thumb|Consolação às Tribulações de Israel (Consolation aux tribulations d'Israël), par , 1553.

Par le décret de l'Alhambra, les Juifs sont expulsés d'Espagne en 1492. Certains choisissent le Portugal comme refuge mais le , ils sont à leur tour expulsés, qu'ils soient de longue date établis au Portugal ou nouveaux arrivants d'Espagne. Puis en octobre 1497, le roi Manuel transforme l'expulsion en conversion forcée.

Pendant les deux siècles qui suivent, les Juifs d'Espagne et du Portugal qui pratiquent toujours secrètement le judaïsme (les crypto-juifs dit Marranes) vont fuir la péninsule et s'établir pour quelques-uns en France, pour beaucoup d'autres aux Pays-Bas ou en Angleterre. Ils y formeront une grande part des communautés de ces pays. Les synagogues portugaises d'Amsterdam et Londres témoignent de leur séjour. Certains émigrèrent même vers le Brésil hollandais puis les colonies anglaises d'Amérique du Nord où la plus vieille synagogue des États-Unis, la synagogue Touro, rappelle leur épopée. D'autres encore vont s'établir dans le bassin méditerranéen.

On appellera donc « Juifs portugais » les Juifs ibériques, essentiellement Portugais cependant, émigrés en France, aux Pays-Bas, en Angleterre ou en AmériqueUne autre raison d'appeler les Juifs de la péninsule ibérique « Portugais » vient du fait qu'aux , les pays qui leur servaient de refuge, la France, les Pays-Bas ou l'Angleterre étaient souvent en guerre avec l'Espagne et donc se dire espagnols pouvait leur porter tort. Voir à ce propos le site de la synagogue portugaise d'Amsterdam (en anglais)..

Sud-ouest de la France De l'expulsion de 1492 aux lettres patentes de 1723

vignette|Tympan de la Grande Synagogue de Bordeaux Au début du , une forte immigration se développe dans le sud de la France qui bénéficie de conditions économiques favorables. De nombreux Espagnols et Portugais s'établissent dans tout le sud-ouest dont les ports du Pays basque, comme João Pinheiro, neveu de l'évêque de Bragance (Trás-os-montes, Portugal) qui devient dominicain à Toulouse. Parmi ces Espagnols et ces Portugais se trouvent de nombreux « Nouveaux chrétiens » qui ont dû se convertir pour échapper à l'Inquisition. Certains ont abandonné le judaïsme comme la famille arragonaise Lopes (d'origine portugaise) établie à Toulouse en tant que marchande de pastel, dont est issue Antoinette de Loupès, la mère de Michel de Montaigne. Mais d'autres judaïsent, c'est-à-dire qu'ils pratiquent encore le judaïsme en secret et sont appelés « marranes » (porcs). L'Inquisition est moins sévère en France où elle n'a plus d'existence officielle, que dans la Péninsule ibérique, même si l'Inquisition espagnole a le bras long en Europe pour rattraper ceux qui veulent lui échapper et même si un marrane est brûlé vif à Toulouse en 1512.

Au Portugal, l'Inquisition organise le premier autodafé en 1540Sous la direction de Bernhard Blumenkranz, « Histoire des Juifs en France », deuxième partie, quatrième section, premier chapitre. En Espagne, la qualité de « nouveau chrétien » (Cristiano Nuevo) était suspecte. Aussi, ceux établis en France cherchent-ils à faire officialiser leur statut. En août 1550, Henri II publie des lettres patentes « concernant les marchands et autres portugais appelés Nouveaux Chrétiens » auxquels sont accordés « tous les droits et privilèges des habitants des villes où ils demeureront ». De plus, en cas d'expulsion, ces lettres patentes assuraient un délai d'un an, ce qui montre le caractère éminemment révocable de cette législation. Les termes de ces lettres patentes sont pittoresques :

