L'histoire du Bhoutan est mal connue, du fait d'une unification très tardive () et de la destruction d'archives par un incendie dans l'ancienne capitale en 1827.
Des traces archéologiques démontrent une occupation humaine vers 2000 av. J.-C., mais ne permettent pas de conclure à l'existence d'une civilisation préhistorique aussi haut dans le temps. Entre 500 et 600 , l'ethnie Monpa, qui pratique alors la tradition animiste du Bön, s'installe dans ce qui deviendra le Bhoutan.
Le bouddhisme y prend racine au de notre ère avec le maître indien Padmasambhava.
Au , des forces militaires tibéto-mongoles s'emparent du territoire. Jusqu'au , des populations tibétaines y émigrent, des principautés féodales se créent, qui accueillent des représentants des principales écoles du bouddhisme tibétain.
Au début du , le lama tibétain Ngawang Namgya soumet ces fiefs en créant un réseau de forteresses-monastères, les dzong, unifiant le pays qui s'étend alors plus largement dans la plaine que de nos jours. Le dzongkha, un dialecte tibétain, littéralement la langue (kha) parlée dans la forteresse (dzong), devient la langue administrative, même si les langues locales (tshangla notamment) subsistent.
Aux , les Bhoutanais sont à plusieurs reprises en guerre avec les Britanniques pour la possession de zones frontalières, lui donnant ses actuelles frontières du côté indien et son extension actuelle de .
Une guerre civile entre deux gouverneurs (penlop) débouche sur la victoire d'Ugyen Wangchuck qui, soutenu par les Britanniques, instaure en 1907 la dynastie royale des Wangchuk. En 1910, le pays est placé sous protectorat britannique, les Britanniques s'occupant des relations internationales mais s’abstiennent de s’immiscer dans les affaires intérieures. En 1947, l'Inde nouvellement indépendante reprend ce rôle.
Fin 1952, Jigme Dorji Wangchuck monte sur le trône et lance une modernisation radicale. La monarchie absolue devient constitutionnelle avec la création d'une assemblée nationale et l'élaboration d'un code de lois ; le servage et l'esclavage sont abolis, une réforme agraire réalisée. Le premier conseil des ministres est formé en 1968. En 1971, le pays est reconnu comme État souverain et devient membre de l'ONU.
Avec le couronnement du IV roi, Jigme Singye Wangchuck, en 1974, le royaume s'ouvre davantage sur le monde. Son règne voit l'imposition de la culture bhoutanaise à l'ensemble du pays. En 1985, une loi prive de leur citoyenneté les Lhotshampa, population d'origine népalaise vivant dans les plaines du Sud depuis le . Leur langue est interdite, ils doivent porter la tenue vestimentaire drukpa. Quelque d'entre eux se réfugient au Népal et en Inde. Les réfugiés tibétains, pour leur part, sont sommés de prendre la nationalité bhoutanaise en 1979. La période voit en outre une forte agitation communiste.
En 2005, Jigme Singye Wangchuck abdique en faveur de son fils aîné, Jigme Khesar Namgyel Wangchuck, sous lequel ont lieu les premières élections législatives en 2008.
Préhistoire Des fouilles archéologiques ont livré des outils, des armes et des mégalithes datant de 2 000 ans mais ne permettent pas de conclure à l'existence d'une civilisation préhistorique aussi haut dans le temps.
Selon certains, le Bhoutan aurait été peuplé entre 500 et 600 par l'ethnie Monpa, de langues tibéto-birmanes, pratiquant la tradition animiste du Bön.
Arrivée du bouddhisme vignette|Thanka bhoutanais du mont Meru et de l'univers bouddhiste, 19e siècle. Le souverain tibétain Songtsen Gampo (609/613-650) fonde l'Empire du Tibet (629-877), la ville de Lhassa, et donne au Tibet ses frontières modernes. Converti au bouddhisme, il fait construire des temples, développer l'enseignement bouddhiste, et l'écriture tibétaine.
En 747, le maître indien Padmasambhava, connu sous le nom de Guru Rimpoche (« précieux maître »), second fondateur du bouddhisme tibétain se rend au Bhoutan et y apporte le bouddhisme tantrique ou Vajrayana. Il fonde de nombreux temples et monastères, notamment le célèbre monastère de Taktshang, construit au sommet d'une falaise surplombant la vallée de Paro, et au Bumthang. Padmasambhava fonde l'école Nyingmapa du bouddhisme tibétain quelques années plus tard.
