Dos siglos antes del inicio de la era cristiana, en el territorio tabasqueño existían poblados de pescadores y cultivadores. La ciudad maya de Aguada Fénix constituye la población maya más antigua hasta ahora descubierta en Mesoamérica, ya que su construcción data del año En la región de la Chontalpa, las poblaciones como Comalcalco, Zapotal, San Miguel, Tierra Nueva, Tecominoacán y El Bellote, estaban ya bien establecidas desde el , aunque con una historia hasta ahora poco conocida. En el oriente de Tabasco existían aldeas, que serían las futuras ciudades mayas más importantes del período Clásico: Tortuguero, Moral Reforma, Santa Elena, San Claudio, Pomoná, Panhalé, Honochtah (Jonuta), Tiradero, El Arenal, La Carmelita y Nueva Esperanza.Textos indicativos. Museo Regional de Antropología Carlos Pellicer Cámara. Villahermosa, Tabasco.
Durante el período Clásico, los mayas de Tabasco ocuparon parte de las tierras bajas de la llanura costera hasta el río Mezcalapa y aprovecharon la diversidad ambiental de la región para cultivar una gran cantidad de frutos, así como para establecer una extensa red de comunicación fluvial, que los convertiría en los grandes comerciantes de la región Mesoamericana.
En esta era, lograron construir grandes capitales de señoríos que lucharon intensamente tanto por su autonomía e independencia, como por obtener mayores tributos y poder, contra otras ciudades rivales tanto de la cuenca del Usumacinta, como con la de El Petén, conflicto que a la postre los llevaría a la desintegración.
Durante el Posclásico, Tabasco se caracterizó por una organización más simple, estructurada regionalmente en pequeñas provincias que, en el , enfrentaron a poderío de las armas de fuego de los conquistadores españoles.
Historia Período Preclásico (2500 a.C. - 250 d.C.)
250px|thumb|En Comalcalco los mayas del preclásico tardío, edificaron las primeras construcciones de tierra recubierta de estuco. Según una teoría, los descendientes de los olmecas emigraron a la zona del Petén guatemalteco, donde posteriormente se mezclaron con la gente del lugar originando a los "protomayas". Durante esta migración, varios de estos grupos se quedaron y se asentaron en la llanura costera tabasqueña, en la región que más tarde sería conocida como la "Chontalpa" en el delta del entonces río Mezcalapa (hoy río Seco) y que desembocaba al golfo de México por la barra de Dos Bocas, dando origen de esta forma, a la civilización maya en Tabasco.
Las evidencias más tempranas de ocupación maya del territorio que hoy comprende el estado de Tabasco durante el período Preclásico, corresponden a poblados costeros de pescadores y cultivadores como El Bellote. Mientras que en la región de Los Ríos en el oriente de Tabasco, los primeros signos de ocupación del territorio datan de finales del Preclásico medio (1200 - ).
La construcción de Aguada Fénix ha sido fechada en el colocándola como la ciudad maya más antigua, y marca el paso de la civilización maya del nomadismo a un estilo de vida sedentario, y el inicio de la construcción de las ciudades-estado mayas. En Aguada Fénix se localiza una impresionante plataforma de tierra con un volumen de 3,8 millones de metros cúbicos, lo que convierte a esta plataforma en la construcción antigua más grande del mundo. Construida a base de plataformas de arcilla, algo inusual en la civilización maya, Aguada Fénix fue descubirta en el año 2017 gracias a la tecnología LIDAR que con láser permite realizar un mapeo aéreo.
Es a partir del Preclásico tardío ( - ), cuando se inicia en la ciudad de Comalcalco la edificación de construcciones de tierra con recubrimientos de estuco.
Período Clásico (250 - 900 d.C.)
Este período abarca desde los años 250 a aproximadamente. Recibe este nombre porque en un principio se creyó que fue el grupo sacerdotal el que ejerció el poder político y que toda la vida económica, social y cultural se desarrolló en torno a la religión.
