thumb|Le kangourou roux est le plus grand des kangourous. Animal emblématique de l'Australie, il apparaît sur les armoiries du pays.|alt=Photo de deux kangourous roux.
La faune de l'Australie est constituée d'une très grande diversité d'animaux. Quelque 83 % des mammifères, 89 % des reptiles, 90 % des poissons et des insectes et 93 % des amphibiens qui habitent cette masse continentale sont endémiques. Ce haut niveau d'endémisme peut être attribué au grand isolement géographique du continent, à sa stabilité tectonique, aux effets d'un modèle de changements climatiques assez inhabituel sur le sol et la flore au fil du temps géologique. L'une des spécificités de la faune australienne réside dans la relative rareté des mammifères placentaires. C'est pourquoi les marsupiaux, un groupe de mammifères dont les petits sont portés dans un marsupium et qui inclut les kangourous, les opossums, les koalas et les Dasyuromorphia, occupent plusieurs niches écologiques qui, dans d'autres parties du monde, sont occupées par les animaux placentaires. L'Australie est l'habitat de deux des cinq espèces existantes connues de monotrèmes. Elle compte de nombreuses espèces venimeuses, dont les ornithorynques, certaines araignées, les scorpions, les pieuvres, les scyphozoaires, certains mollusques, les poissons-pierres et les raies. L'Australie est la seule partie du monde où les espèces de serpents venimeux sont plus nombreuses que les espèces de serpents non-venimeux.
La colonisation de l'Australie par les aborigènes d'Australie, il y a plus de ans, puis par les Européens dès 1788 a considérablement affecté la faune. La chasse, l'introduction d'espèces étrangères et les pratiques de gestion et de développement des terres impliquant la modification ou la destruction des habitats naturels des animaux ont causé de nombreuses extinctions. On peut citer comme exemple la disparition de la perruche de paradis, du bandicoot à pieds de porc et du Potorous platyops. L'utilisation intensive des terres menace toujours la survie de nombreuses espèces. Afin de faire face aux menaces qui pèsent sur la faune, les autorités australiennes ont adopté de nombreuses lois, tant au niveau fédéral que local, pour l'établissement de zones protégées.
thumb|Un koala, autre animal emblématique de l'Australie. Il puise l'eau dont il a besoin dans les feuilles d'eucalyptus.|alt=Photo d'un koala. thumb|La perruche ondulée, un des oiseaux symboles de l'Australie.|alt=Photo de deux perruches ondulées, au plumage vert et jaune.
Origines de la faune d'Australie
thumb|upright=1.3|L'Australie aurait fait partie autrefois du supercontinent Gondwana.|alt=Carte du Trias, il y a 200 millions d'années.
L'histoire géologique et climatique de l'Australie a contribué à rendre sa faune unique.. Avant sa formation en tant que masse continentale isolée, l'Australie faisait partie du supercontinent méridional Gondwana. qui incluait aussi l'Amérique du Sud, l'Afrique, l'Inde et l'Antarctique. Il y a , le Gondwana commence à se scinder. Puis, au cours du Crétacé il y a environ , l'Australie se sépare de l'Antarctique et commence à dériver vers le nord-est lorsque la frontière nord de l'ancienne plaque Indo-australienne commence à entrer en subduction sous les plaques pacifique et eurasiatique. Enfin, au Miocène il y a , l'Australie est assez proche de l'Insulinde pour que des animaux nageurs ou volant commencent à voyager entre l'Australie et l'Asie.
Au cours de cette désolidarisation des autres masses continentales et de cette dérive à travers les océans, l'Australie n'a jamais été reliée à une autre masse continentale. Sa faune, de même que sa flore, ont ainsi pu subsister et évoluer sans trop d'influences extérieures et acquérir ainsi un certain endémisme et une singularité dans le règne animal, notamment pour les animaux terrestres comme les marsupiaux. De plus, au cours de son transit des latitudes australes en direction de l'équateur, l'Australie a subi des changements climatiques, notamment une désertification de l'intérieur des terres puis une apparition d'un climat tropical au nord-est lorsque le courant circumpolaire antarctique se mit en place il y a au milieu de l'Oligocène. Ces changements dans le climat et donc dans la flore ont alors accentué cette singularité de la faune australienne en les forçant à s'adapter à ces nouvelles conditions.
