V následujícím seznamu jsou uvedeny masakry, tj. incidenty, při kterých došlo k zabití více než pěti nebojujících osob (neozbrojených civilistů, vězňů nebo válečných zajatců), a ke kterým došlo na území Česka, tehdy Protektorátu Čechy a Morava (případně v oblasti Sudet) pod nacistické okupace Československa Nacistickým Německem, a následně po osvobození země a rané Třetí československé republiky od března 1939 až do konce roku 1945. Je zde tak zahrnuto masové násilí na českém území jak ze strany německé okupační moci v období druhé světové války, tak civilní oběti armád osvobozujících Československo a také oběti poválečného násilí, povětšinou páchaného etnickými Čechy na českých Němcích, a oběti tzv. divokého odsunu Němců z Československa.

Jediným zde uvedeným masakrem spáchaným mimo české území výjimkou je největší jednodenní masová vražda českých občanů v historii, která byla spáchána v rodinném táboře Terezín v Auschwitz II-Birkenau v pozdějším Polsku ve dnech 8. až 9. března 1944. V rámci procesu holokaustu docházelo dalším k jednodenním hromadným vraždám českých občanů v nacistických koncentračních táborech mimo české země, např. v Malém Trostenci 28. srpna 1942 (999 zabito); Riga, 28. srpna 1942 (1001 zabito); Mauthausen, 24. října 1942 (262 zabito); Mauthausen, 10. dubna 1945 (235 zabitých) atd. Pokud není uvedeno jinak, oběti byly české národnosti.

