Taxonomie sinic je ve stavu velkého rozmachu v počtu popsaných taxonů, k tomu přispívá i velký počet generovaných z genomických analýz, aniž by k nim existovaly kultivované vzorky. Navíc zde soupeří přístupy fykologů, kteří sinice a jejich taxony popisovali jakožto řasy podle botanických principů, a bakteriologů, kteří na ně oprávněně aplikují vlastní zásady, protože sinice jsou součástí domény Bacteria.
Do toho vstoupily i změny vyvolané novými revizemi názvoslovných kódů, upravujícími názvy a pravidla popisu taxonů. U rostlin se International Code of Botanical Nomenclature změnil na International Code of Nomenclature for Algae, Fungi, and Plants (dále jen ICN), u bakterií International Code of Nomenclature of Bacteria (Bacteriological Code) na International Code of Nomenclature of Prokaryotes (dále jen ICNP) a navíc byl upraven implementovaným (v roce 2021) návrhem na rozšíření klasifikace bakterií o úroveň kmenů a jejich jednotné pojmenování (tvořené příponou -ota).
Žádná oficiální klasifikace sinic neexistuje. Postupně však dochází ke sjednocování přístupů – v roce 2021 byl přijat návrh (z roku 2004), že jména a popisy taxonů sinic platně zveřejněné v rámci ICN jsou rovněž akceptovány jako platně zveřejněné v rámci ICNP.
Druhou současnou snahou je vedle formální validity taxonů zajistit jejich fylogenetickou přirozenost. Stávající (i validní) vyšší taxony, založené na morfologických kritériích či kombinovaném morfologicko-molekulárním přístupu, jsou mnohdy parafyletické a dokonce i polyfyletické, a je proto žádoucí nalézt robustní fylogenetický strom podle dostupných genomických dat a podle něho upravit fylogenetickou taxonomii.
Z výše uvedeného plyne, že jsou publikovány různé klasifikační systémy pro sinice, které se vzájemně liší jak zásadami jejich sestavení, tak i počty zahrnutých vyšších taxonů.
V následujících oddílech jsou podrobněji uvedeny dva: systém z roku 2023 založený na fylogenetických zásadách a systém založený na průběžně aktualizované databázi validních názvů taxonů. Pro doplnění jsou stručně uvedeny další tři systémy založené na průběžně aktualizovaných databázích s příslušnými odkazy.
Tento článek neuvádí žádné starší, překonané systémy, i když byly ve své době hojně aplikované nebo citované, nebo byly vydané v češtině.
Nová fylogenetická systematika Nový návrh taxonomické klasifikace sinic, publikovaný v roce 2023, je založen na robustní fylogenetické analýze dílčích genomických dat dostupných z nedávné doby v kombinaci s široce zmapovanou fylogenezí genu pro 16S rRNA. Systém se opírá o fylogenetický strom, ale stále využívá fenotypové apomorfie, kde je to možné. Je založen na referenčních kulturách typových druhů pro většinu sekvenovaných taxonů, aby umožnil integraci s tradičními popisy typových druhů a odpovídajících rodů. Použití kritéria monofylie na všechny taxonomické úrovně vyšší než rod umožnilo stanovit přirozená rozhraní mezi řády a čeleděmi a rozdělení polyfyletických tradičních taxonů (zejména parafyletických bazálních větví „Synechococcales sensu lato“) a proto systém obsahuje mnohé nové řády a čeledi, přičemž i mnohé z těch tradičních jsou revidované. Do kmene je (podle dřívějších návrhů) zahrnuta nová třída Vampirovibriophyceae odpovídající fylogenetické větvi, která se sice oddělila ještě před akvizicí oxygenní fotosyntézy (nebo schopnost fotosyntézy druhotně ztratila), ale s pravými sinicemi sdílí mnoho společných znaků (komponenty buněčné stěny, regulátory reakce na světlo a cirkadiánních rytmů). Třídu pravých sinic Cyanophyceae nový systém člení na 20 řádů a celkem 54 čeledí a k nim uvádí i zařazené rody (popsané do října 2021 a podložené kultivovanými bakteriálními vzorky, nikoli pouze molekulární analýzou) a specifikaci typového druhu.
