El Colegio Nacional de la Independencia Americana fue fundado en 1827 en la ciudad de Arequipa, en el Perú, siguiendo la voluntad del Libertador Simón Bolívar. Ocupó originalmente el local del antiguo convento de los agustinos. En la década de 1940 se trasladó a su sede actual. Actualmente tiene la categoría de Institución Educativa Emblemática.
Historia Fundación Se ha difundido la versión de que, por decreto fechado el 6 de agosto de 1825, el Libertador Simón Bolívar, entonces gobernante del Perú, ordenó la fundación de un Colegio de Ciencias y Artes en Arequipa. En realidad, no existe tal decreto, sino solo una carta enviada desde la ciudad de Puno por el secretario o ministro general de Bolívar, el arequipeño Felipe Santiago Estenós, al prefecto del departamento Antonio Gutiérrez de la Fuente, con fecha 6 de agosto de 1825, donde a la letra dice lo siguiente:
Es decir, fue solo un encargo que hizo Bolívar para que se fundara en Arequipa establecimientos de educación, sin decreto formal de por medio, ni dar especificaciones concretas. Por razones políticas quedó paralizado el proyecto momentáneamente, hasta que gracias a las gestiones del prefecto Antonio Gutiérrez de la Fuente, el Consejo de Gobierno presidido por el mariscal Andrés de Santa Cruz retomó el proyecto de Bolívar y para tal efecto viajó a Arequipa desde Lima el sabio arequipeño Mariano Eduardo de Rivero y Ustariz. Para la obtención del local y los fondos necesarios, La Fuente propuso la supresión del convento de agustinos y la expropiación de sus rentas, lo que naturalmente produjo resistencias. Finalmente, el Consejo de Gobierno dio su autorización por decreto supremo del 4 de febrero de 1827. La Fuente ordenó entonces, con fecha 4 de marzo, la expropiación del convento y su conversión a Colegio General de Ciencias y Artes; también dispuso que se fundara una universidad en el mismo convento. Es pues a La Fuente a quien corresponde el mérito de haber llevado adelante la fundación del colegio. Y fue el prócer José María Corbacho y Abril, quien sugirió que adoptara el nombre de Colegio de la Independencia Americana.
A las diez de la mañana del 15 de julio de 1827 se realizó la instalación del colegio, acto al que asistieron el prefecto La Fuente, el presidente de la Corte Superior de Justicia doctor José Sánchez de la Barra, el obispo de la diócesis José Sebastián de Goyeneche y Barreda, entre otras personalidades locales. El colegio vino a ser la prolongación de la Academia Lauretana de Arequipa, fundada en 1821 para proporcionar instrucción científica a la juventud. Fue, asimismo, un anticipo de la universidad, inaugurada el 11 de noviembre de 1828 con el nombre de Universidad del Gran Padre San Agustín (actual Universidad Nacional San Agustín de Arequipa).
Primeras décadas Los primeros años de la existencia del colegio fueron bastante accidentados y con recesos continuos; en el lapso de 1827 a 1840 estuvo sin funcionar un total de siete años, no de manera consecutiva sino alternada. Fue finalmente reabierto el 15 de noviembre de 1840 por disposición del presidente Agustín Gamarra, en su segundo gobierno, y desde entonces ha tenido una vida continua, salvo algunos paréntesis breves de receso.
El 24 de octubre de 1844 se inició una reorganización completa del plantel. La ley de 21 de mayo de 1845 aprobó un decreto expedido por el Ejecutivo por el que se le adjudicó como renta una cantidad del producto del ramo de molinos del departamento. El periodo de 1845 a 1851, que corresponde al primer gobierno de Ramón Castilla, fue una época de progreso para el colegio.
Ya bajo el segundo gobierno de Castilla se expidió el decreto de 24 de agosto de 1855, que dio la pauta para la inversión de la ya mencionada renta proveniente del ramo de molinos. Y con fecha 25 de setiembre de 1855 se expidió un reglamento para el colegio y el 1° de octubre quedó organizado nuevamente bajo el rectorado de Juan Gualberto Valdivia.
