thumb|right|upright=1.0|Buste du général Henri Guisan à Avenches.
L'histoire de la Suisse pendant la Seconde Guerre mondiale se déroule en marge du conflit, du fait de la neutralité perpétuelle du pays. La Suisse ne prend pas part au conflit et n'est pas occupée, ni par les forces de l'Axe ni par les Alliés, malgré le haut risque d'une invasion le par l'Allemagne nazie, qui prépare l'opération Tannenbaum, un projet d'invasion auquel l'Italie fasciste, maintenant belligérante, aurait participé. La situation enclavée de la Suisse au sein des pays belligérants n'épargne pas son économie et sa société qui sont fortement affectées par ce second conflit mondial. Par la suite, la Suisse est remerciée et appréciée par ses voisins pour avoir accueilli des réfugiés et aidé la résistance ainsi que les services de renseignements. Cependant, alors que le gouvernement tente de préserver l'image de neutralité du pays, les puissances victorieuses d'après guerre accusent la Suisse de collaboration avec les nazis (notamment sur la question des fonds en déshérence confiés par des victimes du nazisme et des biens spoliés par les nazis) dès les années 1990 à la suite du rapport de la commission Bergier.
Contexte d'avant-guerre La lassitude engendrée par la Première Guerre mondiale entraîna en Suisse ainsi que dans toute l'Europe un puissant mouvement pacifiste et antimilitariste, particulièrement représenté par les mouvements de gauche. En 1921, 55,8 % des appelés sont considérés comme aptes au service, le niveau le plus bas jamais atteint. En 1923, une pétition pour l'introduction du service civil recueillit signatures et en 1927, le Parlement suisse décide de geler les dépenses militaires à par année, en particulier les travaux entrepris dans les différents forts du pays. L'attitude générale de la population face à un nouveau conflit armé ainsi que les différentes mesures entreprises envers l'Armée suisse confèrent à celle-ci, au début des années 1930, une structure et une organisation quasi identiques à celle qu'elle connut en 1914-1918. Elle se caractérisait par une armée d'infanterie dont la mobilité repose essentiellement sur les chevaux (un pour cinq hommes), marquée par la quasi-inexistence de véhicules à moteur, sans couverture aérienne ni protection antiaérienne sérieuse.
La montée du national-socialisme et du fascisme chez les pays voisins ont permis un virage, entre autres, des idées politiques de Rudolf Minger, conseiller fédéral et fin orateur. Grâce au ralliement progressif du Parti socialiste au programme de défense nationale, les chambres fédérales accordent une série de crédits à l'armée d'un budget total de près de de francs entre 1935 et 1939. Ce changement fait tomber la tension politique intérieure et relance l'économie, largement grâce à l'industrie militaire, permettant au pays d'opérer sur des bases plus fermes.. L'armée allait également connaître une profonde mutation sur les plans matériel et opérationnel.
Sur le plan matériel, l'armée se dota d'une nouvelle aviation comprenant une série de Dewoitine D-27 et de Fokker C.V et l'infanterie de différentes armes lourdes, comme le Lance-mines 8,1 cm 1933 et le canon d'infanterie de destiné à lutter contre les chars. De son côté, l'artillerie se modernisa en remplaçant les canons de montagne 1906 par des canons Bofors et et 24 blindés « Praga » de Škoda furent achetés. En 1939, l'armée consolide son aviation et acquiert alors une série de 89 chasseurs Messerschmitt Me-109 E-3 « Emil » puis dès 1940 une série de 74 D-3800 Morane-Saulnier. Néanmoins, privée d’une part importante des moyens qu’elle avait commandés, en raison de retards de livraison ou d’achats trop tardifs, l'aviation suisse, à la veille du conflit, ne disposait que de 86 chasseurs et de 121 appareils de reconnaissance et d’appui aérien (56 Dewoitine D-27, 28 Me 109E et 10 Me 109D, 60 Fokker CV et 78 K+W C-35)..
Sur le plan opérationnel, le bureau des fortifications, dissous en 1921, est réactivé en 1935 et lance en 1936 la réalisation de fortins et renforcements de terrain dans le nord du pays..