Ce n'est qu'à partir du Miocène, lorsque, à certaines époques, des ponts terrestres reliant les différentes îles et péninsules de l'Insulinde atteignaient presque l'Australie, qu'une faune asiatique a pu y s'établir plus facilement. La ligne Wallace marque encore la limite entre les écozones australasienne et indomalaise.
Les écorégions
250px|thumb|Carte climatique de l'Australie.
|alt=Carte climatique de l'Australie. Du fait de sa géographie, l'Australie possède une grande diversité de climats et donc de nombreux biotopes. Peu d'espèces se retrouvent sur l'ensemble du territoire. L (IBRA), l'organisme gouvernemental australien chargé de l'étude géographique du continent australien, le divise en 85 biorégions et 404 sous-régionsIBRA.. La carte de ces écorégions est régulièrement mise à jour. D'après le WWFsite du WWF sur les biomes d'Austronésie., les huit écozones qui regroupent les plus importantes des 40 écorégions définies par cet organisme sont les suivantes : la forêt tropicale humide qui inclut les réserves des forêts ombrophiles centre-orientales de l'Australie dont font partie les forêts pluviales tropicales du Queensland et qui compte 672 espèces de vertébrés terrestres (32 % des espèces australiennes)DASETT 1987, Williams et al. 1996.. Parmi celles-ci, 264 ne se retrouvent que dans les forêts pluviales. Ce type d'écozone comporte un très grand nombre d'oiseaux et une variété de lépidoptères impressionnante (60 % des espèces d'Australie concentrées dans cette forêt au Queensland). les forêts tempérées caducifoliées de la Tasmanie au sud-est de l'Australie s'étendent en zones non contiguës. L'eucalyptus est la plante emblématique de ces régions et les espèces animales en dépendent toutes d'une manière ou d'une autre. Il existe aussi certaines zones couvertes de conifères et pour les plus sèches d'acacias. L'endémisme y est moins élevé au Sud qu'au Nord. Le nombre d'espèces qui y vivent est important. Certaines espèces d'oiseaux hivernent d'une de ces zones à l'autre. Cette écozone est menacée principalement par l'urbanisation et l'agriculture. Le chat haret et le renard roux y sont aussi conjointement responsables de la disparition de plusieurs espèces. Ces zones servaient de refuges aux animaux durant les périodes sèches. les prairies, savanes et brousses tropicales et subtropicales sont localisées sur les côtes Nord du pays. Humides, elles abritent un grand nombre d'échassiers et oiseaux aquatiques, migrateurs ou résidents. On y trouve aussi des marsupiaux, des rongeurs et des chauves-sourisSur l'écosystème des savanes tropicales, Site du WWF.. les steppes herbacées, savanes et brousses tempérées, zones semi-arides, souffrent du surpâturage des espèces importées comme les moutons, les bovinés mais aussi des dégâts occasionnés par les lapins. l'écozone de prairie et broussaille de montagnes nommée . les forêts, bois et broussailles méditerranéens dans le Sud-Ouest australien (Forêts et broussailles) ainsi que dans le Sud (Mallee et bois). De nombreuses espèces d'oiseaux, ainsi que des espèces de marsupiaux de taille moyenne ont disparu ou sont menacées. Plusieurs espèces du Sud-Ouest sont connues pour être proches de celles qui existaient sur le GondwanaWWWF sur l'écorégion du Jarrah-Karri.. Ce type d'écorégion avec sa faune est le type le plus menacé des écorégions d'Australie. les déserts et broussailles xérophytes : on y trouve surtout des espèces de reptiles, d'insectes et de petits animaux ressemblant aux rongeurs. Dans les zones les plus humides (outback), on y trouve des kangourous roux et des émeus mais aussi de très nombreux dromadaires, espèces introduites. la toundra qui occupe sur l'île Macquarie où la faune aviaire locale est constituée de 55 espèces d'oiseaux marins (comme le gorfou de Schlegel ou l'albatros de l'île Campbell) et de 80 espèces d'oiseaux terrestres, souvent endémiques et en danger (30 espèces sont inscrites sur la liste rouge de l'UICN). Le nombre d'espèces d'invertébrés n'est pas élevé mais il est conforme à ce type de biome. L'endémisme y est également élevé, par exemple 36 des 78 espèces de Lepidoptera le sont WWF sur les îles subartique.. De nombreux insectes, en raison des vents forts, ont perdu leur capacité à voler. On y trouve naturellement des mammifères marins et des espèces introduites qui menacent l'environnement comme les lapins ou les rats. Une politique ferme d'éradication y est pratiquée. L'environnement de l'île Macquarie est le moins préservé des îles subarctiques à cause de la présence d'une base humaine permanente.
