Příměstská a regionální železniční doprava v Jihomoravském kraji je plně začleněna do Integrovaného dopravního systému Jihomoravského kraje (IDS JMK) a tvoří jeho páteř. Kromě Jihomoravského kraje zajíždějí vlakové linky IDS JMK i do vybraných měst a obcí v okolních krajích (Březová nad Svitavou, Moravské Budějovice, Náměšť nad Oslavou, Nezamyslice, Uherské Hradiště), na Slovensko (Myjava) a do Rakouska (Retz). V lednu 2026 bylo v provozu 19 místních vlakových linek a osm dálkových vlakových linek. Majoritním dopravcem jsou České dráhy, dále Arriva vlaky a RegioJet.

Historie Příměstská doprava v okolí Brna před vznikem IDS JMK Příměstská a regionální železniční doprava existovala v Jihomoravském kraji i před 1. lednem 2004. Ve vlacích ale platil pouze tarif Českých drah jakožto jejich provozovatele a intervaly mezi spoji nebyly nijak pravidelné, což se změnilo až se vznikem IDS JMK.

Nástup integrované dopravy Dne 1. ledna 2004 byl zahájen provoz Integrovaného dopravního systému Jihomoravského kraje. Jeho účelem bylo zavést pravidelnou dopravu do všech obcí v kraji, sjednotit tarify jednotlivých dopravců a pomocí jednotného jízdního dokladu platného na všech linkách zjednodušit cestování. Nejdůležitější součástí systému se stala železnice, na kterou ve významných přestupních uzlech navazují jednotlivé regionální autobusové linky.

V první etapě (od 1. ledna 2004) byl IDS JMK zřízen v oblasti přibližně mezi Velkou Bíteší, Tišnovem, Blanskem, Vyškovem a Brnem. V následujících letech se IDS rozšiřoval i do dalších oblastí. V polovině roku 2010 se rozšířil na Znojemsko, kde bylo zahrnuto posledních 163 obcí. Od té doby funguje IDS JMK na celém území Jihomoravského kraje. V březnu 2014 byla železniční linka S91 prodloužena na slovenské území do Myjavy, od 12. prosince 2019 je možné cestovat vlakovou linkou S82 s jízdenkami IDS JMK mezi Znojmem a rakouským městem Retz. Poslední rozšíření proběhlo na začátku roku 2020, kdy byly do systému začleněny železniční tratě v okolí Uherského Hradiště.

Integrace vlakových linek Již od počátku byly do tohoto projektu zapojeny osobní vlaky jezdící v zaintegrované oblasti (rychlíky byly zahrnuty až později). Jednotlivé spoje nekončily v poslední stanici zaintegrovaného území, ale pokračovaly do konečné stanice již bez označení IDS JMK. Novinkou bylo zavedení pravidelných intervalů mezi spoji na hlavních tratích (směr Blansko a Tišnov, později i na ostatních tratích). Označovače jízdenek byly, na rozdíl od ostatních druhů dopravy v IDS (autobusy, trolejbusy, tramvaje), instalovány na nástupištích, nikoliv ve vozidlech.

Vlakové linky jsou od zahájení provozu IDS označeny písmenem S (zřejmě z německého S-Bahn) a čísla. Pro odbočné linky z hlavních linek byly zaveden systém, kdy tato odbočná linka má stejné označení jako linka hlavní s doplněnou druhou číslicí (hlavní linka S4 ⇒ odbočná linka S41). Po zapojení rychlíků do IDS se pro jejich označení písmeno R. Rychlíkové linky nesly do roku 2016 shodné číslo s linkou osobních vlaků, která po dané trati jezdila (linka R4 byla v provozu po trati linky S4). Z důvodu celostátního sjednocení číslování dálkových linek byly rychlíkové linky IDS JMK k 11. prosinci 2016 přečíslovány a jejich označení již tak nesouvisí s číslem linky osobních vlaků.

Do IDS JMK není začleněna trať Břeclav–Lednice, kde jezdí pouze v letní sezóně turistické historické vlaky.

Zastavení osobního provozu na tratích V souvislosti s rozšiřování IDS JMK byl zastaven osobní provoz na několika regionálních drahách, jejichž cestující převzaly lépe směrované autobusové linky. Jedná se o tratě Vranovice–Pohořelice (provoz ukončen 12. prosince 2008) a Hrušovany nad Jevišovkou-Šanov – Hevlín (provoz ukončen 30. června 2010).

Od 12. prosince 2021 byl kvůli modernizaci koridorové tratě přerušen provoz osobních vlaků z Břeclavi do Lanžhota. Ani po skončení výluky ale nebyla osobní doprava obnovena a zůstala plně nahrazena autobusovou linkou.

Dne 1. července 2023 byl kvůli malému zájmu cestujících přerušen pravidelný provoz osobních vlaků mezi Boskovicemi a Velkými Opatovicemi.