O nový systém se zasloužili vědci Biologického centra AV ČR a Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích.
Tento systém je zpracován z pozice fykologů, proto dává přednost „rostlinným“ názvům taxonů. V následujícím přehledu jsou však doplněna i platná synonyma z pohledu bakteriologů a pro úplnost i některé starší názvy (s poznámkou, že jsou již zastaralé nebo překonané). Protože se v různých systémech pracuje se stejnými názvy taxonů, které však mají odlišné vymezení, je pro jednoznačnou identifikaci důsledně uváděn autor a rok popisu taxonu. (P) označuje taxony, pro které dosud chybí důležitá část fylogenomických informací a jejich zařazení v daném místě systému je potřeba považovat za provizorní (jedna čeleď a několik desítek rodů). Do následujícího přehledu jsou (podle vzoru některých systémů) formálně doplněny i primární plastidy (rostlin i rodu Paulinella) vzniklé ze sinic jako obligátních endosymbiontů.
Kmen Cyanobacteria Stanier ex Cavalier-Smith, 2002 (syn. Cyanobacteriota Oren et al. 2022), zastarale Cyanophyta jakožto oddělení rostlin) – sinice Třída: Vampirovibriophyceae Strunecký & Mareš 2023 (syn. Melainabacteria Soo et al. 2014; Vampirovibrionia ) Řád: Vampirovibrionales Soo et al. 2015 Rody: Vampirovibrio (další potenciální řády této třídy, jako "Candidatus Caenarcaniphilales" Soo et al. 2014, "Candidatus Gastranaerophilales" Di Rienzi et al. 2013, "Candidatus Obscuribacterales" Soo et al. 2014 jsou dosud bez validního popisu a kultivovaných druhů) Třída: Cyanophyceae Schaffner 1909 (syn. Oxyphotobacteria (ex Gibbons & Murray 1978) Murray 1988, Cyanobacteriia) Řád: Gloeobacterales Cavalier-Smith 2002 Čeleď: Gloeobacteraceae Komárek & Anagnostidis 1995 Rody: Gloeobacter Čeleď: Anthocerotibacteraceae Strunecký & Mareš 2023 Rody: Anthocerotibacter Řád: Thermostichales Komárek & Strunecký 2020 Čeleď: Thermostichaceae Komárek & Strunecký 2020 Rody: Thermostichus Řád: Aegeococcocales Strunecký & Mareš 2023 Čeleď: Aegeococcaceae Strunecký & Mareš 2023 Rody: Aegeococcus Řád: Pseudanabaenales Komárek & Anagnostidis 1988 Čeleď: Pseudanabaneaceae Anagnostidis & Komárek 1988 Rody: Pseudanabaena, Limnothrix Čeleď: Thalassoporaceae Strunecký & Mareš 2023 Rody: Thalassoporum Řád: Gloeomargaritales Moreira et al. 2017 Čeleď: Gloeomargaritaceae Moreira et al. 2017 Rody: Gloeomargarita primární plastid rostlin (ve smyslu Archaeplastida) Řád: Acaryochloridales Strunecký & Mareš 2023 Čeleď: Acaryochloridaceae Komárek et al. 2014 Rody: Acaryochloris Čeleď: Thermosynechococcaceae Komárek et al. 2020 Rody: Thermosynechococcus Řád: Prochlorotrichales Strunecký & Mareš 2023 Čeleď: Prochlorotrichaceae Burger-Wiersma et al. 1989 Rody: Prochlorothrix Řád: Synechococcales