La Orden Hospitalaria de San Juan de Jerusalén, tras la pérdida de la Ciudad Santa trasladó su sede a Chipre, luego a Rodas hasta el año 1522 en que perdieron la isla, pasando su sede a Malta en 1530. Hasta nuestros días ha llegado el nombre abreviado de Orden de Malta ya que fue en Malta donde tenía la sede cuando se hizo famosa por frenar el avance turco en 1565. Los caballeros de la Orden eran conocidos como Hospitalarios y también como Sanjuanistas. En un principio, los hábitos de la Orden del Hospital de San Juan de Jerusalén eran negros, con una cruz blanca de ocho puntas (las ocho bienaventuranzas). A partir de 1259, los sanjuanistas cambian la sobreveste para la guerra por la de color rojo con una cruz blanca que cruza la vestimenta.
miniaturadeimagen|400x400px|Los Caballeros Hospitalarios en el
Inicios
miniatura|200px|Los caballeros de la Orden defendiendo las murallas de San Juan de Acre (1291) Los inicios se remontan a mitad del , cuando Jerusalén se hallaba bajo el dominio de los califas de Egipto, antes de su toma por los ejércitos de la Primera Cruzada (1099). Mercaderes amalfitanos hicieron construir en Jerusalén, con la autorización del Califa de Egipto Bomensor Monstensaf, una iglesia llamada Santa María de los Latinos (concluida en 1048) y, en principio una casa frente al templo de la resurrección de Cristo, en el lugar donde se creía solía orar San Zacarías, padre del Glorioso San Juan Bautista. Habiendo muchos peregrinos cristianos que visitaban el Santo Sepulcro, los mercaderes reedificaron en aquel sitio un hospital para la atención de los peregrinos de Tierra Santa. Según una leyenda, el hospital adquirió tal prestigio que el Califa donó a fray Gerardo, rector del hospital, un trozo de los muros de la ciudad en el que se comprendía una puerta y las llaves de esta, confiriendo así al hospital el símbolo de una autonomía y una rudimentaria personalidad que le libraban de injerencias musulmanas. Fray Gerardo era un religioso y fue beatificado a su muerte. El hospicio-enfermería estaba administrado por una comunidad de religiosos benedictinos dedicada a San Juan Bautista.
En 1099, los cruzados, al mando de Godofredo de Bouillón, conquistaron Jerusalén. El hospital acogió a los cruzados heridos. Algunos cruzados se unieron a los religiosos y se constituyeron en Orden, adoptando como emblema la cruz octógona. Fray Gerardo pidió al Papa Pascual II que la Orden fuese puesta bajo la tutela de la Santa Sede con la "Protectio Sancti Petri".
El Papa la concede por medio de la bula "Piæ postulatio", de 15 de febrero de 1113, con la que la Orden queda sustraída a los avatares del Reino latino de Jerusalén. La Bula -emanada durante una sesión del concilio de Benevento- amplía y confirma los privilegios ya recibidos por parte de los príncipes y de los Patriarcas de Jerusalén, sanciona de un modo solemne un estado de hecho. Por su parte el Papa Calixto II, en 1120, confirmó y amplió los privilegios concedidos por su predecesor.
La bula se refiere a las posesiones de la Orden "en Asia y en Europa". Se refiere también a la elección de quien tenga que suceder al beato Gerardo y dice: "aquel que los hermanos profesos establecerán, según Dios, que deba ser elegido". De ello podemos deducir la existencia de una Regla, que no ha llegado hasta nosotros, y la de una comunidad dividida en dos categorías, profesos y no profesos. La Regla fue ampliada y codificada por el sucesor del beato Gerardo, Raimundo de Puy, primero en usar el título de Gran Maestre, aprobada por el Papa Eugenio III en 1145. Fray Raimundo fue también el introductor de la cruz blanca octogonal, que hasta nuestros días es el emblema de la Orden.
En virtud de esta bula el Hospital se convierte en una Orden exenta.