À ces zones, il faut ajouter : les récifs coralliens comme la Grande barrière ; les zones littorales et zones pélagiques ; les cours d'eau comme celle du fleuve Murray.
Mammifères L'Australie regorge de fossiles de mammifères, que ce soit d'espèces vivantes ou d'espèces éteintes, avec de nombreux fossiles de marsupiaux.. Des fossiles retrouvés démontrent que les monotrèmes sont présents en Australie depuis le Crétacé (145 à 99 Ma)Archer, M. et al., 1985. First Mesozoic mammal from Australia-an early Cretaceous monotreme. Nature 318:363–oij.Godthelp, H. et al. 1992. Earliest known Australian Tertiary mammal fauna. Nature, 356:514-516. et que les marsupiaux et les mammifères placentaires y vivent depuis l'Éocène (il y a 56 à 34 Ma), époque à laquelle apparaissent les premiers mammifères modernes d'après les découvertes de fossiles. Bien que les marsupiaux et les mammifères placentaires aient coexisté en Australie au cours de l'Éocène, seuls les marsupiaux y ont survécu. Des fossiles de chauves-souris et de rongeurs laissent penser que les mammifères placentaires sont réapparus en Australie au cours du Miocène, époque à laquelle l'Australie s'est rapprochée de l'Insulinde. La concurrence dans l'évolution a amené les marsupiaux à occuper des niches écologiques et, dans de nombreux cas, leurs évolutions les ont amenés à ressembler physiquement aux mammifères placentaires occupant des niches comparables en Eurasie et en Amérique du Nord. Ce phénomène est connu sous le nom d'évolution convergenteTownsend, C.R. et al. 2002. The Ecology of Evolution, in Essentials of Ecology 2nd edition. Blackwell Publishers .. Par exemple, le super-prédateur de l'Australie, le tigre de Tasmanie. présente un certain nombre de ressemblances frappantes avec des canidés tels que le loup gris, tandis que le petauridae, tout comme l'écureuil volant, est adapté au style de vie arboricole ou que le Myrmecobius fasciatus et le fourmilier (Myrmecophagidae) sont tous deux des insectivores qui creusent le sol pour y trouver leur nourriture..
Monotrèmes et marsupiaux thumb|left|Un ornithorynque.|alt=Photo d'un ornithorynque. thumb|Le chat marsupial à queue tachetée, espèce menacée, est le plus gros marsupial carnivore d'Australie.|alt=Photo d'un chat marsupial à queue tachetée. thumb|Le phalanger renard.|alt=Photo d'un phalanger renard. thumb|Un bilby.|alt=Photo d'un bilby. thumb|Le wombat à nez poilu est une sorte d'ourson australien.|alt=Photo d'un wombat à nez poilu. Monotrèmes Les monotrèmes sont — chose rare — des mammifères ovipares. Ils ne mettent donc pas bas mais pondent des œufs. Des cinq espèces vivantes connues de monotrèmes, deux sont présentes en Australie : l'ornithorynque et l'échidné à nez court..