Los grupos sacerdotales, tuvieron gran importancia en el gobierno de los Estados mayas del Clásico; pero, nunca fueron dirigentes. Existía en las ciudades-estado una clase noble y en todo caso, eran los guerreros quienes concentraban el poder, lo que confirma por qué las ciudades estaban en permanente guerra unas con otras.
Se incrementó notablemente la agricultura como actividad económica básica, la cual era practicada por grandes contingentes de labradores, propiciando una compleja división del trabajo y en consecuencia una fuerte estratificación social.
Las principales ciudades mayas de este período fueron: Comalcalco en la región de la Chontalpa; mientras que en la llamada cuenca del Usumacinta destacaron: Moral Reforma, Santa Elena, Tiradero, Tierra Blanca y El Arenal en Balancán, Pomoná, Panhalé y San Claudio, en Tenosique, Tortuguero en Macuspana y Honochtah en Jonuta.
Comalcalco, cuyo nombre original era Joy Chan, es una necrópolis del período clásico maya (del al ) construida con ladrillos y estuco de concha de ostión. Este sitio está considerado como el más occidental de la cultura maya. El sitio se ubica en el área central de la Chontalpa, sobre la ribera este del extinto río Mezcalapa hoy llamado río Seco, entre los vestigios de lo que fue una inmensa selva tropical. 250px|left|thumb|Comalcalco. En Comalcalco se distinguen dos épocas constructivas. La primera, cuando a partir del Preclásico superior, se inicia la edificación de construcciones de tierra con recubrimientos de estuco. Y la segunda época se da durante el período Clásico tardío, cuando se inicia el apogeo del sitio, manifestándose con la construcción de edificios de ladrillo y estuco, que fueron edificados sobre las antiguas construcciones de tierra.
Comalcalco se convirtió en un importante y estratégico punto comercial en la región de la Chontalpa. Su situación geográfica próxima al entonces margen del río Mezcalapa o Dos Bocas (hoy río Seco), le proporcionó una posición privilegiada para el tráfico interregional de mercancías entre la costa del Golfo y la península de Yucatán respecto al área del río Usumacinta, así como del Altiplano central y el extremo norte del Golfo de México. Esta importante posición estratégica de la ciudad, motivó el desarrollo de diversas guerras entre ciudades mayas por el domínio y control del sitio.
La ciudad maya de Tortuguero, cuyo nombre original era Baakul se localiza en las llamadas "llanuras intermedias" entre las estribaciones de la sierra del sur tabasqueño y la planicie costera del golfo de México, en las "tierras bajas noroccidentales mayas", cuya altura sobre el nivel del mar no excede los 800 m. y su nombre moderno se debe a que se ubica en las faldas del cerro llamado "El Tortuguero".
Tortuguero por la situación geográfica, ha sido catalogada como de suma relevancia para el desarrollo y auge de la cultura maya en las tierras bajas noroccidentales. Su importancia reside en que fue un centro ceremonial, administrativo y punto estratégico para el sometimiento de las ciudades circunvecinas, gracias al apoyo de Palenque.
La importancia de Tortuguero, se basó en las relaciones político-económicas con su vecina Palenque, esta relación se dio entre los siglos y con el reino de Pakal, sirviendo Tortuguero como un escudo protector y una herramienta expansionista de Palenque, lo que motivó que Tortuguero atacara y derrotara a Comalcalco. Sin embargo, años más terde, la rivalidad familiar entre los gobernantes de Palenque y Tortuguero, provocaría una ruptura entre ambas poblaciones, motivando que Tortuguero atacara varias poblaciones sujetas a Palenque, entre ellas Comalcalco.Bernal, 2011; 7 250px|thumb|Moral Reforma. La región oriental de Tabasco, estuvo dividida políticamente en varias ciudades, entre las que sobresalen Pomoná, San Claudio, Santa Elena y Moral-Reforma.
