SARS-CoV-2 chez le Cerf de Virginie

En 2021 et 2022, des études ont mis en évidence .. En 2021, des échantillons sanguins recueillis par des chercheurs du département de l'Agriculture des États-Unis ont montré que 40 % des cerfs de Virginie échantillonnés présentaient des anticorps prouvant qu'ils sont ou ont été infectés par le SARS-CoV-2 (les pourcentages les plus élevés concernaient le Michigan (67 %) et la Pennsylvanie (44 %).. L'université d'État de Pennsylvanie et des responsables de la faune de l'Iowa ont ensuite montré que jusqu'à 80 % des cerfs de l'Iowa échantillonnés d' à étaient positifs pour une infection active par le SARS-CoV-2, plutôt qu'uniquement porteurs d'anticorps issus d'une infection antérieure. Ces données, confirmées par le Laboratoire national des services vétérinaires, ont alerté les scientifiques sur la possibilité que le cerf de Virginie soit devenu un réservoir naturel du coronavirus, autrement dit une possible « usine de production de variants », dont certains éventuellement retransmissibles à l'homme..

Ceci a des implications écoépidémiologiques importantes pour le virus SARS-CoV-2 responsable de la pandémie de COVID-19 : il pourrait persister à long terme, continuer à évoluer chez les cerfs, puis possiblement réapparaitre chez l'Homme (car dans un « système à plusieurs hôtes réservoirs »., il peut avoir un avantage sélectif : il ne disparait pas au cas où il disparaîtrait chez l'un des réservoirs individuels). Le Cerf de Virginie est la première espèce sauvages chez laquelle une transmission du SARS-CoV-2 entre animaux vivant en liberté a été documentée. L’infection semble asymptomatique, mais le cerf pourrait propager le virus à d'autres animaux (sauvages ou du bétail) plus vulnérables.

inquiète les chercheurs, dont certains pensent que . En une déclaration conjointe de l'Organisation mondiale de la santé (OMS), de l'Organisation des Nations unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO) et de l'Organisation mondiale de la santé animale (OIE) a spécifiquement cité le cerf de Virginie comme exemple d'un réservoir nouvellement formé au sein de la faune..

En , dans l'Utah, une autre espèce, le Cerf mulet, a aussi été testée positive au SARS-CoV-2. Au début du mois d', aucune autre espèce de cervidés ne semble avoir été observée porteuse du virus.

Vulnérabilité des populations de Cerf de Virginie au virus SARS-CoV-2 En 2021, on sait que la protéine du récepteur ACE2 (cible du virus sur les cellules de l’organisme qu’il infecte) et chez le Cerf de Virginie similaire à celle de l'Homme.

Ce cerf a été expérimentalement infecté (Cf. Publication de , faite par des chercheurs du département américain de l'agriculture (USDA) après inoculation nasale de faons captifs, qui ont ensuite (entre 3 et 5 jours après l'infection) émis le virus dans leur mucus nasal et leurs excréments ; ils ont aussi pu propager l'infection à d'autres faons, y compris dans des enclos adjacents.. D'autres ongulés, tels que les vaches, les moutons et les chèvres n'y sont pas sensibles. Le cerf de Virginie semble aussi pouvoir être « réinfecté » par un autre variant du virus (phénomène décrit par Kuchipudi à partir d'échantillons faits en décembre et (un cerf avait des anticorps contre Omicron, mais aussi contre le variant Delta.

Un nombre élevé de copies d'ARN viral a souvent été retrouvé dans les échantillons de ganglions de cerfs (allant de 2,7 copies à 2,3 × 106 copies par millilitre), suggérant que de nombreux cerfs avaient probablement une charge virale élevée.

Curieusement, en 2022, en Autriche et Allemagne où des chevreuils (Capreolus capreolus), des cerfs élaphe (Cervus elaphus) et des daims (Dama dama) ont été testés pour le virus, ils semblent tous épargnés, même dans les zoos.… alors que .

Prévalence du virus chez le Cerf de Virginie En Amérique du Nord, en 2021 et 2022, des variants du SARS-COV-2 circulent abondamment chez le Cerf de Virginie. Et ils .

