vignette|400 px|Diverses vues de la marine militaire française, du Moyen Âge au .
En 1789, avec 80 vaisseaux, 80 frégates, 120 bâtiments légers, maritimes et plus de , la marine française est la deuxième du monde. William Pitt, premier ministre britannique déclare : « Tant qu'il y aura un Bourbon sur le trône de France, l'Angleterre aura à craindre sa marine. »
Cette forme d’apogée, due aux efforts constants du gouvernement de Louis XVI, ne résiste pas à l’épreuve de la Révolution. L’agitation dans les arsenaux désorganise la flotte, alors que les officiers, qui avaient d’abord accueilli favorablement les changements politiques, fuient en masse les violences révolutionnaires à partir de 1792. Lorsque la guerre avec le Royaume-Uni de Grande-Bretagne reprend en 1793, la Marine de la France révolutionnaire n’est guère capable de faire face à la situation et subit défaite sur défaite (Prairial, Aboukir) alors que l’armée de Terre est victorieuse à peu près partout en Europe. L’arrivée de Napoléon au pouvoir, en 1799, ne change rien à la situation malgré une courte période de paix, les tentatives de réorganisation et l’annexion d’arsenaux voisins (Gènes, Anvers) qui fournissent, un temps, des moyens supplémentaires. Napoléon cherche « son Nelson ». En vain. Le désastre de Trafalgar ôte tout espoir de rattrapage sur la Royal Navy et les côtes françaises sont soumises à un blocus hermétique qui achève de ruiner le commerce colonial du pays et le pousse à un véritable repli terrien.
En 1815, la marine française reste, malgré ses pertes, la deuxième du monde. Elle participe aux innovations du début du en mettant en service ses premiers navires à vapeur (1827), ses premiers canons à obus explosifs (Paixhans, 1827), ses premiers vaisseaux à hélice (1842), sa première frégate cuirassé (la Gloire, en 1859). Entre 1815 et 1840, la Marine poursuit les voyages d’explorations commencés au siècle précédent, contribuant par ses multiples relevés, à l’achèvement de la cartographie de l’océan PacifiqueExpédition Duperrey en 1817-1820 puis en 1822-1825, Laplace en 1829-1832 et en 1835-1840, Dumont d’Urville, en 1826-1829, Vaillant en 1835-1837, Dupetit-Thouars en 1835-1839, Cécille en 1835-1839. et à la découverte de l'Antarctique (Dumont d’Urville en Terre-Adélie en 1840). Elle expérimente, en Méditerranée et dans l’Atlantique, la coopération avec le Royaume-Uni (bataille de Navarin en 1827, Seconde guerre de l'opium en 1858-1860) et monte des expéditions punitives (San Juan de Ulúa en 1838).
La marine de Napoléon III correspond à un nouvel apogée. Elle est capable de soutenir de lourdes expéditions (Crimée, Mexique) et aligne en 1870 plus de 380 unités dont 16 vaisseaux ou frégates cuirassés. Elle joue surtout un rôle essentiel dans la constitution du deuxième empire colonial français, mouvement qui s’étale sur tout le . En Afrique (prise d’Alger, conquête de l’Afrique Noire, de Madagascar), en Asie (conquête de l’Indochine, guerre contre la Chine), dans l’océan Pacifique (annexion de Tahiti, des îles Marquises, de la Nouvelle-Calédonie). L'Empire français, le deuxième du monde à la fin du , n'est rien sans la Marine.
Cependant, encore une fois, la bonne santé de la Marine française est fragilisée. Après la défaite de 1871, la porte ses regards sur la « ligne bleue des Vosges », (c'est-à-dire l’Alsace-Lorraine) et ses dépenses militaires sur l’Armée de terre (en vue de la « Revanche » future). La Marine, jugée coûteuse au détriment de l'Armée de terre, est négligée. Adolphe Thiers la qualifie d’« instrument de luxe » alors qu’elle entre, au tournant des années 1880, dans l’ère des cuirassés et de l'abandon définitif de la voile. Les théories de la Jeune École, qui tente de moderniser la guerre de course avec des petites unités rapides censées échapper aux cuirassés, contribuent à cet affaiblissement de la marine française.
