La biodiversité de la Nouvelle-Calédonie englobe l'ensemble des êtres vivants ayant peuplé l'archipel au cours des temps géologiques, et leurs descendants actuels. Par son climat, sa géologie et sa nature insulaire, le territoire voit se développer au cours des derniers millions d'années une biosphère diversifiée, marquée par un important taux d'endémisme.

La biosphère de l'archipel se trouve menacée par l'introduction d'espèces, l'exploitation forestière, les incendies, le développement urbain et l'exploitation minière. La Nouvelle-Calédonie a perdu de nombreuses espèces depuis que l'être humain a posé le pied sur l'île. 4 espèces d'oiseaux classées en danger critique d'extinction, l'Égothèle calédonien, l'Engoulevent calédonien, le Lori à diadème et le Râle de Lafresnaye n'ont pas été observé avec certitude depuis plusieurs décennies et pourraient être éteintes. Les écosystèmes natifs ne comptent par ailleurs parmi les mammifères que des chauves-souris, et aucun amphibien.

Végétaux

Flore terrestre Détachée très tôt du supercontinent Gondwana (au Crétacé, il y a 75 millions d'années), son insularité, son climat particulier et la diversité de ses sols a conduit en Nouvelle-Calédonie à une spéciation ainsi qu'une conservation d'espèces variéesPrésentation générale en chiffres de la biodiversité sur le site de l'association Endemia. Le taux d'endémisme est l'un des plus élevés au monde, notamment dans le cadre de sa diversité de paysageBiotopes de la Nouvelle-Calédonie sur le site de l'association Endemia : la forêt dense sempervirente humide ( sur la Grande Terre, surtout le long de la Chaîne Centrale et la côte est, l'île des Pins et les îles Loyauté), parfois appelée forêt primitive car la plus anciennement constituée et comportant de nombreuses espèces panchroniques (par exemple l'Amborella trichopoda, issue d'une lignée évolutive qui est considérée à l'heure actuelle comme la première à s'être différenciée au cours de l'évolution des plantes à fleurs, ayant débuté il y a environ 135 millions d'années au Crétacé) donnant un aperçu de la végétation qui existait à la fin du Secondaire. Pour cette raison, la Nouvelle-Calédonie a été le lieu de tournage de plusieurs documentaires sur cette période, notamment de deux épisodes de la série britannique des Sur la terre des dinosaures. La forêt humide est la formation végétale la plus riche avec 2012 espèces de plantes vasculaires (fougères, conifères et plantes à fleurs), réparties en 483 genres et 138 familles. Le taux d'endémisme spécifique de sa flore est de 82,2 % et les familles les plus fournies en espèces sont, dans l'ordre : les Orchidaceae (169), les Rubiaceae (148), les Euphorbiaceae (139), les Myrtaceae (129), les Araliaceae (87), les Apocynaceae (76), les Myrsinaceae, les Sapindaceae, les Cunoniaceae (environ 50 espèces chacune). En outre, sur les 43 espèces de conifères présentes en Nouvelle-Calédonie, 35 se rencontrent en forêt humide, ainsi que la totalité des palmiers (38 espèces). Les essences les plus représentatives de ces milieux sont les kaoris (kaori géant ou des koghis et kaori blanc ou du Nord), les Araucarias (notamment le pin colonnaire, qui domine de sa hauteur les autres arbres et est un des emblèmes du Territoire) ou encore les fougères arborescentes (notamment les Cyathea intermedia qui peuvent dépasser les de haut). le maquis minier qui se développe sur les roches ultramafiques ( essentiellement au sud-est de la Grande Terre, mais aussi les secteurs de la Tontouta, les massifs de Koniambo, Boulindo et Thiébaghi) : il offre une grande diversité physionomique, avec aussi bien des groupements végétaux sclérophylles (à feuilles dures et coriaces, souvent vernissées) que sempervirents (dont les feuillages ne se renouvellent pas simultanément à une époque de l’année), pouvant être arbustifs, plus ou moins buissonnants, ou ligno-herbacés à strate cypéracéenne dense, mais qui ont pour point commun de se développer sur des terrains techniquement peu favorables à la nutrition minérale des plantes. Ils naissent généralement de la destruction d'une forêt à la suite d'un incendie ou d'une exploitation minière intensive. La spécificité de son sol et son aspect peu fertile (qui empêche le développement des espèces introduites envahissantes qui pourraient les menacer) entraîne un fort endémisme, avec plus de 88 % des présentes dans ce paysage ne se retrouvant qu'en Nouvelle-Calédonie et dont les conditions de nutrition minérale inhabituelles en font l'un des écosystèmes les plus originaux de la planète. la forêt sèche (, estimée à 1 % de sa surface initiale, concentrés sur la côte ouest et qui regroupe 83 familles et 252 genres différents, soit 456 espèces autochtones dont 262 et 57,5 % du total qui sont endémiques, parmi lesquels une soixantaine qui ne se retrouvent que dans ce milieuSite du programme de conservation des forêts sèches en Nouvelle-Calédonie). Plus récente que la forêt humide (fin du Tertiaire, début du Quaternaire), elle ne possède ni conifères ni palmiers, et que très peu de représentants des familles ayant conservé des caractères archaïques. En revanche, certaines familles sont sur-représentées comme les Euphorbiaceae, les Myrtaceae, les Sapindaceae et les Rutaceae.

