De nouvelles espèces vivantes sont régulièrement définies chaque année. L'apparition d'une nouvelle espèce dans la nomenclature peut se faire de trois manières principales : découverte dans la nature d'une espèce totalement différente de ce qui est connu jusqu'alors, nouvelle interprétation d'une espèce connue qui s'avère en réalité être composée de plusieurs espèces proches mais bien distinctes. Ce mode d'apparition d'espèce est en augmentation depuis qu'il est possible d'analyser très finement le génome par des méthodes d'étude et de comparaison des ADN, ces méthodes aboutissant par ailleurs à des remaniements de la classification par une meilleure compréhension de la parenté des taxons (phylogénie). Pour ce type de création de nouvelles espèces, deux circonstances sont possibles : soit une sous-espèce déjà définie est élevée au statut d'espèce, auquel cas le nom, l'auteur et la date sont conservés, soit il est nécessaire de donner un nouveau nom à une partie de la population de l'ancienne espèce, découverte d'une nouvelle espèce par l'étude plus approfondie des spécimens conservés dans les musées et les collections.
Ces trois circonstances ont en commun d'être soumises au problème du nombre de spécialistes mondiaux compétents capables de reconnaître le caractère nouveau d'un spécimen. C'est une des raisons pour lesquelles le nombre d'espèces nouvelles chaque année, dans une catégorie taxinomique donnée, est à peu près constant.
Pour bien préciser le nom complet d'une espèce, le (ou les) auteur(s) de la description doivent être indiqués à la suite du nom scientifique, ainsi que l'année de parution dans la publication scientifique. Le nom donné dans la description initiale d'une espèce est appelé le basionyme. Ce nom peut être amené à changer par la suite pour différentes raisons.
Dans la mesure du possible, ce sont les noms actuellement valides qui sont indiqués, ainsi que les découvreurs, les pays d'origine et les publications dans lesquelles les descriptions ont été faites.
1996 Espèces décrites en 1996 Lonchura pallidiventer Restall, 1996 (►Wikispecies) Source : Bull.Brit.Orn.Cl. 116 p.137-140 Anthus longicaudatus Liversidge, 1996 (►Wikispecies) Source : Bull.Brit.Orn.Cl. 116 p.211-214. Hylexetastes brigidai da Silva, Novaes et Oren, 1996 Source : BBOC (1995) 115 p.200 Cryptosylvicola randrianasoloi Goodman, Langrand et Whitney, 1996 Espèce découverte à Madagascar (►Wikispecies) Source : Ibis 138 p.154-159 Vireo masteri Salaman et Stiles, 1996 Viréonidé découvert en ColombieA distinctive new species of vireo (Passeriformes:Vireonidae) from the Western Andes of Colombia, Ibis 138 : 610-619.. Hypositta perdita Peters, 1996 Source : Senckenberg.Biol. 76 p.7-14 Chlorostilbon olivaresi Stiles, 1996 Source : Wilson Bull. 108 p.3,4,5 Mareca marecula Olson et Jouventin, 1996 Source : Condor 98 : 1-9 Acrobatornis fonsecai Pacheco, Whitney et Gonzaga, 1996 Furnariidé découvert au Brésil Source : Wilson Bull. 108 p. 405-408 Accession au rang d'espèce (1996) Sporophila murallae Stiles, 1996..
Sous-espèces nouvelles (1996) Knipolegus nigerrimus hoflingi Lencioni-Neto, 1996. Source : Rev. Bras. Biol. 56(2):197. Nectarinia notata toliarensis Sueur, 1996. Source : Alauda 64 : 435-442.
Espèces fossiles et subfossiles (1996) Anhinga fraileyi Campbell, 1996 Anhingidé. Copepteryx hexeris Olson et Hasegawa, 1996 Pélécaniforme Plotoptéridé. Copepteryx titan Olson et Hasegawa, 1996 Pélécaniforme Plotoptéridé.
1997 Espèces vivantes décrites en 1997 Aethopyga linaraborae Kennedy, Gonzales et Miranda, 1997 Nectariniidé Auk 114 p. 3-7.. Calicalicus rufocarpalis Goodman, Hawkins et Domergue, 1997BBOC 117 p. 5-10.. Cranioleuca henricae Maijer et Fjeldså, 1997 Furnariidé Ibis p. 609,610.. Phylloscartes parkeri Fitzpatrick et Stotz, 1997Orn. Monogr. 48 p. 36-44.. Scytalopus chocoensis Krabbe et Schulenberg, 1997 Rhinocryptidé découvert en ÉquateurOrnithological Monographs 48 p. 46-88.. Scytalopus parkeri Krabbe et Schulenberg, 1997 Rhinocryptidé découvert en ÉquateurOrn.Monogr. 48 p. 46-88.. Scytalopus robbinsi Krabbe et Schulenberg, 1997 Rhinocryptidé découvert en Équateur. Tolmomyias traylori Schulenberg et Parker, 1997 Tyrannidé Orn.Monogr. 48 p. 723-731.. Cercomacra parkeri Graves, 1997Orn.Monogr. p. 21-35.. Batrachostomus pygmaeus P.L. Alviola III, 1997Asia Life Sciences 6, 1-2: 51-55.. Arremon franciscanus Raposo, 1997 Embérizidé découvert au BrésilArarajuba 5 p. 3-9..
