La Confrontation indonésio-malaisienne (appelée Konfrontasi en indonésien) opposa de 1962 à 1966 la Malaisie, soutenue par les Britanniques, à l'Indonésie, sur le statut de la partie Nord de l'île de Bornéo, c'est-à-dire le sultanat du Brunei et les États malaisiens de Sabah et Sarawak. Singapour a fait partie de la fédération de Malaisie de 1963 à 1965.
Contexte historique thumb|300px|Accord de Manille entre les Philippines, la fédération de Malaisie et l'Indonésie (en anglais) En 1606, la VOC (Vereenigde Oostindische Compagnie ou Compagnie néerlandaise des Indes orientales) ouvre un comptoir dans le sultanat malais de Banjarmasin sur la côte Sud de Bornéo. Le déclin de la VOC à la fin du permet une renaissance des réseaux commerciaux asiatiques, musulmans et chinois, favorisant le développement de Banjarmasin.
À la fin des guerres napoléoniennes, les deux puissances européennes présentes en Asie du Sud-Est, l'Angleterre et les Pays-Bas, renouent avec leurs visées expansionnistes. Sous prétexte de lutter contre ce qu'ils qualifient de « pirates malais », les Néerlandais attaquent les sultanats de Bornéo, qui doivent céder des territoires.
Le traité de Londres de 1824, signé entre les Anglais et les Néerlandais, accorde à ces derniers le contrôle des territoires revendiqués par les Européens au sud de Singapour, fondée en 1819 par Thomas Stamford Raffles. Le monde malais se retrouve coupé en deux.
Dans les années 1840 un aventurier anglais, James Brooke, se met au service du sultan du Brunei dans le Nord de Bornéo, objet d'attaques de pirates et de rébellions de populations de l'intérieur. Le sultan nomme Brooke rajah, c'est-à-dire vice-roi du territoire de Sarawak. Les Néerlandais y voient une menace pour leurs propres visées expansionnistes et signent des traités avec les États des côtes ouest, sud et est de Bornéo qui échappent encore à leur contrôle. En 1865, le sultan du Brunei cède en bail le territoire de Sabah dans le nord de l'île à une société privée qui deviendra la North Borneo Chartered Company. Le Brunei devient lui-même protectorat britannique en 1906.
Les Indes orientales néerlandaises proclament leur indépendance en 1945 et prennent le nom de république d'Indonésie. En 1957, les États de la péninsule Malaise obtiennent l'indépendance sous le nom de fédération de Malaisie. De 1959 à 1962, les Britanniques, la Malaisie et les colonies britanniques de Singapour, Sabah et Sarawak négocient en vue d'une intégration des trois colonies dans une fédération élargie.
Ce projet est dénoncé par le président indonésien Soekarno, qui déclare qu'il est favorable à l'Accord de ManilleUnited Nations Treaty Registered No. 8029, Manila Accord between Philippnes, Federation of Malaya and Indonesia (31 JULY 1963)United Nations Treaty Series Nr. 8809, Agreement relating to the implementation of the Manila Accord et que la Malaisie est une création fantoche des Britanniques qui vise à accroître leur contrôle sur la région, menaçant l'Indonésie. De leur côté, les Philippines revendiquent Sabah, sous prétexte que ce territoire avait appartenu au sultanat de Sulu au . Les deux pays s'appuient sur une opinion anti-fédération répandue au Sarawak et au Brunei.
Au Brunei, une révolte éclate le , soutenue par l'Indonésie. Les membres d'une « armée nationale de Kalimantan Nord » (TNKU) tentèrent de s'emparer de la personne du sultan Omar Ali Saifuddin III, de prendre le contrôle des champs pétrolifères et de prendre des otages européens. Le sultan s'échappa et demanda l'assistance des Britanniques. Des troupes britanniques et gurkha stationnées à Singapour lui furent envoyées. Le , le commandement britannique d’Extrême-Orient déclara que tous les principaux foyers rebelles avaient été occupés, et le , le commandant des rebelles fut capturé et la rébellion prit fin.