La situación política, bajo Raimundo de Puy, obligó a asumir funciones militares para la protección de los enfermos, los peregrinos y los territorios cristianos que los Cruzados habían recuperado. Así la Orden de San Juan adquirió el carácter de una Orden de caballería. Los caballeros eran al mismo tiempo religiosos sujetos a los tres votos. De esta manera se convirtió en una persona mixta, una Orden religioso-militar. Sus dos finalidades son el obsequium pauperum y la tuitio fidei.
En 1291, con la caída del Reino cristiano de Jerusalén, en su último baluarte de San Juan de Acre, la Orden se estableció temporalmente en Chipre. centro|miniaturadeimagen|500x500px|Sedes históricas de la SOM de Malta
Rodas (1310-1522) y destierro (1523-1530) miniaturadeimagen|Toma de Rodas por los caballeros de la Orden Hospitalaria de San Juan de Jerusalén (1310), cuadro de Éloi Firmin Féron (1840) La estructura autónoma de que gozó la Orden desde su inicio la hicieron completamente independiente de otros ordenamientos jurídicos, aunque solo con la ocupación armada de Rodas, en 1308, bajo el Gran Maestre Foulques de Villaret, la Orden obtiene la estabilidad territorial y empieza a ejercitar sus prerrogativas soberanas según el derecho feudal, ya que hasta entonces la organización institucional estaba orientada solamente a regular la vida interna del convento y no pretendía un relieve externo. Sin embargo, resultaría prematuro hablar de subjetividad internacional porque la comunidad internacional todavía no se había creado. No obstante, al adquirir la soberanía territorial se acercó a la categoría de los Estados, cuya estructura ya poseía. A partir de ese momento se distinguen dos clases de súbditos, los institucionales o caballeros y los territoriales.
Las especiales relaciones que unían a la Religión directamente a la persona del Papa no impedían el ejercicio de la soberanía. La especial ligazón que suponía la Protectio Petri no debilitaba las relaciones soberanas de la Orden con los Estados, sino que las fortalecía.
Clemente V, aún antes de ultimada la conquista de Rodas, el 5 de septiembre de 1307, declaró que "prædictam insulam, cum omnibus iuribus ac pertinentiis suis, vobis, et per vos Hospitali S. Ioannis Hierosolymitani, in perpetuum apostolica auctoritate concedimus ac confirmamus" (a vos y por vuestro medio al Hospital de San Juan de Jerusalén os concedemos y confirmamos con autoridad apostólica la mencionada isla con todos sus derechos y pertenencias a perpetuidad).
La defensa militar de la Cristiandad imponía la necesidad de poseer una fuerza naval. La Orden tuvo una flota poderosa; patrulló las aguas del Mediterráneo oriental. Participó en las Cruzadas en Siria y en Egipto y llevó ayuda al reino cristiano de Armenia (Cilicia) contra los ataques musulmanes.
thumb|left|La Orden en 1450.La Orden era regida por el Gran Maestre y el Consejo, acuñaba su propia moneda, mantenía relaciones diplomáticas con otros Estados. El Gran Maestre era Príncipe de Rodas como fue después Príncipe de Malta. Los altos cargos de la Orden fueron distribuidos a representantes de las diversas lenguas; y la sede de la Orden, el Convento, estaba constituido por varias casas religiosas nacionales.
La forma de gobierno de Rodas fue completamente atípica. Mientras, al haber desaparecido la idea del Papado y el Imperio, florecían las monarquías personales, allí, con el progresivo abandono de los poderes absolutos por parte del "Magnus Magister" (Gran Maestre), se estableció una República aristocrática y electiva mucho antes de que una forma similar a esta se instaurase en los Estados generales de Holanda (1573).
Después de 214 años, el 24 de diciembre de 1522 terminó el dominio de la Orden sobre Rodas al capitular, después de cinco meses de heroica resistencia ante el sultán Solimán el Magnífico, que había atacado la isla con una gran flota y poderosos ejércitos. El 2 de enero de 1523 los caballeros fueron obligados a abandonarla con el tributo de admiración del enemigo, que les rindió honores militares.
