La fin du shogunat Tokugawa ou est la période de 1853 à 1868 durant laquelle le Japon mit fin à sa politique isolationniste, le sakoku, et modernisa le système féodal du shogunat pour donner naissance au gouvernement Meiji. Cette période marque ainsi la fin de l'époque d'Edo et précède l'ère Meiji. Les principales factions idéologiques et politiques en présence étaient d'une part, les tenants pro-impérialistes Ishin Shishi (nationalistes patriotes), et d'autre part les forces shogunales. Si ces deux groupes étaient les plus puissants, de nombreuses autres factions tentèrent de profiter du chaos de cette époque pour s'emparer du pouvoir.
De plus, deux autres courants accentuèrent les dissensions : d'abord le mécontentement croissant des tozama daimyō (les seigneurs exilés), soutenu par une partie de la classe des kuge autour de l'empereur, ensuite le sentiment anti-occidental grandissant face à l'arrivée du commodore Perry et aux traités inégaux. Le premier venait des seigneurs ayant combattu contre les forces de Tokugawa à Sekigahara (vers l'an 1600) et qui avaient ensuite été exilés définitivement loin des positions décisives pendant le shogunat. Le second s'exprime par la devise Sonnō jōi (« révérer l'empereur, expulser les barbares »). Le moment décisif du bakumatsu eut lieu pendant la guerre de Boshin à la bataille de Toba-Fushimi, où les forces du shogunat furent vaincues.
La convention de Kanagawa (1854) L'arrivée du commodore Matthew C. Perry et de son escadron de quatre vaisseaux dans la baie d'Edo en plongea le bakufu (shogunat) dans la tourmente. Le chef des conseillers supérieurs, Abe Masahiro (1819-1857), fut chargé de négocier avec les Américains. Sans précédent pour gérer une telle menace pour la sécurité du pays, Abe tenta de concilier les désirs des conseillers qui voulaient trouver un compromis avec les étrangers, ceux de l'empereur qui voulait renvoyer les étrangers, et ceux des daimyos (seigneurs féodaux) qui voulaient la guerre.
En l'absence de consensus, Abe finit par accepter les demandes de Perry en ouvrant le Japon au commerce étranger, tout en faisant des préparations militaires. En , la convention de Kanagawa, tout en maintenant l'interdiction du commerce, ouvrit trois ports (Nagasaki, Shimoda et Hakodate) aux bateaux américains à la recherche de provisions, garantit un bon traitement aux marins américains naufragés, et permit à un consul américain de s'installer à Shimoda, un port sur la péninsule d'Izu au sud-ouest d'Edo.
Troubles politiques et modernisation 175px|thumb|Le centre d'entraînement naval de Nagasaki, près de Dejima. Les dégâts sur le bakufu furent considérables. Débattre sur la politique du gouvernement était inhabituel, et avait fait émerger des critiques du bakufu. Dans l'espoir de trouver de nouveaux alliés, Abe, à la grande consternation du fudai, consulta également les shinpan et les tozama daimyō, ce qui mina encore plus le bakufu déjà affaibli.
Durant la réforme Ansei (1854-1856), Abe tenta de renforcer les défenses en commandant des navires de guerre et des armements néerlandais, et en construisant de nouvelles défenses portuaires. En 1855, avec l'aide des Pays-Bas, le Japon reçut son premier navire de guerre à vapeur, le Kankō Maru, qui était utilisé pour l'entraînement, et ouvrit le centre d'entraînement naval de Nagasaki, avec des instructeurs néerlandais ; une école militaire fondée sur le modèle occidental fut également ouverte à Edo. En 1857, le Japon acquit son premier navire à hélices, le Kanrin Maru. Les connaissances scientifiques prirent pour base les connaissances occidentales ou rangaku.
L'opposition à Abe prit de l'ampleur au sein du fudai, où les conseillers du bakufu s'opposaient aux tozama daimyō, et il fut remplacé en 1855 par Hotta Masayoshi (1810-1864). Le chef de la faction dissidente était Tokugawa Nariaki, qui combinait une grande loyauté à l'empereur avec de forts sentiments anti-étrangers, et qui reçut la charge de la défense nationale en 1854. L'école Mito, qui combinait des principes shinto et néoconfucianistes, avait pour but la restauration de l'institution impériale et le renvoi des Occidentaux.
