thumb|alt=Image représentant les armoiries historiques de la Macédoine|Le « lion rampant » héraldique, armoiries historiques de la Macédoine
Lhistoire de la Macédoine du Nord, petit État du sud des Balkans (, environ d'habitants), commence, au sens strict, lors de son indépendance vis-à-vis de la république fédérative socialiste de Yougoslavie en 1991. Dans un sens plus large, l'histoire de la « Macédoine », dont traite le présent article, concerne un ensemble géographique et historique bien plus vaste, habité par de nombreux peuples au cours du temps. Le territoire ainsi désigné a maintes fois changé de forme et fut inclus dans divers États successifs. La république actuelle n'occupe que le tiers du royaume antique. Elle regroupe la majorité des Slaves macédoniens, parlant une langue slave, également présente en Bulgarie du sud-ouest (Macédoine du Pirin, vallées de la Mesta et de la Struma) et en Grèce du nord (Macédoine grecque), et linguistiquement proche du bulgare. La Macédoine du Nord abrite aussi des minorités albanaises, latines et tsiganes.
Au sens large, l'histoire du pays commence au pendant le Néolithique : l'être humain se sédentarise alors dans les petites vallées et y fonde les premiers villages. Après une succession de cultures agricoles (Starčevo, Vinča... dont les habitants sont appelés par les auteurs grecs antiques « Pélasges »), arrivent au les Indo-européens qui parlent, ici, des langues illyriennes, thraces et macédo-helléniques. Ils introduisent l'usage des métaux, et les premiers États structurés apparaissent à l'âge du fer. Le territoire de la république moderne est alors majoritairement inclus dans les royaumes de Dardanie et de Péonie, monarchies structurées avec des villes fortifiées, partiellement hellénisés. Ces États sont envahis au par Philippe II de Macédoine et font désormais partie de la Macédoine antique, née dans le nord de la Grèce au Ce royaume hellénique est à son tour envahi par les Celtes au et par les Romains au Ces derniers réorganisent la région et laissent de nombreux monuments et plusieurs grandes villes. La christianisation fait entrer la région dans la civilisation byzantine, à laquelle le pays doit sa tradition orthodoxe.
Les Slaves, ancêtres linguistique de la nation majoritaire en Macédoine du Nord moderne, s'installent au et forment leurs propres États : d'abord des petits duchés nommés « Sklavinies » (qui se multiplient jusque dans le Péloponnèse), puis de grands royaumes comme la Serbie ou la Bulgarie (qui se substituent à l'autorité de Constantinople). Après avoir été reconquis pour un siècle par les Byzantins au , ces royaumes retrouvent leur indépendance, mais sont envahis au par les Ottomans, qui conservent toute la Macédoine jusqu'en 1912. Les Ottomans encouragent le développement des villes, où se concentre l'élite économique musulmane, alors que les campagnes, où vivent les chrétiens, sont livrées à la pauvreté, à l'insécurité et à l'exode rural. Cette migration, d'abord vers les montagnes, entraîne l'émergence des haïdouks, hors-la-loi qui luttent contre la puissance ottomane. Cet exode s'oriente ensuite vers les villes et fait naître une première élite économique slave à la fin du . L'Empire ottoman est alors sur le déclin et les peuples des Balkans vivent des renaissances culturelles grecque, albanaise, serbe et bulgare. La région est nettement sous-développée et son identité culturelle est multiethnique : selon les langues, des écoles financées par les Grecs, les Bulgares et les Serbes tentent d'inculquer aux Macédoniens un sentiment d'appartenance à leur pays respectif, afin de pouvoir facilement annexer la région avec l'aide des comitadjis locaux. De grandes organisations de libération voient le jour à la fin du et en 1903.
