Le virus Ebola du Zaïre ou ébolavirus du Zaïre, dont le nom scientifique est Orthoebolavirus zairense (anciennement ), est une espèce d'ébolavirus qui provoque, chez l'humain et les autres primates, des fièvres souvent hémorragiques — la maladie à virus Ebola — à l'origine d'épidémies historiques notables par leur ampleur et leur sévérité. La transmission entre humains a lieu avant tout par contact direct avec des liquides biologiques. Il s'agit d'un virus à ARN monocaténaire de polarité négative (ordre des Mononegavirales) et à génome non segmenté (groupe de la classification Baltimore). Il présente l'apparence filamenteuse caractéristique des filovirus, une famille à laquelle appartiennent également le virus de Marburg, le virus du Lloviu (genre Cuevavirus) et le virus de Měnglà (Genre Dianlovirus).

Le « virus Ebola du Zaïre » (, ou ZEBOV) appartient au genre Orthoebolavirus et correspond à l'espèce Orthoebolavirus zairense (mais n'est pas le seul ébolavirus causant des épidémies humaines).

Compte tenu de son danger biologique, ce virus ne doit être manipulé qu'au sein de laboratoires P4 ou . Section VIII—Agent Summary Statements, CDC, 2009., lesquels sont conçus pour prévenir les risques de contamination par accident ou du fait d'actes de malveillance (bioterrorisme). La maladie qu'il engendre, pour laquelle il n'existe pas jusqu'ici de traitement homologué, présente un taux de létalité allant de 25 % à 90 % chez l'humain. ; l'épidémie qui a sévi en Afrique de l'Ouest en 2014 et 2015 affichait ainsi une létalité de 39,5 % au , avec sur recensés WHO: Ebola Situation Report publié le sur le site de suivi de l'épidémie de l'Organisation mondiale de la santé..

Après un test efficace en 2015 lors d'une épidémie en Guinée, un premier vaccin a été annoncé à la fin de 2016 et utilisé pour une campagne vaccinale en Afrique de l'Ouest en 2017Cohen J (2018) |Science|Publié dans AfricaHealth|1er aout 2018 doi:10.1126/science.aau9734, ainsi qu’en République démocratique du Congo en 2019...

Entre le et le , une épidémie a eu lieu en Guinée, proche de l'épicentre de l'épidémie précédente. Le séquençage de la souche provoquant l'épidémie a permis de mettre en avant une relance épidémique d'origine humaine par une personne guérie.

Caractéristiques Taxonomie redresse=1.25|vignette|Microscopie électronique à balayage montrant des particules virales Ebola (en vert) bourgeonnant d'une cellule VERO à partir d'un patient contaminé au Mali en Image publiée sur flickr par le NIAID (décembre 2014).

Le virus Ebola appartient au genre Orthoebolavirus de la famille des Filoviridae (filovirus), à laquelle appartient également le virus de Marburg. Tous sont des virus à l'apparence filamenteuse caractéristique.

On distingue six. espèces virales à l'intérieur du genre Orthoebolavirus : Orthoebolavirus bombaliense (ebolavirus Bombali) ; Orthoebolavirus bundibugyoense (ebolavirus Bundibugyo) ; Orthoebolavirus restonense (ebolavirus Reston) ; Orthoebolavirus taiense (ebolavirus Forêt de Taï) ; Orthoebolavirus sudanense (ebolavirus Soudan) ; Orthoebolavirus zairense (ebolavirus Zaïre).

La plupart d'entre eux sont à l'origine de fièvres hémorragiques apparentées chez l'être humain, mais d'intensité variable : alors que la létalité du virus Ebola (ebolavirus Zaïre) peut atteindre 90 %, celle du virus Soudan (ebolavirus Soudan) est moindre, et celle du virus Reston (ebolavirus Reston) presque nulle. Quant au virus Bombali, sa pathogénicité est encore méconnue.