Le traité d'Amitié et de Commerce (1858) 120px|vignette|Hotta Masayoshi, rōjū du shogun et négociateur du traité Harris
Après la nomination de Townsend Harris au poste de consul des États-Unis en 1856 et deux ans de négociations, le Traité Harris ou fut signé en 1858 et mis en application à la mi-1859. Grâce à une habile manœuvre diplomatique, Harris avait abondamment commenté l'agressivité de la France et de la Grande-Bretagne face à la Chine dans la seconde guerre de l'opium (1856-1860), suggérant que ces deux pays n'hésiteraient pas à déclarer la guerre au Japon et que les États-Unis offraient une alternative pacifiste. Les points importants du traité étaient : l'échange d'agents diplomatiques ; les ports d'Edo, Kobe, Nagasaki, Niigata et Yokohama s'ouvraient au commerce avec l'étranger ; les citoyens américains étaient libres de vivre et de commercer dans ces ports (seul le commerce d'opium était interdit) ; un système d'extraterritorialité permettait aux citoyens étrangers d'être jugés selon les lois de leurs pays au lieu des lois japonaises dans les tribunaux consulaires ; des taxes faibles à l'exportation et à l'importation étaient fixées, sous le contrôle de l'étranger, privant ainsi le gouvernement japonais de contrôle sur le commerce international et la protection de ses propres industries (les taxes descendirent à 5 % dans les années 1860) ; le Japon pouvait acheter des navires et des armes américaines ; trois navires à vapeur furent livrés en 1862.
Le Japon devait également appliquer ces conditions aux autres nations étrangères, sous réserve d'accord des États-Unis. Rapidement, plusieurs pays obtinrent des traités similaires avec le Japon (Grande-Bretagne, France, Russie...). Des maisons de commerce furent mises en place dans les ports ouverts à l'étranger.
Crises et conflits Crise politique Hotta perdit le soutien des principaux daimyos et quand Tokugawa Nariaki s'opposa au nouveau traité, Hotta demanda une sanction impériale. Les juges impériaux, devinant la faiblesse du bakufu, rejetèrent la plainte, mêlant Kyoto et l'empereur à la politique pour la première fois depuis plusieurs siècles.
Quand le shogun mourut sans héritier, Nariaki fit appel à la cour pour soutenir son propre fils, Tokugawa Yoshinobu, pour la succession du shogun, une candidature soutenue par les shinpan et les tozama daimyō. Les fudai gagnèrent cette lutte de pouvoir, Naosuke Ii, en tant que tairō et shogun temporaire, fit arrêter Nariaki et son fils.
Il s'ensuivit une répression politique brutale, la purge d'Ansei, qui ne fit qu'accentuer le ressentiment contre les Tokugawa. Yoshida Shōin (1830-1859), un intellectuel sonnō-jōi influent de Chōshū, qui s'était opposé au traité et projetait une révolution contre le bakufu fut décapité. Nombre de ses disciples deviendront de hauts responsables sous l'ère Meiji.
De nouveaux traités avec les États-Unis furent signés, mettant fin à plus de d'isolationnisme.
Modernisation, crise économique et soulèvements 215px|thumb|left|Une maison de commerce de Yokohama en 1861. L'ouverture du Japon à un commerce extérieur incontrôlé entraîna une forte instabilité économique. Alors que certains commerçants prospéraient, beaucoup d'autres firent faillite. Le chômage augmenta ainsi que l'inflation. Dans le même temps, de fortes famines firent énormément augmenter le prix de la nourriture. Des incidents eurent lieu entre des étrangers et des Japonais.
Le système monétaire japonais s'écroula. Le taux de change traditionnel entre argent et or au Japon était de 1 pour 5, tandis que les taux étrangers tournaient plutôt autour de 1 pour 15. Ceci donna lieu à des achats massifs d'or japonais par des investisseurs étrangers, qui forcèrent les autorités japonaises à dévaluer leur monnaie Dower, Chaos.
