La nécropole papale de la basilique Saint-Pierre est une immense crypte contenant non seulement des chapelles dédiées à différents saints, mais aussi des tombes de rois, de reines et de papes à partir du . Elle résulte d’une initiative d’Antonio da Sangallo, architecte en chef de la basilique Saint-Pierre, qui décide entre 1538 et 1546 de surélever de le pavement de la nef de la basilique pour en augmenter la luminosité. Ce nouveau pavement est alors soutenu par une série de voûtes qui forment des pièces accessibles, les grottes vaticanes, nom que l'on donne aux salles souterraines se trouvant sous la basilique et qui reprennent son plan.

Sur 264 papesIl y a eu 266 pontificats, mais 264 papes seulement, Benoît IX ayant régné durant 3 pontificats., seulement 149 ont été inhumés dans la basilique Saint-Pierre de Rome pour des raisons diverses (après leur béatification, après la construction d'un magnifique monument funéraire), mais aussi dans diverses églises de Rome. Cependant, la grande majorité d'entre eux est ou a été inhumée dans les grottes vaticanes. Celles-ci ne doivent pas être confondues avec la nécropole du Vatican, qui correspond aux fouilles du cimetière contenant des tombes de la fin du au . Cette dernière est d'ailleurs située sous la nécropole papale.

La crypte, ou grotte des papes, se visite partiellement.

La tombe de saint Pierre

D'après la tradition catholique romaine, saint Pierre est un des apôtres du Christ et est considéré comme le premier évêque de Rome. Pour les catholiques, cela fonde la primauté épiscopale de l'évêque de Rome sur tous les autres évêques du monde, ce qui en fait le premier pape de l'histoire, dont le dernier héritier en date est le pape Léon XIV. Les catholiques considèrent que saint Pierre a été le premier pape dès la mort du Christ en 33 jusqu'à sa mort en martyr en 67 (les dates sont les dates officielles de l'Église catholique).

La tradition localise la tombe de Pierre sur l'emplacement de la nécropole du Vatican située au nord du Circus Vaticanus, dont elle était séparée par une route secondaire, la via Cornelia. L'empereur Constantin y fait édifier une première basilique occupant le site de la basilique Saint-Pierre actuel et dont l'abside est construite autour de l'emplacement de la tombe à flanc de colline.

Pie XI, décédé en 1939, a si ardemment désiré être enterré « aussi près que possible de la confession de Pierre » que son successeur Pie XII ordonne dès 1940 une vaste campagne archéologique autour de la tombe du saint, pour établir l'authenticité de l'endroit.

Ces fouilles sont gardées secrètes pendant dix ans, même pendant la Seconde Guerre mondiale. Elles ont mis en évidence au-dessous de l'autel de la basilique un monument cultuel au-dessus d'une tombe vide du . Sur l'un des murs, les archéologues ont trouvé une inscription en grec traduite ainsi : « Pierre est ici ». Pie XII annonce alors la nouvelle à la radio pendant l'Année sainte de 1950 : .

Trois ans plus tard, en 1953, une nouvelle découverte de quelques ossements d'un homme de 60 à 70 ans, dans une cachette aménagée sur un mur perpendiculaire, enveloppés dans un tissu pourpre précieux tissé de fils d'or, ne permet cependant pas de tirer de conclusion. Cependant, quelques années plus tard, le pape Paul VI annonce qu'il doit s'agir selon toute probabilité des restes du corps de saint Pierre.

Les tombeaux des papes

vignette|200x200px|Tombeau du pape Jean-Paul II (1978-2005). Lors de ses funérailles le , Jean-Paul II est inhumé dans son tombeau à , à l'emplacement où reposait le corps de Jean XXIII jusqu'à son transfert dans la basilique après sa béatification en 2000. La cérémonie d'inhumation se déroule sans la présence des médias et dure deux heures. Selon le Vatican, la niche a été réaménagée comme une cellule de monastère avec une grande dalle en marbre blanc de Carrare qui recouvre la tombe. À son tour le corps de Jean-Paul II est transféré dans la basilique elle-même en 2011.

Le dernier pape inhumé dans la crypte est le pape émérite Benoît XVI le , dans l'ancien caveau de son prédécesseur.

À l'exception des derniers papes enterrés dans les grottes vaticanes (Pie X, Benoît XV, Pie XI, Pie XII, Jean XXIII, Paul VI, Jean-Paul , Jean-Paul II et Benoît XVI), de nombreux papes du passé ont préféré être enterré ailleurs qu'à la basilique Saint-Pierre de Rome. Ils sont tout de même au nombre de 117.

Les trois derniers papes ayant désiré être inhumés à l'extérieur du Vatican sont Pie IX (pape de 1846 à 1878), qui a choisi la basilique Saint-Laurent-hors-les-Murs, Léon XIII (pape de 1878 à 1903), qui a souhaité reposer à la basilique Saint-Jean-de-Latran et François (pape de 2013 à 2025) et qui choisit de reposer à la basilique Sainte-Marie-Majeure.