Nouvelles sous-espèces vivantes (1997) Psittacidés Amazona oratrix hondurensis Lousada & Howell, 1987 Strigidés Ninox boobook rotiensis Johnstone et Darnell, 1997<ref>Western Australian Naturalist 21 : 161-173.</ref>. FurnariidésAnabacerthia variegaticeps schaldachi Winker, 1997Sclerurus albigularis kempffi Kratter, 1997 ThamnophilidésCercomacra laeta waimiri Bierregaard, Cohn-Haft & Stotz, 1997
1998 Espèces vivantes décrites en 1998Herpsilochmus gentryi Whitney et Alonso, 1998Auk 115 p.560-565.. Tambing-tambing (Amaurornis magnirostris Lambert, 1998) Rallidé Bull.Brit.Orn.Cl. 118 p. 67-82.. Gymnocrex talaudensis Lambert, 1998 Rallidé Forktail 13 p.1-6.. Lagonosticta sanguinodorsalis Payne, 1998Ibis 140 p.368-381.. Actinodura sodangorum Eames, Trai, Cu et Eve, 1998Ibis 141 p.2-10.. Centrocercus minimus Bradbury et Vehrencamp, 1998 Scytalopus iraiensis Bornschein, Reinert et Pichorim, 1998 Rhinocryptidé découvert au Brésil. Cet oiseau a été trouvé dans une région destinée à être inondée par un lac de barrage. Une des conséquences de la découverte a été la suspension temporaire du projetArarajuba 6 p. 3-36.. Antilophia bokermanni Coelho et Silva, 1998 Pipridé découvert au BrésilArarajuba 6 p. 81-84.. Otus moheliensis Lafontaine et Moulaert, 1998 Strigidé découvert dans l'île de Moheli (Comores) J.Afr.Orn. 112 p. 163-169.. Otus collari Lambert & Rasmussen 1998 Strigidé découvert dans l'île Sangihe (Indonésie) Bull.Brit.Orn.Cl. 118 p.207-217.. Otus alius Rasmussen, 1998 Strigidé découvert dans la Grande Ile Nicobar (Inde) BBOC 118 p.143-151..Nisaetus pinskeri Preleuthner & Gamauf, 1998 L'Aigle de Pinsker, parfois considéré comme une sous-espèce de l'Aigle des Philippines.
Nouvelles sous-espèces (1998)Pluvialis squatarola tomkovichi Engelmoer & Roselaar, 1998Calidris maritima belcheri Engelmoer et Roselaar, 1998 Scolopacidé.Limosa lapponica taymyrensis Engelmoer et Roselaar, 1998 Scolopacidé.Regulus ignicapillus caucasicus Stepanyan, 1998
Espèces fossiles et subfossiles (1998)Aizenogyps toomeyae Emslie, 1998 Vulturidé (= Cathartidé).Hassiavis laticauda Mayr, 1998 Archéotrogonidé découvert dans l'Éocène de Messel en Allemagne.Primozygodactylus danielsi Mayr, 1998 Zygodactylidé découvert dans l'Éocène de Messel (Allemagne).Primozygodactylus major Mayr, 1998 Zygodactylidé découvert dans l'Éocène de Messel (Allemagne).Primozygodactylus ballmanni Mayr, 1998 Zygodactylidé découvert dans l'Éocène de Messel (Allemagne).Psittacopes lepidus Mayr et Daniels, 1998 Zygodactylidé découvert dans l'Éocène de Messel (Allemagne).Pseudastur macrocephalus Mayr, 1998 Zygodactylidé découvert dans l'Éocène de Messel (Allemagne).Selmes absurdipes Peters, 1998 Zygodactylidé découvert dans l'Éocène de Messel (Allemagne).Masillacolius brevidactylus Mayr et Peters, 1998 Zygodactylidé découvert dans l'Éocène de Messel (Allemagne).Quasisyndactylus longibrachis Mayr, 1998 Oiseau proche des martins-pêcheurs découvert dans l'Éocène de Messel en Allemagne.Messelirrisor parvus Mayr, 1998 Upupiforme messelirrisoridé découvert dans l'Éocène de Messel en Allemagne.Messelirrisor halcyrostris Mayr, 1998 Upupiforme messelirrisoridé découvert dans l'Éocène de Messel en Allemagne.
