Obsah GC či množství GC (z anglického GC-content) je podíl guanino-cytosinového komplementárního páru (GC), typicky v rámci určité DNA. Zbylými bázemi jsou adenin (A) a thymin (T), a tak AT pár v daném genomu logicky činí zbytek do sta procent.Definition of GC – content on CancerWeb of Newcastle University,UK Podíl GC vazeb však standardně bývá vyšší než podíl AT vazeb.
Guanin se váže na cytosin, podobně jako adenin na thymin. Vazba mezi G a C má tři vodíkové vazby (na rozdíl od AT vazby, která má dvě), díky čemuž je GC vazba odolnější vůči vysoké teplotě. Dříve se kvůli tomu mělo za to, že vyšší obsah GC mají termofilní organismy, což však bylo vyvráceno.Hurst, LD. and Merchant, AR. High Guanine-Cytosine Content is Not an Adaptation to High Temperature: A Comparative Analysis amongst Prokaryotes Proceedings: Biological Sciences, 268(466) 493-497, 2001.
Výpočet obsahu GC Obsah GC se udává zejména v procentech, méně často jako poměr (tzv. G+C ratio). Výpočet obsahu GC se provádí pomocí vzorce:
G+C poměr spočítáme jako:
Využití Obsah GC bází je velmi variabilní nejen na úrovni druhů, ale i v rámci jediného genomu. Některé oblasti mají vyšší obsah GC, některé nižší. Geny často mají vyšší obsah GC bází.Bernardi, G., Isochores and the evolutionary genomics of vertebrates, Gene, 241:3-17, 2000.
Na úrovni jednotlivých taxonomických skupin, jako jsou například kmeny bakterií, se využívá často obsahu GC pro definici jednotlivých skupin. V systematice bakterií například kmen Actinobacteria je charakterizován jako kmen bakterií s vysokým obsahem GC.Taxonomy browser on NCBI
Například bakterie Streptomyces coelicolor A3(2) má obsah GC 72 %.Whole genome data of "Streptomyces coelicolor" A3(2) on NCBI, kvasinka Saccharomyces cerevisiae 38 %,Whole genome data of Saccharomyces cerevisiae on NCBI a rostlina huseníček rolní (Arabidopsis thaliana) 36 %.Whole genome data of Arabidopsis thaliana on NCBI Hodnoty blížící se 0 % a 100 % jsou kvůli informační povaze jednotlivých bází nereálné. Velmi nízký obsah GC má například Plasmodium falciparum, a to asi 20 %.Whole genome data of Plasmodium falciparum on NCBIGenome of Plasmodium falciparum. Mem Inst Oswaldo Cruz, 92(6): 835-841, 1997.>Full Article
Reference
Externí odkazy Tabulka GC obsahů všech sekvenovaných prokaryot Seznam bakterií i s jejich GC obsahy.
Kategorie:Genetika