thumb|276px|Morro do Castelo, núcleo original de la ciudad de Río de Janeiro (pintura de Eliseu Visconti (1866-1944). La historia de Río de Janeiro, la antigua capital del Brasil, comienza con su ocupación por pueblos amerindios en una época que la ciencia todavía no ha determinado y continúa en nuestros días. En tiempos precolombinos, el área estuvo poblada por pueblos tupíes, que expulsaron a los tapuyas. Los primeros europeos en llegar fueron los franceses, que trataron de desarrollar la colonia de Francia Antártica. Sin embargo, fueron los portugueses quienes colonizaron la zona y fundaron la ciudad en 1565. Desde 1763 Río de Janeiro fue la capital del Brasil colonial. También lo fue del Imperio de Brasil y de los Estados Unidos del Brasil hasta 1960, cuando el gobierno fue transferido a Brasilia.
Periodo precabralino thumb|276px|Estampilla brasileña de 1965 en conmemoración de los 400 años de fundación de Río de Janeiro.
Hacia el año 1000, la mayor parte del actual litoral brasileño, incluyendo el territorio de la actual ciudad de Río de Janeiro, fue invadida por pueblos tupíes procedentes de la amazonia. Estos expulsaron hacia el interior del continente a los anteriores habitantes llamados por ellos como "tapuyas". Se estima que dicha migración tupí habría iniciado a comienzos de la era cristiana, y que no estaba motivada solamente por un impulso nómade, sino que también por un componente religioso, en una búsqueda por una «tierra sin males».
A principios del , la tribu tupí de los tupinambás, también llamados tamoios, ocupó la zona. A ellos pertenecía la aldea Carioca, cuyo nombre se convertiría en el gentilicio de la ciudad. Solamente la actual isla del Gobernador (entonces conocida como isla de Paranapuã) estaba ocupada por una tribu tupí rival: los temiminós.
Periodo colonial La bahía de Guanabara, que baña la ciudad de Río de Janeiro, fue descubierta por los portugueses el 1 de enero de 1502, durante el viaje de reconocimiento de la costa de la América Portuguesa del florentino Américo Vespucio. Existen discrepancias sobre quién habría sido el capitán mayor de esa expedición ya que algunos autores afirman que fue Gaspar de Lemos o Gonçalo Coelho quien participó de la expedición de 1503. La bahía fue cartografiada por los navegantes portugueses con la toponimia de "Río de Janeiro". Esto no se debe necesariamente a que pensaran que se trataba de la desembocadura de un curso fluvial, pues en esa época no se distinguía entre ríos, ensenadas y bahías.. El nombre aparece oficialmente por primera vez cuando la segunda expedición exploratoria portuguesa, comandada por Gaspar Lemos llegó en enero de 1502 a la bahía, que el navegante supuso que era la desembocadura de un río.
En 1503, Américo retorna a Río de Janeiro para la construcción de la feitoria de Cabo Frio, a pesar de que existen pruebas de que esta habría sido fundada en la bahía de Guanabara (feitoria de la bahía de Guanabara), y los portugueses no habrían especificado exactamente el lugar por cuestiones de estrategia.
Hasta el intento de colonización francés, en 1555, la bahía sirvió como un punto de paso de viajeros españoles, portugueses y algunos franceses que se abastecían de mercancía y suministros o arreglaban sus embarcaciones antes de seguir su viaje.
Alrededor de 1554, los indios llamaban el puerto de Río de "Niterói", nombre que vendría a designar, a partir de 1834, el actual municipio de Niterói.
Francia Antártica
derecha|miniaturadeimagen|276px|Mapa francés de 1555 de la bahía de Guanabara. Los primeros europeos que trataron de colonizar la zona fueron franceses hugonotes liderados por el vicealmirante Nicolas Durand de Villegagnon. Estos se establecieron en el interior de la bahía de Guanabara en 1555 para fundar la colonia Francia Antártica y la ciudad de Henriville.