Animaux

La diversité faunistique de la Nouvelle-Calédonie est semblable à de nombreuses îles, et particulièrement la Nouvelle-Zélande. À l'instar des îles Galapagos, la proportion d'espèces reptiliennes domine par rapport aux autres espèces de vertébrés sur l'île avec 86 espèces de lézards dont 83,5 % sont endémiques à la Nouvelle-CalédonieRisques d’extinction d’espèces en Nouvelle-Calédonie Lettre ouverte au Directeur du Centre IRD de Nouméa.

Faune terrestre S'il est moins fort que celui de sa flore, l'endémisme de la faune néo-calédonienne est également important. Il est particulièrement développé chez les reptiles (63 espèces dont 40 de lézards et 20 geckos, soit environ 90 % du total, tous inoffensifs, dont le Rhacodactylus leachianus qui dépasse les et est ainsi le plus grand de son genre et l'un des plus grands geckos au monde, ainsi qu'une dizaine d'espèces de serpents amphibiens dont le plus emblématique reste le tricot rayé, mortellement venimeux puisque leur morsure équivaut à dix fois celle du cobra royal mais particulièrement dociles et craintifs tandis que la petite taille de leur bouche limite le nombre de cibles potentielles, si bien que, si les enfants ont l'habitude de jouer avec lui, le nombre de morsures recensées est quasi nul, l'essentiel des accidents sont en fait imputables à un autre serpent marin, de couleur marron et beaucoup plus agressif : l'Hydrophis coggeriPrésentation du lagon néo-calédonien sur le site arys.free.fr), les invertébrés ( indigènes inventoriées, et un montant réel estimé à pour un taux d'endémisme entre 90 et 100 %, en particulier les 2/3 des 160 espèces de fourmis ou la totalité des 153 types d'escargots de terre répertoriés) et les chiroptères (seuls mammifères non introduits et présents avant l'arrivée des européens à travers 9 espèces dont 5 chauves-souris insectivores et 4 roussettes, très appréciées pour leur chair et donc particulièrement chassées ce qui leur a valu d'être classées « espèces menacées » par l'UICN ; 6 d'entre elles sont endémiques à savoir 3 chauves-souris et 3 roussettes).

Les oiseaux représentent une grande partie de la faune terrestre vertébrée (entre 142 et 148 espèces inventoriées) mais à un taux d'endémisme relativement fort (22, soit 14 % du total, même si la Province Nord fait état d'un taux de 33 %). Le cagou, dernier représentant de la famille des Rhynochetidae, est devenu le principal symbole local, présent sur les revers des pièces de 50 F CFP émis pour la Nouvelle-Calédonie, sur de nombreux blasons de communes ou logos d'établissements officiels (notamment celui de l'OPT, l'office des postes territoriales). On peut également citer comme autre oiseau endémique emblématique le notou, plus gros pigeon arboricole au monde dont le roucoulement grave domine généralement le fond sonore de la forêt humide et un des principaux gibiers des chasseurs néo-calédoniens, avec le cerf et la roussette. La perruche d'Ouvéa, le lori à diadème ou encore le pape de Nouméa (ou Cardinal) sont quant-à-eux particulièrement recherchés par les ornithologues et par les braconniers pour en faire des oiseaux domestiques. La plupart de ces espèces sont reconnues comme menacées.

Les espèces introduites principales sont des mammifères, le cerf (un des mets principaux de la cuisine néo-calédonienne désormais, décliné en saucisson, salade, filet, brochettes) ou le cochon sauvage (ancien porcins d'élevages retournés dans la nature), deux animaux qui se retrouvent ainsi aussi bien domestiqués que sauvages, le bétail (essentiellement bovin dont le nombre dépasse les , plus faiblement des ovins et caprins, tous élevés avant tout pour la viande, très peu pour les produits laitiers, la laine ou le cuir, dans les propriétés extensives de la côte ouest), les chevaux (particulièrement utilisé notamment par les propriétaires et ouvriers agricoles pour encadrer le bétail, mais aussi dans les sports hippiques qui sont assez développés, le cheval étant devenu un élément culturel fort de la population Caldoche), les animaux domestiques (chiens et chats) ainsi que des nuisibles tels que rats ou souris apportés dans les cales des premiers navires européens à avoir accosté dans les îles. Parmi les oiseaux importés, le plus répandu reste le Merle des Moluques dit « pattes jaunes », initialement importés pour combattre les sauterelles et aujourd'hui essentiellement présents dans un environnement urbain.

Parmi les animaux peuplant les rivières et les lacs, on peut citer environ 80 espèces de poissons d'eau douce, la plupart indigènes mais avec un endémisme très faible (autour de 17 %), ceux observés se limitant à un faible nombre d'espèces répandus dans des zones géographiques très restreintes, dont le Rhyacichthys guilberti ou « Noreil » qui n'est connu qu'à travers 5 individus identifiés dans deux rivières de la Province Nord. Dans les « creeks » (synonymes de gués ou de rus) dominent ce que les néo-calédoniens appellent des « carpes » mais sont en fait des Kuhliidae, et des crevettes de creek du genre Macrobrachium, appréciées pour leur qualité gustative tandis que se développe de plus en plus une industrie aquacole en Nouvelle-Calédonie. Les espèces introduites comprennent le black-bass apporté à l'origine pour peupler le lac artificiel de Yaté et s'est depuis répandu, prédateur menaçant les poissons indigènes et endémiques, ou encore les tilapias et le poisson million qui ont eu quant-à-eux un impact plutôt positif en participant à la démoustication.