Klasifikace virů je vzhledem k rozmanitosti a proměnlivosti virů problematičtější než klasifikace buněčných organismů. Proto existuje více možných přístupů a z nich vzniklých klasifikačních systémů.

Nejstarší klasifikační systémy virů vycházely z klasifikace napadaných organismů. Byla to například Holmesova klasifikace z roku 1948. Aplikovala linnéovskou biologickou nomenklaturu a členila viry na fágy (napadají bakterie), fytofágy (napadají rostliny) a zoofágy (napadají živočichy).

Později se viry začaly klasifikovat podle strukturních fyzikálních a chemických vlastností, jako je nosič genetické informace (RNA nebo DNA), velikost, tvar a symetrie kapsidy apod. K takovým klasifikačním systémům patří například hierarchická klasifikace LHT z roku 1962, dnes již zastaralá a nepoužívaná.

Aktuální snahou tvůrců biologických klasifikačních systémů je přirozenost z hlediska fylogenetické příbuznosti. O tu se snaží podrobný, každoročně aktualizovaný systém Mezinárodního výboru pro taxonomii virů (ICTV).

V současnosti se stále používá také zjednodušená klasifikace podle nosiče genetické informace a způsobu jejího přepisu, takzvaná Baltimorova klasifikace z roku 1971. V některých aspektech je však již neslučitelná s moderní fylogenetickou klasifikací ICTV.

Vzhledem k tomu, že není známo příliš mnoho typů subvirových činitelů (viroidy, satelitní viry včetně virofágů, satelitní nukleové kyseliny včetně virusoidů, viriformy), dlouho pro ně neexistoval odpovídající systém a byly klasifikovány pouze podle nosiče genetické informace, případně její velikosti. Výjimkou byl klasifikační systém viroidů podle Florese (Ricardo Flores, 1947–2020) z roku 1998, revidovaný Dienerem (Theodor Otto Diener, 1921–2023) v roce 2001, používající čeledi a rody. Později byl včleněn do systému ICTV, do kterého jsou od roku 2015 zahrnuty i vybrané satelitní viry (včetně virofágů) a satelitní nukleové kyseliny, a od roku 2021 též explicitně uváděné viriformy (dříve klasifikované jako viry).

Systém ICTV náhled|vpravo|150px|Základní taxonomické úrovně pro klasifikaci virů dle Mezinárodního kódu pro klasifikaci a nomenklaturu virů (ICVCN) Mezinárodní výbor pro klasifikaci virů (International Committee on Taxonomy of Viruses – ICTV) klasifikuje jednotlivé druhy virů podobně jako buněčné organismy do říší, kmenů (případně i podkmenů), tříd, řádů (podřádů), čeledí (podčeledí) a rodů (podrodů). Nejvyšším taxonem, nadřazeným říším, je realm. Systém ICTV důsledně používá metagenomický přístup. Snahou je přitom respektovat fylogenetickou příbuznost, tedy na základě genetické informace sdružovat taxony dané úrovně do skupin, u kterých lze předpokládat společného předka.

Standardními příponami v taxonomii jsou: u virů (včetně satelitních virů a retrotranspozonů) pro realm: -viria pro říši: -virae pro kmen: -viricota pro podkmen: -virales pro třídu: -viricetes pro řád: -virales pro podřád: -virineae pro čeleď: -viridae pro podčeleď: -virinae pro rod a podrod: -virus; u viroidů: pro čeleď: -viroidae pro rod: -viroid; u viriforem: pro čeleď: -viriformidae pro rod: -viriform; u satelitních nukleových kyselin: pro čeleď: -satellitidae pro podčeleď: -satellitinae pro rod: -satellite. Virologická nomenklatura dlouho neměla předepsáno binomiální názvosloví pro druhy. Diskuse o jeho potřebnosti s cílem odstranit nejednotný přístup (názvy virových druhů byly tvořeny mnoha různými způsoby, vedoucími k výsledným jednoslovným až šestislovným názvům) vedly ke změně názvoslovného kódu, který od března 2021 pro nově navrhovaná druhová jména požaduje dvouslovné pojmenování s tím, že první jméno je totožné s pojmenováním rodu. Postupné přejmenování bylo v taxonomuii ICTV dokončeno ve vydání z r. 2024.

Podle názvoslovného kódu ICTV se názvy všech vyšších taxonů píší stejně jako jména druhů kurzívou s velkým počátečním písmenem.

