thumb|right|300px|Détenus du camp X-Ray, à Guantanamo en janvier 2002 Cette liste de détenus du camp de Guantánamo n'est pas exhaustive. Ces personnes ont été considérées par l'administration Bush comme des « combattants ennemis » non protégés par les Conventions de Genève à propos des prisonniers de guerre. Au total, sont passés par cet établissement entre 2002 et Liste nominative, par nationalité et par statut des détenus ayant passé par Guantanamo, New York Times, décembre 2008 ; il en restait 209 à la mi- Three Saudis Moved From Guantanamo, Washington Post, 13 juin 2009. Une vingtaine d'entre eux est en cours de jugement devant les commissions militaires de Guantanamo. De nombreux témoignages de torture ont été rapportés, et des membres de l'administration ont parfois avoué des sévices (le débat sur les nouvelles techniques d'interrogatoire renforcées utilisées sur ces détenus et leur rapport avec la torture a duré plusieurs années). Neuf détenus sont morts à Guantanamo, le dernier en date étant Adnan Fahran Abdul Latif.
Les requêtes d'habeas corpus
thumb|right|300px|Captifs en vol pour Guantanamo. Plus de 200 writs of habeas corpus ont été déposés par des détenus de Guantanamo pour contester leur détention. L'administration Bush leur refusait ce droit, affirmant que la base de Guantanamo n'était pas sur le territoire américain et que les lois américaines ne s'appliquaient donc pas à eux ; tandis que leur statut inédit de combattant ennemi leur interdisait toute protection des Conventions de Genève. Ces détenus ont été, et sont toujours, dans un vide juridique ou Zone de non-droit.
Le premier problème qui s'est posé aux détenus voulant contester leur détention par un habeas corpus est que celui-ci doit être déposé par un « ami proche » (next friend). Le Center for Constitutional Rights (CCR), qui s'est proposé pour les défendre bénévolement, a donc dû d'abord retrouver leurs proches, procédure rendue difficile d'abord par l'administration Bush, qui refusait de communiquer leurs identités. Début 2002, le CCR dépose deux writs of habeas corpus, dans les affaires Rasul v. Bush et Habib v. Bush.
Le , la Cour suprême juge, dans Rasul v. Bush, que le système judiciaire fédéral avait l'autorité pour juger de la légalité de la détention des détenus non-américains de Guantanamo. La requête d'habeas corpus de Rasul v. Bush joignait les demandes des détenus britanniques Asif Iqbal et Shafiq Rasul, et de l'Australien David Hicks. La cour de district de Washington avait rejeté leur demande le , s'appuyant sur Johnson v. Eisentrager (1950), décision dans laquelle la Cour avait jugé que la justice américaine n'avait pas à connaître de la situation de prisonniers de guerre allemands détenus par les autorités américaines hors du territoire des États-Unis.
En 2005, le Detainee Treatment Act interdisait aux détenus de Guantanamo de déposer des requêtes d'habeas corpus, autorisant seulement celles déjà en cours à être poursuivies. En 2006, la Cour suprême juge, dans Hamdan v. Rumsfeld, que l'exécutif n'avait pas le droit de faire juger les détenus par des commissions militaires. Peu de temps après, le Congrès autorise ces commissions militaires en votant le Military Commissions Act de 2006 en octobre. Le , la Cour suprême se dit prête à entendre des requêtes « extraordinaires » d'habeas corpus, ouvrant la voie à une possible remise en cause du Military Commission Act Jeannie_Shawl, , , 29 juin 2007.. En , les sénateurs Patrick D. Leahy (dém.) et Arlen Specter (rép., dém. depuis ) déposent une proposition de loi, intitulée Habeas Corpus Restoration Act de 2007, visant à accorder le droit à l'habeas corpus pour tous les détenus de Guantanamo.
La septième section du Military Commission Act a été déclarée inconstitutionnelle le dans . Le même jour, la Cour suprême juge, dans Boumediene v. Bush, que tous les détenus de Guantanamo avaient le droit aux protections accordées par la Constitution américaine.
