Lhistoire de la Suisse sous domination française est l'étape de la formation de la Confédération suisse qui suit la Confédération des XIII cantons. Elle est comprise entre le début des manifestations provoquées par la Révolution française de 1789 et la création de la Confédération des XXII cantons le .
Les premières réactions en Suisse face aux événements de la Révolution française sont négatives : l'annonce du massacre des gardes suisses au Palais des Tuileries, la tentative d'invasion française de Genève en 1792 et la prise, la même année, de l'évêché de Bâle rattaché à la France sont autant d’événements qui sont mal perçus localement. À la suite de l'échec d'un soulèvement dans le canton de Vaud contre Berne, les meneurs se réfugient à Paris où ils poussent à la fin de 1797 le gouvernement français à envahir la Suisse, qui capitule une année plus tard. Le gouvernement français met alors en place le nouveau régime de la République helvétique, État centralisé et unitaire dont les limites administratives internes sont largement redessinées. Pendant cette période, la Suisse est touchée à la fois par les conflits européens et par des révoltes intérieures.
Le , Napoléon Bonaparte impose l'Acte de Médiation qui définit une nouvelle Constitution pour le pays ainsi qu'un nouveau découpage des frontières cantonales. Cela donne naissance à la Confédération des qui est en réalité un État soumis au contrôle français. Le Valais devient brièvement indépendant sous le nom de République rhodanienne avant d'être annexé par l'Empire français en 1810, tout comme l'avait déjà été Genève en 1798, qui était devenue le chef-lieu du département du Léman. La principauté de Neuchâtel, quoique alliée de certains cantons, ne fait pas partie de la Confédération et n'a donc pas été envahie par la France. En 1806 toutefois, le prince de Neuchâtel, Frédéric-Guillaume III de Hohenzollern, roi de Prusse, cède Neuchâtel à Napoléon en échange du Hanovre. Napoléon maintient le statut de principauté, sous la souveraineté du maréchal Berthier, qui devient prince et duc de Neuchâtel. Pendant cette période, la Suisse est un protectorat français qui connaît une période de stabilité et de paix bien que son industrie soit durement touchée par les effets du blocus continental et de la mobilisation pour la Grande Armée.
Avant la Révolution helvétique vignette|Déclaration des droits de l'homme et du citoyen de 1793.|alt=Texte de la déclaration des droits de l'homme surmonté d'une allégorie.
La prise de la Bastille vue de Suisse Les évènements de , en particulier la prise de la Bastille le , bien que connus quasiment immédiatement en Suisse par le biais de la presse., n'ont que peu de répercussions. Les seules mesures prises par le canton de Berne, limitrophe de la France, sont d'interdire la vente d'armes, de poudre et de munitions ainsi que de déployer des forces militaires le long de la frontière avec la Franche-Comté..
Les nouvelles venant de France sont largement commentées dans la société, en particulier grâce aux mercenaires de retour de Paris, ainsi que par la presse étrangère et locale même si plusieurs cantons, dont celui de Berne dès , mettent en place une censure des journaux.. Cette censure s'applique à la fois à l'importation des nombreux journaux français, qui ont vu le jour à la suite de la libéralisation de la presse votée le avec la déclaration des droits de l'hommeArticle XI de la . et qui sont importés en Suisse, et à ceux qui sont imprimés localement par les libraires, en particulier ceux de Lausanne − ville qui acquiert une réputation de « séditieuse » aux yeux des autorités bernoises..
Les autorités vont toutefois, dans les années qui suivent immédiatement le déclenchement de la Révolution française, faire quelques gestes symboliques en faveur d'une plus grande égalité : sans aller jusqu'à soutenir les idées de Charles de Müller-Friedberg qui propose la suppression du statut de sujet dans l'évêché de Saint-Gall, la ville de Bâle abolit le servage en 1790 et celle de Berne accorde la bourgeoisie à une petite trentaine de familles du Gros-de-Vaud et de Morat.. De son côté, la République de Mulhouse, alors alliée de la Confédération tout comme le Valais, Genève ou l'évêché de Bâle, vote sous la contrainte le pour son adhésion à la nouvelle République française, abandonnant son indépendance..
Émigrés français en Suisse et communauté suisse en France vignette|gauche|Portrait de Jacques Necker.|alt=Portrait d'un ministre et banquier suisse.
Dès 1789, des réfugiés politiques français, appartenant principalement à l'aristocratie ou au clergé et rapidement appelés « émigrés » par les autorités, affluent en Suisse romande. Ces émigrés sont répertoriés dans des listes, et des commissions cantonales ad hoc sont mises sur pied pour réglementer le droit d'asile et délivrer les permis de séjour. Ces émigrés s'installent, pour des raisons linguistiques, dans les pays de Vaud et du Valais, ainsi que dans les régions de Neuchâtel, Soleure et Fribourg où un recensement en dénombre .. Si la majorité des émigrés vivent retirés et rentrent dans leur pays dès que possible, certains profitent du laxisme relatif des autorités cantonales pour tenir des réunions secrètes et y lancer différentes intrigues politiques contre-révolutionnaires. Devant les demandes répétées de la France, des émigrés sont expulsés de la Confédération en 1798.
À l'inverse, plusieurs Confédérés ou ressortissants de cités alliées, comme Genève ou Neuchâtel, vont jouer un rôle dans le déclenchement de la Révolution française, puis dans son déroulement, souvent pour la soutenir, parfois pour en contenir les excès — Étienne Clavière, Jean-Paul Marat ou encore Jacques Necker et sa fille Germaine de Staël, soit pour la combattre comme les militaires Pierre Victor de Besenval de Brünstatt et Louis-Auguste d'Affry ou le journaliste Jacques Mallet du Pan..