1999 Espèces décrites en 1999Stiphrornis sanghensis Beresford et Cracraft, 1999 Muscicapidé découvert dans la province de Dzanga-Mbaèré en République CentrafricaineAmerican Museum Novitates 3270 : 1-22..Seicercus omeiensis Martens, Eck, Päckert et Sun, 1999 Découvert dans les monts Emei, au Sichuan (Chine) Abh. Staat. Mus. Tierk. Dresden 50 p. 281-327.. Grallaria ridgelyi Krabbe, Agro, Rice, Jacome, Navarrete et Sornoza, 1999Auk 116.. Garrulax ngoclinhensis Eames, Le Trong Trai et Nguyen Cu, 1999Eames (J. C.), Trai et Cu, 1999, Bull.Brit.Orn.Cl. 119 p.4-15.. Seicercus soror Alstrom et Olsson, 1999Ibis 141 p.556-557.. Atlapetes melanopsis Valqui et Fjeldså, 2002 Découvert au Pérou et décrit en 1999 par Valqui et Fjeldså sous le nom dAtlapetes melanops, qui sera changé en Atlapetes melanopsis en 2002. Source : Ibis 141 : 194-198 et Ibis 144 (2) : 347 pour le changement de nom.Epinecrophylla fjeldsaai (Krabbe, Isler (M.L.), Isler (P.R.), Whitney, Alvarez et Greenfield, 1999) Thamnophilidé décrit initialement sous le nom de Myrmotherula fjeldsaai Wilson Bull. 111. (►Wikispecies). Actinodura sodangorum Eames, Trai, Cu et Eve, 1999 Source : Ibis 141, 1 : 1-10 Ninox ios Rasmussen, 1999 Source : Wilson Bull. 111 : 457-464 Strigidé découvert aux Sulawesi (Indonésie)Glaucidium nubicola Robbins et Stiles, 1999 Source : Auk 116 p.305-315 Strigidé découvert dans les Andes
Accession au statut d'espèce (1999)Acrocephalus tangorum La Touche, 1912 Sous-espèce d'''Acrocephalus agricola élevée au rang d'espèce Andreas, Helbig et Seibold, Molecular phylogeny of Palaearctic-African Acrocephalus and Hippolais warblers (Aves:Sylviidae), Molecular Phylogenetics and Evolution, 11 : 246-260 (1999). (►Wikispecies) Sous-espèces vivantes décrites en 1999 Phaethon lepturus europae Le Corre & Jouventin, 1999 Micropsitta bruijnii buruensis Amdt, 1999 Strigidé. Hirundo tahitica albescens, 1999 Hirundinidé. Camptostoma imberbe thyellophilum Parkes & Phillips, 1999 Tyrannidé Bulletin of the British Ornithologists' Club, 119 : 60.. Passer domesticus africanus Stephan, 1999
Espèces fossiles et subfossiles (1999) Emberiza alcoveri Rando, Lopez et Segui, 1999 Embérizidé découvert dans le pléistocène des îles Canaries. Dryolimnas augusti Mourer-Chauviré, Bour, Ribes et Moutou, 1999 Rallidé découvert dans l'Holocène de l'île de la Réunion. Pelecanus schreiberi Olson, 1999 Pélécanidé. Eocuculus cherpinae Chandler, 1999 Cuculidé découvert dans l'Éocène du Colorado (Florissant Fossil Beds National Monument). Épithète spécifique dédiée à Colette Cherpin, une des collectrices du fossile, morte dans un accident de la route en 1994. Tyto neddi Steadman & Hilgartner, 1999 Tytonidé découvert dans l'île de Barbuda. Primotrogon wintersteini Mayr, 1999 Trogonidé découvert dans l'Oligocène de Céreste (France). Ngawupodius minyaBoles et Ivison, 1999 Mégapodiidé découvert dans l'Oligocène d'Australie. Scolopax carmesinae Seguí, 2001 Découvert dans les Baléares. Oligocolius brevitarsus Mayr, 1999 Coliidé découvert dans l'Oligocène d'Allemagne.
2000 Espèces décrites en 2000 Bradypterus alishanensis Rasmussen, Round, Dickinson et Rozendaal, 2000 Sylviidé Auk 117 p. 280-286.. Capito wallacei O'Neill, Lane, Kratter, Capparella et Joo, 2000
Capitonidé découvert au PérouAuk, 117 p.569-577.. Grisin de Sellow (Herpsilochmus sellowi Whitney et Pacheco, 2000) Thamnophilidé découvert au BrésilAuk 117 p.869-891. (►Wikispecies). Gobe-mouche de Pékin (Ficedula beijingica Guangmei, Zhang, Yanyun & Dongsheng, 2000) J.Beijing Normal Univ. 36 p. 405-410.. Muscicapidé Ce taxon n'est plus reconnu comme valide. Forme considérée comme le mâle juvénile de première année de Ficedula elisae. Éllénie d'avant-monts (Myiopagis olallai Coopmans et Krabbe, 2000) Tyrannidé découvert dans l'est de l'Équateur et au Pérou, décrit en Wilson Bull. 112 (3) p. 305-312. (►Wikispecies).
Accession au statut d'espèce (2000) Aegotheles tatei Sous-espèce dAegotheles insignis, élevée au rang d'espèce en 2000 (The Auk, ) Pseudoseisura unirufa (d'Orbigny et Lafresnaye, 1838) Furnariidé auparavant considéré comme une sous-espèce de Pseudoseisura cristata Zimmer et Whittaker, 2000..
Nouvelles sous-espèces (2000) Hieraaetus pennatus minusculus Yosef, Verdoorn, Helbig & Seibold, 2000 Accipitridé découvert en Afrique du sud.