náhled|ČSFO uchovávání uložených kmenů Česká sbírka fytopatogenních oomycetů (ČSFO) byla založena v roce 2005 na Odboru biologických rizik ve Výzkumném ústavu Silva Taroucy pro krajinu a okrasné zahradnictví, v.v.i. (nyní Výzkumný ústav pro krajinu, v. v. i.) v Průhonicích. Sbírka je od r. 2012 součástí Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu (NPGZM),https://old.vurv.cz/mikroorganismy/index.html který je financován Ministerstvem zemědělství ČR a jehož cílem je zabezpečit trvalé uchování, dostupnost a setrvalé využívání genetických zdrojů významných pro výživu a zemědělství, které se nacházejí na území Česka.
Sbírka slouží především k uchování kmenů fytopatologicky významných druhů oomycetů náležejících do rodů Phytophthora de Bary 1876 a Pythium Pringsh. 1858 sensu lato, který je v současnosti rozdělen do rodů Elongisporangium Uzuhashi, Tojo & Kakish. 2010, Globisporangium Uzuhashi, Tojo & Kakish. 2010, Phytopythium Abad, De Cock, Bala, Robideau, A.M. Lodhi & Lévesque 2010 a Pythium Pringsh. 1858 sensu stricto. Ve veřejné části sbírky je uloženo přes 660 kmenů oomycetů náležejících do rodů Phytophthora (36 taxonů), Elongisporangium (4 taxony), Globisporangium (8 taxonů), Phytopythium (6 taxonů) a Pythium (6 taxonů). V pracovní části sbírky je uloženo přes 500 dalších kmenů. náhled|440x440pixelů|Logo sbírky
Taxonomie Doména: Eukaryota
Říše: Chromista
Oddělení: Oomycota
Třída: Oomycetes
Řády: Pythiales a Peronosporales náhled|440x440bod|Ohniskové odumírání jabloní způsobené napadením Phytophthora cactorum
Význam fytopatogenních oomycetů Fytopatogenní oomycety zejm. druhy r. Phytophthora, jsou jedny z nejvýznamnějších a nejcitovanějších patogenů rostlin, každoročně způsobují škody v řádu miliard dolarů. Tyto druhy se obvykle velmi snadno šíří (spolu s rostlinným materiálem a vodou), patří mezi nejvíce invazní a škodlivé organismy světa a v místech zavlečení mnohdy hrozí jejich únik do přírodního prostředí a případně i závažné environmentální škody.
Typickými symptomy napadení oomycety jsou nejčastěji hniloby kořenů a krčků (fytoftorová kořenová hniloba), které se obvykle projevují vadnutím, žloutnutím a zmenšením listů, krněním a špatným vývinem a postupným chřadnutím a odumíráním napadených hostitelů a jejich porostů (fytoftorové odumírání). Mezi běžné projevy patří také např. nekrotizace napadených pletiv, padání klíčních rostlin. Některé druhy r. Phytophthora jsou schopny se šířit i vzduchem a mohou tak napadat i nadzemní orgány rostlin a způsobovat nekrotické léze na listech a výhonech. vlevo|náhled|Aktivní nekrotická léze na bázi kmene jabloně způsobená P. cactorum vlevo|náhled|Aktivní nekrotická léze na bázi kmene jabloně – odhalená nekrotická vodivá pletiva
Zaměření a využití sbírky Sbírka se soustřeďuje na uchování genetických zdrojů vybraných zástupců oomycetů z území Česka, zejména pak na aktuální hrozby – na druhy recentně pronikající na území Česka, které mají zároveň potenciál uniknout do volné přírody, a slouží jako podpora pro jejich další výzkum.
Mezi uchovávanými organismy je řada celosvětově nejvýznamnějších patogenů rostlin. V ČSFO jsou uloženy kmeny např. takových druhů jako je plíseň olšová Phytophthora alni způsobující zásadní škody v porostech olšin a v břehových porostech, plíseň skořicová P. cinnamomi patřící mezi nejvíce invazní organismy světa, plíseň kaktusová P. cactorum polyfágní druh poškozující v Česku zejména ovocné dřeviny, plíseň buková P. cambivora a druh P. plurivora, v Česku již široce rozšířené druhy pronikající i do lesních porostů, P. ramorum a mnohých dalších významných patogenů jakými jsou P. citrophthora, P. cryptogea, P. syringae atd.
