De nouvelles espèces vivantes sont régulièrement définies chaque année.
L'apparition d'une nouvelle espèce dans la nomenclature peut se faire de trois manières principales : découverte dans la nature d'une espèce totalement différente de ce qui est connu jusqu'alors, nouvelle interprétation d'une espèce connue qui s'avère en réalité être composée de plusieurs espèces proches mais bien distinctes. Ce mode d'apparition d'espèce est en augmentation depuis qu'il est possible d'analyser très finement le génome par des méthodes d'étude et de comparaison des ADN, ces méthodes aboutissant par ailleurs à des remaniements de la classification par une meilleure compréhension de la parenté des taxons (phylogénie). Pour ce type de création de nouvelles espèces, deux circonstances sont possibles : soit une sous-espèce déjà définie est élevée au statut d'espèce, auquel cas le nom, l'auteur et la date sont conservés, soit il est nécessaire de donner un nouveau nom à une partie de la population de l'ancienne espèce, découverte d'une nouvelle espèce par l'étude plus approfondie des spécimens conservés dans les musées et les collections.
Ces trois circonstances ont en commun d'être soumises au problème du nombre de spécialistes mondiaux compétents capables de reconnaître le caractère nouveau d'un spécimen. C'est une des raisons pour lesquelles le nombre d'espèces nouvelles chaque année, dans une catégorie taxinomique donnée, est à peu près constant.
Pour bien préciser le nom complet d'une espèce, le (ou les) auteur(s) de la description doivent être indiqués à la suite du nom scientifique, ainsi que l'année de parution dans la publication scientifique. Le nom donné dans la description initiale d'une espèce est appelé le basionyme. Ce nom peut être amené à changer par la suite pour différentes raisons.
Dans la mesure du possible, ce sont les noms actuellement valides qui sont indiqués, ainsi que les découvreurs, les pays d'origine et les publications dans lesquelles les descriptions ont été faites.
1996 Espèces vivantes décrites en 1996 Lézards Agamidés Bronchocela danieli Das, 1996 Agamidé découvert dans les îles Nicobar (Inde). Gekkonidés Luperosaurus yasumai Ota, Sengoku & Hikida, 1996 Liolémidés Liolaemus thermarum Videla et Cei, 1996 Liolémidé découvert en Argentine Scincidés Lygosoma carinatum, 1996 Scincidé découvert au Vietnam.
Serpents Leptotyphlopidés Leptotyphlops borapeliotes, 1996 Leptotyphlops drewesi, 1996 Leptotyphlops macrops, 1996 Typhlopidés Typhlops fredparkeri Wallach, 1996 Serpent typhlopidé Typhlops mcdowelli Wallach, 1999 Serpent typhlopidé
Nouvelles sous-espèces (1996) Emys orbicularis hispanica Fritz, Keller et Budde, 1996 Emydidé découvert en Espagne. Mauremys caspica ventrimaculata Wischuf et Fritz, 1996 Géoémydidé. Mauremys leprosa atlantica Schleich, 1996 Géoémydidé. Mauremys leprosa erhardi Schleich, 1996 Géoémydidé. Mauremys leprosa marokkensis Schleich, 1996 Géoémydidé. Mauremys leprosa saharica Schleich, 1996 Géoémydidé. Mauremys leprosa wernerkaestlei Schleich, 1996 Géoémydidé. Mauremys mutica kami Yasukawa, Ota et Iverson, 1996 Géoémydidé découvert aux Ryukyu (Japon). Iberolacerta cyreni castiliana (Arribas, 1996) Lacertidé découvert dans la Sierra de Gredos en Espagne.
Espèces fossiles (1996) Crocodiliens Kambara implexidens Salisbury et Willis, 1996 Mékosuchidé découvert en Australie. Quinkana babarra Willis et Mackness, 1996 Mékosuchidé découvert en Australie.
Dinosaures Sinosauropteryx prima Ji (Q.) et Ji (S.), 1996 Dinosaure coeluridé. Ligabueino andesi Bonaparte, 1996 Dinosaure noasauridé découvert dans le Crétacé de Patagonie. Gasparinisaura cincosaltensis Coria et Salgado, 1996 Dinosaure découvert dans le crétacé d'Argentine. Deltadromeus agilis Sereno et al. Dinosaure noasauridé découvert dans le Crétacé d'Afrique du sud. Angaturama limai Kellner et Campos, 1996 Spinosauridé.
Lézards Palaeoscincosaurus middletoni Sullivan et Lucas, 1996 Scincidé découvert dans le Paléocène du Colorado.
1997 Espèces vivantes décrites en 1997 Lézards Varanus melinus Böhme et Ziegler, 1997 Varanidé. Gonydactylus paradoxus Darevesky et Szczerbak, 1997 Gekkonidé découvert au Vietnam. Calumma glawi Avila Pires, 1997 Chamaeléonidé découvert à Madagascar. Paralipinia rara, 1997 Scincidé découvert au Vietnam. Serpents Leptotyphlopidés Leptotyphlops broadleyi, 1997 Élapidés Elapsoidea broadleyi, 1997 Découvert en Somalie. Vipéridés Bitis rubida, 1997 Trimeresurus karanshahi, 1997 Tortues Cyclemys atripons Iverson et McCord, 1997 Géoémydidé. Cyclemys pulchristriata, 1997 Géoémydidae découvert au Vietnam.