Protektorát Čechy a Morava NameDateLocationDeathsNotesNásledky studentských protestů 17. listopadu 1939 17. listopadu 1939Praha9Devět vůdců vysokoškolských studentských protestů bylo popraveno a asi 1500 studentů bylo posláno do koncentračních táborů, kde 35 bylo popraveno nebo později zemřelo. První stanné právo (První heydrichiada)28. září 1941 – 19. ledna 1942Prahanejméně 247 Celkový počet byl odhadnut na 1500, včetně popravených a dalších úmrtí v koncentračních táborech; oběti byly různých etnik, většinou čeští křesťané a čeští židé. První stanné právo (První heydrichiada)28. září 1941 – 19. listopadu 1941Brnonejméně 239 Celkový počet obětí se odhaduje na 1000, včetně popravených a dalších úmrtí v koncentračních táborech); oběťmi byli čeští křesťané a čeští židé. Masakr v Lidicích10. června 1942Lidice181Během vyhlazení a demolice obce Lidice bylo zastřeleno 172 mužů, v Praze dalších devět lidických mužů. Kompletní bilance nejméně 318, v koncentračních táborech bylo zabito 52 žen a 85 dětí z Lidic, starší zdroje uvádějí 340. Masakr v Ležákách24. června 1942Ležákynejméně 33 Celkový počet byl odhadnut na 44, včetně dalších úmrtí v koncentračních táborech. Likvidace koncentračního tábora Terezín8. – 9. března 1944Auschwitz-Birkenau3,792Oběťmi byli čeští Židé; přibližně 144 000 Židů, většina tehdejších českých občanů, bylo posláno do koncentračního tábora Terezín; asi čtvrtina vězňů (33 000) zemřela v Terezíně. Když byl tábor zlikvidován, vězni byli posláni do Polska; přestože k polským vraždám došlo mimo území České republiky, šlo o největší masovou vraždu českých občanů v historii. Masakr v Životicích6. srpna 1944Životicenejméně 36 Finální počet obětí byl 44, zabitých včetně úmrtí v koncentračních táborech; oběťmi bylo 35 etnických Poláků, 8 Čechů a jeden Němec. Masak sestřelených amerických letců u Kaplic9. prosince 1944Kaplice5Pět sestřelených amerických pilotů, z nichž všichni byli neozbrojení a vzdali se, zastřelili rakoušní nacisté Karl Lindemeyer a Franz Strasser. Lindemeyer spáchal 8. května 1945 sebevraždu. Strasser byl zatčen americkými úředníky a postaven před soud za válečné zločiny. Byl shledán vinným ze zastřelení dvou letců, odsouzen k smrti a 10. prosince 1945 oběšen.Pochod smrti24. ledna 1945Brandýs nad Orlicí18Oběti byli různých národností.Pochod smrti13. a 14. dubna 1945Stod241Oběti byli různých národností. Masakr v Jablunkově13. dubna 1945Jablunkov12Oběťmi byli polští vězni zavraždění gestapem. Pochod smrti15. dubna 1945Nýřanyokolo 100Oběti byli různých národností. Masakr v Mikulově15. dubna 1945Mikulov21Jednalo se o masovou vraždu maďarských židovských vězňů pracujících v hliněné jámě.Masakr v Kyjově14. dubna 1945Kyjovnejméně 7 Celkový počet obětí byl 9, včetně dvou mužů následně zastřelených na ulici. Masakr v Ploštině19. dubna 1945Ploštinanejméně 24 Úplný počet mrtvých byl 28, včetně následných poprav.Masakr v Zákřově20. dubna 1945Zákřov19Vojenský soud v Medlánkách21. dubna 1945Brno-Medlánky15Masakr v Prlově23. dubna 1945Prlovnejméně 19 Úplný počet mrtvých byl 23, včetně následných poprav.Masakr u Salaše29. dubna 1945Bunč21Masakr u Suchého30. dubna 1945Suchý10Masakr v Letovicíchzačátej května 1945Letovice19Těla 19 zavražděných válečných zajatců německého gestapa byla objevena 15. května 1945. Poslední poprava v Terezíně2. května 1945Terezín52Na přímý rozkaz Karla Hermanna Franka byli zavražděni „nejnebezpečnější“ političtí vězni; většina obětí byli čeští komunisté. Součást nacistické okupace Čech, Moravy a Slezska a holocaustu.Poprava v Lazcích2. května 1945Olomouc-Lazce23Zabito bylo 21 účastníků či rukojmích zajatých během povstání v Přerově a 2 místní členové odboje. Poprava v pevnosti XIII2. května 1945Olomouc-Nová ulice17Zajatí účastníci povstání v Přerově a rukojmí byli popraveni. Pochod smrti3.–6. května , 1945Olbramovice82Oběti byli různých národností. Pochod smrti4.–6. května , 1945Podbořany-Kašticenejméně 268 Celkový počet obětí byl asi 600, včetně těch, kteří byli zabiti přímo a těch, kteří zemřeli na cestě z Johanngeorgenstadtu do Lovosic. Oběti byly různých etnik. Masakr v Javoříčku5. května 1945Javoříčko38Brandýská tragédie5. května 1945Brandýs nad Orlicí15Pochod smrti (Volary)6. května 1945Volary95–217Všechny oběti byly ženy, většina z nich maďarští Židé. Když pochod opustil 13. dubna 1945 koncentrační tábor Helmbrechts v Německu, zahrnovalo 1167 žen, z toho 577 židovských a 590 nežidovských, včetně 25 německých křesťanek, které všechny přežily. Celkový počet obětí se zdá být nejméně 217 (včetně asi 123, kteří byli zabiti nebo zahynuli v Německu před tím, než pochod překročil hranici 14. dubna u Aše/Aše ); 59 obětí bylo zastřeleno a 158 zahynulo vyčerpáním. Masakr v Velkém Meziříčí6. května 1945Velké Meziříčínejméně 58 Úplný počet mrtvých byl 60, včetně následně popravených. Masakr v Leskovicích6. května 1945Leskovice18Úplný počet obětí byl 26, včetně 8 povstalců popravených nebo zabitých v boji předchozího dne; za masakr civilistů byl zodpovědný německý velitel SS Walter Hauck. Masakr v Úsobské ulici6. května 1945Praha51Součást Pražského povstání.Masakr v Psárech6. května 1945Psáry13Součást Pražského povstání.Masakr u Lednice7. května 1945okolí Lednice 22Pachatelé i oběti byli Němci. 22 německých vojáků bylo zastřeleno jako údajní dezertéři bez jakéhokoli soudu; vraždu osobně nařídil maršál Ferdinand Schörner.Masakr v Kolíně7. května 1945Kolín13–16Masakr vykonaný z rozkazu velitele kolínského gestapa – německého důstojníka Paula Hermanna Feustela. Masakr v Třešti7. května 1945Třešť34Masakr ve Velkých Popovicích7. května 1945Velké Popovice29Masakr v Lahovicích7. května 1945Praha-Lahovice21Součást Pražského povstání.Masakr na Masarykově nádraží8. května 1945Praha53Součást Pražského povstání.Masakr v Trhové Kamenici8. května 1945Trhová Kamenice13Malínská tragédie8. května 1945Kutná Hora-Malín11

Po osvobození Československa