L'occupation allemande de l'Estonie pendant la Seconde Guerre mondiale est la période durant laquelle le territoire de la République d'Estonie est occupé par l'Allemagne nazie entre 1941 et 1944. L’invasion débute en dans le cadre de l'Opération Barbarossa, et s’achève en décembre avec la prise complète du territoire. L’Estonie est alors intégrée dans le Commissariat des terres de l'Est (Reichskommissariat Ostland) sous la forme du District général d’Estonie (Generalbezirk Estland).
Succèdant à l'occupation soviétique de 1940-1941, l'occupation allemande interrompt ainsi le processus d'anéantissement de l'État estonien par l'URSS (le gouvernement estonien étant contraint à la clandestinité) et met fin aux campagnes de déportations et crimes commis par les autorités soviétiques contre la population civile. De fait, l'arrivée des Allemands est d'abord accueillie positivement par une population civile profondément marquée et affaiblie par la violence soviétique.
Fait rare en Europe centrale et orientale, l'Allemagne accorde pour des raisons idéologiques une grande autonomie aux collaborateurs nationalistes locaux, en capitalisant sur leur sentiment d'humiliation, voire de revanche, contre l'Union soviétique. Les véritables intentions de l'Allemagne envers les Estoniens (projet de germanisation de la population) sont mises de coté pour ne pas perdre le soutien des nationalistes. Si plusieurs milliers d’Estoniens participent ainsi volontairement à l'effort de guerre allemand contre l'URSS, d'autres, membres de la police de sécurité et d'organisations paramilitaires, participent activement aux persécutions et exterminations menées contre les opposants et minorités ethniques, notamment les juifs locaux et étrangers, roms, prisonniers de guerres soviétiques et personnes suspectées de sympathie pour l'URSS. Les persécutions étaient ainsi motivées par l'excès de nationalisme et l'antisoviétisme, les idéologies comme le nazisme ou l'antisémitisme n'étant pas répandues en Estonie avant l'arrivée des Allemands.
La création d'un gouvernement fantoche: l'auto-gouvernement d’Estonie (Eesti Omavalitsus); par les autorités d'occupation allemandes tente de refaire fonctionner la vie civile, comme les écoles ou les tribunaux. Les autorités et les collaborateurs tentent de créer un semblant de retour à la normale d'avant 1940, et dissimulent ou minimisent auprès de la population les crimes du régime envers les minorités en organisant de faux procès, ou inventant de faux motifs d'arrestations.
La population civile estonienne, affectée entre autres, par le manque de nourriture, découvre peu à peu le véritable visage de l'occupation allemande et perd confiance envers les autorités d'occupation dès 1942. Manquant de volontaires pour intégrer la machine de guerre allemande, les Allemands ont finalement recours à la conscription forcée à partir de 1943, et des milliers d'Estoniens préfèrent ainsi fuir en Finlande pour se battre contre les soviétiques. Les Estoniens ne retournent se porter volontaire qu'en 1944, lors de l'appel à la mobilisation du gouvernement estonien (sorti de la clandestinité) au retour des soviétiques et à la défaite allemande imminente. L'Allemagne perd le contrôle d'une partie du territoire en et renonce à l'occupation de l'Estonie en septembre. Devant l'avancée des soviétiques, les troupes allemandes quittent définitivement le territoire estonien le .
S'inscrivant plus généralement dans le contexte de l'occupation des pays baltes, la période d'occupation allemande a notamment été instrumentalisée à des fins de propagande par le régime soviétique lors de l'occupation du pays jusqu'en 1991. Après le rétablissement de l'indépendance de l'Estonie, elle fait l'objet de nombreux débats et controverses, notamment au sujet de la Shoah ou de la commémoration de soldats estoniens s'étant battus du côté allemand.
Histoire vignette|Avancée allemande en Lettonie, en Estonie et sur le front de Leningrad de juin à décembre 1941.
Invasion de l'Estonie par l'Allemagne L'Allemagne nazie envahit l'Union soviétique le . Trois jours plus tard, le , la Finlande se déclare à nouveau en état de guerre avec l'URSS, déclenchant la guerre de Continuation. Le , Joseph Staline fait sa déclaration publique à la radio appelant à une politique de la terre brûlée dans les zones à abandonner. Notamment parce que les régions les plus septentrionales des États baltes ont été les dernières à être atteintes par les Allemands, c'est ici que les bataillons de destruction paramilitaires soviétiques ont eu leurs effets les plus dévastateurs. Les Frères de la forêt estoniens, au nombre d'environ 50 000, infligent de lourdes pertes aux Soviétiques restants ; pas moins de 4 800 seront tués et 14 000 capturés.
Même si les Allemands ne traversent la frontière sud de l'Estonie que du 7 au , les soldats estoniens, ayant déserté en grand nombre des unités soviétiques, ouvre le feu sur l'Armée rouge dès le . Ce jour-là, un groupe de Frères de la Forêt attaquent des camions soviétiques sur une route du district de HarjuChris Bellamy. . Le corps de fusiliers soviétique est l'unité ayant perdu le plus d'hommes, car un grand groupe de soldats et d'officiers estoniens ont déserté. En outre, les gardes-frontières de l'Estonie soviétique étaient pour la plupart des personnes qui avaient auparavant travaillé pour l'Estonie indépendante, et, après avoir pris la fuite dans les forêts, ils deviendront l'un des meilleurs groupes de combattants estoniens. Un écrivain estonien Juhan Jaik écrit en 1941 : .