En parallèle, une nouvelle loi fédérale augmente la durée de l'école de recrues de 67 à 90 jours en 1935 puis à 118 en 1939.. En 1938, la structure de l'armée est modifiée et se compose de trois corps, avec neuf divisions, dont trois de montagne, plus trois brigades de montagne. On instaura également des troupes de couverture frontière, ainsi qu'une troupe permanente de professionnels disposant d'une escadrille de surveillance. Dès le les pleins pouvoirs furent accordés au Conseil fédéral.
Si l'Armée suisse pouvait ainsi, à la veille de la guerre, faire figure honorable dans différents domaines, notamment celui de l'aviation, lui manquaient encore des moyens de transmission et de guidage, des chasseurs de nuit et des projecteurs. Par ailleurs, le pays ne possédait que trente chars blindés.
Chronologie
Première mobilisation et guerre de position thumb|Mobilisation générale, le . thumb|right|upright=1.0|« Dispositif Limmat » au 22 janvier 1940. Dès le déclenchement de la Seconde Guerre mondiale confirmé, l'Assemblée fédérale élit le colonel vaudois Henri Guisan au titre de général de l'Armée suisse avant d'adresser, comme de coutume, une déclaration officielle de neutralité aux puissances belligérantes. La mobilisation de l'armée s'effectue sans grande difficulté entre le 3 et le , sans que les dirigeants militaires n'aient encore arrêté de plan opérationnel.. Une ligne de défense est mise en place le long de la Limmat où trois corps d'armée avec sept divisions et une brigade de montagne assuraient la protection du pays de l'est de Bâle jusqu'à Sargans. Ce dispositif (« dispositif Limmat ») partait de l'hypothèse que la France ne tenterait rien contre la Suisse pour prendre l'Allemagne par surprise, cette-dernière étant occupée en Pologne et n'ayant laissé à la frontière franco-allemande que de faibles forces, permettant à la France de passer à l'offensive sur n'importe quel point du front.. D'autre part une convention militaire secrète avait été passée avec la France en 1939. Celle-ci tomba aux mains des Allemands en 1940. Par la suite, devant le peu d'action sur le front franco-germanique, les effectifs mobilisés sont progressivement réduits afin de libérer des hommes pour l'agriculture et l'industrie..
Cette période de près de huit mois, où la France et l'Allemagne s'observent mutuellement, sera bénéfique à la Suisse, lui permettant notamment de pousser l'entraînement des hommes, la formation des officiers et d'accélérer la production du matériel, bien que celui-ci ne parvînt aux troupes que plus tard, après la victoire allemande en France.. Ce sera finalement dans le domaine de la fortification de campagne que la progression durant cette période sera la plus significative. Si en , 132 ouvrages d'infanterie étaient terminés, on en dénombra 207 en puis 249 en . Parallèlement 1150 ouvrages allaient être minés, le tout étant destiné à couvrir, pendant 4 à 6 jours, une éventuelle mobilisation des troupes..
Un autre fait notable de cette période concerne les négociations entreprises par la Suisse pour définir une coopération militaire avec la France et la Grande-Bretagne dans le cas où le Troisième Reich attaquerait la Suisse. Si des contacts avaient déjà été entrepris avant la guerre, ils ne se sont qu'intensifiés durant cette période critique. Ainsi, le chef de l'état-major du Général, le major EMG Barbey, fit plusieurs voyages en France pour y rencontrer son homologue, le lieutenant-colonel Garteiser, qui à son tour se rendit en Suisse en novembre 1939 afin d'inspecter la zone prévue pour la jonction des deux armées.. Si un plan stratégique semble avoir été établi, il tombera par la suite entre les mains des Allemands lors de la débâcle française de 1940 et sera par la suite utilisé par eux comme moyen de pression..