Uložené kmeny jsou poskytovány celé řadě různých institucí k výzkumným, studijním, srovnávacím a dalším účelům. Do zahraničí jsou kmeny často poskytovány pro taxonomické studie a populační studie, na úrovni národní slouží k celé řadě výzkumů směřujících svými výsledky do praxe (např. testy citlivosti lesních a okrasných dřevin, testy rezistence podnoží ovocných dřevin, testy odolnosti vůči fungicidním přípravkům, vývoj metod integrované ochrany apod.). Mezi spolupracující či výsledky využívající instituce patří např. MŽP, MZe, AOPK ČR, PřF UK, LČR, ÚHÚL, Povodí Vltavy, Povodí Labe, VŠUO Holovousy, Svaz školkařů ČR, Ovocnářská unie ČR a další.
Získávání a identifikace kmenů Kmeny jsou získávány zejména v rámci výzkumné činnosti Odboru biologických rizik VÚKOZ (např. projekty TH02030521, SS02030018, TH02030722) a v kooperaci s dalšími institucemi. Uchovávaný materiál byl doposud získán z více než 100 různých taxonů hostitelů, patřících zejména mezi okrasné rostliny, ovocné a lesní dřeviny, z celé řady různých stanovišť od skleníkových provozů, zahradnictví a zahradnických center, přes prodejny, soukromé zahrady, veřejnou zeleň, školkařské provozy, sady až po břehové a lesní porosty.
Uložené kmeny jsou určovány na základě morfologických a kultivačních znaků (zpravidla pohlavních znaků, znaků na nepohlavních orgánech, růstových charakteristik apod.) a pomocí metod molekulární analýzy (sekvence ITS rDNA oblastí, COX1 genu, případně dalších). Velká část kmenů je zdokumentována také pomocí mikroskopických snímků a v mnoha případech je zdokumentováno i poškození, které konkrétní patogen na hostiteli způsobil. Patogenita vybraných kmenů je ověřována infekčními pokusy v rámci vědeckých prací, při kterých jsou konkrétní kmeny využity.
Způsob uchovávání kmenů Jednotlivé kmeny jsou uchovávány na šikmých agarech (ovesný agar) ve zkumavkách v chladnicích při teplotě 12 °C. Jejich stav je pravidelně kontrolován a jsou přeočkovávány v intervalu 2–3 let. Pro dlouhodobé uchovávání a zabezpečení sbírkových kmenů je paralelně využívána metoda kryoprezervace, kmeny jsou touto metodou postupně ukládány v centrální laboratoři NPGZM v Ruzyni.
Databáze informací Dokumentace ke každému kmenu obsahuje následující informace: evidenční (přírůstkové) číslo kultury, latinské jméno (včetně autorské zkratky), lokalitu (s uvedením zeměpisných souřadnic), datum izolace, druhové latinské jméno hostitele (substrát), ze kterého byl kmen izolován včetně přesného určení napadených pletiv (typu choroby), údaj o posledním přeočkování kultury, podrobnější údaje týkající se molekulární identifikace, párovacího typu, kódu sekvence v GenBank, zařazení v jiných sbírkách kultur, autora izolace či poskytovatele a autora morfologického určení. Údaje jsou uloženy v databázi sbírky kultur, která je vedena v programu Microsoft Access. Katalog kmenů uložených ve sbírce je dostupný na webových stránkách ČSFO. Sbírka je také součástí databáze Centrálního informačního systému sbírek CARC v Praze-Ruzyni.https://old.vurv.cz/collections/vurv.exe/search?lang=cz
náhled|Kolonie Phytophthora plurivora chrysantemoidní mycelium 5 dní, 24 °C, V8 agar náhled|Kolonie Phytophthora cinnamomi vzdušné mycelium 5 dní, 24 °C, V8 agar náhled|Charakteristická nekróza výhonu rododendronu způsobená patogenem Phytophthora ramorum náhled|Odumírání buxusů způsobené infekcí Phytophthora occultans
Seznam uložených taxonů Phytophthora alni subsp. alni C.M. Brasier & S.A. Kirk
Phytophthora alni subsp. uniformis C.M. Brasier & S.A. Kirk
Phytophthora bilorbang Aghighi & T.I. Burgess
Phytophthora cactorum (Lebert & Cohn) J. Schröt.