La 8 armée (général de division Ljubovtsev), bas en retraite devant le corps de l'armée allemande derrière le fleuve Pärnu — la ligne de la rivière Emajõgi le . Alors que les troupes allemandes approchent de Tartu le et se préparent à une autre bataille avec les Soviétiques, celles-ci se rendent compte que les partisans estoniens combattent déjà les troupes soviétiques. La Wehrmacht stoppe ainsi son avance et reste en retrait, laissant les Estoniens se battre. La bataille de Tartu dura deux semaines et détruisit la majeure partie de la ville. Sous la direction de Friedrich Kurg, les partisans estoniens chassèrent seuls les Soviétiques de Tartu. Entre-temps, les Soviétiques avaient assassiné des citoyens détenus dans la prison de Tartu, en tuant 192 avant que les Estoniens ne s'emparent de la ville.
Fin juillet, les Allemands reprennent leur avance en Estonie en collaboration avec les Frères de la Forêt estoniens. Les troupes allemandes et les partisans estoniens prennent Narva le et la capitale estonienne Tallinn le . Ce jour-là, le drapeau soviétique abattu plus tôt sur Pikk Hermann est remplacé par le drapeau de l'Estonie par Fred Ise. Après la fuite des Soviétiques chassés d'Estonie, les troupes allemandes désarment la totalité des groupes partisans. Le drapeau estonien est bientôt remplacé par le drapeau de l'Allemagne nazie, et le groupe de 2 000 soldats estoniens ayant participé au défilé à Tartu (le ) est dissous.
Mise en place du régime d'occupation La plupart des Estoniens accueillent les Allemands à bras relativement ouverts et espèrent le rétablissement de l'indépendance. L'Estonie met en place une administration, dirigée par Jüri Uluots, dès le retrait du régime soviétique et avant l'arrivée des troupes allemandes, rendu possible par les partisans estoniens ayant chassé l'Armée rouge de Tartu. Cependant, cela est de courte durée car les Allemands mettent en œuvre leurs plans comme indiqué dans Generalplan Ost. Le gouvernement provisoire est dissous et l'Estonie devient une partie du Reichskommissariat Ostland occupée par les Allemands. La Sicherheitspolizei est créée pour la sécurité intérieure sous la direction d'Ain-Ervin Mere.
En , à la veille de l'invasion allemande, Alfred Rosenberg, ministre du Reich pour les territoires occupés de l'Est, un Allemand balte, né et élevé à Tallinn, en Estonie, expose ses plans pour l'Est. Selon Rosenberg, une future politique est créée :
Germanisation (Eindeutschung) des éléments . Colonisation par les peuples germaniques. Exil, déportations d'éléments indésirables.
Rosenberg estime que . Les Estoniens inadaptés devaient être déplacés vers une région que Rosenberg appelait « Peipusland » pour faire de la place aux colons allemands.
L'élimination de 50 % des Estoniens était conforme au plan nazi Generalplan Ost, l'élimination de la communauté juive n'était que le début.
L'enthousiasme initial qui accompagne la libération de l'occupation soviétique diminue rapidement ; en conséquence, les Allemands ont eu un succès limité dans le recrutement de volontaires. Le projet est introduit en 1942, ce qui entraîne la fuite de 3 400 hommes en Finlande pour combattre dans l'armée finlandaise plutôt que de rejoindre les Allemands. Le Régiment d'infanterie finlandais 200 (estonien : soomepoisid 'boys of Finland') est formé à partir de volontaires estoniens en Finlande.
La victoire alliée sur l'Allemagne devenant certaine en 1944, la seule option pour sauver l'indépendance de l'Estonie était d'éviter une nouvelle invasion soviétique de l'Estonie jusqu'à la capitulation de l'Allemagne.
Organisation militaire
Incorporation d'Estoniens dans les unités militaires allemandes Malgré l'annexion complète de l'Estonie par l'URSS en 1940, elle ne sera jamais reconnue internationalement sauf par les pays du bloc de l'Est. Après l'annexion, les Estoniens sont soumis à la conscription dans l'Armée rouge, ce qui, en vertu du droit international, est illégal si l'Estonie n'est pas considérée comme faisant partie de l'URSS. Lorsque les Soviétiques sont chassés d'Estonie et que l'Allemagne l'occupe à son tour entièrement à l'été 1941, les Allemands continuent la pratique de conscription d'hommes estoniens, même si une partie rejoindra volontairement l'armée allemande, souvent par désir de combattre l'URSS, après l'introduction de son système économique marxiste et de sa dictature. Jusqu'en , les Estoniens enrôlés servaient principalement à l'arrière du groupe d'armées de sécurité Nord. Le , les puissances allemandes annoncent l'incorporation de la soi-disant « Légion estonienne » au sein de la Waffen-SS. LOberführer Franz Augsberger est nommé commandant de cette légion. Jusqu'à la fin de 1942, environ 1 280 hommes se portent volontaires dans le camp d'entraînement. Le , formé à partir des 800 premiers hommes de la Légion à avoir achevé leur formation à Heidelager, est déployé en pour rejoindre la division SS « Wiking » en Ukraine. Ils remplacent le bataillon de volontaires finlandais rappelé en Finlande pour des raisons politiquesEstonian Vikings: Estnisches SS-Freiwilligen Bataillon Narwa and Subsequent Units, Eastern Front, 1943–1944.. En , une mobilisation partielle est menée en Estonie au cours de laquelle 12 000 hommes sont enrôlés dans les SS. Le , la brigade Waffen-SS (estonienne), une autre unité entièrement estonienne, est formée et envoyée au front près de Nevel. vignette| Insigne divisionnaire de la 20 division SS (estonienne n° 1).