En 1914, la Marine française est la troisième du monde, cédant sa deuxième place à l’Allemagne en pleine course aux armements cuirassés avec le Royaume-Uni. Elle commence à peine à recevoir ses premières unités de type dreadnought, presque dix ans après le lancement du premier bâtiment outre-Manche. Les marines italienne et austro-hongroise arrivent juste derrière et sont alors en pleine ascension. La Première Guerre mondiale, malgré l’absence de grandes batailles navales françaises, coûte une dizaine de grandes unités (cuirassés et croiseurs) à cause des sous-marins et des mines, mais consacre néanmoins l’importance de la marine pour la protection des communications avec l’Empire. En 1918, la flotte dispose d’une aéronavale de et de beaucoup d’unités anti-sous-marine. Mais la guerre a accentué le vieillissement des bâtiments à cause de leur surutilisation et la vague de mutinerie de 1919 révèle l’inadaptation des structures de commandement, en plus de l’épuisement des équipages. La modernisation opérée dans les années 1920-1930 par le ministre Georges Leygues donne à la France une « belle flotte » qui se positionne en 1939 comme la quatrième mondiale (après le Royaume-Uni, les États-Unis et le Japon), malgré l’absence de sonars, de radars et de porte-avions digne de ce nom. L’invasion de la France, en 1940, neutralise la Marine dans ses ports, puis la divise en deux camps : les marins volontaires pour suivre les FNFL du général de Gaulle (peu nombreux) et ceux restés fidèles au gouvernent de Vichy et au maréchal Pétain (la grande majorité, avec leur chef l'amiral de la flotte François Darlan, ministre à Vichy). Le drame de Mers-el-Kébir, et le sabordage de la flotte à Toulon, ont sonné le glas de la belle Marine de 1939.
En 1945, alors qu’elle n’est pas prioritaire pour la dans la reconstitution des forces armées, le déclenchement de la guerre d’Indochine active le rééquipement de la Marine et lui fait jouer un rôle essentiel dans le maintien du corps expéditionnaire jusqu’en 1955. Après la crise de Suez (1956) et la fin de la guerre d’Algérie (1962), la Marine, sous l’impulsion du général de Gaulle, entre dans l’ère du nucléaire. D'abord avec 6 SNLE (puis 4 depuis 1996), elle constitue l'essentiel de la force de dissuasion nucléaire française et aligne depuis la fin des années 1990 le seul porte-avion nucléaire en service en Europe . Bien que recentrée sur les ports nationaux depuis la fin de la décolonisation, elle maintient une présence active dans les territoires de la France d'outre-mer, aux Antilles, sur les côtes africaines, les océans, Indien et Pacifique, dans d’innombrables missions souvent peu connues du grand public (visites diplomatiques, coopération, lutte contre les trafics, le terrorisme, la piraterie, la surveillance des pêches, la lutte contre la pollution) ou d'autres très médiatisées (guerre en Libye et en Irak).
En dépit de la baisse continuelle de ses unités, elle est la sixième marine mondiale, la première de l'Union européenne grâce à ses 4 sous-marins nucléaires lanceurs d'engins et ses 6 sous-marins nucléaires 'd'attaque et son porte-avions nucléaire, même s'il ne permet pas une présence permanente à la mer.
Eternelle rivale, la Royal Navy se relève des coupes budgétaires sévères du début des années 2000 et comble son retard. Elle met en service deux porte-aéronefs à propulsion classique, plusieurs classes de frégates ainsi que des sous-marins nucléaire d'attaque ou lanceurs d'engins.
La marine de la Révolution (1789-1799)
Cette période a longtemps été considérée par une historiographie largement contre-révolutionnaire comme la pire période pour la marine française, au motif qu'elle aurait été marquée par des défaites, par la désorganisation, par le manque de moyens et le délitement de la discipline, dus à la fois à l'agitation révolutionnaire et au départ des cadres exclusivement membres de la noblesse.. L'accent est ainsi mis généralement sur les échecs de la flotte du Levant plutôt que sur les succès relatifs de la flotte du Ponant tels que l'isolement de la Vendée contre les tentatives britanniques de jonction lors de la guerre de Vendée, la désorganisation de la pêche à la morue de Terre-Neuve ou les arraisonnements de navires étrangers pratiquant la traite négrière. L'Assemblée nationale interdit la course le puis la rétablit à partir de 1795 car la marine de la Révolution est très insuffisante par rapport à l'ensemble des flottes britannique, espagnole, néerlandaise et russe. Gaspard Monge démissionne de son poste de ministre de la Marine le .