Nouvelles sous-espèces (1997) Cyclemys atripons pulchristriata Fritz, Gaulke et Lehr, 1997 Géoémydidé. Mauremys caspica siebenrocki Wischuf et Fritz, in Fritz et Wischuf, 1997 Géoémydidé. Espèces fossiles (1997) Crocodiliens Quinkana meboldi Willis, 1997 Mékosuchidé. Dinosaures Gojirasaurus quayi Carpenter, 1997 Coelophysidé découvert au Nouveau Mexique (États-Unis). Tenontosaurus dossi Winkler, Murray et Jacob, 1997 Dinosaure tenontosauridé découvert dans le Crétacé d'Amérique du nord.
Ptérosaures Tupandactylus imperator (Campos & Kellner, 1997) Tapéjaridé découvert au Brésil. Décrit initialement sous le nom de Tupejara imperator.
1998 Espèces vivantes décrites en 1998 Lézards Varanus yuwonoi Harvey et Barker, 1998 Varanidé. Tupinambis cerradensis Colli, Pères et da Cunha, 1998 Téiidé découvert au Brésil. Bavayia exsuccida Bauer, Whitaker et Sadlier, 1998 Gekkonidé. Bavayia pulchella Bauer, Whitaker et Sadlier, 1998 Gekkonidé. Cnemaspis dringi Das et Bauer, 1998 Gekkonidé. Hemidactylus granchii Nussbaum & Raxworthy, 1998 Gecko Tarentola albertschwartzi Sprackland et Swinney, 1998 Gekkonidé découvert à la Jamaïque.
Serpents Opisthotropis daovantieni, 1998 Colubridé découvert au Vietnam. Pailsus pailsei Hoser, 1998 Élapidé découvert au QueenslandMonitor 10 (1) : 5-9..
Tortues Cuora picturata, 1998 Géoémydidé découvert au Vietnam.
Nouvelles sous-espèces (1998) Emys orbicularis eiselti Fritz, Baran, Budak et Amthauer, 1998 Emydidé. Cuora amboinensis lineata McCord et Philippen, 1998 Geoemydidé découvert au Myanmar. Mauremys leprosa vanmeerhaeghei Bour et Maran, 1998 Géoémydidé. Espèces fossiles (1998) Dinosaures Altirhinus kurzanovi Norman, 1998 Découvert en Mongolie. Scipionyx samniticus del Sasso et Signore, 1998 Dinosaure coeluridé découvert dans le Crétacé d'Italie. Nedcolbertia justinhoffmanii Kirkland et al., 1998 Dinosaure coelurosaure. Megaraptor namunhuaiquii Novas, 1998 Dinosaure carnosaure découvert en Argentine. thumb|200px|Zuniceratops christopheri Ilokelesia aguadagrandensis Coria et Salgado, 1998 Dinosaure découvert en 1991 dans le Crétacé d'Argentine. Le nom du genre provient du mapuche ilo ("viande") et kelesio ("lézard") ; l'épithète spécifique rappelle la localité où l'espèce a été découverte, Aguada Grande. Ozraptor subotaii Long et Molnar, 1998 Dinosaure abelisauroïde découvert dans le Jurassique d'Australie Records of the Western Australian Museum, 19 (1) : 221-229.. Zuniceratops christopheri Wolfe et Kirkland, 1998 Cératopsidé découvert en 1996 au Nouveau-Mexique (États-Unis) par le jeune Christopher James Wolfe à qui l'épithète spécifique est dédiée. Gargoyleosaurus parkpinorum Carpenter, Miles et Cloward, 1998 Ankylosaure découvert dans le Jurassique du WyomingNature, 393 : 782-783..
Ptérosaures Normannognathus wellnhoferi Buffetaut, Lepage (J.-J.) et Lepage (G.), 1998 Germanodactylidé (?) découvert à Octeville-sur-Mer (Seine-Maritime, France), dans l'argile d'Ecqueville (Kimméridgien de Normandie) Geological Magazine 135 :719-722..
Tortues Santanachelys gaffneyi Hirayama, 1998 Protostégidé découvert dans la formation de Santana au Brésil.
Serpents Hoffstetterella brasiliensis Rage, 1998 Aniliidé découvert dans le Paléocène du Brésil. Madtsoia camposi Rage, 1998 Madtsoiidé découvert dans le Paléocène du Brésil.