En 1912, la Bulgarie, la Grèce et la Serbie, décidées à chasser les Ottomans d'Europe, envahissent (selon les Turcs) ou libèrent (selon les chrétiens) la Macédoine du Nord lors de la première guerre balkanique. La région est partagée en 1913 entre les trois nations victorieuses : la Bulgarie hérite de la partie nord-est, la Grèce récupère les régions du sud autour de Thessalonique, et la Serbie annexe la « Macédoine du Vardar », qui correspond à la république actuelle. Ce découpage est de courte durée : lors de la Première Guerre mondiale, la Bulgarie, ennemie de la Serbie et de la Grèce, annexe toute la Macédoine. Au traité de Neuilly de 1919, le pays entre dans le nouveau royaume des Serbes, Croates et Slovènes qui devient, en 1929, la Yougoslavie. Mais entre-temps, en 1923, le dirigeant bulgare Alexandre Stamboliyski avait signé avec la Yougoslavie le traité de Niš par lequel la Bulgarie s'engage à réprimer les comitadjis macédoniens de l'ORIM (VMRO) qui, s'estimant trahis, cessent d'être pro-bulgares et deviennent indépendantistesGiacomo Brucciani, , Alexandăr Stambolijski e il mito del governo del popolo, 2003 : ..
Dès lors, le peuple macédonien est considéré comme serbe et il faut attendre les lendemains de la Seconde Guerre mondiale pour qu'il soit reconnu comme différent à la fois des Serbes et des Bulgares, et pour que sa langue soit codifiée. Pendant la Seconde Guerre mondiale, la Macédoine redevient bulgare puis ce sont les résistants communistes yougoslaves qui libèrent le pays. Ils proclament en 1944 la république socialiste de Macédoine, l'une des six républiques constituantes de la Yougoslavie communiste de Josip Broz Tito. La Macédoine reste la plus pauvre de ces républiques et le système fédéral yougoslave lui octroie des aides pour lui permettre de s'industrialiser et de renouveler ses infrastructures.
Lors de la dislocation de la Yougoslavie en 1991, la « république de Macédoine », contrairement aux autres républiques, échappe aux guerres de Yougoslavie et acquiert pacifiquement son indépendance. Mais les dirigeants ex-yougoslaves macédoniens doivent faire face aux revendications unionistes de certaines forces pro-bulgares (VMRO - Mouvement national bulgare), à l'irrédentisme de certains Albanais à l'ouest (un quart de la population) et aux contestations grecques concernant le nom du pays, car la Grèce leur reproche, en employant le nom de « Macédoine », d'usurper son patrimoine historique . Ils promeuvent alors la construction d'une identité locale basée sur la mise en exergue des différences avec les voisins bulgares, sur la position pro-Alliée du pays (en tant que partie de la Serbie puis de la Yougoslavie) pendant les deux guerres mondiales et, malgré les protestations grecques, sur une appropriation du passé antique pré-slave du pays, avec l'adoption comme symbole du « soleil de Vergina » à la place du « lion rampant » partagé avec la Bulgarie et .. S'ensuivent des sanctions économiques et diplomatiques qui durent jusqu'en 1995 et qui empêchent l'accession de la république aux organisations internationales. La transition du système communiste à l'économie de marché est difficile et un conflit ethnique entre Albanais et Slaves a lieu en 2001 ; il permet aux premiers de gagner quelques droits sur le plan linguistique. La Macédoine du Nord, soucieuse de devenir un État sur le modèle occidental, est aujourd'hui candidate à l'adhésion à l'Union européenne et fut admise à l'OTAN en 2020..
La Macédoine avant les Slaves (avant 500) Néolithique thumb|left|upright=2.5|alt=Photographie de la reconstitution moderne du village de Toumba Madjari|Reconstitution du village de Tumba Madžari
Le territoire de l'actuelle république n'est habité qu'à partir du Néolithique. Pourtant, sa situation géographique est propice à l'installation humaine puisque la région compte des rivières parcourant des vallées fertiles et des lacs. Ainsi, les vallées du Vardar, de la Stroumitsa et de la Strouma furent des axes importants pour les mouvements de population. La Macédoine du Nord a notamment joué un grand rôle dans les échanges entre les sphères culturelles de la mer Égée, de l'Anatolie et de l'Europe centrale. L'axe majeur, celui du fleuve Vardar, est toutefois entrecoupé par deux obstacles naturels, les gorges de Taor et celles de Demir..