Le génome du virus Ebola, long d'environ , comporte sept gènes qui codent sept protéines structurelles et deux protéines sécrétées supplémentaires par un phénomène de : nucléoprotéine de la capside NP, le cofacteur de la polymérase virale VP35, la protéine de matrice majeure VP40, les glycoprotéines GP, sGP et ssGP issues du gène GP, la nucléoprotéine mineure VP30, la protéine de matrice VP24 et l'ARN-polymérase ARN-dépendante L.

Virions et génome Le virus Ebola peut être linéaire ou ramifié, long de mais pouvant atteindre par concatémérisation (formation d'une particule longue par concaténation de particules plus courtes), avec un diamètre constant de . Il possède une capside nucléaire hélicoïdale de de diamètre. Celle-ci est constituée de nucléoprotéines NP et VP30 ; elle-même est enveloppée d'une matrice hélicoïdale de de diamètre constituée de protéines VP24 et VP40 et comprenant des stries transversales de . L'ensemble est, à son tour, enveloppé d'une membrane lipidique dans laquelle sont fichées des glycoprotéines GP.

redresse=2.5|centré|vignette| Organisation du génome du virus Ebola. Il possède un génome de ayant une organisation caractéristique des filovirus. Ce génome code neuf protéines fonctionnelles sur sept gènes exprimés de la façon suivante :

+ Génome du virus Ebola du patient zéro au Zaïre, 1976 Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 strain Mayinga, NCBI Reference Sequence: NC_002549.1. AF086833 sur UniProtKB Gène Position surl'ARN viral Région traduite Protéine exprimée Taille enacides aminés PDB Région 5'non traduite 1 - 55 Non traduit NP 56 - 3 026 470 - 2.689 Nucléoprotéine de la capsidedu matériel génétique viral 739 résidus VP35 3.032 - 4.407 3.129 - 4.151 Cofacteur de la polymérase virale,antagoniste des interférons de type I 340 résidus VP40 4.390 - 5.894 4.479 - 5.459 Protéine majeure de la matrice 326 résidus GP 5.900 - 8.305 6.039 - 7.133 Glycoprotéine sécrétée () 364 résidus - 6.039 - 6.923insertion d'un A6.924 - 8.068 Glycoprotéine transmembranairede l'enveloppe virale (GP) 676 résidus 6.039 - 6.923insertion de deux A6.924 - 6.933 Petite glycoprotéine sécrétée () 298 résidus - VP30 8.288 - 9.740 8.509 - 9.375 Nucléoprotéine mineure,complexée avec la polymérase 288 résidus VP24 9.885 - 11.518 10.345 - 11.100 Protéine de la matrice, associée à l'enveloppe virale,inhibe la réponse immunitaire innée intracellulaire,rend les cellules infectées insensibles auxinterférons de types I et II.. 251 résidus L 11.501 - 18.282 11.581 - 18.219 ARN-polymérase ARN-dépendantecaractéristique des mononégavirus 2.212 résidus - Région 3'non traduite 18.283 - 18.959 Non traduit Note : les structures Protein Data Bank proposées sont issues de divers virus du genre Ebolavirus et non spécifiquement du virus Ebola de 1976.