1999 Espèces vivantes décrites en 1999 Lézards Varanus cerambonensis Philipp, Böhme et Ziegler, 1999 Varanidé. Varanus caerulivirens Ziegler, Böhme et Philipp, 1999 Varanidé. Varanus auffenbergi Sprackland, 1999 Varanidé. Sigaloseps ruficauda Sadlier et Bauer, 1999 Scincidé découvert en Nouvelle-Calédonie. Description initiale : Records of the Australian Museum 51 : 83-91 Furcifer nicosiai Jesu, Mattioli et Schimenti, 1999 Chamaeléonidé découvert à Madagascar. Typhlops meszoelyi Wallach, 1999 Serpent typhlopidé découvert en Inde. Goniurosaurus araneus Grismer, Viets et Boyle, 1999 Gecko découvert au Vietnam Hemidactylus dracaenacolus Rössler et Wranik, 1999 Gecko découvert dans l'île de Socotra au YémenZool. Abh. Mus. Tierk. Dresden, 50 (2) : 249-265.. Pristurus obsti Rösler et Wranik, 1999 Gekkonidé découvert au Yémen. Pristurus samhaensis Rösler et Wranik, 1999 Gekkonidé découvert au Yémen. Acanthodactylus beershebensis Moravec, Baha el Din, Seligman, Sivan et Werner, 1999 Lacertidé découvert en Israël et dans les Territoires occupés. Acanthodactylus mechriguensis Nouira et Blanc, 1999 Lacertidé découvert en Tunisie, où il est endémique. Gallotia intermedia Barbadillo, Lacomba, Pêrez-Mellado, Sancho et Lopez-Jurado, 1999 Lacertidé Découvert à Téneriffe (Canaries) en 1996.
Serpents Typhlops meszoelyi Wallach, 1999 Typhlopidé découvert au Bengale occidental (Inde). L'épithète spécifique honore le Dr. Charles A. M. Meszoely, du Centre pour l'Étude de Vertébrés de la Northwestern University de Boston (Massachusetts) Herpetologica 55 (2) : 185-191.. Tropidophis spiritus Hedges et Garrido, 1999 Serpent tropidophiidé découvert à Cuba. Elapsoidea trapei Mane, 1999 Élapidé découvert au SénégalBulletin de la société herpétologique de France 91 : 13-18..
Espèces fossiles (1999) Crocodiliens Mariliasuchus amarali Carvalho & Bertini, 1999 Comahuesuchidé découvert au Brésil. L'épithète spécifique honore le naturaliste brésilien Sérgio Estanislaw do Amaral. Tortues Arabemys crassiscutata Tong, Buffetaut, Thomas, Roger, Halawani, Memesh et Lebret, 1999 Dermochelyidé découvert dans le Paléocène d'Arabie saoudite. Dinosaures Achillobator giganteus Perle, Norell et Clark, 1999 Découvert en Mongolie. Agustinia ligabuei Bonaparte, 1999 Découvert en Patagonie. Guaibasaurus candelariensis Bonaparte, Ferigolo et Ribeiro, 1999. Découvert dans le Trias supérieur du Brésil. Teyuwasu barbarenai Kischlat, 1999 Découvert dans le Trias du Brésil. Lurdusaurus arenatus Taquet et Russell, 1999 Dinosaure iguanodontidae découvert dans le Crétacé du Niger. Santanaraptor placidus Kellner, 1999 Dinosaure coelurosaure découvert au Brésil. Dinheirosaurus lourinhanensis Bonaparte et Mateus, 1999 Dinosaure diplodocidé découvert dans le Jurassique du Portugal. Animantarx ramaljonesi Carpenter, Kirkland, Burge et Bird, 1999 Nodosauridé.
Ptérosaures Dendrorhynchoides curvidentatus Ji, Ji & Padian, 1999 Anurognathidé découvert en Chine en 1995.
2000 Espèces décrites en 2000 Lézards Gekkonidés Luperosaurus iskandari Brown, Supriatna & Ota, 2000 Phelsuma malamakibo Nussbaum, Raxworthy, Raselimanana et Ramanamanjato, 2000 Gekkonidé découvert à Madagascar. Cnemaspis assamensis Das et Sengupta, 2000 Gekkonidé découvert en Inde. Cyrtodactylus tiomanensis Bavayia robusta Wright, Bauer et Sadlier, 2000 Gekkonidé. Bavayia madjo Bauer, Jones et Sadlier, 2000 Gekkonidé découvert en Nouvelle-Calédonie. Bavayia geitaina Wright, Bauer et Sadlier, 2000 Gekkonidé découvert en Nouvelle-Calédonie Two new gecko species allied to Bavayia sauvagesii and Bavayia cyclura (Reptilia Diplodactylidae) from New Caledonia, Pacific Science 54 : 39-55. Scincidés Marmorosphax montana Sadlier et Bauer, 2000 Scincidé découvert en Nouvelle-Calédonie.
Serpents Boidés Morelia clastolepis Harvey, Barker, Ammerman et Chippindale, 2000 Boidé Morelia nauta Harvey, Barker, Ammerman et Chippindale, 2000 Boidé Morelia tracyae Harvey, Barker, Ammerman et Chippindale, 2000 Boidé Élapidés