miniatura|250px|Alrededor del 70% de los mamíferos actuales pertenece a los órdenes Rodentia, Chiroptera y Eulipotyphla. La clase Mammalia fue definida por Carlos Linneo en 1758, y aunque con notables diferencias como la inclusión de los quirópteros que él consideró más próximos a las aves, muchas de las teorías y los grupos definidos por el científico sueco permanecen vigentes en la actualidad.

Los descubrimientos paleontológicos hacen que se vayan creando nuevos clados, modificando a la vez las relaciones de los existentes. Un ejemplo de lo anterior a nivel de la estructura troncal de la jerarquía, son tres de las propuestas que se han publicado al respecto en tiempos relativamente recientes:

Propuesta 1: McKenna-Bell, 1997McKenna, M.C., y Bell, S.K. (1997), Classification of Mammals Above the Species Level., Columbia University Press, New York. 0-231-11013-8.

Propuesta 2: Wang-Hu-Meng-Li, 2001Wang, Y., Hu, Y., Meng, J. & Li, C., 2001: An ossified Meckel's Cartilage in two Cretaceous mammals and origin of the mammalian middle ear. –Science: Vol. 294

Propuesta 3: Kielan-Jaworowska-Cifelli-Luo, 2004Kielan-Jaworowska, Z., Cifelli, R. L. & Luo, Z.-X., 2004: Mammals from the Age of Dinosaurs – origins, evolution, and structure. Columbia University Press, New York, 2004Luo, Z.-X. & Wible, J. R., 2005: A Late Jurassic digging mammal and early mammalian diversification. Science: Vol. 308

Por otra parte, los cada día más numerosos avances en genética molecular precisan con mayor exactitud la distancia filogenética de las especies, con una clara tendencia a la aparición de grupos monofiléticos en los niveles de menor rango.

Los mamíferos en el «árbol de la vida» Los mamíferos son animales vertebrados tetrápodos amniotas, pero la traducción de estos términos a grupos taxonómicos en lo referente a composición y jerarquización de los clados que representan cada uno de ellos supone un continuo debate.

El siguiente cladograma resume el papel que representan los mamíferos dentro de la clasificación de los seres vivos:Mikko's Phylogeny Archive Acceso: 2 de mayo de 2017

--o Eukaryota - Eucariotas `-o Opisthokonta - animales, hongos y relacionados |--Holomycota - hongos y relacionados `-o Holozoa - animales y relacionados `-o Metazoa Haeckel, 1874 - Metazoos `-o Eumetazoa Linnaeus, 1758 - Animales `-o ParaHoxozoa - (cnidarios, placozoos, bilaterios) `-o Bilateria - Bilaterales `-o Deuterostomia - Deuteróstomos `-o Chordata - Cordados `-o Craniata - Craneados `-o Vertebrata - Vertebrados `-o Gnathostomata - Mandibulados |-- Chondrichthyes Huxley, 1880 - Condrictios (tiburones y rayas) `-o Teleostomi - Teleóstomos `-o Osteichthyes Huxley, 1880 - Osteíctios (peces óseos) |--Actinopterygii (peces con aletas radiadas) `-o Sarcopterygii Romer, 1955 - Sarcopterigios `-o Tetrapoda Haworth, 1825 - Tetrápodos |-- Amphibia Gray, 1825 - Anfibios `-o Amniota Haeckel, 1866 - Amniotas |-- Sauropsida Laurenti, 1768 - Reptiles, aves y dinosaurios `-o Synapsida Osborn, 1903 - Sinápsidos `-o Therapsida Broom, 1905 - Terápsidos `-o Cynodontia Owen, 1861 - Cinodontes `-o Mammaliaformes Rowe, 1988 - Mamíferiformes `-o MAMMALIA Linnaeus, 1758 - Mamíferos

Clasificación de los mamíferos

Resulta difícil establecer una versión oficial de la jerarquización taxonómica de los mamíferos.

Existen algunas publicaciones que contienen árboles filogenéticos completos y detallados que son empleados de forma generalizada en este campo.

Clasificación de Simpson (1945) George Gaylord Simpson publicó en 1945 su obra "Principios de Clasificación y Clasificación de los Mamíferos", fuente de muchos de los trabajos que en este campo se publicaron en la segunda mitad del .Simpson, George Gaylord. 1945. "The principles of classification and a classification of mammals". Bulletin of the American Museum of Natural History, 85 documento pdf

No obstante, los estudios paleontológicos y biomoleculares acontecidos con posterioridad a ella han convertido en obsoletos muchos de los términos en ella tratados.

Clasificación de McKenna y Bell (1997)

Malcom C. McKenna y Susan K. Bell revisaron la jerarquización taxonómica de los mamíferos de donde resultó la clasificación que lleva sus apellidos.

Esta clasificación trata detalladamente los distintos clados de mamíferos tanto extintos como vivos hasta el rango de género.