La ciudad de Moral Reforma, existía ya mil años antes de la llegada de los españoles y tuvo su apogeo entre los años de 622 y 756 después de Cristo y fue gobernada por el llamado rey de Moral. La ciudad fue una cabecera política y religiosa, utilizada por los mayas para la agricultura y la comercialización a través de los caudalosos ríos San Pedro Mártir y Usumacinta, que es el mayor del país, lo que convirtió a la ciudad en un punto de control y un puerto fluvial muy importante.
Esta ciudad pertenece a la cuenca del Usumacinta, al igual que Pomoná, San Claudio, Palenque, Bonampak, Yaxchilán y Piedras Negras, y guarda similitud con Tikal, en Guatemala y con Río Bec, en Campeche. Tiene una extensión de 87 hectáreas y al menos 30 montículos algunos de ellos de grandes dimensiones, que se piensa cubren pirámides de tamaños importantes, como la pirámide doble llamada "Edificio 14" que tiene una altura de 27 metros. Esta ciudad junto con Santa Elena y Pomoná fueron las ciudades mayas más importantes del oriente de Tabasco. 250px|left|thumb|Pomoná. Pomoná cuyo nombre original era Pakbul, pertenece a la cuenca del Usumacinta, al igual que Moral Reforma, Palenque, Bonampak, Yaxchilan y Piedras Negras. Está ubicada al oriente de Tabasco, y fue una población de mediana importancia, junto con sus vecinas Moral Reforma, Santa Elena y San Claudio, con quienes practicaba un intenso intercambio comercial.
La importancia de esta zona radicaba en que era el punto de control entre dos grandes regiones: la llanura sedimentaria del Usumacinta tabasqueño, y los valles y sierras altas. Por su localización, Pomoná jugó un papel muy importante en las relaciones políticas y comerciales de la región, ya que por este lugar pasaban los mercaderes que iban hacia la llanura costera y hacia las sierras altas o al Petén. Pomoná es una ciudad ceremonial maya, que fue capital regional, construida sobre colinas en la margen izquierda del Usumacinta y dividida en seis conjuntos arquitectónicos. La región alcanzó su apogeo en el Clásico Tardío (600 a 900 d. C.).
San Claudio se localiza en el municipio de Tenosique. Ubicada en la zona de transición de la sierra de Guatemala y la llanura costera del Golfo de México, enclavada en el extremo suroriental de Tabasco. Esta ciudad maya pertenece a las ciudades de la cuenca del Usumacinta y fue una población de mediana importancia, junto con sus vecinas Pomoná, Moral-Reforma y Santa Elena.
En San Claudio se han detectado dos periodos de ocupación. El más antiguo data de los primeros dos siglos alrededor del inicio de la era cristiana y está representado principalmente por fragmentos de cerámica del tipo denominado como "Sierra Rojo", y otra cerámica de acabado ceroso. El segundo periodo de ocupación corresponde al Clásico Tardío, de 600 a 900 años después de Cristo; a éste corresponde el mayor volumen constructivo y de ocupación del sitio. 250px|thumb|San Claudio. San Claudo al igual que otras poblaciones de la región del río San Pedro Mártir, logró desarrollar una economía complementaria basada en la explotación y comercialización de la obsidiana y el pedernal, logrando una importante red de comercialización con otras ciudades mayas de la región, desarrollando la producción de objetos como puntas de proyectil, cuchillos, hachas y navajas entre otros instrumentos cortantes hechos de pedernal, una industria que desplazó en esta región el uso de la obsidiana y al mismo tiempo los hizo independientes de las redes de comercio de este material, que en la época prehispánica estaba controlado por las ciudades más importantes.
Santa Elena, cuyo nombre original era Wak’aab’-Ha’ pertenece a las ciudades de la cuenca del Usumacinta, llegó a ser captial de un señorío independiente. Este asentamiento arqueológico, está a nivel comparativo con otros sitios mayas, sobre todo en arquitectura, en escultura, en monumentos y en extensión, ya que cuenta con edificios monumentales en cuyos rasgos arquitectónicos pueden identificarse paredes de mampostería, alfardas, escaleras, patios, plataformas escalonadas y juego de pelota en la que se encontraban lápidas glíficas adosadas a los taludes interiores.