vignette|Plaque sur la façade de l'immeuble 1 place du Parlement à Bordeaux En 1574, à la suite de troubles antijuifs, le Parlement de Bordeaux interdit de molester « les Espagnols et Portugais bons catholiques ». La même année, les lettres patentes sont renouvelées par Henri III et enregistrées en 1580 au même Parlement de Bordeaux« Histoire des Juifs en France »(HJF), deuxième partie, quatrième section, premier chapitre. À partir de cette date, l'immigration en provenance d'Espagne s'accélère car l'Inquisition redouble d'activité et de plus, les statuts de pureté du sang (limpieza de sangre) interdisent à ceux issus de Juifs ou de Maures (morisques) toute fonction importante. Les Juifs fuyant l'Espagne séjournent souvent de façon temporaire en France, plus rarement de façon définitive car l'Inquisition peut encore y sévir. Mais les Juifs se défendent et en 1632, l'émissaire de l'Inquisition à Bayonne, Juan Bautista de Villadiego, est arrêté et emprisonné comme espion espagnol au Parlement de Rouen ; Villadiego ramènera néanmoins en terre ibérique, 70 judéo-convers pour y revivre en bons catholiques.

vignette|gauche|Cimetière juif de La Bastide-Clairence. Si les Nouveaux Chrétiens s'établissent en de nombreux villes ou villages, seules certaines communautés vont perdurer. En effet, l'édit de Louis XIV en 1656 autorisant les « marchands portugais » à s’installer en France et à y commercer, sera pratiquement renouvelé chaque année jusqu'à la Révolution. En 1570 est organisée la toute première Communauté juive à Bidache. En effet dans cette ville, Principauté indépendante bénéficiant d'un statut autonome, les juifs sont protégés par la bienveillance des ducs de Gramont, souverains de Bidache, vice-rois de Navarre et gouverneurs du Béarn. En 1600 est organisée la communauté de La Bastide-Clairence puis ce sont celles de Peyrehorade, de Saint-Esprit, dans les faubourgs de Bayonne et enfin de Bordeaux où la communauté, bien que jouissant d'une certaine sécurité, augmente peu car a tendance à émigrer. Des Portugais séjournent ou s'installent également à Saint-Eloi, Saint-André, Sainte-Eulalie, Saint-Projet, Saint-Michel…

vignette|« Porte de l'Inquisition » à Toulouse, av. 1877

En 1633, on estime qu'il y a 80 familles à La Bastide-Clairence, 60 à Saint-Esprit, 40 à Peyrehorade et BordeauxHJF, deuxième partie, quatrième section, deuxième chapitre.. À travers sa recherche généalogique, l'astrophysicien Jacques Blamont indique que les archives notariales de 1636 désignent 167 noms de Portugais (36 familles, 260 personnes) demeurant à Bordeaux, auxquelles il manque 93 noms soit 36 % de la population juive représentant les nécessiteux. Ces familles sont toujours catholiques de façade, les enfants sont baptisés, les mariages célébrés d'abord à l'église et les morts ensevelis en terre chrétienne. Toutefois, le carré des Nouveaux Chrétiens est souvent bien délimité dans le cimetière comme c'est le cas à La Bastide-Clairence où il existe aussi un mikveh. La famille Castro Tartas, juive marrane arrivée à Amsterdam en 1640, avait vécu à Tartas (Landes). Leur fils David de Castro Tartaas y a fondé le journal la Gazeta de Amsterdam.

En 1630, les bourgeois de Bordeaux se plaignent du succès commercial des Portugais : « bien que diverses ordonnances eussent enjoint aux Portugais de vider la ville… ils y tiennent les plus belles boutiques et magasins de toutes sortes de marchandises ». Pour amoindrir cette souffrance et obtenir le soutien des jurats, les Juifs font régulièrement des dons aux nécessiteux de la villeArnaud Detcheverry cité dans Jacques Blanchot, , .

