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Le variant Alpha. du SARS-CoV-2, aussi appelé B.1.1.7 voire VOC-202012/01, ou ., précédemment VUI-202012/01, aussi surnommé « variant anglais » ou « variant britannique », est un variant du SARS-CoV-2, coronavirus responsable de la Covid-19. Il a été détecté pour la première fois en au cours de la pandémie de Covid-19 au Royaume-Uni à partir d'échantillons prélevés le mois précédent., et s'est rapidement propagé à partir de mi-. Sa propagation est corrélée avec une augmentation significative du nombre de cas de Covid-19 au Royaume-Uni. On pense que cette augmentation est au moins en partie due à une mutation N501Y du péplomère S du virus affectant le domaine de liaison au récepteur, ou RBD (pour ), susceptible de se lier à l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) : un résidu d'asparagine est remplacé par une tyrosine en position 501.

Propriétés

Mutations

Les mutations du SARS-CoV-2 sont fréquentes : plus de ont été détectées en rien que dans la glycoprotéine S. L'analyse des mutations est un moyen courant de tracer la diffusion des virus dans une population. Outre le fait qu'elle a pu par exemple montrer que le SARS-CoV-2 s'est répandu au Royaume-Uni à partir d'un millier de points d'entrée, elle a également permis de montrer qu'un variant portant la mutation G614 a complètement remplacé les souches portant la mutation D614.

Le variant VOC-202012/01 est caractérisé par : quatre délétions, treize mutations non synonymes, six mutations synonymes; soit induisant un changement d'acide aminé dans les protéines traduites à partir de l'ARN viral..

En , la mutation E484K, impactant la protéine de pointe du virus, ce qui le rend similaire aux variants sud-africain et brésilien, se répand principalement dans le sud-ouest de l'Angleterre et inquiète les scientifiqueshttps://francais.medscape.com/voirarticle/3606844?src=WNL_mdplsfeat_210205_mscpedit_fr&uac=264901PJ&impID=3173668&faf=1.

Transmissibilité

Les chercheurs britanniques du indiquent le que, selon toute vraisemblance, le variant VOC-202012/01 est significativement plus contagieux que les autres. Les données dont ils disposent sont toutefois insuffisantes pour expliquer le mécanisme sous-jacent de cette transmissibilité accrue, la répartition des cas selon l'âge ou à la sévérité des cas.. Ils estiment, au vu du doublement de la prévalence relative de ce variant tous les , qu'il est deux fois plus contagieux que le virus original, avec un coefficient de sélection de 70 %.. Ils identifient également une corrélation entre un taux de reproduction plus élevé et la détection du variant B.1.1.7.5. Bien qu'il puisse y avoir d'autres explications, il est probable que cette corrélation provienne d'une plus grande transmissibilité de ce variant ; les analyses en laboratoire devront clarifier ce point.

L'une des mutations les plus significatives du variant VOC-202012/01 est la N501Y. Cette mutation affecte le motif de liaison au récepteur, ou RBM (pour ), groupe de résidus du RBD qui entrent directement en contact avec l'ACE2 humaine. Les mutations à ce niveau modifient la reconnaissance des anticorps et la spécificité de liaison du péplomère S à l'ACE2.

Gravité

Le NERVTAG estime le qu'il n'y a pas assez de données pour conclure quant à la sévérité du Covid-19 induit par le variant VOC-202012/01 du SARS-CoV-2. Les autorités britanniques indiquent le lendemain qu'il n'y avait pas de preuve à cette date que le nouveau variant du virus soit plus létal ou qu'il réponde différemment aux vaccins ou aux traitements...

Le séquençage du variant VOC-202012/01 a mis en évidence une mutation Q27stop qui tronque la protéine issue de l'ORF8 (cadre de lecture ouvert ) ou la rend inactive.. Lors d'une étude antérieure, des variants de SARS-CoV-2 dépourvus de gènes du cadre de lecture ouvert ont été associés à des symptômes plus légers et un meilleur pronostic.

La délétion en positions 69-70 de la glycoprotéine S a été observée et a été également trouvée .

