Le comté de San Juan (en anglais : ) est l’un des 33 comtés de l’État du Nouveau-Mexique, aux États-Unis. Fondé le , il porte le nom de la rivière San Juan.
Son siège est Aztec.
Comtés adjacents Comté de Rio Arriba, Nouveau-Mexique (est) Comté de Sandoval, Nouveau-Mexique (sud-est) Comté de McKinley, Nouveau-Mexique (sud) Comté d'Apache, Arizona (ouest) Comté de San Juan, Utah (nord-ouest) Comté de Montezuma, Colorado (nord) Comté de La Plata, Colorado (nord) Comté d'Archuleta, Colorado (nord-est)
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