Une importante communauté helvétique ou genevoise est en effet réfugiée à Paris depuis l'échec de la révolution genevoise de 1782. En 1790 est fondé un « Club helvétique de Paris » qui ne sera actif qu'un peu plus d'une année.. Fondé par un marchand de vin, il commence par critiquer le système aristocratique des cantons et s'active dans les casernes des gardes suisses avec une certaine efficacité.. Les membres fondateurs sont rapidement rejoints par des réfugiés fribourgeois arrivés à la suite du soulèvement Chenaux, dont l'avocat Jean Nicolas André Castella qui devient l'un des rédacteurs du club.. Le principal succès du club est d'obtenir de l'Assemblée nationale, le , la libération de deux galériens fribourgeois.. Cependant, déserté par ses membres et confronté à des dissensions opposant les dirigeants, le club ferme ses portes le .
Divisions internes et premières agitations Les premières véritables réactions éclatent dans les régions frontalières de la France et fortement industrialisées ou pratiquant une agriculture spécialisée, telles que le pays de Vaud, la région bâloise, la campagne de Schaffhouse et le Valais.. Ces manifestations prennent plusieurs formes, allant des plus symboliques telles que le port de la cocarde ou les chants de la chanson "Ah ! ça ira" jusqu'aux plus sérieuses telles que la revendication de droits sociaux et les batailles rangées avec la police locale..
Dans le canton de Vaud par exemple, la commémoration de la prise de la Bastille est célébrée en 1790 et 1791 par la tenue de banquets qui deviennent rapidement suspects aux yeux des autorités bernoises.. Celles-ci interdisent alors tout rassemblement et toute manifestation publique, à l'exception de la fête des vignerons de Vevey, tout en instituant une commission d'enquête chargée d'enquêter sur les « troubles » locaux.. Cette commission fait arrêter, entre la fin de 1790 et la mi-1791, un pasteur protestant, deux organisateurs de banquets qui seront enfermés quelques mois au château de Chillon, ainsi qu'Amédée de la Harpe qui est condamné à mort par contumace avant de rejoindre l'armée de la République française où il deviendra général..
Le Bas-Valais, alors sujet du Haut-Valais, connaît à son tour une série de désordres, dont celui provoqué par Pierre-Maurice Rey-Bellet, qui deviendra une figure de l'historiographie valaisanne sous le nom du « Gros-Bellet », le à la foire de Monthey.. L'année suivante, une conjuration menée par une trentaine d'hommes du Val d'Illiez vise à prendre le pouvoir en exécutant, lors d'une opération de commando fixée au plus de 160 notables ; l'opération est cependant découverte par les autorités et les sept meneurs sont exécutés le par décapitation. Pour l'histoire, les conjurés avaient prévu de pendre leurs victimes à des crochets sur le pont de Monthey, d'où le nom de « conjuration des Crochets » que prit cet épisode dans l'histoire locale..
Enfin, devant les troubles qui agitent la principauté bâloise, le prince-évêque de Bâle Sigismond de Roggenbach envoie, au début de l'année 1791, un émissaire à Vienne pour demander l'aide de l'empereur Léopold II d'Autriche.. Celui-ci envoie des troupes qui occupent Porrentruy dès le . Outre une augmentation des troubles locaux, cette occupation provoque une réaction militaire de la France, en application du traité de 1780, sous la forme d'une invasion du territoire épiscopal quelques jours seulement après la déclaration de guerre à l'Autriche au printemps 1792.. Ce territoire devient, pendant quelque temps, la République rauracienne avant d'être rattaché à la France en pour former le département du Mont-Terrible..
Révolution helvétique Guerre de 1792 à 1797 vignette|gauche|Prise des Tuileries et massacre des gardes suisses (huile sur toile de Jean Duplessis-Bertaux, fin du , château de Versailles).|alt=Des soldats royaux et des insurgés s'affrontent dans la cour d'un château.
Lorsque la France déclare la guerre à l'Autriche le , une grande partie de l'Europe se trouve, par le jeu des alliances, entraînée dans le conflit. Le , Porrentruy est occupée par le général Custine. La Diète fédérale, de son côté, proclame le à Frauenfeld sa neutralité dans le conflit et ordonne la mobilisation des troupes confédérées à la frontière bâloise.. Cette neutralité sera respectée pendant les cinq ans de la guerre par les différents protagonistes. Pour la première fois de l'histoire, la Confédération profite de sa neutralité officielle pour offrir ses bons services et propose la ville de Bâle comme terrain de négociation entre les belligérants. De fait, sur les cinq traités signés en 1795 et qui mettent fin à la guerre, deux d'entre eux (entre la France et la Prusse pour l'un puis entre la France et l'Espagne pour l'autre) le sont à Bâle dans la villa de Peter Ochs, alors grand-maître des corporations de la ville..
Pour la population suisse, et bien plus que les autres faits de guerre, les évènements du 10 août 1792 et surtout le massacre aux Tuileries de 300 des 800 à 900 gardes suisses chargés de la défense du roi ont un fort retentissement et exacerbent le débat entre les partisans de l'entrée en guerre contre la France et ceux de la neutralité.. Conséquence du massacre, l'Assemblée nationale française licencie l'ensemble des régiments suisses au service de la France le et rompt ses relations diplomatiques avec la Suisse le .. En 1821, le monument du Lion de Lucerne, créé par le Danois Thorwaldsen, sera érigé en mémoire des gardes suisses tombés à cette occasion.
Lors de la retraite en de l'armée du général Moreau, sont mobilisés pour surveiller la frontière que longent les troupes françaises et ce afin d'éviter une violation du territoire suisse.. La même année, la Diète fédérale reconnaît officiellement la République française ainsi que son représentant, l'ambassadeur François Barthélemy, en poste depuis 1792 jusqu'alors à titre officieux..