Pro konkurenci železničních dopravců v České republice začal připravovat podmínky Zákon o dráhách (č. 266/1994 Sb.) a jeho pozdější novelizace. K liberalizaci trhu železniční dopravy vyzývají i směrnice Evropské unie.

V závěru roku 2019 bylo celkem 109 firem oprávněno provozovat drážní dopravu na síti české Správy železnic.Výroční správa SŽDC za rok 2019 Jde o společnosti, které jsou držiteli licence pro provozování drážní dopravy na celostátních a regionálních drahách. Firmy, které jsou držiteli této licence a zároveň vlastní osvědčení dopravce (další z podmínek nutných pro provozování drážní dopravy) jsou uvedeny v Seznamu českých železničních dopravců. Hlavní náplní podnikatelské činnosti je však provozování drážní dopravy jen pro několik firem z tohoto seznamu, ostatní jsou převážně stavební firmy nebo firmy provozující dopravu převážně pro vlastní potřebu, které se trhu železniční dopravy jako dopravce významně neúčastní.

Dotovaná osobní doprava Závazek veřejné služby

Dotovanou osobní dopravu si u dopravců objednává stát, kraje a obce (v samostatné působnosti) a sjednává ji s nimi v rámci tzv. závazku veřejné služby. Stát (prostřednictvím Ministerstva dopravy) objednává některé dálkové vlaky, kraje takzvanou dopravní obslužnost kraje a obce takzvanou ostatní dopravní obslužnost, do níž patří i městská hromadná doprava. Takoví objednatelé mají povinnost uhradit dopravci prokazatelnou ztrátu vypočtenou podle zákona. Objednávat dopravu si u dopravců však mohou i další subjekty nebo ji dopravci mohou provozovat na vlastní náklady.

Kraj má ze zákona povinnost dopravci zajišťujícímu základní dopravní obslužnost v rámci závazku veřejné služby uhradit vykázanou prokazatelnou ztrátu a je tedy právně sporné, zda může sjednat ve smlouvě úhradu v jiné výši, se kterou dopravce uspěje ve výběrovém řízení. V autobusové dopravě, jejíž financování se děje podobným způsobem, se kvůli tomuto problému dostal do sporu Dopravní podnik Ústeckého kraje a. s. s Ústeckým krajem a došlo k závažné krizi, která v roce 2006 opakovaně ochromila veřejnou dopravu v kraji.

Závazek veřejné služby je upraven v zákoně č. 194/2010 Sb. o veřejných službách v přepravě cestujících a o změně dalších zákonů. V tomto zákoně jsou pevně stanoveny podmínky smlouvy o veřejných službách v přepravě cestujících, postup při uzavírání smlouvy a případné sankce při nedodržení postupu jejího uzavírání.

Memorandum o stabilizaci, upevnění monopolu ČD Vláda na základě svého usnesení č. 1132/2009 z 31. srpna 2009 zpracovala a dne 28. října 2009 projednalaVláda projedná financování regionální železniční dopravy, Český rozhlas, Jan Herget, 28. 10. 2009 dokument s názvem „Memorandum o zajištění stabilního financování dopravní obslužnosti veřejnou regionální železniční osobní dopravou“.Memorandum o zajištění stabilního financování dopravní obslužnosti veřejnou regionální železniční osobní dopravou, kopie dokumentu s nedatovanými podpisy zástupců státu na webu pražského magistrátuFinancování osobní železniční dopravy v pražském regionu v příštích deseti letech, zpráva z 38. jednání Rady hl. m. Prahy 24. listopadu 2009, Informační server pražského magistrátu Dokument má charakter smlouvy mezi státem, který je zastoupen premiérem a ministry dopravy a financí, a kraji, zastoupenými hejtmany a primátorem hl. m. Prahy za účasti Asociace krajů České republiky. Toto memorandum garantuje krajům stabilní dotaci veřejné železniční dopravy na roky 2010–2019 v celkové výši 2,649 miliard ročně navyšované o průměrný roční index spotřebitelských cen, a to za podmínky, že uzavřou na celé období smlouvu s jediným dopravcem, přičemž memorandum nevyžaduje, aby tento dopravce vzešel z výběrového řízení. Asociace krajů je memorandem zavázána zajistit jednotný postup krajů při uzavírání smluv, nastavení rozsahu dopravní obslužnosti v poměru ke státní dotaci a stabilizaci objednaných dopravních výkonů. Memorandum obsahuje i výslovné ustanovení, že nesmí být vykládáno a uplatňováno v rozporu s právním řádem České republiky. Mluvčí Plzeňského kraje však zrušení již dříve vyhlášeného výběrového řízení odůvodňoval tím, že kraj ještě nemá hotovou koncepci zkvalitnění dopravy v kraji, a odvoláním na formulaci memoranda, která vyžaduje „jednotný postup krajů“ při uzavírání smluv. Radko Martínek v rozhovoru na dotaz deníku Právo, zda se nepočítá se vstupem konkurenčních dopravců, odpověděl: „Od soukromých dopravců jsme relevantní nabídku nedostali, vždy šlo pouze o proklamace.“Jiří Novotný: ČD zůstane monopol na regionální vlaky, Právo, 9. 9. 2009, rubrika Trhy & ekonomika, str. 18 Proti zachování monopolu Českých drah na dalších 10 až 15 let se důrazně ohradil například místopředseda ODS Petr Bendl nebo vedení společností RegioJet a Student Agency.Adam Šůra: České dráhy na věčnost, Respekt č. 48/2009, 23. 11. 2009