Les étrangers apportèrent également le choléra (probablement de l'Inde), maladie qui causa au Japon des centaines de milliers de morts. 220px|thumb|Les membres de la première ambassade japonaise en Europe (1862), autour de leur chef Shibata Sadatarō (assis). Dans les années 1860, les révoltes paysannes (hyakushō ikki) et les violences urbaines (uchikowashi) se multiplièrent. Un mouvement de « renouveau du monde » (yonaoshi ikki) apparut, ainsi que d'autres mouvements d'hystérie comme le Eejanaika (« N'est-ce pas merveilleux »).
Le bakufu mit sur pied différentes missions, ayant pour but d'en apprendre plus sur la civilisation occidentale, faire réviser des traités inégalitaires, et retarder l'ouverture des villes et des ports au commerce extérieur. Cependant, ces efforts demeurèrent largement infructueux.
Une ambassade Japonaise aux États-Unis fut envoyée en 1860 à bord du Kanrin Maru et de l'USS Powhattan. Une première ambassade japonaise en Europe fut quant à elle envoyée en 1862.
Meurtres d'étrangers et conflit armé 200px|vignette|gauche|L'attaque de l'ambassade britannique en 1861 vue par le journal Illustrated London News. 200px|vignette|Les Japonais tirant sur les navires étrangers à Shimonoseki, peinture japonaise de 1863. La violence grandit contre les étrangers et ceux qui commerçaient avec eux. Ii Naosuke, qui avait signé le traité Harris et qui avait fait éliminer les opposants à l'occidentalisation pendant la réforme Ansei, fut assassiné en près de la porte Sakuradamon du château d'Edo (incident de Sakuradamon). Henry Heusken, le traducteur néerlandais de Townsend Harris, fut tué en . Cette même année, la délégation britannique d'Edo fut attaquée, ce qui fit deux morts. Pendant cette période, environ un étranger était tué chaque mois. En , l'incident de Namamugi, dit affaire Richardson, obligea les nations étrangères à prendre des décisions violentes pour protéger leurs citoyens et garantir l'application des traités. En , l'ambassade américaine à Edo fut incendiée.
L'opposition à l'influence occidentale dégénéra en conflit armé quand l'empereur Kōmei, rompant avec des siècles de tradition impériale, prit un rôle actif dans les affaires d'État en proclamant les et . Le clan Chōshū basé à Shimonoseki, sous les ordres du seigneur Mōri Takachika, suivit les ordres de l'empereur et commença à chasser les étrangers à partir du . Défiant ouvertement le shogunat, Takachika fit tirer sans avertissement sur tous les navires étrangers qui tentaient de traverser le détroit de Shimonoseki.
Sous la pression de l'empereur, le shogunat dut proclamer la fin des relations avec les étrangers. Cet ordre fut transmis aux délégations étrangères par Ogasawara Zusho no Kami le : Les ordres du Shogun, reçus de Kyoto, sont de faire fermer les ports et de faire partir les étrangers, car le peuple de notre pays ne désire pas de relations avec les pays étrangersMissive d'Ogasawara Zusho no Kami, 24 juin 1863, citée dans .
Le lieutenant-colonel Neale, chef de la délégation britannique, répondit en termes très crus, interprétant l'ordre comme une déclaration de guerre : C'est en fait une déclaration de guerre par le Japon contre toutes les forces du Traité, et si on n'y met pas fin immédiatement, le Japon devra en subir les conséquences par un châtiment des plus sévères et des plus méritésEdward Neale le 24 juin 1863, cité dans .
Une seconde ambassade japonaise en Europe fut envoyée en dans le but d'obtenir le soutien de l'Europe pour fermer à nouveau le Japon au commerce extérieur, et en particulier bloquer l'accès des étrangers au port de Yokohama. Mais l'ambassade fut un échec total, les Européens ne voyant aucun avantage à accéder à ces demandes.
Rébellions internes En 1864, éclate un soulèvement dans la région du Kantō, la rébellion de Mito, regroupant des ronin sous la bannière Sonnō Jōi. Les forces du bakufu parviennent à la contrer mais la répression fut des plus brutale.