Réplication gauche|vignette|Image colorisée montrant des nucléocapsides (petits cercles orange) et des particules virales Ebola (grandes structures filamenteuses orange) à l'intérieur de cellules de rein de singe vert infecté réalisée par microscopie électronique en transmission en Image publiée sur flickr par le NIAID (octobre 2014). vignette|Image colorisée montrant des particules virales Ebola (en bleu) bourgeonnant d'une cellule VERO E6 réalisée par microscopie électronique à balayage en Image publiée sur flickr par les CDC (juin 2014). La fusion de l'enveloppe du virion avec la membrane plasmique de la cellule hôte a pour effet de libérer la capside nucléaire dans le cytoplasme de la cellule cible. L'ARN-polymérase ARN-dépendante L dénude partiellement l'ARN génomique et le transcrit en ARN messager à polarité positive qui sont ensuite traduits en protéines. L'ARN polymérase L du virus Ebola se lie à un promoteur unique situé à l'extrémité 5' du génome viral. L'expression des gènes se déroule ensuite séquentiellement, avec une probabilité croissante de s'interrompre à mesure que la polymérase progresse le long du brin d'ARN génomique à transcrire : le premier gène à partir du promoteur est ainsi davantage exprimé que le dernier gène à l'extrémité 3'. L'ordre des gènes sur le génome viral offre ainsi un moyen simple, mais efficace de réguler leur transcription : la nucléoprotéine NP, codée par le premier gène, est produite en plus grande quantité que la polymérase L, codée par le dernier gène. La concentration de cette nucléoprotéine dans le cytosol de l'hôte détermine le moment où la polymérase L bascule de la transcription — production d'ARN messager à partir de l'ARN génomique — vers la réplication virale — production d'antigénomes d'ARN à polarité positive par réplication intégrale d'un ARN génomique original. Ces antigénomes sont à leur tour transcrits en génomes viraux d'ARN à polarité négative qui interagissent avec les protéines structurelles préalablement traduites à partir de l'ARN viral. Des particules virales s'auto-assemblent à partir des protéines et du matériel génétique nouvellement produits à proximité de la membrane cellulaire. Elles bourgeonnent hors de la cellule en se recouvrant d'une enveloppe virale issue de la membrane plasmique, où s'insèrent les glycoprotéines GP, ce qui libère de nouveaux virions prêts à infecter d'autres cellules.

Expression de la glycoprotéine vignette|Ici, les particules du virus Ebola (en vert) sont trouvées à la fois en particules extracellulaires et comme particules en bourgeonnement provenant d'une cellule rénale (en bleu) de singe vert africain infectée de manière chronique (Grossissement : 20 000 x) La glycoprotéine GP joue un rôle déterminant dans la virulence du virus Ebola. Elle est normalement exprimée sous forme soluble de d'acides aminés formant un homodimère de composé de deux chaînes polypeptidiques identiques parallèles maintenues ensemble par deux ponts disulfure au niveau des cystéines 53 et 306. Le produit de la transcription du gène GP est en fait un peu plus long que la sGP fonctionnelle, laquelle résulte du clivage par une furine de la pré-sGP produite, en libérant une petite protéine non structurelle fortement O-glycosylée appelée Δ-peptide (ou peptide Δ).

Cependant, le gène GP des virus du genre Ebolavirus contient sept résidus d'adénine consécutifs formant vraisemblablement une structure en épingle à cheveux, ou tige-boucle, au niveau de laquelle la polymérase virale patine ou « bégaie » (on parle de ) : dans environ un cas sur cinq, elle insère une adénine supplémentaire dans l'ARN messager, ce qui décale d'un nucléotide le cadre de lecture des codons par le ribosome. La protéine produite par cet ARNm modifié, la GP proprement dite, est donc différente de la sGP : ses sont identiques, mais les suivants, côté , sont différents. Il s'ensuit une protéine plus longue, totalisant (un de plus pour le virus Reston), clivée par une furine au niveau d'une région basique pour former deux sous-unités, GP1 et GP2, maintenues ensemble par un pont disulfure entre la Cys53 sur GP1 et la Cys609 sur GP2. C'est cet hétérodimère qui s'assemble en trimère de à la surface de la membrane lipidique des virions et permet leur pénétration dans les cellules de l'hôte à infecter.

Le patinage de la polymérase L sur l'épingle à cheveux produit également une troisième glycoprotéine, appelée , dont le rôle n'est pas connu et dont on pense qu'elle est monomérique ; cela se produit par insertion de deux résidus d'adénine supplémentaires au niveau de la région en tige-boucle du gène GP du virus, ce qui décale cette fois de deux nucléotides le cadre de lecture de l'ARNm par le ribosome et conduit à une protéine de d'acides aminés. L'expression de plusieurs glycoprotéines par chevauchement de gènes est une caractéristique permettant de distinguer, parmi les filovirus, les virus des genres Ebolavirus et Cuevavirus des virus du genre Orthomarburgvirus, ces derniers ne produisant que la glycoprotéine GP1,2.

Pouvoir pathogène Étiologie