385 échantillons sanguins de cerfs de Virginie prélevés de janvier à ont été étudiés dans le cadre normal de la surveillance des maladies de la faune dans l'Illinois, du Michigan, de l'État de New York et de Pennsylvanie : 40 % d'entre eux contenaient des anticorps anti-SARS-CoV-2 (résultat publié en préimpression en ). Il fallait encore vérifier que ces anticorps ne provenaient pas d’infections par d’autres coronavirus chez les cerfs. L'effort d'échantillonnage a donc été amplifié, et étendu à une grande partie de l'Amérique du Nord.

À partir de , les tests PCR ont commencé à être positifs ( en 2021, dans l’Ohio, 129 cerfs étaient positifs pour l'ARN viral du SARS-CoV-2 sur 360 animaux échantillonnés entre janvier et ). En Iowa 33 % de 283 ganglions lymphatiques rétropharyngés de cerfs échantillonnés entre et étaient également positifs pour le SARS-CoV-2 (surtout en novembre-, période coïncidant avec celle d'un pic épidémiologique humain.. Dans l’Ohio, plus de 50 % des génomes viraux séquencés chez le cerf de Virginie étaient les mêmes que ceux trouvés chez les humains malades de la Covid-19 dans cet État. Le virus « humain » semble s’être propagé chez les cerfs à au moins six reprises, et les mutations observées chez les cerfs montrent que l'infection se propageait rapidement entre cerfs.

Des cerfs infectés ont ensuite été trouvés dans 24 des 30 États américains où un échantillonnage a été signalé - mais aussi au Québec., en Ontario., au Saskatchewan, dans le Manitoba, au Nouveau-Brunswick et en Colombie-Britannique, bien que les taux de séropositivité au Canada aient été plus faible, à 1-6 %. Fin , des chercheurs découvrent que le variant hautement transmissible d'Omicron a contaminé des cerfs de Virginie vivant à Staten Island (l'un des cinq arrondissements de la ville de New York).. En Ontario, dès novembre-, dans un travail publié en préimpression de des chercheurs décelaient et signalaient des signes d'évolution à long terme du virus chez le cerf de Virginie.

Sex-ratio Les mâles sont plus touchés par le virus que les femelles, comme c'est le cas avec l'encéphalopathie des cervidés et de la tuberculose, probablement car les mâles ont un domaine vital plus grand, se déplacent plus, et ont plus de contacts avec d'autres cerfs lors de la saison de reproduction (automne-hiver). Une autre raison est la dynamiques propre aux groupes sociaux de cerfs célibataires mâles., qui forment des groupes lâches de deux à six individus se touchant et se léchant souvent, alors que les cerfs matriarcaux vivent avec leur harde de femelles et leurs faons.

Hypothèses explicatives Proximité avec l'Homme Le cerf de Virginie approche souvent l'Homme ; il est aussi élevé pour sa viande, et des lieux de réhabilitation accueillent des faons orphelins. Les cerfs captifs ont souvent des contacts avec l’Homme et parfois avec des cerfs sauvages, ils peuvent aussi s’enfuir ou être relâchés dans la nature, mais selon Vanessa Hale ..

Des cerfs pourraient s’infecter en enfonçant leur museau dans des masques jetés ou en mangeant des végétaux contaminés et/ou en buvant de l’eau contaminé par l’Homme.

Rôle de l'agrainage et de la chasse ? thumb|Cerf de Virginie éviscéré par des chasseurs du Michigan (États-Unis). Divers organes du cerf peuvent contenir de grandes quantités de virus SARS-CoV-2 infectieux, dont les poumons, le système digestif et les ganglions lymphatiques

On a aussi constaté, que les infections de cerfs par le SARS-CoV-2 ont coïncidé Figure 1 : Courbe épidémique montrant les cas hebdomadaires de SARS-CoV-2 (pour ) chez l'homme et la variation mensuelle de la positivité du SARS-CoV-2 chez les cerfs de Virginie dans l'Iowa. Le diagramme figure notamment Le moment du premier échantillon positif identifié chez le cerf de Virginie le 28 septembre 2020 et le début et la fin de la saison de chasse au cerf de Virginie le 19 septembre 2020 et le 10 janvier 2021, respectivement pour le cerf et le Cerf de Virginie..

