L'histoire écrite du territoire de l'actuelle Suisse commence avec Jules César dans ses Commentaires sur la guerre des Gaules.. L'Empire romain développe les premiers centres urbains. Les Grandes invasions entraînent un redécoupage linguistique entre langues germaniques et langues romanes ; la Suisse au Haut Moyen Âge est morcelée en plusieurs petits États du Saint-Empire dont certains, entre 1291 et 1332, échappent à la tutelle impériale pour former la Confédération des III cantons, première étape de formation de la Confédération suisse. Puis la Confédération des VIII cantons se constitue par des pactes d'alliances défensives successives jusqu'en 1481. Le traité de Bâle avec les Habsbourg en 1499 puis la Paix perpétuelle avec la France en 1516 fondent la neutralité de la Confédération des XIII cantons dans les guerres européennes ; sa reconnaissance internationale devient définitive aux traités de Westphalie en 1648. Disputée pendant les guerres de la Révolution et de l'Empire, elle est découpée et réorganisée en République helvétique durant son occupation par la France révolutionnaire. En 1803, la Suisse reçoit de Bonaparte un statut fédéral homogène et devient alors la Confédération des vingt-deux cantons avant de regagner sa pleine souveraineté aux traités de Vienne en 1815. Elle affronte ensuite une courte guerre civile et religieuse en 1847, de laquelle émerge l'État fédéral de 1848. Tenante d'une politique de neutralité, la Suisse traverse les épreuves du sans connaître la guerre.
Suisse préhistorique et celtique
Alors que les premières traces d'occupation du sol de la Suisse remontent au Moustérien (-) et que plusieurs pièces archéologiques du Magdalénien, de l'Azilien (grotte du Bichon), du Sauveterrien et du Tardenoisien ont été mises au jour, les principaux vestiges datent du Néolithique et de l'introduction de l'agriculture au av. J.-C. Dès avant notre ère, l'apparition de la culture de la céramique cordée (CWC) coïncide avec l'arrivée de nouvelles populations d'ascendance de la steppe pontique-caspienne. Les analyses génétiques suggèrent une société patrilocale, dans laquelle les mâles restent sur le lieu de leur naissance et les femelles sont issues de familles éloignées qui ne portaient pas d'ascendance steppique. De façon remarquable, les chercheurs observent les restes d'individus féminins sans ascendance détectable liée à la steppe jusqu'à après l'arrivée de cette ascendance dans la région.. Ainsi, si une population relativement homogène occupe de grandes parties de l'Europe centrale y compris la Suisse au début de l'âge du bronze, des populations sans ascendance liée à la steppe existent parallèlement aux groupes culturels de la céramique cordée pendant des centaines d'années.
La période du Néolithique moyen à l'âge du bronze est caractérisée par les habitats lacustres et les villages littoraux dont en particulier la civilisation campaniforme qui s'implante notamment au bord du lac de Neuchâtel et dans la baie de Zurich où les plus anciennes roues d'Europe, datant de 2500 av. J.-C., ont été découvertes.. Ces villages, dont certains peuvent alors compter jusqu'à une centaine d'habitants, comme le site de Hauterive-Champréveyres, seront abandonnés à la fin du avec la culture de Hallstatt.
Dès le début de l'Âge du fer, les Celtes occupent le territoire, apportant avec eux le travail du fer ainsi que les arts de la poterie et des bijoux. La seconde partie de l'Âge du fer a d'ailleurs été appelée « période de La Tène » du nom du site éponyme situé dans l'actuel canton de Neuchâtel et découvert en 1857. Certains noms de lieux actuels tels que Nyon ou Yverdon sont d'origine celte.
À la suite de la migration de la tribu germanique des Cimbres qui quitte le Jutland vers -115 en direction du sud. et de celle des Teutons qui les rejoignent quelques années plus tard., la plus grande partie du plateau suisse est occupée à partir de 100 av. J.-C. environ par les cinq tribus des Helvètes qui sont mentionnées pour la première fois par l'historien latin Tacite..