Seize autres détenus ont déposé des requêtes similaires, regroupées dans
Depuis, l'administration Obama a déclaré la suspension des procès devant les commissions militaires, tandis qu'un certain nombre de détenus, qui ont été jugés aux États-Unis et dont la libération a été ordonnée, fait l'objet de négociations avec les États de l'Union européenne et d'ailleurs (Bermudes, États du Moyen-Orient, Tchad, etc.) afin d'être accueillis ou renvoyés chez eux.
La France a ainsi accueilli deux ex-détenus bosniaques d'origine algérienne, en , innocenté après de détention, et , un autre Bosniaque d'origine algérienne, également innocenté, en Natalie Nougayrède, Wikileaks : quand la France négociait avec les États-Unis le sort de détenus de Guantanamo, Le Monde, 3 décembre 2010. En , elle a refusé d'accueillir .
Le refus du Congrès d'admettre des ex-détenus sur le sol américain suscite un certain nombre de tension avec les États européens, qui refusent en ce cas d'accueillir les détenus. Les câbles publiés fin 2010 par Wikileaks font état de celles-ci Patrice Claude, Wikileaks : l'embarras de Washington au sujet des anciens détenus de Guantanamo, Le Monde, 3 décembre 2010.
Début , le commissaire aux droits de l'homme du Conseil de l'Europe, Thomas Hammarberg, a appelé les États-Unis et les États membres du Conseil de l'Europe à accueillir les détenus innocentés, préconisant le jugement selon les normes du droit humanitaire international des autres détenus Guantanamo: Commissioner Hammarberg appeals to European governments to co-operate with President Obama for the closure of the camp, Press release - 452(2009). Le président Barack Obama déclara dès le deuxième jour de son mandat que le camp de Guantanamo serait définitivement fermé début 2010..
Fin 2010, la Chambre des députés américaine votait une loi empêchant que le budget fédéral finance des transferts de détenus de Guantanamo sur le territoire des États-Unis, notamment pour qu'ils y soient jugés. La législation antérieure autorisait leur procès sur le territoire américain, interdisant toutefois leur libération La fermeture de Guantanamo bloquée par le Congrès américain, Le Nouvel Observateur, 9 décembre 2010Look in the mirror, éditorial du Washington Post, 13 décembre 2010.
Une soixantaine de détenus auraient repris le combat à leur sortie Au , le département de la Défense fait état de 37 anciens détenus de Guantánamo qui sont soupçonnés d'avoir repris le combat ou d'avoir mené des activités terroristes dont des attentats suicide Former GTMO Detainee Terrorism Trends, département de la Défense, 13 juin 2009. En , il déclare qu'au moins détenus de Guantánamo - sur les 520 transférés ou libérés à cette date - sont soupçonnés d'avoir repris le combat à leur sortie. Parmi eux, 18 ont été accusés par le département de la Défense de mener de nouveau des activités terroristes Un ex de Guantanamo devenu un dirigeant d'Al-Qaeda au Yémen, La Presse, 23 janvier 2009.
Une liste de 85 suspects a été publiée par Interpol le à la demande de l'Arabie saoudite Avis de recherche 2009/52/OS/CCC du 10 février 2009. On compterait parmi eux un beau-frère de Ben Laden et onze anciens détenus de GuantánamoAlain Rodier, Raids d'avril 2009, page 23 Saudi Arabia's most-wanted, The Long War Journal, 4 février 2009 WANTED, War Intel 11 Interpol jagt 85 Terrorverdächtige, Wiener Zeitung, 10 février 2009.
Détenus thumb|right|Manifestants réclamant le rapatriement d'Omar Khadr, citoyen canadien, au Canada (juillet 2008). L'âge des détenus est sujet à discussion. Pour les plus jeunes, il est en effet difficile d'estimer avec précision celui-ci. Même les examens médicaux (radiologiques, etc.) ne peuvent déterminer l'âge qu'à quelques années près Comité consultatif national d'éthique, Avis sur les méthodes de détermination de l'âge à des fins juridiques, 23 juin 2005.
Abdallah al-Ajmi, ex-détenu, de nationalité koweïtienne, de Guantanamo (numéro d'immatriculation 220), a été arrêté en à l'âge de , alors qu'il était soldat pour les forces talibanes. Libéré en 2005. Le , il meurt dans un attentat-suicide en Irak, près de Mossoul ( irakiens morts et blessés) Rajiv_Chandrasekaran, From Captive To Suicide Bomber, The_Washington_Post, 21 février 2009 (publié dans l'édition du dimanche 22 février 2009, page AO1).