V listopadu 2009 začala sociálně-demokratická vedení krajů uzavírat bez výběrového řízení desetileté smlouvy s opcí na dalších 5 let na provozování dopravy s Českými drahami, především z iniciativy pardubického hejtmana Radko Martínka, který memorandu jménem Asociace krajů vyjednal.Jan Sůra: Kraje dají drahám 150 miliard bez soutěže, iDnes.cz, 11. 11. 2009 Do 9. listopadu 2009 uzavřely tyto smlouvy již dva kraje, přičemž mluvčí Českých drah uvedla, že očekává uzavření takové smlouvy se všemi kraji. 9. listopadu 2009 uvedl časopis E15, že kraje deklarují ochotu uzavřít dlouhodobou smlouvu s Českými drahami a nejasná je situace pouze v Ústeckém kraji, jehož vedoucí odboru dopravy a silničního hospodářství Jindřich Franěk uvedl, že o způsobu výběru dopravce ještě nebylo rozhodnuto. 30. listopadu 2009 podepsal takovou smlouvu i Ústecký kraj, rozhodnutí novinářům prezentoval radní pro dopravu Jiří Šulc (ODS). Uzavřením smlouvy s Českými drahami kraj podle Šulce upustil i od původního záměru vypsat na provozování železniční dopravy výběrové řízení.Student Agency potrestá antikampaní ČSSD za to, že nedostala regionální vlaky , Novinky.cz, 30. 11. 2009 (autoři toh, jas, jov, Novinky, Právo)Ústecký kraj uzavřel desetiletou smlouvu s Českými drahami, České noviny, 30. 11. 2009, ČTKRegioJet pohořel i v Ústeckém kraji, Jančura proto vyrazil proti ČSSD, ČT24, 30. 11. 2009 Uzavření dlouhodobých smluv údajně podle Šulce vyžaduje po krajích vláda svými dotačními podmínkami. Radko Martínek využití mezery v evropské směrnici pro týdeník Týden podal slovy: „Postupujeme přesně podle evropské směrnice“. Sdružení železničních dopravců označuje uzavírání takových smluv bez výběrového řízení za protizákonné, Radim Jančura avizoval, že bude reagovat reklamní antikampaní, vedenou především prostřednictvím internetu. Kampaň má přitom být zaměřena nejen proti ČSSD, k níž v té době patřili hejtmani všech krajů, ale i proti ODS, která má své zástupce v několika krajských radách a která nominovala ministra dopravy Gustáva Slamečku.

3. prosince 2009 vstoupilo v platnost nařízení Evropského parlamentu a Rady ES č. 1370/2007, které nařizuje výběrová řízení pro přidělování zakázek ve veřejné železniční dopravě. Všechny kraje i ministerstvo dopravy uzavřely urychleně dlouhodobé smlouvy s Českými drahami bez výběrového řízení těsně před tímto datem. Hned 4. prosince 2009 České dráhy uzavřely, rovněž bez výběrového řízení, smlouvu o nákupu 15 jednotek City Elefant od Škody Transportation, které představitel konkurenčního dopravce označil za předražené.Jan Sůra: Dráhy koupí vlaky bez tendru. Opět od Škody. MF Dnes 5. 12. 2009, str. A8