Originellement nomades, les tribus se sont progressivement sédentarisées bien que deux d'entre elles se fussent jointes aux Cimbres dans leur expédition en 107 av. J.-C. dans le sud-ouest de la France actuelle. Poussée par les Cimbres, la tribu helvète des Tigurins descend la vallée du Rhône sous le commandement du jeune chef Divico. Arrivés au bord de la Garonne, ils affrontent et défont en -107 une armée romaine dont les soldats survivants doivent ensuite passer sous le joug en signe de défaite. En réaction, Rome envoie une nouvelle armée commandée par Caius Marius qui rattrape les Germains en -102 et les extermine presque lors de la bataille d'Aix ; les Tigurins sont alors forcés de faire demi-tour et se fixent dans la région d'Avenches..
À la veille de la guerre des Gaules, différentes populations celtiques habitent le territoire de la Suisse actuelle : si le Plateau suisse est principalement occupé par les Helvètes, une partie du Jura et la région de Bâle sont aux mains des Rauraques, les Rhètes occupent une partie de la Suisse orientale et des Grisons, le Tessin est peuplé de Lépontiens alors que le Valais actuel est partagé entre les Nantuates, les Véragres, les Sédunes et les Ubères et que Genève est un oppidum des Allobroges. Les Helvètes sont surtout décrits par Jules César qui, s'il n'a jamais pénétré sur leur territoire, décrit celui-ci dans ses Commentaires sur la Guerre des Gaules comme étant délimité César décrit quatre tribus d'Helvètes et douze villes dont l'une est située dans l'une des boucles de l'Aar, tout comme l'est aujourd'hui la ville de Berne.
Vers le milieu du , les Helvètes décident d'émigrer vers le pays de la tribu gauloise des Santons, dans l'ouest de la France actuelle. Bien que les raisons de cette décision ne soient pas connues avec certitude, on a notamment invoqué le manque de terres et l'ambition de leur chef Orgétorix parmi les diverses motivations qui auraient pu pousser à une telle migration.. Quelle qu'en soit la raison, ces derniers brûlent leurs villes et leurs villages et plus de Helvètes prennent la route.. Jules César, alors proconsul de la Gaule narbonnaise, les repousse lors de la bataille de Bibracte (58 av. J.-C.) et les contraint à retourner chez eux où ils doivent défendre la frontière du Rhin contre les invasions des Germains. En 52 av. J.-C., selon César, les Helvètes envoient des renforts à Vercingétorix.
De cette époque datent des traditions alpines préchrétiennes (Autriche, Suisse, Savoie, Italie du nord, Slovénie), dont les personnages de Krampus, Berchta (Perchten), homme sauvage, participent d'un patrimoine culturel, folklorisé, en danger, en voie de disparition du fait de l'extinction des modes de vie traditionnels conservés plus longtemps dans les Alpes.
Suisse gallo-romaine
Les Helvètes sont progressivement intégrés dans le jeune Empire romain par la fondation d'une colonie de vétérans à Nyon puis, sous le règne d'Auguste, de celle d'Augusta Raurica près de Bâle, le territoire helvète appartenant dès lors à la Gaule belgique. Seules les tribus valaisannes et les Rhètes restent indépendants jusqu'à leur conquête par Tibère vers 7 av. J.-C. où ils sont réunis dans la province de Rhétie dont la capitale est Augsbourg.
left|thumb|Carte du territoire helvète sous domination romaine.