: détenu saoudien, qui vivait légalement au Royaume-Uni depuis 1996, capturé en Afghanistan en Robert Verkaik, The case of the Guantanamo lawyer, the detainees and the illegal pairs of pants, The Independent, 14 septembre 2007. Soupçonné d'avoir combattu en Bosnie, de connaître des membres d'Al-Qaida, et d'avoir travaillé pour une association caritative islamiste, la fondation Al Haramein, laquelle a été dissoute par les autorités américaines, qui affirment qu'elle était liée à Al Qaeda. Aamer était l'un des grévistes de la faim de , passant de à Amnesty International, Document - ÉTATS-UNIS. PRÉOCCUPATIONS D'ORDRE JURIDIQUE / PRÉOCCUPATIONS POUR LA SANTÉ / TORTURE. Fawzi al Odah (h), ressortissant koweïtien ; Juma al Dossari (h), ressortissant bahreïnite ; Shaker Aamer (h), résident britannique ; Abu Bakr al Shammari (h), r, 2005. Sa femme a la nationalité britannique, et vit avec ses enfants à South London. Son avocat, , qui travaille pour l'ONG Reprieve, affirme qu'il a été vendu par des villageois afghans à l'Alliance du Nord, qui l'auraient ensuite vendu aux Américains. Les autorités militaires de Guantanamo l'ont accusé d'avoir porté des sous-vêtements qui auraient été introduits de façon illégale dans le camp, accusation ridicule selon son avocat. En , le gouvernement de Tony Blair demanda sans succès son rapatriement, ainsi que celui de quatre détenus britanniques.
, Britannique né en 1979, détenu , transféré à Guantanamo le (avec Omar Khadr et Jamal Abdullah Kiyemba). Transféré aux autorités britanniques en , il a été rapidement libéré par celles-ci, la justice considérant que les aveux obtenus par des enquêteurs du MI-5 n'étaient pas recevables devant un tribunal.
Ali Mohamed Al-Fakheri, ex-détenu de nationalité libyenne de Guantanamo, extradé en Libye en 2006 et condamné à la prison à perpétuité. Le , il se suicide dans sa cellule «Ex-détenu libyen de Guantanamo se suicide dans sa prison en Libye» , RTL Info, 10 mai 2009.
Muallavi Abdul Ghaffar, après avoir été détenu huit mois à Guantanamo en 2002. Il devient le chef des taliban pour les provinces d'Helmand et d'Uruzgan avant d'être abattu par les forces afghanes le .
Ahmed Khalfan Gailani, Tanzanien, accusé d'avoir participé aux attentats de 1998 en Afrique, premier détenu de Guantanamo déféré par l'administration Obama devant une juridiction de droit commun en .
Mohammed El Gharani, un Tchadien âgé de lors de son arrestation. L'un des plus jeunes détenus de Guantanamo (voir cependant Mohamed Jawad), il a été libéré en , il est retourné au Tchad Peter Finn et Sandhya Somashekhar, Obama Bows on Settling Detainees, Washington Post, 12 juin 2009. (Voir aussi .)
Salim Ahmed Hamdan, Yéménite, capturé en en Afghanistan. Il a déclaré avoir été le chauffeur d'Oussama ben Laden. Son cas passe devant la Cour suprême en 2006 (Hamdan v. Rumsfeld), qui décrète les commissions militaires de Guantanamo anticonstitutionnelles. Cette décision sera renversée par le Congrès, qui vote en le Military Commission Act légalisant le statut de "combattant ennemi illégal". Salim Hamdan est finalement libéré le .
, Américain né en 1980. Capturé par l'Alliance du Nord en et détenu à la prison de Qala-e-Jangi près de Mazar-e-Charif. Son cas est jugé par la Cour suprême en 2004 (Hamdi v. Rumsfeld), qui décrète que les citoyens américains (à la différence des autres « combattants-ennemis ») ont droit à contester la légalité de leur détention devant un juge impartial.
Mohammed Islamil, citoyen afghan, naissance présumée en 1984, détenu , relâché en 2004 pour être finalement repris en mai de la même année alors qu'il combattait les forces américaines.