Tras la guerra civil de 1856-1858, el local fue convertido en cuartel, aunque solo de manera temporal (1860). Lo mismo sucedió en 1874. En 1870 se independizó por completo de la universidad.
Terremoto de 1868 Ocurrido el Terremoto de Arica de 1868, el colegio había sufrido un grave deterioro. Parte de la institución fue reconstruida por iniciativa del Honorable Concejo y bajo la supervisión del Inspector de Obras Públicas. Entre las obras realizadas se encontraba la reparación y decoración del salón de exámenes y conferencias, que fue pintado al fresco con columnas y cuadros. También se continuó con el blanqueo y la pintura de las diferentes habitaciones que anteriormente habían sido ocupadas por tropas y utilizadas como cuartel y pesebrera. Sin embargo, estas instalaciones habían quedado en condiciones deficientes, por lo que era necesario continuar con las obras. Así pues, los muebles, pizarras y demás útiles de enseñanza estaban completamente destruidos, y los viejos escritorios desiguales y dañados.
Durante la guerra con Chile Durante la guerra con Chile, el local del colegio sirvió otra vez de cuartel del ejército y como recinto del congreso nacional. Pero el colegio continuó funcionando, primero en el local de la Tercera Orden Franciscana, y luego en la casa particular del rector Carlos Rubén Polar, quien durante la ocupación chilena salvó el archivo institucional del colegio, lo que no sucedió con la biblioteca de la Universidad San Agustín, que sufrió el pillaje de la soldadesca invasora.
Durante la Reconstrucción Nacional El 31 de mayo de 1884, a raíz de un conflicto con el Delegado Supremo o representante del gobierno, el personal directivo y el profesorado renunciaron por decoro. El colegio fue clausurado y los alumnos se dispersaron. Durante la sublevación cacerista, el local del colegio fue convertido nuevamente en cuartel. Fue finalmente reabierto el 3 de febrero de 1886, siendo nombrado rector el presbítero Pedro Neira Balbuena.
La ley de 26 de octubre de 1886 favoreció al colegio al concederle como ingreso la mitad de un impuesto sobre la harina importada en la provincia; la otra mitad fue en beneficio de la Universidad San Agustín.
Otra ley, de 15 de noviembre de 1890, dispuso que el Concejo Provincial de Arequipa aplicara para el sostenimiento del colegio una suma del impuesto denominado "cupo de molinos".
Creación del internado Durante el primer gobierno de José Pardo y Barreda, se dio la ley N.° 220 de 29 de setiembre de 1906 que ordenó la refacción y ensanche del colegio a fin de que pudiera instalarse el internado.
La resolución legislativa N.° 1543 de 30 de enero de 1912 exoneró del pago de derechos de aduanas el gabinete de física importado para el uso del colegio. De ese modo, el colegio se convirtió en uno de los mejores implementados del país.
La huelga estudiantil de 1950
miniatura|200px|Los alumnos del Colegio de la Independencia Americana tomaron el local del plantel el día lunes 12 de junio de 1950, exigiendo mejoras en el servicio educativo. El 12 de junio de 1950 estalló una huelga de los alumnos del Colegio Independencia, en protesta por las falencias en la administración del plantel y los maltratos inferidos por algunos profesores y miembros del cuerpo disciplinario. Se entregó un pliego de reclamos al director Juan Zela Koort. El mismo prefecto de Arequipa, coronel Daniel Meza Cuadra, fue al colegio para intimidar a los alumnos a que depusieran su actitud. Pero lo alumnos se negaron a levantar su medida hasta que no fueran atendidas sus demandas y fue entonces que, por orden del prefecto, intervino la policía para desalojar a los alumnos. Estos, principalmente de quinto, cuarto y tercero de secundaria, opusieron tenaz resistencia únicamente lanzando ladrillos. Ante tal resistencia, se ordenó a las tropas del ejército a tomar el colegio por asalto. Los militares, para amedrentar a los alumnos, dispararon sus armas hacia el aire, causando una víctima fatal (un obrero de construcción que estaba en el colegio, llamado Narciso Callata). El pueblo arequipeño, indignado por semejante abuso de las fuerzas armadas, se volcó a las calles y a la plaza de armas, donde se levantaron barricadas para enfrentar al ejército, entre el 13 y 15 de junio. miniatura|izquierda|200px|Alumnos resguardando uno de los portones del colegio durante la huelga de 1950. Fue así que una huelga estudiantil, que solo reclamaba la mejora de la calidad educativa, se convirtió en una rebelión civil que se propagó por toda la ciudad, en contra de la dictadura del general Manuel A. Odría (que en ese momento estaba representado en el poder por su partidario, el general Zenón Noriega). Es la llamada rebelión de Arequipa de 1950 que ocurrió en vísperas de las elecciones generales, y que fue sangrientamente reprimida.
