est un jeu de tir à la première personne qui emprunte au jeu de rôle et au jeu d'infiltration. Développé par Eidos Montréal et édité par Square Enix, il sort en Amérique du Nord le sur PC, Xbox 360 et PlayStation 3, puis progressivement dans le reste du monde.
Troisième épisode de la saga Deus Ex et préquelle des deux premiers opus, son histoire se déroule en l', avant les faits présentés dans Deus Ex, dans une période où les multinationales gagnent en puissance, bien au-delà du contrôle des gouvernements. Le joueur y incarne Adam Jensen, chef de la sécurité chez Sarif Industries, qui après une attaque brutale par des terroristes sur le quartier général de la multinationale, se retrouve mortellement blessé et forcé de subir une intervention chirurgicale remplaçant de nombreuses parties de son corps par des prothèses avancées et des augmentations mécaniques. Jensen est alors impliqué dans la politique mondiale des augmentations humaines, à la recherche des personnes responsables de l'attentat.
Le thème central du jeu est l'essor des sociétés dans la mondialisation, l'espionnage, la survie de l'homme, la pauvreté et l'éthique du transhumanisme avec le remplacement artificiel de parties du corps humain.
Une version améliorée et agrémentée des contenus téléchargeables précédemment mis en ligne (Le Chaînon Manquant), titrée , devait sortir exclusivement sur Wii U le . Repoussée au , elle sort conjointement sur Wii U, PC, et . Cette version apporte six heures supplémentaires de jeu par rapport à la version standard..
Trame Univers Le joueur évolue dans un univers dit cyberpunk imprégné de hard science-fiction, pollué à l'extrême. Des émissions télévisées sur les conséquences et solutions de cette pollution peuvent être entendues tout au long de l'aventure. Les buildings immenses d'Hengsha plongent la ville basse dans une obscurité permanente. Les couleurs qui composent l'univers lui confèrent une atmosphère particulière, le orange et le noir dominent, ce qui contribue à une impression de sur-pollution.
La technologie est présente en abondance dans cet univers cyberpunk : les journaux sont électroniques et les ordinateurs sont présents partout. La biotechnologie est au centre du scénario, avec la découverte de « Sarif Industries » qui va bouleverser le monde : les augmentations. Ces augmentations sont des produits issus de la science qui peuvent être associés au corps humain, comme des bras bioniques ou bien des implants neuraux rendant la vue et les réflexes bien meilleurs.
Un soin tout particulier est accordé au design de l'ensemble. Que ce soit les vêtements, les bâtiments, les tableaux ou même les décors intérieurs, le tout est pensé et dessiné par des professionnels pour coller à cet univers futuriste tout en restant réaliste.
Contexte vignette|185x185px|Logo de l'entreprise fictive Sarif Industries présente dans le jeu. L'histoire prend place en 2027, avant les événements de Deus Ex, pendant l'émergence de la cybernétique et du transhumanisme. L'homme peut désormais remplacer les membres de son corps à sa guise, il est ainsi possible de se faire greffer des prothèses pour se déplacer plus rapidement ou bien voir à travers les murs. Dans ce contexte naît un conflit entre Sarif Industries, une multinationale productrice de ce nouveau concept, et ses détracteurs. Sarif Industries prétend que ce procédé pourrait améliorer la vie des gens, mais ses opposants affirment qu'en devenant un cyborg, l'être humain devient dépendant d'une substance coûteuse, la neuropozyne, censée les aider à éviter tout rejet de la prothèse cybernétique.
Scénario Adam Jensen, ancien agent du SWAT, s'est reconverti dans la sécurité privée à la suite de l’échec d’une mission qui a abouti à un massacre. Il travaille alors comme chef de la sécurité pour Sarif Industries, un des meneurs du marché de la biotechnologie. L'activité principale de cette entreprise est l'augmentation mécanique d'êtres humains. Lors d’une attaque menée par un groupe de mercenaires dans un laboratoire de Sarif Industries, son ex-compagne Megan Reed, scientifique de génie, est tuée avec son équipe de chercheurs. Adam est quant à lui gravement blessé par balle, notamment à la tête, par Jaron Namir, leader du groupe d'attaque. Pour le sauver, Sarif va devoir lui greffer des augmentations, afin de remplacer ses bras, ses jambes, et une partie importante de sa cage thoracique. Ils en profitent aussi pour lui rajouter des implants neuraux, lui permettant d'amplifier ses capacités d'analyse.