Établissement de principautés féodales Au , le Bhoutan est occupé par des forces militaires tibéto-mongoles..
Du au , des populations tibétaines émigrent au Bhoutan. De petites principautés féodales se créent, qui accueillent des représentants des principales écoles du bouddhisme tibétain. Les kagyupas dominent à l'ouest, les nyingmapas à l'est.
Émergence du Bhoutan en tant que pays Au , le Bhoutan est unifié par le lama tibétain drugpa et chef guerrier le shabdrung Ngawang Namgyal (1594-1651). Fuyant des ennemis politiques au Tibet, il arrive au Bhoutan en 1616 et lance un programme de construction de forteresses, les dzongs.
Le Shabdrung institue un système de gouvernement double qui partage le contrôle du pays entre un chef spirituel (le Je Khempo) et un chef administratif (le Desi Druk). Ce système prospéra jusqu'à l'avènement de la monarchie en 1907.
En 1627, deux jésuites portugais Estevao Cacella et João Cabral traversent le Bhoutan (alors connu sous le nom de Potente) en route depuis Hugli (au Bengale) vers Shigatse au Tibet. Très bien reçus par le roi, ils restent près d'un an à Paro. Dans une lettre d'octobre 1627, Cacella fait une description du Bhoutan, de son peuple, sa religion et ses coutumes : c'est la première relation de ce petit pays himalayen à arriver en Europe Estevao Cacelle, sur le site Bhutannica : .
Traité de 1774 avec la Grande-Bretagne Au début du , les Bhoutanais envahissent le royaume de Cooch Behar au sud, et le placent sous souveraineté bhoutanaise. En 1772, les Cooch Beharis font appel à la Compagnie britannique des Indes orientales qui se joint à eux pour chasser les Bhoutanais et attaque le Bhoutan lui-même en 1774. Les Bhoutanais demandent l'intervention du panchen-lama afin d'obtenir le retrait des Britanniques. Fin 1773, deux émissaires du panchen-lama, le Tibétain Padma et le gosain (moine errant) Purangir, apportent un message à Calcutta. Amical mais ferme, le panchen-lama y affirme que le Bhoutan étant un État vassal du Tibet, ce dernier s'estime attaqué. Il accompagne son message de riches présents. Warren Hastings en déduit que le Tibet est riche et qu'un commerce serait avantageux. Il ordonne le retrait des troupes indiennes et décide d'envoyer un émissaire britannique, George Bogle, qui accompagne Purangir pour aller discuter des relations anglo-tibétaines avec le panchen-lamaMichael Taylor, Le Tibet - De Marco Polo À Alexandra David-Néel, Payot, Office du Livre, Fribourg (Suisse), 1985 , pp. 68-70.. Un traité de paix est conclu, et le Bhoutan se retire dans ses frontières d'avant 1730.
La paix ne doit cependant pas durer, et les conflits frontaliers se poursuivent avec les Britanniques pendant le siècle suivant, notamment pendant la guerre des Duars (1864-1865) pour le contrôle des Duars bengales (plaines d'irrigation ou piémonts de l'Himalaya oriental formant le seuil du Bhoutan). Au traité de Sinchula (11 novembre 1865), le Bhoutan cède les Duars aux Britanniques, plus des territoires dans le Sud-Est du Bhoutan . Sailen Debnath, The Dooars in Historical Transition, N. L. Publishers, 2010 , 264 p..
Guerre civile Les années 1870 et 1880 sont marquées par une guerre civile entre les centres de pouvoir rivaux des vallées de Paro et de Trongsa. En 1885 Ugyen Wangchuck (1862-1926), le penlop (gouverneur) pro-anglais de Trongsa, gagne le contrôle du pays et met un terme à la guerre civile avec l'aide des Britanniques (le penlop de Paro était allié aux Tibétains).
