pegas (zkratka pro anglický název Population and Evolutionary Genetics Analysis System) je balík pro fylogenetické analýzy pro prostředí R.
Tento balík poskytuje funkce pro čtení, psaní, kreslení, analýzu a manipulaci s alelickými a haplotypickými daty včetně souborů VCF, a pro analýzu populačních nukleotidových sekvencí (jednonukleotidový polymorfismus, SNP) a mikrosatelitů (pro ně navíc balík obsahuje různé datasety, např. jaguárů) včetně koalescenčních analýz, populační struktury (Fst, Amova) a Hardyho-Weinbergovy rovnováhy (HWE), haplotypových sítí, minimálních koster stromu a sítí, stejně jako sítí podle algoritmu median-joining. Rovněž je možné testovat a manipulovat s fázovanými genotypy. S tímto balíkem je také možné manipulovat s geografickými souřadnicemi. Pro kódování fylogenezí a DNA sekvencí používá strukturu dat balíku ape.
Reference
Externí odkazy Domovská stránka (anglicky) Kategorie:Statistický software