Výluky na brněnském hlavním nádraží Po roce 2010 došlo ke třem velkým železničním výlukám (2013, 2017, 2018–2019), kdy byla částečně uzavřena stanice Brno hlavní nádraží, nebo tratě ústící do ní. Vlakové linky IDS JMK, vedoucí přes tuto centrální stanici, i dálkové linky tak byly dočasně přesměrovány nebo ukončeny na jiných brněnských nádražích, včetně nákladní stanice Brno dolní nádraží, která byla provizorně upravena i pro osobní dopravu. Při výluce v letech 2018–2019 byla zřízena nová vlaková linka S33.

Soukromí dopravci Jihomoravský kraj chystal od roku 2016 otevření části výkonů pro vítězného dopravce v připravovaném výběrovém řízení. V první fázi mělo jít o linky S6 a R6 z Brna směrem na Kyjov a dále, které tvoří celkem 18 % výkonů osobní dopravy v kraji. Liberalizace trhu krajské železniční dopravy však byla odložena. Teprve 15. prosince 2024 převzal dopravce Arriva vlaky provoz na linkách S8, S52 a S91. Dopravce zvítězil ve výběrovém řízení Jihomoravského kraje, kde nabídl nižší cenu a porazil tak České dráhy. Arriva na tyto linky nasazuje motorové jednotky 848.

Modernizace infrastruktury V 90. letech 20. století došlo k elektrizaci trati z Brna do České Třebové, která se stala součástí prvního železničního koridoru.

V roce 2018 byla zahájena obnova a elektrizace dlouho nevyužívané trati Hrušovany u Brna – Židlochovice. Pravidelný provoz osobních vlaků linky S3 na zrekonstruované trati byl zahájen 15. prosince 2019, čtyřicet let po ukončení osobní dopravy v roce 1979. Dne 12. prosince 2020 byl zahájen provoz na modernizované trati z Šakvic do Hustopečí u Brna, která byla rovněž nově elektrizována. Počínaje tímto datem začaly vlaky linky S3 končit střídavě v Židlochovicích a Hustopečích.

Od roku 2020 probíhala modernizace a elektrizace trati z Brna do Zastávky u Brna. V rámci první etapy (Brno – Střelice) byly v prosinci 2021 zprovozněny nové zastávky v Brně-Starém Lískovci a Ostopovicích. Druhá etapa, která zahrnovala také zdvoukolejnění úseku ze Střelic do Zastávky u Brna, byla ukončena v prosinci 2024.

Další připravovanou stavbou je Boskovická spojka, která umožní vedení přímých osobních vlaků z Brna do Boskovic bez nutnosti přestupu ve Skalici nad Svitavou. Zahájení výstavby bylo v roce 2024 plánováno na rok 2025.

Vozový park Prvními příměstskými vozidly v Brně se staly dvě prototypové elektrické jednotky řady SM 488.0 (později řady 560), které byly vyrobeny v roce 1966. Sériová výroba následovala v letech 1970 a 1971. Do Brna bylo dodáno celkem 9 pětivozových jednotek, které jezdily na v té době jediných elektrifikovaných tratích Brno – Havlíčkův Brod, Brno – Břeclav a dále směr Kúty a Bratislava. Po rozpadu Československa a postupné elektrizaci dalších tratí byly jednotky řady 560 nasazovány na spojích z Brna do Březové nad Svitavou, Blažovic, Holubic, Kút, Vyškova a Žďáru nad Sázavou. Osm z devíti jednotek bylo na začátku 21. století provozováno v šestivozovém uspořádání. Před definitivním vyřazením z pravidelného provozu v červnu 2022 jednotky jezdily na linkách S2 (Letovice – Brno – Křenovice) a S3 (Tišnov – Brno – Židlochovice/Hustopeče).

V roce 2014 vyjelo do provozu sedm elektrických jednotek RegioPanter výrobce Škoda Transportation, které České dráhy zakoupily jako náhradu části starších jednotek řady 560. Pět třívozových jednotek řady 640 a dvě dvouvozové jednotky řady 650 zajišťovaly provoz na lince S2 z Letovic přes Brno do Křenovic.

Na konci roku 2017 se Jihomoravský kraj rozhodl pořídit, s pomocí fondů Evropské unie, do svého vlastnictví nové elektrické jednotky, které by zajistily provoz na nejvytíženějších linkách S2 a S3. Celkem 37 vlakových jednotek Moravia z rodiny RegioPanter výrobce Škoda Transportation za 6,5 miliardy korun uváděly České dráhy do provozu v letech 2022 a 2023. Kromě linek S2 a S3 jezdí i na linkách S51 ze Šakvic do Břeclavi a S9 z Břeclavi do Hodonína. Nové jednotky umožnily vyřadit z provozu soupravy tvořené lokomotivami řady 242 a osobními vozy Bdmtee. České dráhy mají na základě smlouvy uzavřené s Jihomoravským krajem v květnu 2024 jednotky provozovat minimálně do roku 2034.