Phytophthora cambivora (Petri) Buisman
Phytophthora cinnamomi Rands
Phytophthora citrophthora (R.E. & E.H. Smith) Leonian
Phytophthora cryptogea Pethybridge & Lafferty
Phytophthora gallica T. Jung & J. Nechwatal
Phytophthora gonapodyides (H.E. Petersen) Buisman
Phytophthora gregata T. Jung, Stukely & T.I. Burgess
Phytophthora hedraiandra De Cock & Man in 't Veld
Phytophthora chlamydospora Brasier & E.M. Hansen
Phytophthora chlamydospora x amnicola
Phytophthora inundata Brasier, Sánch. Hern. & S.A. Kirk
Phytophthora lacustris Brasier, Cacciola, Nechwatal, Jung & Bakonyi
Phytophthora megasperma Drechsler
Phytophthora multibullata Q.N. Dang & T.I. Burgess
Phytophthora multivora P.M. Scott & T. Jung
Phytophthora nicotianae Breda de Haan
Phytophthora niederhauseri Z.G. Abad & J.A. Abad
Phytophthora occultans Man in ’t Veld & Rosendahl
Phytophthora palmivora E. J. Butler
Phytophthora pini Leonian
Phytophthora plurivora T. Jung & T.I. Burgess
Phytophthora polonica Belbahri, E. Moralejo, Calmin & Oszako
Phytophthora pseudocryptogea Safaief., Mostowf., G.E. Hardy & T.I. Burgess
Phytophthora pseudosyringae T. Jung & Delatour
Phytophthora ramorum Werres, De Cock & Man in 't Veld
Phytophthora rosacearum (H.E. Petersen) Buisman
Phytophthora rubi (W.F. Wilcox & J.M. Duncan) Man in 't Veld
Phytophthora sansomeana E.M. Hansen & Reeser
Phytophthora syringae (Kleb.) Kleb.
Phytophthora taxon Raspberry
Phytophthora taxon Walnut
Phytophthora x stagnum
Elongisporangium anandrum (Drechsler) Uzuhasi, Tojo & Kakish.
Elongisporangium dimorphum (F.F. Hendrix & W.A. Campb.) Uzuhasi, Tojo & Kakish.
Elongisporangium helicandrum (Drechsler) Uzuhasi, Tojo & Kakish.
Elongisporangium undulatum (H.E. Petersen) Uzuhasi, Tojo & Kakish.
Globisporangium cylindrosporum (B. Paul) Uzuhashi, Tojo & Kakish.
Globisporangium heterothallicum (W.A. Campb. & F.F. Hendrix) Uzuhashi, Tojo & Kakish.
Globisporangium intermedium (de Bary) Uzuhashi, Tojo & Kakish.
Globisporangium irregulare (Buisman) Uzuhashi, Tojo & Kakish.
Globisporangium macrosporum (Vaartaja & Plaäts-Nit.) Uzuhashi, Tojo & Kakish.
Globisporangium mamillatum (Meurs) Uzuhashi, Tojo & Kakish.
Globisporangium spiculum (B. Paul) Uzuhashi, Tojo & Kakish.
Globisporangium ultimum (Trow) Uzuhashi, Tojo & Kakish.
Phytopythium chamaehyphon (Sideris) Abad, de Cock, Bala, Robideau, Lodhi & Lévesque
Phytopythium citrinum (B. Paul) Abad, de Cock, Bala, Robideau, Lodhi & Lévesque
Phytopythium helicoides (Drechsler) Abad, de Cock, Bala, Robideau, Lodhi & Lévesque
Phytopythium litorale (Nechw.) Abad, de Cock, Bala, Robideau, Lodhi & Lévesque
Phytopythium mercuriale (Belbahri, B. Paul & Lefort) Abad, de Cock, Bala, Robideau, A.M. Lodhi & Lévesque
Phytopythium vexans (de Bary) Abad, de Cock, Bala, Robideau, Lodhi & Lévesque
Pythium conidiophorum Jokl
Pythium dissimile Vaartaja
Pythium emineosum Bala, de Cock & Lévesque
Pythium folliculosum B. Paul
Pythium oopapillum Bala & Lévesque
Pythium pachycaule Ali-Shtayeh
Reference
Externí odkazy
Kategorie:Fytopatologie Kategorie:Řasovky