Les tout premiers habitants connus de la Macédoine du Nord sont sédentaires et connaissent l'agriculture et la poterie. Le site archéologique le plus ancien du pays est Vrchnik, près du village de Tarintsi, dans la municipalité de Karbintsi. Il était habité dès 7000 av. J.-C., des traces d'exploitation agricole ainsi que des haches fines en pierre polie et des pots d'argile y ont été découverts. Ce site, ainsi que celui voisin d'Anzabegovo, ont d'ailleurs donné leur nom à la « culture d'Anzabegovo-Vrchnik », qui se développe de 5300 à 4200 av. J.-C..
La plaine de Pélagonie, au sud-ouest du pays, est aussi connue pour ses quelques sites plus récents appartenant à la « culture de Veloucha-Porodin », où des outils de pierre et d'os et des poteries ornementées, souvent à usage rituel, y ont été retrouvés. Des sites similaires existent dans les environs de la ville d'Ohrid. Cette dernière culture apparaît vers 5500 av. J.-C.. Le site de Tumba Madžari, près de Skopje, le plus important de la haute vallée du Vardar, a quant à lui appartenu successivement aux deux cultures. Des figures zoomorphiques et antropomorphiques y ont été retrouvées, ainsi que des autels religieux. Le site fut occupé de 6000 à 4300 av. J.-C. et a connu son apogée de 5800 à 5200 av. J.-C.. Les deux cultures, Anzabegovo-Vrchnik et Veloucha-Porodin, se distinguent des autres groupes d'Europe du Sud-Est notamment par l'usage de peinture blanche sur les poteries. Des influences extérieures sont souvent visibles, par exemple thraces à Vrchnik. La région de Skopje possède de son côté de fortes connexions avec les cultures de l'actuelle Serbie : Starčevo, Vinča et Lepenski Vir. La Macédoine du Nord se distingue toutefois par des artéfacts introuvables dans d'autres régions : les statuettes de (« grande-mère » en latin), une figure féminine en argile, souvent parée de bijoux et richement coiffée, fusionnée au toit d'une petite maison. Ces artefacts se trouvent surtout dans les vestiges d'habitation et devaient être vénérés pour apporter la fertilité et protéger le foyer. Préhistoire des Balkans
Protohistoire thumb|alt=Photographie de l'observatoire mégalithique de Kokino|L'observatoire mégalithique de Kokino
Au début du millénaire av. J.-C., et grâce aux contacts avec l'Illyrie adriatique., le territoire entre dans l'âge du bronze. Plusieurs villages de cette période ont été découverts par les archéologues, par exemple à Tsrnobouka, Chouplevats et Bakarno Goumno, près de Veseltchani. Les maisons sont alors construites en pierre et l'artisanat de cette période se distingue par des pots en argile au col cylindrique décorés avec du graphite et la fabrication de figurines humaines assises. Certains villages, comme celui découvert dans l'actuelle forteresse de Skopje, sont construits dans des lieux difficiles d'accès, probablement pour pouvoir se défendre en cas d'attaque. L'observatoire mégalithique de Kokino, construit au début de la période, est toutefois le vestige le plus monumental de l'âge du bronze en Macédoine. Situé près de Kumanovo, dans le nord du pays, il fait . et c'est, selon la Nasa, le quatrième plus vieil observatoire au monde après Abou Simbel, Stonehenge et Angkor Vat..
Pendant les dernières décades du millénaire av. J.-C. jusqu'au bronze moyen, et surtout du au , la région est régulièrement envahie par des tribus indo-européennes, qui rejoignent progressivement les plaines russes et gagnent la Macédoine du Nord en remontant la vallée de la Moravie. Une tribu inconnue traverse également le pays à la même époque et détruit toutes les installations de la vallée du Vardar, qui se trouve sur sa route entre l'Europe centrale et le Moyen-Orient.