El tratado crea el rango cladístico legión, entre clase y orden, categorizándolo en superlegión, legión, sublegión e infralegión, además de muchos nuevos clados que en algunos casos, invalidan nombres y grupos empleados en las clasificaciones clásicas.

Éste es un cladograma resumido hasta el rango de orden:

--o Clase Mammalia Linnaeus, 1758 |-o Subclase Prototheria Gill, 1872 | |- Orden Platypoda (Gill, 1872) | `- Orden Tachyglossa (Gill, 1872) `-o Subclase Theriiformes (Rowe, 1988) |-o Infraclase Allotheria (Marsh, 1880) (†) | `- Orden Multituberculata Cope, 1884 (†) |-o Infraclase Holotheria (Wible et al., 1995) | |- Superlegión Kuehneotheria McKenna, 1975 (†) | `-o Superlegión Trechnotheria McKenna, 1975 | |-o Legión Cladotheria McKenna, 1975 | | |- Sublegión Dryolestoidea (Butler, 1939) (†) | | `-o Sublegión Zatheria McKenna, 1975 | | |- Infralegión Peramura McKenna, 1975 (†) | | `-o Infralegión Tribosphenida (McKenna, 1975) | | |- Supercohorte Aegialodontia (Butler, 1978) | | `-o Supercohorte Theria (Parker & Haswell, 1897) (†) | | |- Orden Asiadelphia Trofimov & Szalay, 1993 (†) | | |- Orden Deltatheroida Kielan-Jaworowska, 1982 (†) | | |-o Cohorte Marsupialia (Illiger, 1811) | | | |-o Magnorden Ameridelphia (Szalay in Archer, 1982) | | | | |- Orden Didelphimorphia (Gill, 1872) | | | | |- Orden Paucituberculata Ameghino, 1894 | | | | `- Orden Sparassodonta (Ameghino, 1894) (†) | | | `-o Magnorden Australidelphia (Szalay in Archer, 1982) | | | |-o Superorden Eomarsupialia (Archer, 1984) | | | | |- Orden Yalkaparidontia Archer et al., 1988 (†) | | | | |- Orden Notoryctemorphia (Kirsch in Hunsaker, 1977) | | | | |- Granorden Dasyuromorphia (Gill, 1872) | | | | `-o Granorden Syndactyli (Gill, 1871) | | | | |- Orden Peramelemorphia (Kirsch, 1968) | | | | `- Orden Diprotodontia Owen, 1866 | | | `-o Superorden Microbiotheria (Ameghino, 1889) | | `-o Cohorte Placentalia (Owen, 1837) | | |- Orden Bibymalagasia MacPhee, 1994 (†) | | |-o Magnorden Epitheria (McKenna, 1975) | | | |- Superorden Leptictida McKenna, 1975 (†) | | | `-o Superorden Preptotheria (McKenna, 1975) | | | |-o Granorden Anagalida (Szalay & McKenna, 1971) | | | | |-o Mirorden Duplicidentata (Illiger, 1811) | | | | | |- Orden Lagomorpha Brandt, 1855 | | | | | `- Orden Mimotonida Li et al., 1987 (†) | | | | |- Mirorden Macroscelidea (Butler, 1956) | | | | `-o Mirorden Simplicidentata (Weber, 1904) | | | | |- Orden Mixodontia Sych, 1971 (†) | | | | `- Orden Rodentia Bowdich, 1821 | | | |-o Granorden Archonta (Gregory, 1910) | | | | |- Orden Chiroptera Blumenbach, 1779 | | | | |- Orden Primates Linnaeus, 1758 | | | | `- Orden Scandentia (Wagner, 1855) | | | |-o Granorden Ferae (Linnaeus, 1758) | | | | |- Orden Carnivora Bowdich, 1821 | | | | |- Orden Cimolesta McKenna, 1975 | | | | `- Orden Creodonta (Cope, 1875) (†) | | | |-o Granorden Lipotyphla (Haeckel, 1866) | | | | |- Orden Chrysochloridea Broom, 1915 | | | | |- Orden Erinaceomorpha (Gregory, 1910) | | | | `- Orden Soricomorpha (Gregory, 1910) | | | `-o Granorden Ungulata (Linnaeus, 1766) | | | |- Orden Dinocerata Marsh, 1873 (†) | | | |- Orden Tubulidentata Huxley, 1872 | | | |-o Mirorden Altungulata (Prothero & Schoch, 1989) | | | | |- Orden Perissodactyla Owen, 1848 | | | | `- Orden Uranotheria McKenna & Bell, 1997 | | | |-o Mirorden Eparctocyona McKenna, 1975 | | | | |- Orden Arctostylopida Cifelli et al., 1989 (†) | | | | |- Orden Artiodactyla Owen, 1848 | | | | |- Orden Cetartiodactyla Linnaeus, 1758 | | | | |- Orden Condylarthra Cope, 1881 (†) | | | | `- Orden Procreodi Matthew, 1915 (†) | | | `-o Mirorden Meridiungulata McKenna, 1975 (†) | | | |- Orden Astrapotheria Lydekker, 1894 (†) | | | |- Orden Litopterna Ameghino, 1889 (†) | | | |- Orden Notoungulata Roth, 1903 (†) | | | |- Orden Pyrotheria Ameghino, 1895 (†) | | | `- Orden Xenungulata Paula Couto, 1952 (†) | | `-o Magnorden Xenarthra (Cope, 1889) | | |- Orden Cingulata (Illiger, 1811) | | `- Orden Pilosa (Flower, 1883) | `-o Legión Symmetrodonta (Simpson, 1925) (†) | |- Orden Amphidontoidea (Prothero, 1981) (†) | `- Orden Spalacotherioidea (Prothero, 1981) (†) `- Infraclase Triconodonta (Osborn, 1888) (†)