Haut commandement de l'armée lors de la première mobilisation Unité Commandant Zone corps d'armée Colonel Commandant de Corps Lardelli Ouest et Sud-Ouest Division Colonel-divisionnaire Combe Vaud Division Colonel-divisionnaire Borel Bieler und Neuenburger Jura Division Colonel-divisionnaire von Graffenried Bern / Murten Division Colonel-divisionnaire Gübel Wiggertal Division Colonel-divisionnaire Tissot Gotthard Leichte Brigade Oberst Charrière Morges Jura Leichte Brigade Oberst Koller Freibergen Gebirgsbrigade Oberstbrigadier Schwarz unterer Lauf der Rhone und Dranses Gebirgsbrigade Oberstbrigadier Bühler Simplon (oberes Rhonetal) corps d'armée Colonel Commandant de Corps Prisi Nord Division Colonel-divisionnaire Scherz Solothurner Jura Division Colonel-divisionnaire Bircher Aargau / Fricktal corps d'armée Colonel Commandant de Corps Miescher Est et Nord-Est Division Colonel-divisionnaire Constam Zurich / Winterthur Division Colonel-divisionnaire Flückiger Toggenburg Leichte Brigade Oberst Wirth Frauenfeld Gebirgsbrigade Oberstbrigadier Hold Grisons Festung Sargans Oberstbrigadier Gubler Sargans Aviation et Défense anti-aérienne Oberstdivisionär Bandi Sources :
Seconde mobilisation et défaite de la France thumb|left|La Suisse est presque totalement encerclée après l'armistice franco-allemand de 1940. Lorsque la drôle de guerre s'achève le pour laisser place à la bataille de France, avec l'invasion allemande des Pays-Bas, du Luxembourg et de la Belgique, une seconde mobilisation générale, appelant sous les armes dont combattantes, est ordonnée le lendemain du pour protéger la région du Jura entre Genève et Bâle.. Dans la soirée du 11, des bruits, répandus par les civils mais également par quelques militaires de haut rang, firent état d'une attaque imminente, créant dans le pays un effet de panique. En réalité, les Allemands avaient décidé, avant d'attaquer à l'ouest, de mettre sur pied une manœuvre d'intoxication destinée à faire croire à l'état-major français qu'ils porteraient leur effort sur la Suisse espérant créer une brèche au travers de la ligne Maginot..
À la suite de la percée allemande, du corps français ( ainsi que de détachements belges et anglais) qui tenaient la place de Belfort seront acculés contre la frontière suisse puis internés le avant d'être rapatriés en janvier 1941.. Le 19 juin, les troupes allemandes découvrent à la Charité-sur-Loire un train abandonné transportant les archives secrètes du Grand Quartier général français comprenant, entre autres, la convention militaire française, secrète, avec la Suisse. Après l'entrée en guerre de l’Italie contre la France et la Grande-Bretagne le et l'armistice signé par la France le , la Suisse se retrouve cernée par les forces de l'Axe conduisant le moral des troupes et de la population au plus bas.
thumb|Messerschmitt Bf 109-E3 de l'Armée suisse. Si l'arrivée des Allemands à la frontière ne donna lieu à aucun incident, il n'en fut pas de même dans l'espace aérien. Alors que la France était sous les feux allemands, l'Allemagne souhaite profiter de la faiblesse de la défense anti-aérienne et de la chasse française de Lyon et Saint-Étienne en empruntant un couloir aérien au travers de la Suisse. Les engagements allemands dans cette optique amèneront à de véritables conflits aériens avec les aviateurs suisses, en dépit de l'interdiction faite par Berlin, dont le marquera l'apogée des affrontements.. À cette date, Göring souhaitant donner une correction à la Suisse, engagea une trentaine de Me 110 qui entrèrent en conflit avec des Me 109E suisses au-dessus de La Chaux-de-Fonds. Face à la détermination des pilotes suisses, pourtant en infériorité numérique, les Allemands abandonnèrent l'engagement après avoir essuyé plusieurs pertes. De retour à Berlin, la nouvelle parvint jusqu'à Hitler qui mit alors sous pression le gouvernement helvétique, face à une éventuelle invasion du pays..
Menace allemande
thumb|upright=0.6|Borne frontière érigée pendant la Seconde Guerre mondiale au centre exact du pays.