thumb|Cristianos japoneses ataviados con vestimentas portuguesas. Kirishitan (en katakana キリシタン, en kanji por escritura fonética 吉利支丹 o 切支丹) significa cristiano(s) en japonés y hoy es usado como un término historiográfico en los textos japoneses para los cristianos en Japón en los siglos y . La palabra kirishitan proviene del portugués cristão (cristiano). Además, los misioneros eran conocidos en Japón como bateren, pateren (ambos provenientes de padre) o iruman (de irmão, hermano). La denominación moderna para el cristianismo en Japón es kirisuto kyō (キリスト教).
Las actividades misioneras católicas en Japón comenzaron en 1549 desempeñadas exclusivamente por los jesuitas auspiciados por los portugueses hasta que las órdenes mendicantes auspiciadas por los españoles lograron entrar a Japón en el período de los Reinos Combatientes. El cristianismo fue perseguido en numerosas partes del país, ocurriendo matanzas; los cristianos eran considerados una secta y celebraban sus ritos en cuevas y sitios ocultos. El cristianismo dejó de existir públicamente en la Era Tokugawa en el .
Historia Los misioneros cristianos católicos eran conocidos como bateren (de la palabra portuguesa padre)Jansen, page 67 o iruman (del portugués irmão, "hermano"). Ambas transcripciones 切支丹 y 鬼利死丹 entraron en uso durante el período Edo cuando el cristianismo era una religión prohibida. El kanji usado para la transcripción tiene connotaciones negativas.
Barcos portugueses comenzaron a llegar a Japón en 1543,Documentos de Japon y la actividad de los misioneros en Japón comenzó en serio en 1549, principalmente por jesuitas patrocinados por Portugal, hasta órdenes mendicantes, apoyadas por España, como los franciscanos y los dominicos, entraron a Japón. De los 95 jesuitas que trabajaban en Japón hacia 1600, 57 eran portugueses, 20 eran españoles y 18 italianos.Cultural Interactions San Francisco Javier,Catholic Encyclopedia, Xavier entryCatholic Forum Cosme de Torres (un sacerdote jesuita) y el padre Juan Fernández fueron los primeros que llegaron a Kagoshima con la esperanza de llevar el cristianismo católico a Japón. En su apogeo, se estima que había cerca de 300.000 cristianos en Japón.Jansen, page 77 El catolicismo fue posteriormente perseguido en varias partes del país y dejó de existir públicamente en el .
Línea de demarcaciones entre Portugal y España thumb|left|Celebración de una misa cristiana en Japón. La religión era una parte integral del Estado y la evangelización se consideraba que tenía beneficios seculares y espirituales tanto para Portugal y España. En efecto, la bulas de donación del Papa Alejandro VI mandaron a los Reyes Católicos españoles para adoptar tales medidas. Dondequiera que España y Portugal intentaron ampliar sus territorios o su influencia los misioneros pronto iban. Por el Tratado de Tordesillas las dos potencias dividieron el mundo entre ellas en esferas de influencia exclusiva, comercio y colonización. Aunque en el momento de la demarcación ninguna nación tenía contacto directo con Japón, la nación cayó en la esfera de los portugueses.
Los países se disputan la atribución de Japón. Dado que no podía colonizarlo, el derecho exclusivo de propagar el cristianismo en Japón significaba el derecho exclusivo de comerciar con ese país. Los jesuitas portugueses fueron patrocinados bajo el liderazgo de Alessandro Valignano quien tomó la iniciativa de hacer proselitismo en Japón pese a la oposición de los españoles. El hecho consumado fue aprobado en la bula del Papa Gregorio XIII de 1575, que decidió que Japón fuera dominado por la portuguesa diócesis de Macao. En 1588, la diócesis de Funai (Nagasaki) fue fundada bajo la protección de Portugal.