Établissement de la monarchie Avec le soutien britannique, une monarchie héréditaire, la dynastie Wangchuck, est instaurée le 17 décembre 1907, dont le est Ugyen Wangchuck, ancien gouverneur du Bhoutan, qui avait servi d'intermédiaire entre les Britanniques et les Tibétains lors de l'expédition Younghusband de 1903-1904. La lignée des Shabdrung continue mais la , Jigme Dorje, devait rendre le dernier souffle en 1930, à l'âge de 26 ans, étouffé par des soldats royalistes : . Les rois de cette dynastie portent le titre de Druk Gyalpo (« Roi-Dragon »)
Protectorat britannique (1910-1949) Le 8 janvier 1910, le pays est placé sous protectorat britannique par le : le pays abandonne à la Grande-Bretagne le contrôle de ses relations extérieures (avant de le laisser à l'Inde en 1949).
Durant son règne, qui s'achève en 1926, Ugyen Wangchuck améliore les transports et les communications, encourage le commerce, réduit les impôts. Il incite les chefs bouddhistes à renforcer l'éducation religieuse de la population.
Règne de Jigme Wangchuck Avec le second roi du pays, Jigme Wangchuck, s'ouvre en 1926 une ère de consolidation. Il centralise les pouvoirs et modernise l'État, créant un mécanisme moderne de perception des taxes ; il lance de grands chantiers de construction (écoles, dispensaires, routes), envoie des Bhoutanais étudier la médecine à l'étranger.
À la suite de l'accession de l'Inde à l'indépendance, le 15 août 1947, le Bhoutan passe de fait sous protectorat indien, établi formellement le 8 août 1949, l'Inde se chargeant de guider les relations extérieures du royaume.
Règne de Jigme Dorji Wangchuck Le troisième roi, Jigme Dorji Wangchuck, monte sur le trône en 1952. Considéré comme le père du Bhoutan moderne, il institue, en 1953, le Tshogdu, une assemblée nationale de 130 membres qui restreint les pouvoirs royaux. Il établit un code juridique en 12 volumes, une haute cour de justice, une armée et une police nationales. Il abolit le servage et l'esclavage en 1956 et opère une réforme agraire Ramakant, Ramesh Chandra Misra, Bhutan: society and polity, volume 34 de South Asia studies series, Indus Publishing, 1996, 327 p., p. 169 : . En 1958, lors de sa visite à Paro, le premier ministre de l'Inde, Jawaharlal Nehru, souligne la reconnaissance par l'Inde de la souveraineté du Bhoutan et l'amorce d'une coopération entre les deux pays Kamala Visweswaran, Perspectives in Modern South Asia: A Reader in Culture, History, and Representation, John Wiley & Sons, 2011, 383 p., p. 299..
En 1959, le Bhoutan accorde l'asile à plusieurs milliers de réfugiés tibétains Bhutan, USA International Business Applications, 2002, 350 p., p. 53 : . Il adopte une politique d'ouverture sur le monde extérieur à partir de 1961. L'année 1962 voit la création d'un service postal et l'adhésion à l'Union postale universelle.
En 1964, le Premier ministre Jigme Palden Dorji, adepte du changement, est assassiné. Le premier conseil des ministres est formé en 1968Institut de Stratégie Comparée, Commission française d'histoire militaire, Institut d'Histoire des Conflits Contemporains.. La même année voit la création d'une monnaie nationale, le ngultrum, et l'ouverture de la Banque nationale.
Le Bhoutan est reconnu comme pays souverain et devient membre de l'ONU le 21 septembre 1971 mais ses relations extérieures restent confiées à l'Inde.
Règne de Jigme Singye Wangchuck Jigme Singye Wangchuck, le , accède au trône en 1972 à l'âge de 17 ans après la mort de son père. Son couronnement en juin 1974 est l'occasion de réunir un petit nombre de diplomates et d'invités du monde entier, marquant le début d'une interaction régulière avec les visiteurs extérieurs.
. En 2002, le Bhoutan et la Chine n'avaient toujours pas établi de relations diplomatiques Bhutan, USA International Business Applications, 2002, 350 p., p. 25 : .
Tensions entre le Bhoutan et le gouvernement tibétain en exil (1974-1979)
En 1974, 28 Tibétains, dont le représentant du dalaï-lama à Thimphou, sont arrêtés et accusés d'avoir conspiré pour assassiner le roi Jigme Singye Wangchuck. Les demandes de preuves émanant du gouvernement tibétain en exil se voient opposer un refus et le procès se tient à huis clos : .