Aktuální klasifikace byla přijata v srpnu 2024 a ratifikována v březnu 2025. Viry (druhy uznané ICTV) jsou systematicky kategorizovány do 7 realmů; vedle nich jedna třída, 25 čeledí a dva rody zůstávají nezařazeny.

Klasifikace virů dle ICTV zahrnuje také viroidy (nezařazené čeledi Avsunviroidae a Pospiviroidae), vybrané virofágy (třída Maveriviricetes realmu Varidnaviria) a jiné satelitní viry (např. v čeledi Parvoviridae realmu Monodnaviria, čeledích Tombusviridae a Virgaviridae a nezařazených rodech Albetovirus, Aumaivirus, Papanivirus, Virtovirus realmu Riboviria, nebo čeledi Kolmioviridae realmu RibozyviriaZvláštní realm Ribozyviria byl vzhledem k odlišnosti stavby virionu i virovému genomu vytvořen pro dlouho známý rod Deltavirus s kruhovou ssRNA, tradičně pojmenovaný a klasifikovaný jako virus, i když jde o satelitní virus a tedy v některých systémech řazený jako subvirová částice, a jemu podobné nově popsané rody satelitních virů), retrotranspozony (čeledi Metaviridae a Pseudoviridae z řádu Ortervirales), viriformy (nezařazené čeledi Bartogtaviriformidae, Brachygtaviriformidae, Polydnaviriformidae, Rhodogtaviriformidae) a satelitní nukleové kyseliny (nezařazené čeledi Alphasatellitidae a Tolecusatellitidae). Z nově objevených (20. léta 21. století) viroidům podobných entit s kruhově uspořádaným genomem jsou v systému ICTV zařazeny na houbách hostující ambiviry (kmen Ambiviricota realmu Riboviria), ale dosud není definován taxon pro zařazení ucelené fylogenetické skupiny tzv. obelisků (popsaných teprve v r. 2024).

V následujícím přehledu (do úrovně rodů) jsou navíc pro úplnost uvedeny i dosud neuznané navrhované taxony, vždy označené závorkou „(neuznaný/á)“. Návrh plyne z uvedené reference (zpravidla vědeckého periodika nebo webové složky ICTV s návrhy, u kterých dosud neskončil proces k jejich uznání). Taxony stejné úrovně jsou v rámci jednoho „rodičovského“ taxonu řazeny v souladu s ICTV dle anglické abecedy.tedy nikoli dle české abecedy (jména začínající ch jsou řazena mezi jmény začínajícími c mezi cg a ci) ani dle alfabety (např. jména začínající gamma nenásledují po beta, ale jsou řazena až po delta, epsilon a eta)

Adnaviria Realm: Adnaviria Říše: Zilligvirae Kmen: Taleaviricota Třída: Tokiviricetes Řád: Ligamenvirales Čeleď: Chiyouviridae Rod: Wargodvirus Čeleď: Lipothrixviridae Rod: Alphalipothrixvirus, Betalipothrixvirus, Deltalipothrixvirus Čeleď: Rudiviridae Rod: Azorudivirus, Hoswirudivirus, Icerudivirus, Itarudivirus, Japarudivirus, Mexirudivirus, Usarudivirus Čeleď: Ungulaviridae Rod: Captovirus Řád: Maximonvirales Čeleď: Ahmunviridae Rod: Yumkaaxvirus Řád: Primavirales Čeleď: Tristromaviridae Rod: Alphatristromavirus, Betatristromavirus

Duplodnaviria Realm: Duplodnaviria Říše: Heunggongvirae Kmen: Peploviricota Třída: Herviviricetes Řád: Herpesvirales Čeleď: Alloherpesviridae Rod: Batravirus, Cyvirus, Ictavirus, Salmovirus Čeleď: Malacoherpesviridae Rod: Aurivirus, Ostreavirus Čeleď: Orthoherpesviridae Podčeleď: Alphaherpesvirinae Rod: Iltovirus, Mardivirus, Scutavirus, Simplexvirus, Varicellovirus Podčeleď: Betaherpesvirinae Rod: Cytomegalovirus, Muromegalovirus, Proboscivirus, Quwivirus, Roseolovirus Podčeleď: Gammaherpesvirinae Rod: Bossavirus, Lymphocryptovirus, Macavirus, Manticavirus, Patagivirus, Percavirus, Rhadinovirus Kmen: Uroviricota Třída: Caudoviricetes