Rivalizando con los jesuitas, España patrocinó a los frailes de las órdenes mendicantes que entraron en Japón a través de Manila, Filipinas. Al criticar las actividades de los jesuitas, ellos presionaron activamente al papa. Sus campañas provocaron el decreto de 1600 de Clemente VIII, que permitió a frailes españoles entrar en Japón a través de las Indias portuguesas, y el decreto de 1608 de Paulo V, que suprimió las restricciones a la ruta. Los portugueses acusaron a los jesuitas españoles de trabajar para su país en lugar de su patrocinador. La lucha por el poder entre los jesuitas y las órdenes mendicantes provocó un cisma dentro de la diócesis de Funai. Por otra parte, las órdenes mendicantes trataron en vano de establecer una diócesis en la región de Tohoku que iba a ser independiente de los portugueses.
El orden del mundo católico fue impugnado por Holanda e Inglaterra. A principios del Japón creó relaciones comerciales con Holanda e Inglaterra. Aunque esta se retiró de las operaciones en diez años debido a la falta de rentabilidad, Holanda siguió el comercio con Japón y se convirtió en el único país europeo que mantuvo relaciones comerciales con Japón hasta el . Como competidores comerciales, los países protestantes estaban comprometidos en una campaña negativa contra el catolicismo, y posteriormente afectó la política del shogunato hacia los reinos ibéricos. Las políticas coloniales de España y Portugal también fueron impugnadas por la Iglesia católica en sí. La Santa Sede fundó la Congregación de Propaganda de la Fe en 1622 y trató de separar a la Iglesia de la influencia de los reinos ibéricos; sin embargo, ya era demasiado tarde para Japón.
Estrategia de propagación thumb|Un jesuita con un noble japonés, cerca del año 1600. Los jesuitas creían que era mejor tratar de influir en las personas nobles y luego permitir que la religión se pasara a los plebeyos más tarde.Jansen, p. 22 Ellos trataron de evitar sospechas al no predicar a los plebeyos sin el permiso de los gobernantes locales para propagar el catolicismo en sus dominios. Como resultado, varios daimyo (nobles) se convirtieron al cristianismo, que pronto serían seguidos por muchos de sus súbditos tan pronto como los dominicos y agustinos fueron capaces de comenzar a predicar a la gente común. Después del edicto prohibiendo el cristianismo, fueron las comunidades que mantuvieron la práctica de catolicismo sin tener ningún contacto con la Iglesia hasta que los misioneros pudieron regresar a mediados del ; cuando San Francisco Javier desembarcó en Kagoshima, los principales jefes de las dos ramas de la familia Shimazu, Sanehisa y Katsuhisa, estaban en guerra por la soberanía de sus tierras. Katsuhisa, adoptó a Shimazu Takahisa que en 1542 fue aceptado como jefe del clan de haber recibido previamente los comerciantes portugueses en la isla de Tanegashima, aprendiendo sobre el uso de las armas de fuego. Más tarde, conoció a Javier mismo en el castillo de Uchiujijo y permitió la conversión de sus vasallos.
thumb|left|upright=1.5|Libro kirishitan en japonés, . Teniendo un fondo religioso, Takahisa demostró ser benevolente y permitió la libertad de culto, pero sin ayudar a los misioneros ni favoreciendo a su iglesia. Al no encontrar un camino hacia el centro de las cosas, la corte del emperador, Javier pronto se cansó y se fue a Yamaguchi comenzando así el período de Yamaguchi.St Francis Xavier and the Shimazu Family Javier se quedó en Yamaguchi durante dos meses en camino a una frustrada audiencia pública con el emperador en Kioto. Yamaguchi era una ciudad próspera y refinada y sus líderes, la familia Ouchi, eran conscientes de que el viaje de Javier a Japón había comenzado después de la finalización de su misión en la India. Tomaron el catolicismo como algún tipo de nueva secta del budismo y tenían curiosidad de saber de la doctrina del sacerdote. Tolerantes pero astutos, sus ojos estaban fijados más sobre el bautismo que sobre los cargamentos portugueses de Macao, concedieron el permiso al jesuita para predicar. Javier salió a las calles de la ciudad denunciando, entre otras cosas, el infanticidio, la idolatría y la homosexualidad (siendo esta última ampliamente aceptada en el momento). Los malentendidos eran inevitables.