Les Philippines et l'Indonésie acceptèrent l'idée de la formation de la Malaisie sous condition qu'une majorité des habitants de la région concernée se prononce en faveur de cette option lors d'un référendum organisé par les Nations uniesGeneral Assembly Session - The Trusteeship System and Non-Self-Governing Territories (pages:509-510)General Assembly Session - the Question of Malaysia (pages:41-44). Néanmoins, le , avant que les résultats du vote ne fussent connus, le gouvernement malaisien annonça que la fédération serait créée, présentant la décision comme une question interne, ne nécessitant pas de consultation. Le gouvernement indonésien vit cette décision comme une promesse rompue et une preuve de l'interventionnisme britannique .
Soekarno était un ardent partisan du rattachement de la partie occidentale de la Nouvelle-Guinée à l'Indonésie, mais non du Timor oriental. Il semble que Soekarno souhaitait voir la création, dans le nord de Bornéo, d'un État dont la vision géopolitique serait alignée sur les positions anticolonialiste et anti-impérialiste de Jakarta, et dans lequel il trouverait un allié. Soekarno a à plusieurs reprises déclaré, notamment dans au moins quatre discours publics, entre 1963 et 1964, que l'Indonésie n'avait pas d'ambition territoriale sur le nord de Bornéo, et que les aspirations territoriales indonésiennes avaient été satisfaites avec le « retour », dans le giron indonésien, de la partie occidentale de la Nouvelle-Guinée en .
L'opposition locale et les sentiments à l'égard du projet de fédération de Malaisie ont souvent été sous-estimés dans la littérature sur la révolte du Brunei et la confrontation indonésio-malaisienne qui l'a suivie. En fait, les forces politiques au Sarawak attendaient depuis longtemps l'indépendance, d'abord promise puis avortée, par le dernier rajah blanc du Sarawak, Charles Vyner Brooke, de retour en 1946.
Le mouvement anti-cession, principalement malais, qui rejeta la prise de contrôle britannique sur le Sarawak en 1946 et fut même accusé d'avoir organisé l'assassinat de Duncan Stewart, le deuxième haut commissaire britannique au Sarawak, pourrait avoir été le prédécesseur du mouvement d'opposition à la Malaisie, mené par Ahmad Zaidi, qui se développa, plus tard, au Sarawak. Toutefois, des documents publiés en ont révélé que le gouvernement britannique savait que le mouvement anti-cession n'était pas impliqué dans l'assassinat du gouverneur Duncan Stewart. Il avait cependant jugé préférable de ne pas le révéler. En 2013, le Haut-Commissariat britannique en Malaisie présenta des excuses au nom de la Grande-Bretagne, coupant court à toute mise en cause du leader de ce mouvement, le Rajah muda Anthony Brooke.
La gauche et les cellules communistes, qui prirent rapidement de l'importance au sein des communautés chinoises à partir des années 1950 – qui devinrent plus tard le noyau de l'Armée populaire du Kalimantan Nord (PARAKU) et des Forces de guérilla populaires du Sarawak (PGRS), anti-malaisiennes – soutiennent et propagent l'idée de l'unification de tous les territoires britanniques de Bornéo pour former un État indépendant de gauche, une idée initialement proposée par le Azhari, dirigeant du Parti populaire du Brunei, qui avait tissé des liens avec le mouvement nationaliste de Soekarno, en compagnie d'Ahmad Zaidi, qui vivait à Java depuis les années 1940. L'idée d'un « Kalimantan Nord » était perçue comme une autre possibilité par l'opposition locale contre le projet de fédération de Malaisie. Cette opposition reposait principalement sur les différences économiques, politiques, historiques et culturelles entre les États de Bornéo et la péninsule Malaise, et le refus d'une domination politique de la Péninsule.