Se aliaron con los tupinambás y juntos expulsaron los temiminós de la isla de Paranapuã erigiendo el Fuerte Coligny. Los temiminós se refugiaron en el sur del actual estado del Espíritu Santo, en territorio bajo dominio portugués. Entre 1560 y 1567, se aliaron con estos y derrotaron los franceses y tamoios de la bahía de Guanabara.O cacique Arariboia. Disponível em http://pt.shvoong.com/humanities/1786549-cacique-ararib%C3%B3ia/ . Consultado el 19 de julio de 2014. Sin embargo, en ese año fueron derrotados y expulsados por los portugueses, con lo que la efímera colonia llegó a su fin.
San Sebastián de Río de Janeiro thumb|276px|Hito padrão de la ciudad de Río de Janeiro ubicado en el interior de la iglesia de São Sebastião dos Capuchinhos, en Tijuca. San Sebastián de Río de Janeiro fue fundada por Estácio de Sá el 1° de marzo de 1565, cuando desembarcó en un istmo entre el Morro Cara de Cão y el Pan de Azúcar y construyó una empalizada defensiva. Fue la segunda ciudad del Brasil, después de Salvador, fundada en 1549 (antes sólo habían villas y aldeas en toda la colonia). El nombre era un doble homenaje tanto a Sebastián, el rey niño, monarca de jure de Portugal y a San Sebastián a quien se le atribuyó el milagro que culminó en la fundación de la ciudad. En la zona de Praia Vermelha, Estácio también mandó levantar la iglesia de San Sebastián, el primer templo religioso de la ciudad que fue construido de madera. miniaturadeimagen|276px|Grabado de Estácio de Sá fundando Río en 1565. thumb|276px|Morro do Castelo, con la Fortaleza y la iglesia de São Sebastião en la cima, en el lado izquierdo, el Paseo Público, visto desde la terraza de la Igreja da Glória, por Richard Bate en 1809. La victoria de De Sá, derrotando a los elementos remanentes franceses (los que, aliados como los tamoios, se dedicaban al comercio, amenazando el dominio portugués en la costa brasileña), garantizó la posesión de Río de Janeiro, rechazando, a partir de entonces, nuevos intentos de invasión extranjera y expandiendo, a costa de guerras, su dominio sobre las islas y el continente. En 1566, bajo el liderazgo de Cristovão de Barros, el núcleo urbano se empezó a expandir por el entorno de la bahía de Guanabara, en particular, de la Baixada Fluminense, dando inicio a la Capitanía Real de Río de Janeiro que pertenecía a la Corona portuguesa y no a un donatário como São Vicente o Pernambuco. Recién en 1567, con la derrota final de los franco-tamoios en Uruçumirim (Praia do Flamengo), la colonización de los alrededores prosperaría.
Los portugueses, bajo el comando de Mem de Sá, encontraron adecuado que la ciudad quedara instalada en un punto elevado, en uno de los morros cercanos a la isla de Villegagnon, entonces llamado "Morro do Descanso" (posteriormente sería conocido como el morro do Castelo que fue totalmente derrumbado en 1922), que permitiese la construcción de bastiones que defendiesen la ciudad y su atracadero, la isla, y que también vigilase la entrada de la bahía de Guanabara. El nuevo poblado marca, de hecho, el comienzo de la expansión de la ciudad fundada por los portugueses.
Construyeron una ciudadela amurallada y fortificada que incluyó, durante todo ese tiempo, el fortín bajo la invocación de Santiago (ver Fuerte de São Tiago da Misericórdia), una batería bajo la invocación de Santa Ana y una fortaleza llamada São Januário (ver: Fortaleza de São Sebastião do Castelo), que motivaron las distintas denominaciones del morro como São Tiago, São Januário, São Sebastião y, finalmente, "do Castelo".
En el lugar fueron construidas las primeras Casa de la Cámara y la Cárcel, la Casa del Gobernador, el colegio de los Jesuitas, los almacenes y también las iglesias de los Jesuitas y de São Sebastião, donde se instaló la primera catedral de la ciudad, y junto a la que se encontraba el hito de piedra de la fundación de la ciudad, traído desde su ubicación original a pies del morro Cara de Cão, así como los restos mortales del fundador, Estácio de Sá. Estas reliquias se encuentran hoy en la nueva iglesia de la misma orden ubicada en el barrio de Tijuca. Al pie de este morro, en la playa, se estableció la Santa Casa de Misericórdia - el primer hospital.
