vignette|alt=carte de description génétique en noir et blanc|Empreinte PCR IRAP (Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism) pour les cultivars d'orge. Le marqueur génétique est un gène ou une séquence polymorphe d'ADN aisément détectable grâce à un emplacement connu sur un chromosome. On peut l'utiliser en cartographie génétique pour « baliser » le génome et identifier des individus ou des espèces.
Le marqueur génétique peut être décrit comme une variation (qui peut survenir en raison d'une mutation ou altération des loci génomiques) qui peut être observée. Un marqueur génétique peut être une séquence d'ADN courte, comme une séquence autour d'une seule paire de bases (single nucleotide polymorphism, SNP), ou de séquences répétées (VNTR), comme les minisatellites.
Jusqu'en 1980, les marqueurs génétiques étaient morphologiques car ils étaient basés uniquement sur des gènes polymorphes cartographiés à partir de l'analyse des phénotypes. Les nouvelles biotechnologies (PCR…) permettent une analyse directe du polymorphisme des séquences d'ADN pour dresser une carte génétique (marqueurs moléculaires -directement l'ADN - ou biochimiques).
Types de marqueurs
Il existe différentes sortes de marqueurs : RFLP, Polymorphisme de longueur des fragments de restriction, AFLP, Polymorphisme de longueur des fragments amplifiés SSLP, Simple sequence length polymorphism RAPD, Amplification aléatoire d'ADN polymorphe SNP, Polymorphisme nucléotidique, SSCP, Polymorphisme de conformation des simples brins EST, Marqueur de séquence exprimée, CNV, Variabilité du nombre de copies, VNTR, Séquence répétée SSR (simple sequence repeat) ou polymorphisme de Microsatellite, minisatellite, STS, Sequence-tagged site
Caractéristiques
Selon Bretting et Widrlechner (1995), les conditions idéales d'un marqueur génétique sont les suivantesDaniel Prat & al, Analyse du génome et gestion des ressources génétiques forestières , pp. 73-74, éd. Quae, 2006, 456 p. . : être polymorphe, afin de pouvoir facilement différencier les individus ou les lignées ; être relativement « neutre », tant au niveau de la valeur du caractère étudié, que de la valeur sélective ; être codominant, pour distinguer les hétérozygotes des homozygotes ; avoir un déterminisme simple et connu (mendélien à hérédité simple) ; ne pas être pléiotropique ni épistatique ; être dispersé le long du génome ; ne pas être lié à un autre marqueur ; être stable, quel que soit le stade du développement ; ne pas avoir d'impact sur la croissance ou la reproduction sexuée ; être facilement observable, sans ambiguïté possible ; être peu coûteux ;
Classification des marqueurs
Ils peuvent être classés en trois groupes selon qu'ils révèlent : la codominance ou l'allèle dominant le polymorphisme de séquence ou d'unités de répétitions un locus, une région particulière ou régions entières (profil génétique, cartes génétiques saturées).
Notes et références
À ne pas confondre
Gène marqueur, servant de témoin de transformation génétique, Marqueur biologique, témoin de perturbations écologiques,
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