Liste des 149 souverains pontifes inhumés

Saint Pierre († 67) - de 33 à 67 Lin († 78) - de 67 à 78 Anaclet († 88) - de 76 à 88 Évariste († 105) - de 97 à 105 Alexandre († 115) - de 105 à 115 Sixte († 125) - de 115 à 125 Télesphore († 136) - de 125 à 136 Hygin († 140) - de 136 à 140 Pie († 155) - de 140 à 155 Anicet († 166) - de 155 à 166 Sôter († vers 174) - de 166 à 174 Éleuthère († ) - de 174 à 189 Victor († 199) - de 189 à 199 Léon († ) - de 440 à 461 Simplice († ) - de 468 à 483 Gélase († ) - de 492 à 496 Anastase II († ) - de 496 à 498 Symmaque († ) - de 498 à 514 Hormisdas († ) - de 514 à 523 Jean († ) - de 523 à 526 Félix IV († ) - de 526 à 530 Boniface II († ) - de 530 à 532 Jean II († ) - de 533 à 535 Agapet († ) - de 535 à 536 Vigile († ) - de 537 à 555 Pélage († ) - de 556 à 561 Jean III († ) - de 561 à 574 Benoît († ) - de 575 à 579 Pélage II († ) - de 579 à 590 Grégoire († ) - de 590 à 604 Sabinien († ) - de 604 à 606 Boniface III († ) - de 607 à 608 Boniface IV († ) - de 608 à 615 Adéodat († ) - de 615 à 618 Boniface V († ) - de 619 à 625 Honorius († ) - de 625 à 638 Séverin († ) - de 638 à 640 Jean IV († ) - de 640 à 642 Théodore († ) - de 642 à 649 Eugène († ) - de 654 à 657 Vitalien († ) - de 657 à 672 Adéodat II († ) - de 672 à 676 Donus († ) - de 676 à 678 Agathon († ) - de 678 à 681 Léon II († ) - de 682 à 683 Benoît II († ) - de 684 à 685 Jean V († ) - de 685 à 686 Conon († ) - de 686 à 687 Serge († ) - de 687 à 701 Jean VI († ) - de 701 à 705 Jean VII († ) - de 705 à 707 Sisinnius († ) - en 708 Constantin († ) - de 708 à 715 Grégoire II († ) - de 715 à 731 Grégoire III († ) - de 731 à 741 Zacharie († ) - de 741 à 752 Étienne II († ) - de 752 à 757 Paul († ) - de 757 à 767 Étienne III († ) - de 767 à 772 Adrien († ) - de 772 à 795 Léon III († ) - de 795 à 816 Étienne IV († ) - de 816 à 817 Pascal († ) - de 817 à 824 Eugène II († ) - de 824 à 827 Valentin († ) - en 827 Grégoire IV († ) - de 827 à 844 Serge II († ) - de 844 à 847 Léon IV († ) - de 847 à 855 Benoît III († ) - de 855 à 858 Nicolas († ) - de 858 à 867 Adrien II († ) - de 867 à 872 Jean VIII († ) - de 872 à 882 Marin († ) - de 882 à 884 Étienne V († ) - de 885 à 891 Formose († ) - de 891 à 896 Boniface VI († ) - en 896 Étienne VI († ) - de 896 à 897 Romain († ) - en 897 Théodore II († ) - en 897 Jean IX († ) - de 898 à 900 Benoît IV († ) - de 900 à 903 Serge III († ) - de 904 à 911 Anastase III († ) - de 911 à 913 Landon († ) - de 913 à 914 Léon VI († ) - en 928 Étienne VII († ) - de 928 à 931 Léon VII († ) - de 936 à 939 Étienne VIII († ) - de 939 à 942 Marin II († ) - de 942 à 946 Benoît VI († ) - de 973 à 974 Jean XIV († ) - de 983 à 984 Jean XV († ) - de 985 à 996 Grégoire V (en 973 - ) - de 996 à 999 Jean XVIII († ) - de 1004 à 1009 Benoît VIII († ) - de 1012 à 1024 Jean XIX († v. ) - de 1024 à 1032 Léon IX ( – ) - de 1049 à 1054 Urbain II (en 1042 - ) - de 1088 à 1099 Eugène III († ) - de 1145 à 1153 Adrien IV (vers 1100 - ) - de 1154 à 1159 Grégoire IX (vers 1145 – ) - de 1227 à 1241 Célestin IV († ) - en 1241 Nicolas III (vers 1210/1220 - ) - de 1277 à 1280 Honorius IV (en 1210 - ) - de 1285 à 1287 Boniface VIII (vers 1235 - ) - de 1294 à 1303 Urbain VI (en 1318 - ) - de 1378 à 1389 Boniface IX (vers 1355 - ) - de 1389 à 1404 Innocent VII (en 1336 - ) - de 1404 à 1406 Eugène IV (en 1383 - ) - de 1431 à 1447 Nicolas V ( - ) - de 1447 à 1455 Calixte III ( - ) - de 1455 à 1458 Pie II ( - )) - de 1458 à 1464 Paul II ( - ) - de 1464 à 1471 Sixte IV ( - ) - de 1471 à 1484 Innocent VIII (en 1432 - ) - de 1484 à 1492 Alexandre VI ( - ) - de 1492 à 1503 Pie III ( - ) - en 1503 Jules II ( - ) - de 1503 à 1513 Paul III ( - ) - de 1534 à 1549 Jules III ( - ) - de 1550 à 1555 Marcel II ( - ) - en 1555 Grégoire XIII ( - ) - de 1572 à 1585 Grégoire XIV ( - ) - de 1590 à 1591 Innocent IX ( - ) - en 1591 Léon XI ( - ) - en 1605 Urbain VIII ( – ) - de 1623 à 1644 Alexandre VII ( - ) - de 1655 à 1667 Clément X ( - ) - de 1670 à 1676 Innocent XI ( - ) - de 1676 à 1689 Alexandre VIII ( - ) - de 1689 à 1691 Innocent XII ( - ) - de 1691 à 1700 Clément XI ( - ) - de 1700 à 1721 Innocent XIII ( – ) - de 1721 à 1724 Benoît XIV ( - ) - de 1740 à 1758 Clément XIII ( – ) - de 1758 à 1769 Pie VI ( - ) - de 1774 à 1799 Pie VII ( - ) - de 1800 à 1823 Léon XII ( – ) - de 1823 à 1829 Pie VIII ( - ) - de 1829 à 1830 Grégoire XVI ( - ) - de 1831 à 1846 Pie X ( - ) - de 1903 à 1914 Benoît XV ( - ) - de 1914 à 1922 Pie XI ( - ) - de 1922 à 1939 Pie XII ( – ) - de 1939 à 1958 Jean XXIII ( – ) - de 1958 à 1963 Paul VI ( - ) - de 1963 à 1978 Jean-Paul ( - ) - en 1978 Jean-Paul II ( - ) - de 1978 à 2005 Benoît XVI ( - ) - de 2005 à 2013