Luego de la ocupación del morro, la población de la ciudad comenzó a ocupar la llamada Várzea, un área plana comprendida entre cuatro morros (morro de São Bento al este, morro de Santo Antônio al oeste, morro da Conceição al norte y el morro do Castelo al sur) que delimitaban el núcleo urbano durante el periodo colonial. En consecuencia, se fueron rellenando lagunas, charcos y abriendo vegetación.
En 1573, el rey Sebastián, habiendo cumplido ya la mayoría de edad, dio a Río de Janeiro el título de "capital de Brasil" y creó un segundo gobierno general en la ciudad, colocando bajo su administración la "Repartición Sur" que incluía las capitanías de San Vicente, Río de Janeiro y Espírito Santo. La Repartición Sur tuvo una historia problemática ya que fue desaparecida y recreada varias veces: 1573-1578, 1608-1612 y la década de 1640, durante el gobierno de Salvador de Sá e Benevides. Mientras tanto, también en los periodos en que el gobierno de la Repartición Sur no fue reconocido por Portugal, "las capitanías de Río de Janeiro" se negaron a responder al gobierno general de Salvador, llevando a una serie de conflictos que culminaron en la transferencia del gobierno general de Salvador para Río en 1763, con el apoyo de la capitanía de Pernambuco.
Durante casi todo el , la ciudad tuvo un desarrollo urbano lento. Una red de pequeñas callejuelas conectaba entre sí las iglesias, uniéndolas al Palacio y al Mercado del Pez, al borde del muelle. A partir de ellas, nacían las principales calles del actual Centro. Sin embargo, con la invasión holandesa en el nordeste brasileño, la producción de azúcar aumentó gracias a los múltiples ingenios que se esparcieron por la ciudad. thumb|276px|Pedra do Sal, en Saúde, fue uno de los sitios consagrados al tráfico de esclavos. Esa importancia se hizo aún mayor con la explotación de los yacimientos de oro en Minas Gerais en el : la proximidad llevó a la consolidación de la ciudad como el mayor centro portuario y económico. En 1763, el ministro portugués marqués de Pombal transfirió la sede de Brasil colonial de Salvador para Río, resolviendo los conflictos entre las reparticiones norte y sur. En la década de 1770, los gobiernos generales de los estados de Maranhão y de Grão Pará fueron igualmente desaparecidos y toda la América Portuguesa pasó a tener a Río como capital.
A inicios del , Río ya era la segunda mayor ciudad de Brasil, sólo detrás de Villa Rica (actual Ouro Preto) Luego de la llegada de la familia real en 1808, la población creció rápidamente y la ciudad pasó a ser la más grande del país. Permanecería siéndolo hasta la década de 1950 cuando fue sobrepasada por São Paulo.
Río de Janeiro fue la capital de Brasil de 1763 a 1960, cuando el gobierno federal fue transferido para Brasilia. Actualmente es la segunda más populosa ciudad del país, tras São Paulo. Entre 1808 y 1815, fue la capital del Reino de Portugal y los Algarbes, como se llamaba oficialmente Portugal en esa época. Entre 1815 y abril de 1821, fue la sede del Reino Unido de Portugal, Brasil y Algarbes, luego de que se elevara al Brasil a parte integrante del Reino.
En los siglos y , muchas casas y haciendas tenían fuentes y pozos en sus terrenos. También había chafarizes, fuentes y caños, en las cuales los habitantes buscaban agua y a cargaban en potes, barriles o baldes. Otra forma de conseguirse agua era comprarla de los aguadeiros, esclavos que recorrían las calles en carros vendiendo agua de casa en casa. Según relatos del profesor alemán Hermann Burmeister en su libro "Viaje a Brasil", publicado en 1853:
Periodo imperial thumb|276px|iglesia de São Sebastião dos Capuchinhos, en el Morro do Castelo, durante el traslado de los restos mortales de Estácio de Sá, en 1922, antes de su demolición. Colección del Instituto Moreira Salles.