Efficacité des vaccins

Fin , plusieurs vaccins étaient en cours de développement ou déjà utilisés contre la Covid-19. La plupart d'entre eux ciblent la glycoprotéine S comme antigène principal, et le variant VOC-202012/01 du SARS-CoV-2 présente plusieurs mutations sur cette protéine. Néanmoins, le système immunitaire produit des anticorps ciblant plusieurs régions de cette protéine en réponse à ces vaccins, de sorte qu'on estime peu probable qu'une mutation sur le péplomère S affecte l'efficacité de ces vaccins. Cependant, il est possible que l'accumulation des mutations rende nécessaire de modifier les vaccins. Le SARS-CoV-2 mute plus lentement que les virus de la grippe par exemple, de sorte que les vaccins qui auront été efficaces fin sont ceux qui pourront être ajustés si nécessaire..

Pourtant en , les scientifiques s’inquiètent de la mutation E484K du variant britannique, présente principalement dans le sud-ouest de l'Angleterre, qui pourrait affecter l'efficacité des vaccinshttps://francais.medscape.com/voirarticle/3606844?src=WNL_mdplsfeat_210205_mscpedit_fr&uac=264901PJ&impID=3173668&faf=1..

Statistiques

Tableau Cas par pays (mis à jour le 14 juillet 2021) GISAID.PaysCas confirmésDernier cas signaléRoyaume-Uni266,19527 juin 2021Canada226 246. 6 juillet 2021États-Unis201,18529 juin 2021Allemagne101 69728 juin 2021Danemark59 85629 juin 2021Suède56 32521 juin 2021France32 20828 juin 2021Pays-Bas27 66025 juin 2021Japon27 404.1 juillet 2021Italie24 07530 juin 2021Suisse21 69026 juin 2021Espagne19 36005 juillet 2021Belgique20 35501 juillet 2021Pologne14 72321 juin 2021Irlande14 87523 juin 2021Lituanie9 20811 juin 2021Israël8 01924 juin 2021Norvège8 05623 juin 2021Slovénie7 93020 juin 2021Finlande5 86525 mai 2021Grèce5.44007 juin 2021Portugal4 96123 juin 2021Slovaquie4.20619 juin 2021Luxembourg397525 mai 2021Croatie3,94111 juin 2021Autriche3,66620 juin 2021République tchèque3 83124 juin 2021Inde3 81201 juin 2021Lettonie3.14528 mai 2021Estonie2 84208 mai 2021Bulgarie288917 mai 2021Mexique1 47624 juin 2021Thaïlande73620 juin 2021Roumanie64615 juin 2021Philippines1 02730 mars 2021Turquie60625 mai 2021Corée du Sud58908 juin 2021Aruba54916 juin 2021Brésil49601 juin 2021Australie50004 juillet 2021Kenya45203 juin 2021Cambodge34826 juin 2021Saint-Martin33424 juin 2021Russie33112 juin 2021Curaçao31119 mai 2021Sri Lanka32125 juin 2021Ghana36724 avril 2021Macédoine du Nord24922 avril 2021Qatar25723 mai 2021Singapour18917 juin 2021Pakistan18028 mai 2021 Bonaire17415 juin 2021Kazakhstan17427 avril 2021Nouvelle-Zélande15014 juin 2021Malte14811 juin 2021Chili15512 juin 2021Nigéria14319 mars 2021Afrique du Sud16617 juin 2021Gibraltar13108 mars 2021Argentine12607 mai 2021Équateur14717 juin 2021Chine11607 juin 2021Îles Canaries11010 mars 2021Maroc10122 avril 2021Costa Rica11524 mai 2021Bangladesh9108 juin 2021Colombie8725 mai 2021Jordanie8104 mai 2021Bosnie-Herzégovine6621 juin 2021Irak7009 mars 2021Guadeloupe7008 juin 2021La Réunion6008 juin 2021Angola5823 avril 2021Gambie5325 mars 2021Indonésie5628 juin 2021Ukraine5218 mars 2021L'Iran5208 mai 2021Bahreïn5114 juin 2021Guyane française4422 mai 2021Guam3911 mai 2021Gabon3505 mai 2021Guinée Bissau3305 février 2021Taïwan3229 mai 2021Djibouti6231 mars 2021Hongrie2926 février 2021Albanie2711 mars 2021Palestine2709 avril 2021Vietnam2606 mai 2021Géorgie2306 avril 2021Serbie2311 mars 2021Koweït2505 juin 2021Martinique2225 mai 2021Togo2125 février 2021Emirats Arabes Unis2129 décembre 2020Barbade2021 mai 2021Islande2005 janvier 2021Sainte-Lucie2029 avril 2021Sénégal2430 avril 2021Ouganda1715 juin 2021Liban1603 mai 2021Côte d'Ivoire1509 mars 2021Jamaïque1512 février 2021Surinam1514 mai 2021Arménie1418 mars 2021Cameroun1417 avril 2021Égypte1317 mai 2021Guinée12 -Malaisie1104 juin 2021Népal1102 juin 2021Chypre1027 janvier 2021Wallis et Futuna1019 avril 2021Trinité-et-Tobago904 mai 2021République Démocratique du Congo828 mars 2021République dominicaine814 avril 2021Pérou1507 avril 2021Liechtenstein716 mai 2021Monténégro721 janvier 2021Rwanda721 mai 2021Antigua-et-Barbuda506 mai 2021Îles Caïmans515 mai 2021Îles Turques et Caïques522 mars 2021Dominique401 avril 2021Paraguay408 avril 2021Porto Rico411 juin 2021Azerbaïdjan307 février 2021Biélorussie324 février 2021Burkina Faso303 février 2021Éthiopie304 février 2021Kosovo306 janvier 2021Malte310 juin 2021Moldavie303 mars 2021Monaco317 avril 2021République du Congo405 mars 2021Tunisie708 mars 2021Anguilla223 mars 2021Bermudes205 janvier 2021République centrafricaine2 -Îles Féroé204 mai 2021Grenade208 avril 2021Malawi208 mars 2021Mayotte221 mai 2021Montserrat205 février 2021Myanmar228 mai 2021Somalie605 mars 2021Zambie211 février 2021Bélize120 janvier 2021Îles Vierges britanniques119 avril 2021Guinée équatoriale109 février 2021Guatemala107 avril 2021Haïti119 mai 2021Honduras123 avril 2021Maurice110 janvier 2021Mozambique121 avril 2021Îles Mariannes du Nord129 avril 2021Oman3022 décembre 2020Arabie saoudite115 avril 2021Niger19 janvier 2021Libye15 juin 2021Soudan du Sud13 avril 2021Burundi127 mai 2021Monde (160 pays)Total : 1,208.985Total au 14 juillet 2021