Les grottes du Vatican Les grottes du Vatican est le nom que l'on donne aux salles souterraines se trouvant sous la basilique Saint-Pierre. Elles s'étendent sous une partie de la nef centrale, à trois mètres sous le sol actuel, en partant de l'autel principal (dit « autel papal ») à environ la moitié de la nef, formant ainsi une véritable église souterraine qui occupe l'espace entre le plancher actuel de la basilique et l'ancienne basilique de Constantin, au . Les grottes vaticanes abritent la tombe de saint Pierre et également celles de la plupart des autres souverains pontifes.

Les « grottes vaticanes » ont la taille de l'ancienne basilique constantinienne, qui perdura jusqu'au , c'est pourquoi elles ne courent pas sur toute la longueur de la nef de la basilique actuelle, qui est plus grande que la précédente.

Les grottes du Vatican sont un monument impressionnant pour les nombreux souvenirs historiques. En plus des 148 sépultures papales, les grottes sont remplies d'œuvres d'art de l'antique basilique. Parmi les œuvres les plus importantes, on peut admirer le tombeau de Boniface VIII par Arnolfo di Cambio, le tombeau du cardinal Berardo Eroli par Giovanni Dalmata, des fragments de fresques attribuées à Pietro Cavallini, le sarcophage de Junius Bassus, ou encore le tombeau en bronze du pape Sixte IV fabriqué par Antonio Pollaiuolo en 1493.

Être enterré dans les grottes du Vatican, près du tombeau de Pierre, était le désir de plusieurs de ses successeurs, mais pas seulement. On trouve également des souverains, des princes, des religieux, ainsi que des premiers chrétiens de Rome qui ont émis ce même souhait.

Il est à noter que certains papes initialement inhumés dans la basilique Saint-Pierre ont été déplacés vers d'autres églises de Rome: Eugène IV ( de 1431 à 1447) a été transféré à l'église romaine de Saint-Sauveur du Laurier (San Salvatore in Lauro). Calixte III ( de 1455 à 1458) et Alexandre VI ( de 1492 à 1503), deux papes de la famille Borgia d'origine espagnole, ont vu leurs dépouilles être déplacées à l'église romaine de Sainte-Marie de Montserrat des Espagnols (Chiesa di Santa Maria in Monserrato degli Spagnoli), en raison des travaux de construction de la nouvelle basilique. Pie II ( de 1458 à 1464) a quitté la basilique Saint-Pierre en 1614, pour être transféré à l'église romaine de Saint-André de la Vallée (Sant'Andrea della Valle).