Au , la bordure nord du Rhin est une zone frontalière stratégique de l'Empire romain : elle est occupée militairement et garnie de camps militaires permanents, comme à Augusta Raurica. Le réseau routier est consolidé, des villes nouvelles comme le Forum Claudii Vallensium (actuelle Martigny) sont créées alors que les élites celtes se romanisent. L'ancien oppidum principal des Helvètes, Aventicum (actuelle Avenches), élevée au rang de colonie en 73, devient progressivement la principale ville de la région.. Vers 47, le Valais est transformé en une province autonome, le Vallis poenina, et le territoire des Helvètes est rattaché en 89 à la province de Germanie supérieure dont la capitale est Mogontiacum (l'actuelle Mayence).
thumb|Abbaye de Saint-Gall. Entre le , la Pax Romana règne sur l'empire, les frontières ayant reculé vers le nord et la Suisse n'étant donc plus une zone frontalière. Alors que le latin se répand, le territoire connaît une période de prospérité économique. Venant d'Italie et suivant les voies de communication, le christianisme se répand progressivement sur le territoire avec l'apparition des premières églises à Genève et Martigny et des évêchés de Bâle, Martigny, Genève et Coire entre 350 et 400. Des missionnaires fondent plusieurs communautés religieuses, en particulier à Saint-Ursanne et à Romainmôtier, alors que le moine Gall s'établit au sud du lac de Constance où se dressera un siècle plus tard l'abbaye qui porte son nom.
Cependant, vers la fin du , des incursions barbares des Alamans ou Alémans en Germanie puis en territoire suisse, notamment en 260 où de nombreuses villes sont pillées, ramènent progressivement la frontière sur le Rhin, le long duquel les empereurs romains du font construire des lignes défensives (forteresses et tours de guet). Progressivement, dès 401, la population inquiète migre vers le sud en abandonnant les villes de Nyon puis d'Augusta Raurica, pour cette dernière en faveur de Bâle, en même temps que les troupes romaines quittent le Rhin pour gagner le sud des Alpes, abandonnant ainsi définitivement le territoire de la Suisse aux peuples germaniques dits « fédérés », respectivement les Burgondes puis les Alamans.
Suisse au Haut Moyen Âge
Vers 443, les Burgondes s'établissent à l'ouest de la Suisse, dans une région appelée Sapaudie (« pays des sapins »), qui correspond à la Savoie actuelle, et font de Genève l'une de leurs capitales. Ils s'assimilent à la population gallo-romaine tout en préservant la langue latine puis transforment progressivement leur territoire en royaume – peu après qu'Odoacre eut déposé en 476 le dernier empereur romain, Romulus Augustule – en l'agrandissant considérablement dans la vallée du Rhône (Lyon), le Valais et les cols alpins..
À partir de 260, les Alamans s'établissent progressivement dans le centre et l'est du pays, à la recherche de terres cultivables et y imposent leurs dialectes alémaniques. La frontière entre les deux peuplades se fixe entre le et le . Les Alpes orientales sont quant à elles peu touchées par les invasions et on y parle encore aujourd'hui une langue bas latine, le romanche parfois appelé « rhéto-roman ». Le Tessin, partie sud de la Suisse, faisant partie de la Gaule cisalpine, reste dans le giron de la péninsule Italienne.
thumb|upright=1|Royaume des Burgondes aux . En 534, le roi burgonde Sigismond est vaincu par les Francs qui annexent son royaume en y favorisant l'installation des Alamans qu'ils avaient vaincus auparavant. Les Francs conquièrent la Rhétie en 550, terminant ainsi leur prise de contrôle de l'ensemble du territoire helvète.
La Suisse fait ensuite partie du royaume franc de Bourgogne. Sous les carolingiens le royaume est divisé en quatre régions et la Suisse fait partie de la Bourgogne dite Transjurane ou alémanique. À cette même époque la région se retrouve morcelée entre ce qui va devenir le royaume de Haute-Bourgogne à l'ouest et l'Alémanie à l'est. Puis, à la suite de la division de l'empire de Charlemagne en 843, elle est intégrée pendant quelques années, au royaume de Francie médiane puis au royaume de Haute-Bourgogne. Au ce dernier royaume fusionne avec le royaume de Provence pour donner naissance au Second royaume de Bourgogne. En 1034, ce royaume de Bourgogne est annexé au Saint-Empire, à la suite d'une guerre de succession.