Hoffmann et al. 2005 Čeleď: Synechococcaceae Komárek & Anagnostidis 1995 Rody: Synechococcus Čeleď: Prochlorococcaceae Komárek & Strunecký 2020 Rody: Anathece, Cyanobium, Parasynechococcus, Prochlorococcus plastid fotosyntetizujících rhizarií rodu Paulinella (Paulinella chromatophora, P. acadia, P. micropora, P. longichromatophora) Řád: Nodosilineales Strunecký & Mareš 2023 Čeleď: Nodosilineaceae Strunecký & Mareš 2023 Rody: Amazoninema, Euryhalinema, Gibliniella, Haloleptolyngbya, Halomicronema, Leptoelongatus, Marileptolyngbya, Nodosilinea, Salileptolyngbya Čeleď: Cymatolegaceae Strunecký & Mareš 2023 Rody: Cymatolege, Rhodoploca, Leptothoe, Alternantia (P), Bacularia (P), Cyanocatenula (P), Cyanodictyon (P), Cyanothamnos (P), Epigloeosphaera (P), Lemmermanniella (P), Lithococcus (P), Lithomyxa (P), Myxobaktron (P), Palikiella (P), Rhabdoderma (P), Rhabdogloea (P), Rhodostichus (P), Romeria (P), Tubiella (P), Wolskyella (P) Čeleď: Persinemataceae Strunecký & Mareš 2023 Rody: Lagosinema, Persinema Řád: Oculatellales Strunecký & Mareš 2023 Čeleď: Oculatellaceae Mai & Johansen 2018 Rody: Albertania, Calenema, Cartusia, Drouetiella, Elainella, Kaiparowitsia, Komarkovaea, Metis, Oculatella, Pegethrix, Shackletoniella, Thermoleptolyngbya, Tildeniella, Timaviella, Toxifilum, Trichotorquatus, Sodaleptolyngbya Řád: Leptolyngbyales Strunecký & Mareš 2023 Čeleď: Leptolyngbyaceae Komárek et al. 2014 Rody: Alkalinema, Arthronema, Chamaethrix, Chroakolemma, Heteroleibleinia (P), Jaaginema (P), Kovacikia, Leptodesmis, Leptolyngbya, Limnolyngbya, Myxacorys, Onodrimia, Pantanalinema, Phormidesmis, Planktolyngbya (P), Plectolyngbya, Pseudophormidium, Scytolyngbya, Sokolovia (P), Stenomitos, Tapinothrix (P) Čeleď: Trichocoleusaceae Mai & Johansen 2018 Rody: Geitleribactron (P), Pinocchia (P), Schizothrix (P), Sirocoleum (P), Trichocoleus Čeleď: Neosynechococaceae Strunecký & Mareš 2023 Rody: Neosynechococcus Řád: Geitlerinematales Strunecký & Mareš 2023 Čeleď: Geitlerinemataceae Strunecký & Mareš 2023 Rody: Geitlerinema Řád: Desertifilales Strunecký & Mareš 2023 Čeleď: Desertifilaceae Hašler et al. 2017 Rody: Desertifilum, Jacksonvillea, Klisinema, Roseofilum Řád: Oscillatoriales Schaffner 1922 Čeleď: Oscillatoriaceae (Gray) Kirchner 1898 Rody: Ammassolinea, Baaleninema, Koinonema, Laspinema, Oxynema, Oscillatoria – drkalka, Perforafilum, Phormidium (P), Planktothricoides, Sodalinema Čeleď: Microcoleaceae Komárek et al. 2014 Rody: Affixifilum, Ammatoidea (P), Ancylothrix, Arthrospira, Blennothrix (P), Capilliphycus, Dapis , Dasygloea (P), Homoeothrix (P), Hydrocoleum (P), Kamptonema, Leibleinia (P), Leptochromothrix (P), Limnoraphis, Limnospira, Lyngbya (P), Lyngbyopsis (P), Microcoleus, Neolyngbya, Okeania, Ophiophycus (P), Phormidiochaete (P), Planktothrix, Plectonema (P), Polychlamydum (P), Porphyrosiphon (P), Proterendothrix (P), Pseudoscytonema (P), Sirenicapillaria (P), Symplocastrum (P), Tenebriella, Tigrinifium (P), Trichodesmium, Tychonema (P), Vermifilum (P) Čeleď: Aerosakkonemataceae Strunecký & Mareš 2023 (P) Rody: Aerosakkonema, Potamosiphon, Microseira, Cephalothrix Řád: Coleofasciculales Strunecký & Mareš 2023 Čeleď: Coleofasciculaceae Komárek et al. 2014 Rody: Caldora, Coleofasciculus, Kastovskya, Moorena, Symploca (P) Čeleď: Wilmottiaceae Strunecký & Mareš 2023 Rody: Anagnostidinema (P), Gracilinea, Potamolinea, Pycnacronema, Ramsaria, Wilmottia Řád: Spirulinales Komárek et al. 2014 Čeleď: Spirulinaceae (Gomont) Hoffmann et al. 2005 Rody: Glaucospira (P), Halospirulina, Spirulina Čeleď: Lusitaniellaceae Strunecký & Mareš 2023 Rody: Lusitaniella Řád: Chroococcales Schaffner 1922 Čeleď: Microcystaceae Elenkin 1933 Rody: Aphanocapsa (P), Aphanothece, Asterocapsa (P), Chalicogloea, Coelomoron, Coelosphaeriopsis (P), Coelosphaerium (P), Crocosphaera, Cyanoaggregatum (P), Cyanocatena (P), Cyanocomperia (P), Cyanogastrum (P), Cyanogranis (P), Cyanonephron (P), Cyanostylon (P), Cyanotetras (P), Dzensia (P), Eucapsis (P), Gloeothece, Hormothece (P), Mantellum (P), Merismopedia, Microcystis, Pannus (P), Planctocyanocapsa (P), Pseudoncobyrsa (P), Radiocystis (P), Rippkaea, Siphonosphaera (P), Snowella, Sphaerocavum, Synechocystis, Woronichinia, Zehria Čeleď: Geminocystaceae Tuji et al. 2021 Rody: Geminocystis, Microcrocis (P), Picosynechococcus Čeleď: Chroococcaceae Nägeli 1849 Rody: Chroococcus, Cryptococcum, Cyanoarbor (P), Cyanocatenula (P), Cyanodermatium (P), Cyanokybus (P), Cyanosarcina (P), Entophysalis (P), Inacoccus (P), Johanseninema (P), Lithocapsa (P), Nephrococcus (P), Paracapsa (P), Placoma (P), Pseudocapsa (P), Siphononema (P) Čeleď: Cyanotrichaceae Elenkin in Kiselev 1947 Rody: Johannesbaptistia, Limnococcus Čeleď: Prochloraceae Lewin 1977 Rody: Prochloron Čeleď: Gomphosphaeriaceae Elenkin 1933 Rody: Gomphosphaeria Čeleď: Pleurocapsaceae Geitler 1925 Rody: Cyanocystis (P), Cyanoderma (P), Cyanosaccus (P), Chamaecalyx (P), Chondrocystis, Chroococcidium (P), Chroococcopsis, Dalmatella (P), Dermocarpella (P), Epilithia (P), Foliisarcina, Hormathonema (P), Hydrococcus (P), Hyella, Myxohyella (P), Myxosarcina, Nisada (P), Odorella, Onkonema (P), Pleurocapsa, Podocapsa (P), Radaisia (P), Sinaiella (P), Solentia (P), Stanieria, Tryponema (P), Xenococcus, Xenotholos (P) Čeleď: Halothecaceae Strunecký & Mareš 2023 Rody: Halothece, Rubidibacter Řád: Gomontiellales Strunecký & Mareš 2023 Čeleď: Gomontiellaceae Elenkin 1949