L'agrainage apporté par les chasseurs qui nourrissent et appâtent ainsi les cerfs, pourrait être l'une sources humaines de virus, et il favorise le regroupement d'animaux normalement éparpillés (situation connue pour être propice à la contagion inter-individus).Ainsi, lors de la deuxième semaine de , en fin de saison de chasse régulière, les cinq échantillons de RPLN de cerfs récoltés étaient tous positifs pour l'ARN du SARS-CoV-2.Et durant les 7 dernières semaines (du à la fin de la saison de chasse le ), 80 des 97 échantillons de ganglions lymphatiques de cerfs de tout l'État (82,5 %) étaient positifs pour le SARS-CoV-2. L'agrainage présente l'inconvénient d'aussi attirer et nourrir des micromammifères ( souris) et leurs prédateurs ( vison, chat) connus pour être sensibles ou potentiellement sensible au virus SARS-CoV-2..

Pour obtenir de beaux trophées, les chasseurs offrent aux cervidés des compléments minéraux, souvent sous forme de pierre à lécher (sels minéraux) que, localement, tous les cerfs lèchent régulièrement (au risque de se transmettre des microbes)..

Vecteurs de contagion des cerfs ? On sait que le virus infectieux est présent dans les excréments des animaux infectés (homme y compris) et qu'il a aussi une certaine capacité persistance dans l'eau (au moins une semaine quand la charge virale est importante)., et que les eaux usées contiennent souvent de l'ARN viral mais on n’y a pas trouvé le virus lui-même et on trouve des cerfs contaminés loin des lieux habités.. Enfin, le vison d'Amérique et/ou peut-être le chat sauvage pourraient aussi être des intermédiaires. Ces modes d’infection peuvent coexister, faisant craindre que le cerf puisse devenir un réservoir du SARS-CoV-2 et une source possible d'épidémies récurrentes chez d'autres animaux (humains y compris), tout comme le chameau est devenu un réservoir naturel du coronavirus MERS-CoV-2. Dans ce, le SARS-CoV-2 pourrait muter et se recombiner avec d'autres coronavirus dangereux pour d'autres animaux partageant des pâturages avec des cerfs (vaches, moutons, chèvres…).

Territorialité/mobilité du Cerf de Virginie Cet animal vit sur quelques kilomètres carrés presque toute l’année, mais au moment de la reproduction (octobre - février), il se déplace plus (de quelques dizaines de km à une centaine de 100 kilomètres parfois ; et quand il y a beaucoup de neige plusieurs groupes peuvent cohabiter dans des zones mieux protégées en Forêt (autre occasion de contagions inter-individus et inter-groupes).

Origine humaine des infections de cerfs ? Début 2021, les parents viraux les plus proches des virus infectant les cerfs de Virginie étaient ceux trouvés chez de personnes du Michigan près d'un an plus tôt ; le virus circule donc depuis de mois chez les cerfs, et note la virologue canadienne Mubareka, et comme ceci a pu être démontré avec un échantillonnage très clairsemé, il semble que d'autres choses se passent dans la faune sauvage. Ainsi, une préimpression de fait état de variants Alpha et Delta du SARS-CoV-2 trouvés chez des cerfs en Pennsylvanie en ..

Les génomes Alpha y étaient distincts de ceux trouvés chez l'homme et ont été trouvés des mois après que Delta soit devenu prédominant chez l'Homme, évoquant une évolution indépendante du variant Alpha au sein de la population de cervidés. On soupçonne aussi que dans un cas au moins, c'est le cerf qui a pu infecter un humain et non l'inverse (sans le sud-ouest de l’Ontario).

Si ce phénomène est courant, le virus pourrait ne pas s'estomper, mais continuer à longtemps circuler tout en évoluant. En , l'USDA a été mission (avec 300 millions de dollars de subvention) pour enquêter sur les animaux sensibles au SARS-CoV-2, dont en échantillonnant des cerfs durant la saison de chasse 2022-2023 dans au moins 27 États. Et des inoculations expérimentales doivent montrer si les variants telles que Omicron et Delta se comportent différemment chez le cerf de Virginie, et quels autres animaux sauvages elles peuvent infecter (dont cerf mulet et wapiti, deux autres cervidés).

Transmission