Precisamente esta circunstancia nos dará la prueba del reconocimiento de los emperadores hacia la Orden, a pesar de que esta estaba naturalmente más inclinada hacia el Papado.
Durante los siguientes siete años la Orden, aun cuando conservó la soberanía internacional, estuvo sin territorio alguno. Tras Rodas, se establecieron en Candía, Messina, Civitavecchia (todas ellas en 1523, sucesivamente), Viterbo (1574), Niza (1527) y Siracusa (1528).
Malta (1530-1798)
thumb|right|Jean Parisot de La Valette entró en la orden en la Lengua de Provenza y luchó con distinción contra los turcos en Rodas y posteriormente en Malta. Llegó a ser Gran Maestre el 21 de agosto de 1557 El 23 de marzo de 1530 en el Diploma de Castelfranco el emperador Carlos V hizo donación de la isla de Malta, perteneciente a la Corona de Aragón, a la Orden de San Juan de Jerusalén para que se restaurase y restableciese
El emperador sigue imponiendo una serie de condiciones y dice
Es de extrema importancia la expresión contenida en este diploma ne ulterius per Orbem vagari cogantur (para que no se vean obligados a vagar más por el mundo), ya que supone el más evidente reconocimiento de la soberanía de la Orden. thumb|Una de las muchas galeras de la Orden de San Juan de Jerusalén en 1765.
A pesar de la generosidad del emperador, los caballeros no aceptaron prestarle juramento de fidelidad, que habría supuesto un vínculo de obediencia militar, con la inevitable pérdida de la neutralidad. Finalmente, los caballeros se comprometieron a no combatir contra el "Alto Dominio", pero en realidad no supuso una heteroimposición, sino una explicitación de la autolimitación que ya habían asumido con el cuarto voto de no luchar contra los reyes cristianos.
El territorio fue aceptado "in pheudum perpetuum, nobile, liberum et francum" con "mero et mixto Imperio (...) ac gladii potestate in hominibus et fœminis" (como feudo perpetuo, noble, libre y exento de impuestos, con potestad sobre hombres y mujeres). Incluso teniendo en cuenta el sistema feudal de la época, la Orden gozó de una especial situación al no tener que soportar tampoco tributos.
El deber de tributar fue substituido, en efecto, por la entrega "unius Accipitris seu Falchonis" el día de Todos los santos. En realidad, el vínculo de vasallaje no era más intenso que el que unía al reino de Nápoles con el Papa. El rey se reconocía vasallo del Papa y quedaba obligado a la entrega de la "Chinea".
La única limitación efectiva, pero obviamente consecuente con el vínculo de feudalidad, era la imposibilidad para la Orden de "transferre seu alienare" (transferir o enajenar) los territorios recibidos. Pero, precisamente esta cláusula demuestra que desde el origen la Orden fue considerada capaz de adquirir soberanía sobre territorios diversos, con la consecuencia de no perderla por la pérdida del territorio singular.
El 25 de abril de 1530 el papa Clemente VII aprobó la infeudación.
El 24 de mayo de 1530, en Siracusa, el Gran Maestre da una procuración a Hugues de Capones y a Jean Boniface para la ejecución del diploma. El 29 de mayo de 1530 prestaron el acto de homenaje.
Durante la estancia en Malta la Orden consolidó su organización legislativa y judicial, con lo que se fue institucionalizando como Ente autónomo en el ámbito de la ya existente Comunidad internacional.
Los turcos atacaron Malta, con el Gran Sitio, del 18 de mayo al 8 de septiembre de 1565, pero fueron derrotados por los caballeros al mando del Gran Maestre Jean de La Vallette, a partir de ahí empieza el ocaso del poderío naval otomano. La marina de la Orden se convirtió en una de las más poderosas del Mediterráneo y participó en la destrucción definitiva del poderío naval otomano en la batalla de Lepanto en 1571.