V úseku Brno hlavní nádraží – Střelice (linka S4) vozí od konce dubna 2024 cestující elektrické jednotky RegioPanter Českých drah. Od prosince 2024, kdy byla dokončena elektrizace trati do Zastávky u Brna, zajíždí tyto jednotky až tam. Jednotky RegioPanter jsou od konce roku 2024 nasazeny také na osobní vlaky z Břeclavi do Přerova (linka S9), kde nahradily klasické soupravy s lokomotivou a osobními vozy.

Na neelektrizovaných tratích zajišťují provoz starší motorové jednotky a vozy řad 810, 814, 842 a 854 s přípojnými vozy Bdtn a ABfbrdtn. Na linkách S4 a S6 jezdí také soupravy tvořené lokomotivou řady 754 a vozy Bdmtee. Od 15. prosince 2024 je doplnily motorové vozy řady 843 s přípojnými vozy Btn, které postupně nahrazují dosluhující řadu 854. Od stejného data společnost Arriva vlaky provozuje na linkách S8, S52 a S91 nízkopodlažní motorové jednotky Stadler GTW 2/6 (řada 848).

V červnu 2024 vypsal Jihomoravský kraj výběrové řízení na dopravce, který měl od prosince 2029 provozovat linky S4, S6, S41, S61, R54 a R56. Jihomoravský kraj také soutěží dodavatele nových hybridních (bateriových) jednotek, od kterého bude vítězný dopravce povinen vlaky odebrat. O provozování nových jednotek měly v srpnu 2025 zájem Arriva vlaky a České dráhy, soutěže na dodavatele jednotek se účastnily společnosti Alstom, Škoda Transportation a Stadler Rail.

Místní vlakové linky + Linka Trasa Délkalinky Početstanic Interval Dopravce Vozidla S2 Vyškov na Moravě – Křenovice horní nádraží – Sokolnice-Telnice – Brno hl. nádraží – Blansko – Letovice 94 km 26 15 až 60 min České dráhy 530, 550 S21 Skalice nad Svitavou – Boskovice 5 km 2 30 až 60 min České dráhy 842 S22 Letovice – Březová nad Svitavou (– Česká Třebová) 10 km 4 60 až 120 min České dráhy 640, 841362, Bdmtee, Bfhpvee S3 Hustopeče u Brna/Židlochovice – Rajhrad – Brno hl. nádraží – Tišnov – Křižanov 107 km 30 15 až 60 min České dráhy 530, 550 S31 Tišnov – Nedvědice – Bystřice nad Pernštejnem – Rovné-Divišov (– Žďár nad Sázavou) 39 km 11 60 až 120 min České dráhy 814, 842, 847, Bdtn S4 Brno hlavní nádraží – Střelice – Zastávka u Brna 23 km 11 20 až 60 min České dráhy 640, 650 S41 Brno hlavní nádraží – Střelice – Mor. Bránice – Ivančice/Hrušovany nad Jevišovkou-Šanov 69 km 19 30 až 60 min České dráhy 842, ABfbrdtn S42 Zastávka u Brna – Náměšť nad Oslavou – Třebíč (– Jihlava) 40 km 8 60 až 120 min České dráhy 841, 843, Btn S5 Staré Město u Uherského Hradiště – Uherské Hradiště – Kunovice (– Bylnice) 7 km 3 60 min Arriva vlaky 846, 848 S51 Šakvice – Zaječí – Břeclav 25 km 6 60 až 120 min České dráhy 550 S52 Zaječí – Čejč – Hodonín 37 km 10 60 až 120 min Arriva vlaky 848 S6 Brno hlavní nádraží – Slavkov u Brna – Kyjov – Veselí nad Moravou – Staré Město u Uh. Hradiště 111 km 32 30 až 120 min České dráhy 754, Bdmtee842, 843, 854Btn, Bftn, Bdtn, ABfbrdtn S61 Bzenec – Moravský Písek 4 km 3 30 až 60 min České dráhy 810 S71 Vyškov na Moravě – Ivanovice na Hané – Nezamyslice (– Přerov) 16 km 5 120 min České dráhy 640.2 S8 Břeclav – Mikulov na Moravě – Hrušovany nad Jevišovkou-Šanov – Znojmo 69 km 15 30 až 120 min Arriva vlaky 848 S81 Znojmo – Šumná – Moravské Budějovice (– Okříšky – Jihlava – Havlíčkův Brod) 38 km 9 60 až 120 min České dráhy 814, 847 S82 Znojmo – Šatov – Retz (– Vídeň) 11 km 5 120 min České dráhya ÖBB 1116 ÖBB a patrové vozy S9 Břeclav – Hodonín – Moravský Písek – Staré Město u Uh. Hradiště (– Přerov) 54 km 13 60 až 120 min České dráhy 550, 640.2 S91 Hodonín – Strážnice – Veselí nad Moravou – Vrbovce – Myjava 59 km 19 60 až 120 min Arriva vlaky 848

Linka S2 náhled|Vlak linky S2 s lokomotivou řady 242 u blanenského lomu