Clasificación "Systema Naturae 2000" Otra de las estructuras jerárquicas de los mamíferos publicadas es ésta, alojada en la página web "The Taxonomicon" y que se resume en el cladograma siguiente:Brands, S.J. (comp.) 1989-2005. Systema Naturae 2000. The Taxonomicon. Universal Taxonomic Services, Amsterdam, Holanda. Acceso: 15 de octubre de 2007

--o Mammalia |- Adelobasileus - Lucas & A. Hunt, 1990 (†) |- Sinoconodon - Patterson & Olson, 1961 (†) |- Morganucodontidae - Kühne, 1958 (†) `-o Holotheria |- Kuehneotherium - Kermack et al., 1968 (†) |- Docodonta (†) |-o Australosphenida | |- Ausktribosphenida (†) | `- Monotremata - Ornitorrinco y equidnas `-o Theriimorpha |- Triconodonta (†) `-o Theriiformes |- Multituberculata (†) `-o Trechnotheria |- Symmetrodonta (†) `-o Cladotheria |- Dryolestoidea (†) `-o Prototribosphenida |- Vincelestes - Bonaparte, 1986 (†) `-o Boreosphenida |- Deltatheroida (†) `-o Theria |- Marsupialia - Marsupiales `-o Placentalia |-o Afrotheria | |- Macroscelidea - Ratas de trompa | |-o Paenungulata | | |- Proboscidea - Elefantes | | `-o Tethytheria | | |- Hyracoidea - Damanes | | `- Sirenia - Manatíes | |- Tenrecoidea - Tenrecs | `- Tubulidentata - Oricteropo |-o Boreoeutheria | |-o Euarchontoglires | | |-o Archonta | | | |- Dermoptera - Colugos | | | |- Primates | | | `- Scandentia - Tupayas | | `-o Glires | | |- Lagomorpha - Conejos, liebres y pikas | | `- Rodentia - Roedores | `-o Laurasiatheria | |- Chiroptera - Murciélagos | |-o Ferungulata | | |-o Cetartiodactyla | | | |- Artiodactyla - Camélidos, suiformes y rumiantes | | | `- Cetacea - Ballenas y delfines | | |- Carnivora - Carnívoros | | |- Perissodactyla - Équidos, rinocerontes y tapires | | |- Pholidota - Pangolines | `- Lipotyphla - Insectívoros `- Xenarthra - Armadillos, perezosos y osos hormigueros

Actualizaciones de la clasificación de McKenna-Bell Desde que McKenna y Bell publicaron su obra, han sido considerables los hallazgos fósiles de mamíferos y los datos aportados por los estudios realizados han hecho necesaria la modificación de la estructura establecida hasta el momento.

El siguiente cladograma resume algunas de estas incidencias. Puede consultarse una versión más completa en Mikoo's Phylogeny Archive:

---o Mammaliaformes Rowe, 1988 `-o-o Morgunacodonta Kermack, Mussett & Rigney, 1973 `-o Docodonta Kretzoi, 1958 |-o Kuehneotheria Kermack, Kermack & Musset, 1968 `-o Mammalia Linnaeus, 1758 |-o Yinotheria Chow & Rich, 1982 | |-o Shuotheridia Chow & Rich, 1982 | `-o Australosphenida Luo, Cifelli & Kielan-Jaworowska, 2001 | |-o Ausktribosphenida Luo, Cifelli & Kielan-Jaworowska, 2001 | `-o Monotremata Bonaparte, 1837 |-o Volaticotheria Meng, Hu, Y. Wang, X. Wang, & Li, 2006 `-o Theriimorpha Rowe, 1993 |-o Eutriconodonta Kermack, Musset & Rigney, 1973 `-o Theriiformes Rowe, 1988 |-o Allotheria Marsh, 1880 `-o Holotheria Wible, Rougier, Novacek, McKenna & Dashzeveg, 1995 |-o Patriotheria Simpson, 1971 |-o Orthotheria Vandebroek, 1964 `-o Theria Parker & Haswell, 1897

Clasificación de Wilson y Reeder (2005)