El término universidad autónoma puede hacer referencia a:
Bolivia Universidad Autónoma Gabriel René Moreno Universidad Autónoma Tomás Frías
Chile Universidad Autónoma de Chile
Colombia Universidad Autónoma de Bucaramanga Universidad Autónoma de Colombia Universidad Autónoma de Occidente Universidad Autónoma de Manizales Universidad Autónoma del Caribe Universidad Autónoma Latinoamericana
El Salvador Universidad Autónoma de Santa Ana
España Universidad Autónoma de Barcelona Universidad Autónoma de Madrid
Honduras Universidad Nacional Autónoma de Honduras
México Universidad Nacional Autónoma de México Benemérita Universidad Autónoma de Puebla Universidad Autónoma Agraria Antonio Narro Universidad Autónoma Benito Juárez de Oaxaca Universidad Autónoma Chapingo Universidad Autónoma de Aguascalientes Universidad Autónoma de Baja California Universidad Autónoma de Baja California Sur Universidad Autónoma de Campeche Universidad Autónoma de Chiapas Universidad Autónoma de Chihuahua Universidad Autónoma de Ciudad Juárez Universidad Autónoma de Coahuila Universidad Autónoma de Durango Universidad Autónoma de Guadalajara Universidad Autónoma de Guerrero Universidad Autónoma de la Ciudad de México Universidad Autónoma de La Laguna Universidad Autónoma de Nayarit Universidad Autónoma de Nuevo León Universidad Autónoma de Querétaro Universidad Autónoma de San Luis Potosí Universidad Autónoma de Sinaloa Universidad Autónoma de Tamaulipas Universidad Autónoma de Tlaxcala Universidad Autónoma de Veracruz Villa Rica Universidad Autónoma de Yucatán Universidad Autónoma de Zacatecas Universidad Autónoma del Carmen Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo Universidad Autónoma del Estado de México Universidad Autónoma del Estado de Morelos Universidad Autónoma del Noreste Universidad Autónoma Indígena de México Universidad Autónoma Metropolitana Universidad Juárez Autónoma de Tabasco Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo Universidad Popular Autónoma de Veracruz Universidad Popular Autónoma del Estado de Puebla Universidad Veracruzana
Nicaragua Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua
Panamá Universidad Autónoma de Chiriquí
Paraguay Universidad Autónoma de Asunción Universidad Autónoma del Sur
Perú Universidad Autónoma del Perú Universidad Nacional Autónoma de Chota
República Dominicana Universidad Autónoma de Santo Domingo