Los alumnos consiguieron evitar la toma del colegio y depusieron la huelga el día 15 de junio. Este episodio es considerado como una gesta estudiantil y una lección de civismo.
En 1957, por Resolución Ministerial N.º 10278, el colegio fue denominado “Primer Colegio Nacional de la Región Arequipa”, en reconocimiento a su antigua tradición e importante rol educativo.
Colegio Emblemático Por su trayectoria, el Colegio de la Independencia Americana fue categorizado como Institución Educativa Emblemática e incluido en el proyecto de reconstrucción y modernización de la infraestructura escolar a nivel nacional, llevado a cabo durante el segundo gobierno de Alan García. Los trabajos se iniciaron a finales de 2010 y se destinaron diez millones de soles para realizar refacciones y reforzamiento de las instalaciones del colegio.
En 2012 surgieron denuncias de deficiencias y mala ejecución en las obras, pero finalmente el renovado colegio fue inaugurado en 2014. Sus modernas instalaciones tienen la capacidad para acoger a más de 1200 estudiantes. Cuenta con siete pabellones con 42 aulas, piscina semiolímpica temperada, coliseo cerrado, cancha de fútbol, pista atlética sintética, gimnasio, concha acústica, tres canchas deportivas multiusos, auditorio para 600 personas, seis laboratorios de ciencias, tres salas de computo y talleres de electrónica y electricidad. Era entonces su director Milton Mamani Ayma.
Rectores y profesores destacados miniatura|200px|José María Corbacho y Abril, primer rector del colegio. Como primer rector del colegio fue nombrado José María Corbacho y Abril, ilustre abogado arequipeño, prócer y fundador de la Independencia del Perú. Sus primeros profesores fueron los mismos de la Academia Lauretana:
Santiago José O'Phelan (Religión) Rafael Evaristo Barriga (Lengua Latina y Castellana). Juan Gualberto Valdivia (Filosofía y Matemáticas). Tadeo Chávez (Derecho Natural, de Gentes e Internacional). Andrés Martínez de Orihuela (Derecho Civil y Patrio) José María Corbacho y Abril (Bellas Artes) Manuel Amat y León (Economía Política) Leonardo Navas (Medicina) José María Adriazola y Arve (Anatomía y Cirugía). Manuel José Recabarren (Dibujo) Pedro Ximénez Abril Tirado (Música)
Entre sus posteriores rectores figuran ilustres personalidades religiosas como el deán Juan Gualberto Valdivia (1828, 1844, 1855 y 1868) y el clérigo liberal Francisco de Paula González Vigil (1831).
En 1840, tras uno de los recesos del colegio, fue nombrado rector el notable educador Rafael Evaristo Barriga, que poco después sería nombrado rector de la Universidad de San Agustín.
Posteriormente fueron rectores destacadas personalidades como Domingo L. de Castillo (1851), Mateo Paz Soldán (1852), Toribio Pacheco y Rivero (1852) y Bruno de Murga (1854).
En 1855 era rector el ya mencionado deán Juan Gualberto Valdivia, y vicerrector Bruno de Murga. En la nómina de los profesores de ese año figuraban: José María Químper, Francisco García Calderón, J. M. Cateriano, José M. Pérez, Aníbal Rey de Castro, Emilio Bonifaz, Ezequiel Rey de Castro, Manuel Bedoya, Cayetano Moscoso, Mariano Bellido, Manuel Esteban de Piérola, Ezequiel Rospigliosi, José Arana y José Núñez.