Libros cristianos fueron publicados en japonés de la década de 1590 en adelante, algunos de ellos con más de un millar de ejemplares y desde 1601 se estableció una imprenta bajo la supervisión de Tomás Soin Goto, ciudadano de Nagasaki con 30 japoneses que trabajaban a tiempo completo en la prensa. Los calendarios litúrgicos también fueron impresos después de 1592 hasta al menos 1634. La solidaridad cristiana hizo también posible la entrega de correo misionero en todo el país hasta finales de la década de 1620. Entre los misioneros jesuitas se destacaron, además de Valignano, el portugués João Rodrigues y los italianos Giuseppe Chiara y Marcello Mastrilli; Rodrigues fue aprobado por los shogunes Toyotomi Hideyoshi y Tokugawa Ieyasu y participó en la administración de Nagasaki.
Naturaleza de la primera comunidad cristiana thumb|Netsuke representando a Cristo, , Japón. thumb|Crucifijo kirishitan japonés, . Sociedad de las Misiones Extranjeras de París. left|thumb|Campana luso-japonesa, 1570, Colección Nantoyōsō, Japón. Los diferentes grupos de laicos apoyaron la vida cristiana en la misión japonesa, por ejemplo: los dōjuku, los kanbo y los jihiyakusha ayudaron a los clérigos en actividades como la celebración de la liturgia dominical en ausencia del clero ordenado, la educación religiosa, la preparación de las confesiones y el apoyo espiritual de los enfermos. A finales del los kanbo y los jihiyakusha tenían responsabilidades similares y también organizaban funerales y bautizaban niños con el permiso para bautizar de Roma. El kanbo era el que había abandonado la vida secular, pero no tomaba formalmente los votos, mientras que el jihiyakusha se casaba y tenía una profesión.
Estos grupos fueron fundamentales para la misión y ellos mismos dependían tanto de la jerarquía eclesiástica, así como los señores de la guerra que controlaban las tierras en las que vivían. Por lo tanto, el éxito de la misión japonesa no puede explicarse solo como el resultado de la acción de un grupo de misioneros o de los intereses comerciales y políticos de unos pocos daimyos y los comerciantes. Al mismo tiempo los misioneros se enfrentan a la hostilidad de muchos otros daimyo. El cristianismo desafiaba la civilización japonesa. Una comunidad laica militante, la principal razón para el éxito misionero en Japón, fue también la razón principal de la política anticristiana del bakufu Tokugawa.
Política hacia el catolicismo thumb|Embajada japonesa de Mancio Ito, con el Papa Gregorio XIII en 1585. Cuando San Francisco Javier llegó Japón estaba experimentando una guerra civil en todo el país. Ni el emperador ni el shogun Ashikaga podían ejercer poder sobre la nación. Al principio Javier planeaba obtener el permiso, para la construcción de una misión, del emperador, pero estaba decepcionado con la devastación de la residencia imperial. Los jesuitas se acercaron a los daimyo en el suroeste del país y lograron convertir a algunos de estos daimyo. Una de las razones para su conversión puede haber sido el comercio portugués en el que los jesuitas actuaron como intermediarios; los jesuitas lo reconocieron y se acercaron a los gobernantes locales con ofertas de comercio y regalos exóticos.
Los jesuitas trataron de ampliar su actividad a Kioto y las regiones circundantes. En 1559 Gaspar Vilela obtuvo el permiso del shogun Ashikaga Yoshiteru para enseñar el cristianismo católico. Esta licencia era la misma que las dadas a los templos budistas, el tratamiento tan especial no pudo ser confirmado con respecto a los jesuitas. Por otro lado el emperador Ogimachi emitió edictos para prohibir el catolicismo en 1565 y 1568. Las órdenes del emperador y el shogun hicieron el cambio.