La guerre avec le Royaume-Uni est déclarée le . Le , la défection des anti-jacobins français permet à la flotte britannique de Hood de s'emparer de Toulon, c'est-à-dire non seulement de la ville et de son arsenal mais aussi de la flotte de la Méditerranée. La Royal Navy n'en est délogée qu'en , non sans avoir brûlé ou emporté la moitié des vaisseaux.
À partir de ce désastre, la Marine républicaine, en infériorité tactique, ne peut remplir une partie de ses missions qu'au prix de lourdes pertes : bataille de Prairial (, perte de 7 vaisseaux), campagne du Grand Hiver ( à , 5 vaisseaux), cap Noli (, 2 vaisseaux), île de Groix (, 3 vaisseaux), îles d'Hyères (, un vaisseau), expédition d'Irlande ( à , 3 vaisseaux), transport de l'expédition d'Égypte payé par le désastre d'Aboukir (, 11 vaisseaux), ainsi que d'autres combats plus modestes (10 vaisseaux).
La marine du Consulat et de l'Empire vignette|La bataille de Trafalgar, le . Tableau Auguste Mayer, musée national de la Marine, à Paris.
Contrairement à bien des idées reçues, Napoléon, bien que général de l'Armée de terre, ne négligeait pas l'importance de la marine. Il avait d'ailleurs conscience que son plus grand ennemi n'était pas l'une des nombreuses puissances terrestres qu'il avait battues (Autriche, Russie, Prusse et Espagne) mais bien le Royaume-Uni.
En 1792, la marine française dispose de 80 vaisseaux et 78 frégates. En 1799, elle ne dispose plus que de 49 vaisseaux et 54 frégates, malgré les constructions de la période révolutionnaire. Sous Napoléon, de 1799 à 1814, sont construits 87 vaisseaux (dont beaucoup de puissants 80 et 118 canons) et 59 frégates (dont beaucoup de grosses frégates de 18). Sur l'ensemble de la période du Consulat et de l'Empire, les sommes dépensées par la France pour sa flotte représentent environ 37 % de celles consacrées par le Royaume-Uni à sa Royal Navy..
De 1800 à 1815, la France perd 43 vaisseaux de ligne, 82 frégates, 26 corvettes et 50 bricks, dont la valeur était évaluée à environ 202 millions de francs : notamment au cap Trafalgar (, perte de 9 vaisseaux), au cap Ortegal (, 4 vaisseaux), à San Domingo (, 5 vaisseaux), à Cadix (, 5 vaisseaux) et en rade d'Aix (, 5 vaisseaux). Il faut ajouter les pertes des alliés de la France : la République batave, devenue royaume de Hollande puis annexée en 1810, perd 13 vaisseaux à la bataille de Camperdown (1797). La Marine espagnole est enveloppée dans le désastre de Trafalgar où elle perd 10 vaisseaux ; ses restes se retournent contre les Français dans la guerre d'indépendance espagnole en 1809.
Au mois de , grâce à de longs efforts, elle dispose pourtant de Dunkerque à Toulon, de 29 vaisseaux et 17 frégates prêts à prendre la mer, plus 10 vaisseaux et 4 frégates à Anvers et 2 vaisseaux et une frégate à Gênes et à Venise ; en outre, 31 vaisseaux et 24 frégates sont en construction ou en réparation dans les ports de France, 25 vaisseaux et 8 frégates à Anvers, 6 vaisseaux et 3 frégates dans les ports d'Italie et à Corfou, soit un potentiel de 103 vaisseaux et 55 frégates. Mais une grande part des navires se trouvant dans les ports annexés par l'Empire sont pris par les vainqueurs et donnés aux royaumes des Pays-Bas, de Piémont-Sardaigne et des Deux-Siciles.