Dans un contexte économique morose, l'importation de laines d'Espagne par le Portugais Pierre Soares Rivière (Ribera) associé à Gaspard Gonzalles subsiste en grande ampleur avec un négoce installé d'abord à Toulouse en 1647, qui s'étend ensuite à Auch, Montpellier, Cahors, Pamiers, Saint-Flour, Castelnaudary… avec un trafic élargi à d'autres textiles et au crédit (prêt de numéraire, escompte de lettres de changes). Vers 1660, arrivent alors dans le Haut Languedoc, un autre marrane, Jean Lopes Alvin d’origine probablement madrilène puis François Pereire de Louzade. La décennie suivante voit s'installer à Toulouse une vingtaine de familles dont les Roque de Leon, Silva Moreno, Mirande ou Cardoze qui entreprennent l'importation de marchandises anglaises ou hollandaises transitant par Bordeaux et le port d'Aquitaine, et diffusée dans le sud du Massif central et l’ensemble du Languedoc jusque vers 1675. Mais cette réussite alimente la jalousie qui s'appuie sur le crypto-judaïsme dénoncé par des domestiques dans les années 1680 pour pousser les marranes à fuir en abandonnant tous leurs biensPlusieurs enfants de condamnés sont recueillis par des proches à Bordeaux. « Les Mirande se sont établis à Londres, où ils ont participé à l’édification de la synagogue de la ville et ont fait fortune dans la banque. Quant à Roque de Leon (ancêtre de l'astrophysicien Jacques Blamont), considéré à Toulouse comme le « rabbe » de la communauté, il a rejoint de la famille à Amsterdam où il se rejudaïse avec ses enfants, fonde une maison de commerce et finit ses jours en 1715 ». Voir . , et expédier deux procès par contumace. Les communautés de Montpellier et de Toulouse ne peuvent donc surmonter l'hostilité ambiante et en 1685, le Parlement de Toulouse fait brûler vifs les 17 membres d'une crypto communauté « soy-disants Marchands Portugais », après avoir confisqué leurs biens. Sept ans plus tard, le , on brûle encore en effigie ces « coupables » marranes. En parallèle, Madrid organise le plus grand auto-da-fe de l'Histoire en 1680. vignette|298x298px|Façade du bâtiment où se trouvait l'ancien mikve (bain rituel) du quartier Saint-Esprit à Bayonne Ainsi en 1685, la révocation de l'édit de Nantes conduit de nombreux Juifs et protestants français sur les routes de l'exil malgré l'interdiction de quitter le royaume, et entraîne un déclin économique. Le gouvernement réagit rapidement et édicte que la France est ouverte à tous les étrangers de quelque religion que ce soit sous réserve de ne pas célébrer de culte public. De plus en plus, les intendants fermeront les yeux sur la pratique du judaïsme de façon à faciliter les rentrées fiscales. Aussi, dès le début du , l'usage des mariages et des enterrements catholiques se perd-il.

En 1705, la famille portugaise Mendes Dacosta, établis autrefois à Bayonne et à présent à Amsterdam, demandent qu'il leur soit permis de transporter des marchandises (cacao, cire, cannelle, girofle, muscade, poivre, laiton, fer, garance, amidon, vins, eaux de vie, graines de lin, laines d'Espagne) de Hollande à Bayonne et inversement - permission refusée.

On dénombre à Bordeaux en 1718, environ quatre à cinq cents personnes juives décrites comme dociles, discrètes et de bonne conduite, soit 100 familles dont 70 investies dans le commerce et la banque donc subvenant à leurs besoins et permettant aux 30 autres de subsisterJ. Blanchot, , ..

En 1722, il est arrêté que les Portugais doivent être dénombrés et leurs biens inventoriés avec interdiction de vente. Devant cette menace, les Portugais réagissent auprès du pouvoir et obtiennent en 1723 moyennant une nouvelle taxe de cent dix mille livres, de nouvelles lettres patentes concernant « les Juifs desdites généralités [Bordeaux et Auch] connus et établis en notre royaume sous les titres de Portugais, autrement Nouveaux Chrétiens… ». Officiellement et légalement, 230 ans après l'expulsion des Juifs d'Espagne et du Portugal, les marranes de France sont reconnus comme JuifsHJF, deuxième partie, quatrième section, troisième chapitre.

Les Juifs portugais forment la communauté juive la plus florissante du royaume, la Naçao, la « nation juive portugaise ». Les exploitations agricoles sont limitées aux vignes produisant le vin casher. L'industrie et surtout la transformation des denrées coloniales sont la spécialité juive. Les Gradis sont spécialisés dans le sucre, les Da Costa dans le chocolat qui a été introduit en France par les Juifs de Bayonne. D'autres sont médecins notamment à La Bastide-Clairence.

De 1723 à la Révolution vignette|Cimetière des Juifs portugais, cours de la Marne à Bordeaux