Le Azhari et Ahmad Zaidi partirent en exil en Indonésie au cours de la Confrontation. Alors que Zaidi rentra au Sarawak et tenta de retrouver son statut politique, Azhari resta en Indonésie jusqu'à sa mort en 2001.
Chronologie du conflit vignette|Un Avro Vulcan de la RAF sur la base aérienne de Butterworth en 1965. Déployé en 1962 et 1966, ils ne participèrent à aucun combat, leur présence étant purement dissuasive. Le , le ministre indonésien des affaires étrangères, Subandrio, annonça que l'Indonésie poursuivrait une politique de Konfrontasi envers la Malaisie. Le , des « volontaires » (sukarelawan) indonésiens (en fait, des soldats indonésiens) commencèrent à pénétrer au Sarawak et à Sabah, se livrant à des attaques et des actions de sabotage et de propagande. Le , Soekarno déclara qu'il allait « écraser la Malaisie » (en indonésien « Ganyang Malaysia »). Le , des soldats de la brigade gurkha affrontèrent des éléments irréguliers indonésiens.
Dans le même temps, les Philippines n'engagèrent pas d'action armée, mais rompirent leurs relations diplomatiques avec la Malaisie.
La fédération de Malaisie est formellement créée le . Le Brunei décide de ne pas la rejoindre, et Singapour s'en séparera en 1965.
Les tensions s'exacerbèrent des deux côtés du détroit de Malacca. Deux jours plus tard, des émeutiers incendièrent l'ambassade britannique à Jakarta. Plusieurs centaines de manifestants mirent à sac l'ambassade de Singapour à Jakarta et les maisons de diplomates singapouriens. En Malaisie, des agents indonésiens furent capturés et la foule attaqua l'ambassade indonésienne à Kuala Lumpur.
Le long de la frontière dans la jungle de Bornéo se déroulaient des combats. Des soldats de l'armée indonésienne et des irréguliers tentèrent sans succès d'occuper Sarawak et Sabah. Le , les Indonésiens menèrent une attaque réussie, bien que de faible importance stratégique, contre le village de Long Jawe, réduisant pratiquement toute la garnison de fusiliers gurkha. Au début de 1964, les attaques indonésiennes réussirent à rendre la route stratégique Tebedu-Serian-Kuching peu sûre pendant des mois. D'autres raids aériens de faible envergure furent lancées sur des populations civiles des hautes terres des Kelabit. Un groupe d'Indonésiens en route pour la petite ville de Song fut capturé par les habitants et remis aux autorités malaisiennes en .
En 1964, les troupes indonésiennes commencèrent à attaquer des zones de la péninsule Malaise. En août, 16 agents indonésiens armés furent capturés à Johor. Les actions de l'armée régulière indonésienne à travers la frontière augmentèrent également. La Royal Navy britannique déploya, dans la région, de nombreux bâtiments de guerre, y compris des porte-avions, afin de défendre la Malaisie. La Royal Air Force déploya également de nombreux escadrons aériens. Les forces terrestres du Commonwealth — 18 bataillons, y compris des éléments de la brigade gurkha — et trois bataillons malaisiens, participèrent également au conflit. Les troupes du Commonwealth étaient très étirées et devaient s'appuyer sur les postes frontières et une reconnaissance de l'infanterie légère et de deux unités de commando des Royal Marines. Leur principale mission était d'empêcher d'autres incursions indonésiennes en Malaisie.
Le , des parachutistes indonésiens sautèrent sur la côte sud-ouest de Johor et tentèrent d'établir des groupes de guérilla. Le , d'autres parachutistes sautèrent sur Labis, Johor. Le , 52 soldats débarquèrent à Pontian entre Johor et Malacca et furent capturés par des membres de l'armée néo-zélandaise.
Lorsque les Nations unies acceptèrent la Malaisie comme membre non-permanent du Conseil de sécurité, Soekarno retira l'Indonésie des Nations unies et tenta de former la Conférence des Nouvelles Forces Émergentes (Conefo) comme alternative.