fàrmacs simples a El Cànon de la Medicina . També van tenir un gran impacte les obres d'al-Maridini de Bagdad i el Caire, i d'Ibn al-Wafid (1008–1074), ambdues impreses en llatí més de cinquanta vegades, apareixent com a De Medicinis universalibus et particularibus de 'Mesue 'el jove, i Medicamentis Simplicibus d''Abenguefit '. Pere d'Abano (1250–1316) va traduir i afegir un suplement a l'obra d'al-Maridini amb el títol De Veneris . Les contribucions d'Al-Muwaffaq en aquest camp també són pioneres. Vivint al segle X, va escriure Els Fonaments de les Vertaderes Propietats dels Remeis, entre d'altres descrivint l'òxid arseniós i coneixent l'àcid silícic . Va fer una clara distinció entre el carbonat de sodi i el carbonat de potassi, i va cridar l'atenció sobre la naturalesa verinosa dels compostos de coure, especialment el vitriol de coure, i també dels compostos de plom . També descriu la destil·lació de l'aigua de mar per beure.Levey M. (1973), Early Arabic Pharmacology, E. J. Brill; Leiden.
Els farmacèutics de l'Orient Mitjà experimentarien una agitació en el seu ofici a principis dels segles i , ja que els farmacèutics van realinear els seus interessos, passant del desenvolupament de teories medicinals a l'establiment d'aplicacions pràctiques i terapèutiques dels productes farmacèutics. Per exemple, l'any 1260 dC, un metge i farmacèutic jueu egipci anomenat Abu 'I-Munā al-Kuhín al-'Attār va publicar un manual de 25 capítols, el Minhāj al-dukkān (Com dirigir una farmàcia), on documentava: títols dels medicaments, els seus ingredients i quantitats, mètodes de preparació i dosificacions. El manual no té capítols que destaquin les característiques i qualitats desitjables que haurien de mostrar els aspirants a metges, i Al Kuhín al-Attār cobreix molt poc dels dilemes ètics o conceptes bàsics que la majoria dels farmacèutics normalment discutirien durant aquest temps al seu manual. Això demostra que després de l'any 1260 dC, l'interès per discutir la cultura i els valors que envolten la farmàcia va disminuir i un interès creixent per desenvolupar arxius de coneixement farmacèutic per al públic. Val a dir que els farmacèutics de l'Orient Mitjà no eren habituals en la producció de manuals escrits. També és durant els segles i que les farmacopees de l'Orient Mitjà comencen a semblar-se més a llibres de cuina que a enciclopèdies mèdiques, cosa que Thomas Allsen atribueix a l'extens intercanvi cultural entre la Xina, l'Iran i el gran Imperi Mongol.
Europa miniatura|Il·lustració d'una farmàcia al Tacuinum sanitatis italià, segle XIV miniatura|Antiga farmàcia del monestir franciscà de Dubrovnik Després de la caiguda de l'Imperi Romà d'Occident al segle V, el coneixement medicinal a Europa va patir a causa de la pèrdua dels textos medicinals grecs i d'una estricta adherència a la tradició, tot i que una zona del sud d'Itàlia prop de Salern va romandre sota control romà d'Orient i va desenvolupar un hospital i una escola de medicina, que es van fer famosos al segle XI.
A principis del segle XI, l'erudit de Salern Constantinos Africanus va traduir molts llibres àrabs al llatí, impulsant un canvi de la medicina hipocràtica cap a un enfocament basat en la farmàcia defensat per Galè. A l'Europa medieval, els monjos no parlaven grec, i només hi havia textos llatins com les obres de Plini fins a aquestes traduccions de Constantino. A més, la medicina àrab es va fer més coneguda a causa de l'Espanya musulmana .
Al segle XV, la impremta va difondre llibres de text i formularis de medicina; l'Antidotarium va ser el primer formulari de medicaments imprès.
A Europa, les botigues semblants a les farmàcies van començar a aparèixer durant el segle XII. El 1240, l'emperador Frederic II va emetre un decret pel qual es separaven les professions de metge i apotecari.
Les antigues farmàcies continuen funcionant a Dubrovnik, Croàcia, situades dins del monestir franciscà, inaugurat el 1317 . La farmàcia de l'Ajuntament de Tallinn, Estònia, que data com a mínim del 1422, és la farmàcia en funcionament continu més antiga del món que encara funciona a les instal·lacions originals."Ain Raal: apteegist maakeeli." Postimees 3. March 2020.
La tendència cap a l'especialització farmacèutica va començar a tenir efecte a Bruges, Bèlgica, on es va aprovar una nova llei que prohibia als metges preparar medicaments per als pacients.
Es diu que la farmàcia més antiga es va fundar el 1221 a l'església de Santa Maria Novella de Florència, Itàlia, que ara alberga un museu del perfum. Florència també és el bressol de la primera farmacopea oficial, anomenada Nuovo Receptario, que totes les farmàcies utilitzen com a guia per a la cura dels malalts.
El Reial Col·legi d'Apotecaris de la Ciutat i Regne de València va ser fundat el 1441, considerat el més antic del món, amb plenes facultats administratives i legislatives. Els apotecaris de València van ser els primers del món a elaborar els seus medicaments, amb els mateixos criteris que actualment s'exigeixen a les farmacopees oficials.
La República de Venècia va ser el primer estat amb polítiques sanitàries que exigien que la naturalesa del medicament fos pública. De fet, sobreviuen tretze secrets que es van oferir a la venda a la República de Venècia.
Industrialització El segle XIX va portar una major sofisticació tècnica. A finals del , els fabricants de tints alemanys havien perfeccionat la purificació de compostos orgànics individuals a partir de quitrà i altres fonts minerals i també havien establert mètodes rudimentaris en la síntesi química orgànica . miniatura|Capsa de comprimits La pastilla d'hidrat de cloral es va introduir com a somnífer i sedant el 1869. El cloroform es va utilitzar per primera vegada com a anestèsic el 1847.