Klasifikace eukaryot od přibližně 90. let 20. století prošla výraznou změnou a dosud není plně stabilní. Stále ve větší míře se prosazuje fylogenetický přístup, tedy snaha respektovat v klasifikačních systémech skutečnou příbuznost jednotlivých skupin, nikoliv pouze podobné znaky. Různé aktuální studie používají vzájemně odlišné klasifikační systémy, jen málokteré z nich si kladou za cíl pokrýt celkový rozsah eukaryotní domény. Níže uvedené systémy proto nejsou závazné, ale jsou uvedeny jako příklady dvou možných, ale přitom šířeji aplikovaných v mezinárodních projektech. Oba jsou zaměřeny zejména na jednobuněčná eukaryota (protista) a systémy pro klasické mnohobuněčné říše ponechávají na specializovaných projektech (třebaže nemusejí vzájemně navazovat, co se týká klasifikační úrovně a zahrnutí nepřirozených skupin a incertae sedis); podobně i na wikipedii se jimi zabývají samostatné články Klasifikace rostlin, Klasifikace hub a Klasifikace živočichů.
Podle prvního z nich, vytvořeného protistology v r. 2005 a aktualizovaného v r. 2012 a 2019, lze v rámci eukaryot vyčlenit několik velkých skupin (superskupin) bez taxonomického ranku, u kterých se předpokládá jejich monofyletičnost, a sice Amoebozoa, Opisthokonta, Archaeplastida, Sar a několik menších, jako CRuMs, Cryptista, Haptista, Discoba a Metamonada; ukazuje i jejich přiřazení ke dvěma superskupinám Amorphea a Diaphoretickes, taktéž považovaným za přirozené.
Druhý systém, zachovávající taxonomické úrovně, vytvořil a průběžně upravoval Thomas Cavalier-Smith, přičemž se snažil implementovat nové fylogenetické poznatky. Uvedená podoba má základ již v r. 1998, ale v aktuální podobě je takřka zcela tvořena novým zněním daným postupnými dílčími úpravami systému až k r. 2022. Dělí doménu eukaryota na pět říší, a sice tradiční říše Plantae (rozšířenou na celý přirozený klad ve smyslu Archaeplastida), Fungi a Animalia (ve smyslu Metazoa), a nově seskupené říše protistů – (parafyletickou) Protozoa a (pravděpodobně polyfyletickou) Chromista, přičemž oběma názvům přiřazuje poněkud jiný rozsah, než měly v době svého zavedení.
Fylogenetické stromy na konci článku shrnují graficky představy o skutečné příbuznosti jednotlivých skupin eukaryot.
České názvosloví je založené na databázi BioLib.
Systém dle Adla a kol. Založeno na systému Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes, který v r. 2019 přepracoval Sina M. Adl s kolektivem z předchozích klasifikací protistů z r. 2005 a 2012 . Systém byl primárně vytvořen pro jednobuněčná eukaryota a vyznačuje se volným členěním (bez názvů taxonomických úrovní jako kmen, třída či řád), přičemž směšuje na stejné úrovni různé taxonomické ranky (namísto monotypických taxonů uvádí rovnou taxon podřízený). V co největší míře se snaží vyhnout nepřirozeným skupinám, proto obsahuje značný počet incertae sedis (v následujícím přehledu uváděny vždy na začátku dané skupiny, aby se vyloučilo jejich mylnému přiřazení k poslední podskupině).
Systém se ve své poslední revizi se stal primární úvodní referencí pro taxonomické studie vyvíjené v rámci mezinárodní taxonomické iniciativy „UniEuk“ s cílem implementace v INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) a ENA (European Nucleotide Archive).
Skupiny, u kterých se sice předpokládá monofylie, ale jejich potenciální nepřirozenost není dosud spolehlivě vyloučena, jsou označeny (P). Značka (X) označuje taxony, pro které neexistují dostatečná molekulárně genetická data a jejich struktura či pozice v systému může být v budoucnosti podstatným způsobem revidována. V hranatých závorkách za názvem taxonu se uvádějí používaná synonyma nebo alternativní názvy, včetně názvů nekorektních (s ohledem na příslušné nomenklaturní kódy) či názvů nemajících nomenklaturní prioritu.
Pro přehlednost je systém redukován na 8 nejvyšších úrovní a jsou vypuštěny úrovně rodů a druhů, pokud nejsou reprezentanty monotypických taxonů vyšší úrovně nebo jsou takovým taxonům postaveny na roveň.