Radim Jančura již v listopadu 2009 vyjádřil odhodlání obrátit se v souvislosti se zrušením výběrového řízení v Plzeňském kraji na české soudy i Evropskou komisi.Miroslava Tolarová: Kraj upřednostnil České dráhy, půjde za to k soudu, Nymburský deník, 26. 11. 2009 Student Agency podala na jaře 2010 k Evropské komisi stížnost proti netransparentnímu a diskriminačnímu zadávání zakázek v osobní železniční dopravě v Česku v těch krajích, ve kterých byla podána i konkurenční nabídka jiných dopravců (RegioJet, Veolia Transport, Arriva). Stížnost rovněž požaduje prověřit udělení evropských dotací Českým drahám na nákup nových souprav, kde podmínkou čerpání je, aby žadatel prokázal, že nabídl kraji nejlepší podmínky.Student Agency si stěžuje na kraje u Evropské komise, Týden.cz, 27. 5. 2010, ČTK Na základě stížnosti RegioJet na postup tří krajů zaslala Evropská komise českému Úřadu pro ochranu hospodářské soutěže žádost o vysvětlení postupu krajů i ministerstva dopravy a tento úřad přeposlal dopis se žádostí o vysvětlení jednotlivým krajům. Původně měly kraje pro dodání vysvětlení lhůtu do 1. listopadu 2010, tu si však (podle iDnes.cz) nechaly prodloužit do konce listopadu.Jan Sůra: Brusel se ptá krajů, proč přikleply dotované vlaky Českým drahám, iDnes.cz, 16. 11. 2010 Současně EK požádala, a to na základě podnětu Sdružení železničních společností, i o vysvětlení k převodu majetku Českých drah na Správu železniční dopravní cesty za 12 miliard korun v létě 2008, stížnosti ale nebyly úspěšné.Jančura v Bruselu nepochodil se stížností proti Českým drahám, financninoviny.cz, 4.6.2012

Právní kroky kvůli nedostatečné implementaci či chybné aplikaci liberalizace železniční dopravy provedla Evropská komise v létě 2010 vůči jiným 13 z 27 členských zemí.Jihomoravští radní dál válčí proti RegioJet, Jančura podle nich lže, Lidovky.cz, 25. 11. 2010

Dálková doprava

Pardubice – Liberec – Zittau (nabídka Connex, 2005) V prosinci 2004 dopravce Connex Česká Železniční s. r. o. požádal Správu železniční dopravní cesty (SŽDC) o přidělení kapacity dopravní cesty na období 2005/2006 pro rychlíky na trati 030 (Pardubice – Liberec) s návazností na trať 089 z Liberce ke státní hranici. Chtěl provozovat dopravu až do Zittau, kde měly navazovat spoje německé společnosti Lausitzbahn do Německa. Na trať měly být nasazeny nízkopodlažní klimatizované a bezbariérové jednotky Siemens-Desiro.

Počátkem roku 2005 požádala tato společnost Ministerstvo dopravy o uzavření smlouvy o závazku veřejné služby. Podle některých zpráv byly požadované spoje do jízdního řádu pro rok 2005/2006 již zařazeny, podle jiných SŽDC žadateli kapacitu dopravní cesty nepřidělila a přednostní přidělení nebylo možné, protože žádný z dopravců neměl ještě uzavřenou smlouvu o závazku veřejné služby na rok 2006. Smlouvy se totiž dosud obvykle uzavíraly až těsně před obdobím, na které měly platit. Mluvčí ministerstva dopravy Marcela Švejnohová 31. května 2005 řekla, že ministerstvo dohodu o zajištění veřejné rychlíkové dopravy na rok 2006 již připravuje s Českými dráhami a zajištění dopravy Connexem by přicházelo v úvahu až od jízdního řádu pro rok 2007.

Plzeň – Most a Pardubice – Liberec (výběrová řízení 2005 a 2006, prodloužení 2014) 2. září 2005 bylo vyhlášeno Ministerstvem dopravy výběrové řízení na provozování rychlíků na tratích Plzeň – Most (Trať 160, 124, 130) a Pardubice – Liberec (Trať 030, 031). Přihlásily se České dráhy, Viamont a Connex. Vítěz měl provozovat dopravu od 10. prosince 2006 do 8. prosince 2007. Tyto spoje představují 4 % z rozsahu dálkové železniční dopravy dotované státem. Po vyhodnocení tohoto pilotního projektu měl být liberalizován provoz i na dalších dálkových trasách. Vyhlášeným cílem bylo zlepšení kvality cestování při zachování výše jízdného. Mezi hlavní kritéria patřilo plnění grafikonu vlakové dopravy (v %), teploty ve vnitřních prostorách drážních vozidel, vybavení hygienickými potřebami, komfort, funkčnost, technický stav, čistota ve vozidlech před odjezdem z výchozí stanice, dodržení plánem stanoveného řazení drážních vozidel, návaznost spojů osobní dopravy a nabízená cena.

České dráhy podaly u Úřadu pro ochranu hospodářské soutěže návrh na přezkoumání zadávacího řízení a úřad potvrdil, že nebyla porušena pravidla hospodářské soutěže, ale konstatoval, že ministerstvo dopravy mělo řízení posuzovat jako výběrové řízení na koncese pro služby, což je nová forma výběrového řízení.