Diffusion

Le premier cas était vraisemblablement celui d'une personne identifiée mi- dans le Kent, au Royaume-Uni.. Par la suite, plus d'un millier de cas avaient été identifiés mi- au Royaume-Uni, essentiellement dans le sud-est de l'Angleterre. D'autres cas avaient été identifiés au Pays de Galles et en Écosse. Le quart environ des étaient provoqués par ce nouveau variant début , proportion qui atteignait un tiers début . ; on estimait mi- que 60 % des cas de Covid-19 à Londres étaient dus à ce nouveau variant.. Au , neuf cas de VOC-202012/01 avaient été identifiés au Danemark., quatre en Belgique. et un aux Pays-Bas, en Australie et en Italie. Peu après, ce variant fut également trouvé en Islande et à Gibraltar.., puis à Singapour, en Israël et en Irlande du Nord le .., en Allemagne et en Suisse le .., et en Irlande, au Japon et en France le ... Fin , le variant britannique s'était répandu en Europe., en Amérique du Nord (Canada., États-Unis.), en Asie (Corée du Sud.), en Amérique du Sud (Chili.) et en Asie du Sud (Inde.) notamment.

Considéré comme 50 à 70 % plus contagieux, ce variant prend rapidement l'avantage sur le virus initial en France. : il représente 35% des virus circulant en France ou aux Etats-Unis à la mi-.., et il représente la quasi-totalité des cas détectés début mai.

Notes et références Notes

Références

Alpha Catégorie:Pandémie de Covid-19 au Royaume-Uni