DOMÉNA: EUKARYOTA syn. EUKARYA
AMORPHEA ()
Amoebozoa Amoebozoa – měňavkovcináhled|vpravo|300px|Amoebozoa: Vlčí mléko červené (Myxogastria) Tubulinea [=Lobosea ] – lalokonozí Corycida Echinamoebida Elardia Leptomyxida Arcellinida – krytenky Sphaerothecina Difflugina Heleopera sphagni Phryganellina Euamoebida Evosea Variosea Flamellidae Filamoeba Heliamoeba Protosteliida – protostelidy Fractovitellida Acramoebidae Schizoplasmodiidae Soliformoviidae Angulamoeba Cavosteliida Ischnamoeba Darbyshirella Holomastigida Dictyamoeba Arboramoeba Phalansterium Eumycetozoa – hlenky Dictyostelia – diktyostelidy Myxogastria [Myxomycetes ] – pravé hlenky Lucisporidia Columellidia Protosporangiida Protosporangiidae Ceratiomyxa Cutosea Archamoebea – panoženky Mastigamoebida Pelobiontida Tricholimax Entamoeba Rhizomastix Discosea Flabellinia Thecamoebida Dermamoebida Mycamoeba Dactylopodida Vannellida Stygamoebida (P) Centramoebia Acanthopodida Pellitida Himatismenida
Obazoa Obazoa Apusomonadida – apusomonády Breviatea Opisthokonta Holozoa náhled|vpravo|300px|Metazoa: Babočka paví oko (Lepidoptera) Ichthyosporea [Mesomycetozoea ] – plísňovky Dermocystida [Rhinosporidaceae ] Ichthyophonida [Ichthyophonae ; Amoebidiidae ] Filasterea Choanozoa [Choanozoa ] Choanoflagellata [Craspedomonadina ; Craspedomonadaceae ; Craspedophyceae ; Craspédomonadophycidées ; Craspedomonadophyceae ; Choanomonadea ; Choanoflagelliida ; Choanoflagellatea ; Choanomonada ] – trubénky Craspedida Salpingoecidae Acanthoecida Acanthoecidae Stephanoecidae Metazoa [Animalia ; Eumetazoa ] – živočichové (nejsou uvedeny kmeny tkáňovců; celkový podrobnější systém najdete v článku Klasifikace živočichů) Porifera [Parazoa ] – houbovci, (živočišné) houby Hexactinellida – křemití, křemitky Amphidoscophora Hexasterophora Demospongiae – rohovití Verongimorpha Keratosa Heteroscleromorpha Homoscleromorpha – plakiny Calcarea [Calcispongia ] – vápenatí Calcinea Calcaronea Trichoplax [Placozoa ] – vločkovci Nucletmycea [=Holomycota ]náhled|vpravo|300px|Fungi: Muchomůrka červená (Agaricomycetidae) Incertae sedis Nucletmycea: Sanchytriaceae Rotosphaerida [junior syn. Cristidiscoidida ; Nucleariidae ] Fungi – houby (podrobnější systém najdete v článku Klasifikace hub) Opisthosporidia (P) Aphelidea [=Aphelidida ; =Aphelidiomyceta ; =Aphelidiomycota ; =Aphelidiomycotina ; =Aphelidiomycetes ; =Aphelidiaceae ] – afelidie Cryptomycota [=Rozellida ; =Rozellomycota ; =Rozellosporidia ; =Rozellomycotina ] Microsporidia – mikrosporidie (zastarale hmyzomorky) Blastocladiales [=Blastocladiineae ; Blastocladiomycota ; Blastocladiomycetes ] Chytridiomycota – chytridiomycety Chytridiomycetes Caulochytriales Chytridiales Cladochytriales Gromochytriales Lobulomycetales Mesochytriales Polychytriales Polyphagales Rhizophydiales Rhizophlyctidales Spizellomycetales Synchytriales Dikarya Incertae sedis Dikarya: Entorrhizomycetes [=Entorrhizaceae ; =Entorrhizales ; =Entorrhizomycetes ; =Entorrhizomycota ; =Entorrhizomycotina ] Ascomycota – houby vřeckovýtrusé Taphrinomycotina Archaeorhizomyces [=Archaeorhizomycetes ; =Archaeorhizomycetales ] Neolecta [=Neolectomycetes ; =Neolectales ; =Neolectaceae ] Pneumocystis [=Pneumocystidales ; =Pneumocystidomycetes ; =Pneumocystidaceae] Schizosaccharomyces [=Schizosaccharomycetaceae ; Schizosaccharomycetales ; =Schizosaccharomycetes ] – kvasinkotvaré Taphrinales [=Taphrinomycetes ] Saccharomycetales [=Saccharomycetes ; =Saccharomycotina ] – pravé kvasinky Pezizomycotina Arthoniales [=Arthoniomycetes ] – artoniotvaré Dothideomycetes Eurotiomycetes Geoglossaceae [=Geoglossales ; Geoglossomycetes ] Laboulbeniomycetes Lecanoromycetes Leotiomycetes Lichinales [=Lichinomycetes ] Orbiliaceae [=Orbiliales ; =Orbiliomycetes ] Pezizales [=Pezizomycetes ] Sordariomycetes Xanthopyreniaceae [=Collemopsidiales ; Collemopsidiomycetes ] Xylonomycetes Basidiomycota – houby stopkovýtrusé Agaricomycotina Agaricomycetes – houby rouškaté Dacrymycetales [=Dacrymycetes ] Tremellomycetes – houby mozkovité Pucciniomycotina [=Urediniomycetes ] Agaricostilbomycetes Atractiellales [=Atractiellomycetes ] Classiculales [=Classiculomycetes ] Cryptomycocolax [=Cryptomycocolacaceae ; =Cryptomycocolacales ; =Cryptomycocolacomycetes ] Cystobasidiomycetes Microbotryomycetes Mixia [=Mixiaceae ; =Mixiales ; Mixiomycetes ] Pucciniomycetes – rzi Spiculogloeaceae [=Spiculogloeales ; =Spiculogloeomycetes ] Tritirachium [=Tritirachiaceae ; =Tritirachiales ; =Tritirachiomycetes ] Ustilaginomycotina Exobasidiomycetes Malassezia [=Malasseziales ; =Malasseziaceae ; =Malasseziomycetes ] Moniliella [=Moniliellaceae ; =Moniliellales ; =Moniliellomycetes ] Ustilaginomycetes – sněti Wallemiomycotina Wallemia [=Wallemiaceae ; =Wallemiales ; =Wallemiomycetes ] Geminibasidiaceae [=Geminibasidiales ; =Geminibasidiomycetes ] Monoblepharidomycetes Mucoromycota [Zygomycota ; Mucoromyceta ] (?P) Glomeromycotina Archaeosporales [=Archaeosporomycetes ] Glomeromycetes Diversisporales Glomerales Paraglomus [=Paraglomeraceae ; =Paraglomerales ; =Paraglomeromycetes ] Mortierellaceae [Mortierellales ; =Mortierellomycotina ; =Mortierellomycetes ; =Mortierellomycota ] Mucoromycotina Endogonales [=Endogonomycetes ] Mucorales [=Mucoromycetes ] (P) Umbelopsidales [=Umbelopsidomycetes ] Neocallimastigaceae [=Neocallimastigales , =Neocallymastigacetes , =Neocallimastigomycota ] Olpidium [=Olpidiaceae ; =Olpidiales ; Olpidiomycota ; =Olpidiomycotina ; =Olpidiomyceta ] Zoopagomycota [Zygomycota ; Zoopagomyceta ] (?P) Entomophthoromycotina Basidiobolus [=Basidiobolomycetes ] Entomophthorales [=Entomophthoromycetes ] Neozygitaceae [=Neozygitomycetes ; =Neozygitales ] Zoopagales [=Zoopagomycotina ] Kickxellomycotina Asellariales [=Asellariaceae ] Dimargaritaceae [=Dimargaritales ] Harpellales Kickxellaceae [=Kickxellales ]
DIAPHORETICKES ()
Incertae sedis Diaphoretickes náhled|vpravo|300px|Haptista: Slunivka Raphidiophrys contractilis (Centroplasthelida) Microheliella Ancoracysta Rappemonads [Rappephyceae ] – rappemonády Telonemia [Telonemea ] Picozoa [Picobiliphytes ; Picomonadea ] – pikomonády Haptista Haptophyta Pavlovales Prymnesiophyceae Prymnesiales Phaeocystales Isochrysidales Coccolithales – kokolitky Centroplasthelida [Centrohelea ; Centroheliozoa ; ne však Centrohelida (polyfyletické vymezení – zahrnovalo i Gymnosphaerida)] – centrohelidní slunivky Incertae sedis Centroplasthelida: Spiculophryidae Pterocystida Raphidista Choanocystidae Raphidiophryidae Pterista Oxnerellidae Pterocystidae Heterophryidae Panacanthocystida Yogsothothidae Cryptista [Cryptista ] Palpitomonas Cryptophyceae [Cryptophyta ; Cryptophyta ] – skrytěnky Cryptomonadales Cyathomonadacea Kathablepharidacea [Kathablepharidae ]
Archaeplastida Archaeplastida – rostliny (podrobnější systém najdete v článku Klasifikace rostlin)náhled|vpravo|300px|Archaeplastida: Vratička měsíční (Polypodiopsida) Glaucophyta [Glaucocystaceae ; Glaucocystophyta ] – glaukofyty Rhodophyceae [Rhodophyta ; Rhodoplantae ] – ruduchy, zastarale červené řasy Cyanidiales [Cyanidiophyceae ; Cyanidiophyta ] Proteorhodophytina Compsopogonales [Compsopogonophyceae ] Porphyridiophyceae Rhodellophyceae [Rhodellophytina ] Stylonematales [Stylonematophyceae ] Eurhodophytina Bangiales [Bangiophyceae ] Florideophycidae Hildenbrandia [Hildenbrandiophycidae ] Nemaliophycidae Corallinophycidae Ahnfeltiophycidae Rhodymeniophycidae Chloroplastida [Viridiplantae ; Chlorobionta ; Chlorobiota ] – zelené rostliny Chlorophyta Ulvophyceae (P) – porostovky Trebouxiophyceae [Pleurastrophyceae ; Microthamniales ] (P?) Chlorophyceae – zelenivky