náhled|Fylogenetický strom, který ukazuje bohatost současně známých bakteriálních linií (v horní části obrázku)..Klasifikace bakterií prodělala v prvních dekádách 21. století zásadní změny. Genomickými analýzami byla odhalena velká diverzita stávajících skupin a popsáno či alespoň geneticky identifikováno mnoho nových bakteriálních linií, aniž by k nim ve většině případů byly kultivované vzorky.
Úroveň kmene, do konce roku 2023 nejvyšší taxonomická úroveň v doméně Bacteria, se stala standardní taxonomickou úrovní dle Mezinárodní kód nomenklatury prokaryot a v r. 2021 byla stanovena pro tuto úroveň jednotná přípona -ota. Současně s novými názvy se však v mikrobiologických publikacích nadále používají i názvy staré.
Na konci roku 2023 byla pro bakterie oficiálně navržena další vyšší taxonomická úroveň – říše (angl. kingdom, lat. regnum), pro kterou je stanovena jednotná přípona -ati.
Seznam bakteriálních kmenů Neexistuje závazné kritérium, podle kterého by daná bakteriální linie měla být postavena na taxonomickou úroveň kmene. Uváděnou pracovní definicí je, že bakteriální kmen je monofyletická linie bakterií, jejichž geny 16S rRNA sdílejí párovou sekvenční shodu v párech bazí ~ 75 % nebo méně vzhledem k zástupcům jiných bakteriálních kmenů. Odhaduje se, že existuje přibližně 1 300 takto definovaných bakteriálních kmenů.
Níže uvedený seznam bakteriálních kmenů vychází ze seznamu prokaryotních říší a kmenů databáze LPSN – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature, která eviduje platně publikované popisy prokaryotických taxonů.LPSN – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature Dostupné online {(anglicky). Kmeny jsou seskupeny do jednotlivých abecedně řazených říší (do systému LPSN plně integrovaných 17. ledna 2025)LPSN. Domain Bacteria. Dostupné online (anglicky) a v jejich rámci uspořádané abecedně. Seznam respektuje platná názvoslovná pravidla ICNP, mj. předepisující jednotnou příponu -ota pro bakteriální kmeny a -ati pro říše. Platná jména jsou psána v souladu s názvoslovným kódem ICNP kurzívou.
Současná taxonomie nemůže pomíjet ani taxony bakteriálních linií, které nemají kultivované vzorky a jejichž úplný popis pro uznání oficiálního pojmenování podle názvoslovného kódu tak není možné. Takové taxony mají status „Candidatus“ a představují více než 70 % známých linií. U většiny z nich LPSN od března 2025 označuje jejich publikaci jako předběžně validní, nebo jejich jméno uvádí jako preferované. V souladu s ICNP jsou jejich jména psána antikvou s předsunutým kurzívou psaným přívlastkem „Candidatus“, to celé v kolmých horních uvozovkách.
Ke každému novému názvu kmene v souladu s platným názvoslovným kódem jsou uvedena i synonyma, ať už jde o jména s platnou nebo předběžně platnou publikací, či často používaná nevalidně publikovaná jména. Pokud bylo jméno s platnou publikací synonymizováno s validním jménem LPSN, je uvedeno do dalšího řádku (protože může mít jinak stanovený typový rod) a zapsáno podle pravopisných pravidel uvedených výše. Ostatní synonyma jsou uvedena antikvou, bez přívlastků Candidatus i bez další interpunkce (jako např. uvozovek) používané pro ně v jiných taxonomických systémech. Je třeba poznamenat, že synonyma při svém popisu představovala jiný taxonomický obsah, než je současný obsah příslušného platně pojmenovaného kmene (LPSN řeší konzistenci hierarchie založené na standardních taxonomických úrovních zpravidla synonymizací, včetně úpravy přípony, meziúrovňového kladu/taxonu s taxonem nejbližší vyšší standardní úrovně; v jiných víceúrovňových klasifikačních systémech se tak často vztahují jen na jednu z vnitřních podskupin či na vnitřní klad platně pojmenovaného taxonu, proto v nich synonymy nejsou. Stejně pojmenované taxony se tak v různých systémech mohou zásadním způsobem lišit obsahem!
V posledním sloupci je uveden typový rod (validní či předběžně validní jména); tam, kde popsaný rod není přímo přiřazen jako typový k úrovni kmene, předchází jeho jménu znak „?“.
K listopadu 2025 eviduje databáze LPSN 4 říše a 41 kmenů s platnou publikací; vedle toho uvádí 145 kmenů typu „Candidatus“ (tedy s předběžně validními či preferovanými jmény, ale bez kultivovaných vzorků):