Après six mois de convalescence, Adam Jensen est de nouveau sur pied. Alors qu’une prise d’otages dans l'usine de Milwaukee du groupe par des militants anti-augmentations le force à se remettre de suite en action, commence pour lui une enquête à travers le monde pour découvrir qui a assassiné Megan et son équipe et ainsi découvrir qui tire les ficelles. En effet, dans l'usine, Jensen croise la route d'un pirate informatique, Yune, lui aussi augmenté , en train de voler des données du système de Sarif ; le pirate retourne alors une arme contre lui, mais comme s'il n'était pas maître de son corps. Après avoir récupéré le hub neuronal du hacker à la morgue, Adam et son collègue Pritchard tracent le signal vers une base secrète de la FEMA, où les mercenaires se cachent avec des stocks importants d'armes et de nombreux combattants augmentés. Après avoir confronté Namir et Federova, Adam doit se battre contre Barret, l'un des sbires de Namir. Barret est vaincu et donne à Adam une adresse dans Hengsha City, une ville insulaire au large des côtes de la Chine, avant de tenter de le tuer dans l'explosion de ses grenades.
Adam, avec sa pilote Faridah Malik, se rend à Hengsha pour trouver l'homme qui donnait les ordres au pirate, Arie van Bruggen. Adam apprend que van Bruggen a un contrat sur sa tête de la part de la cheffe de Tai Yong Medical, Zhao Yun Ru, et se cache grâce à un groupe des Triades. Quand Adam trouve van Bruggen, ce dernier le reconnaît car il l'a vu à travers les yeux du pirate Yune qu'il avait contraint à se suicider puis van Bruggen lui donne accès aux locaux de Tai Yong Medical. Une fois là-bas, Adam trouve un enregistrement qui révèle que Megan et les autres scientifiques sont encore en vie, et que leurs puces de localisation ont été rendues indétectables. Il découvre également qu'Eliza Cassan, présentatrice de journaux télévisés et grande figure des médias, est impliquée, la compagnie qui l'emploie ayant utilisé ses satellites pour masquer le signal des puces lors de l'enlèvement. Quand Jensen trouve Zhao et l'interroge, celle-ci révèle qu'elle travaille avec un groupe de personnes très puissantes et influentes, avant de sonner l'alarme, ce qui oblige Adam à s'échapper et à aller trouver Eliza Cassan au siège de Picus, à Montréal.
À son arrivée dans les bureaux de Picus, Jensen, en se rendant jusqu'au bureau d'Eliza, trouve le bâtiment vide . Il se trouve ensuite face à un hologramme de celle-ci juste avant que des mercenaires envahissent les locaux. Aidé par Pritchard, Adam part à la recherche d'Eliza dans une pièce secrète au cœur du complexe et fait une incroyable découverte : Eliza Cassan n'est qu'une intelligence artificielle très avancée créée par le groupe Zhao. Après qu'il a questionné Federova, femme mercenaire ayant attaqué le complexe de Sarif, Eliza lui montre un hologramme de Jaron Namir qui parle avec un médecin et militant anti-augmentation, Isaias Sandoval, ce dernier révélant que les GPL sont toujours actifs. Eliza l'aide ensuite à s'échapper et lui dit de parler avec David Sarif, tout en l'avertissant que . Face à Sarif, Adam apprend que la force dissimulée derrière tout cela est une société secrète tristement célèbre, appelé parfois Illuminati, qui contrôle secrètement les événements de l'histoire depuis des siècles. Après avoir rencontré Bill Taggart (ou sans le faireCe point du scénario dépend du choix du joueur.), Adam trouve Sandoval qui lui révèle que les puces ne peuvent être enlevées sans tuer les scientifiques, elles ont donc été modifiées pour émettre sur une bande passante plus faible, de sorte qu'ils peuvent encore être trouvés. L'un de ces traqueurs est repéré à Hengsha, celui du scientifique Vasili Sevchenko. Quand Jensen débarque, son hélicoptère tombe dans une embuscade tendue par des mercenaires de Belltower à la solde de Tai Yong et Malik meurt (ou non). À la source du signal, Jensen trouve non pas le scientifique, mais Tong, le chef des Triades, qui s'est fait greffer le bras de Sevchenko où se trouve l'émetteur. Tong l'envoie vers un entrepôt appartenant à Belltower. Il suggère à Adam de poser une bombe dans les locaux, afin de créer une distraction massive qui permet à la fois à Tracer, le fils de Tong, de s'évader, et à Adam lui-même de se cacher dans une capsule d'hibernation.
Pendant la majeure partie de ce chapitre du jeu, et durant plusieurs niveaux à la suite, Adam subit des bugs de son logiciel d'augmentation, problème qui se répand et dont les victimes sont invitées à obtenir une puce correctrice dans les cliniques LIMB ; ce point peut donc être corrigé ou non, ce qui influencera la suite de l'histoire.
Après avoir été découvert par Beltower, Adam se retrouve prisonnier du colonel Peter Burke et du lieutenant Netanya Keitner. Ayant réussi à se libérer grâce à un mystérieux inconnu qui le guide en l'appelant « Bratàn » (mon frère en russe), il découvre que le bateau se dirige vers le camp de l'Ilot du Fusilier, une base de Belltower située dans le Pacifique et qui n'existe sur aucune carte. Sur place, Jensen retrouve Keitner qui en réalité joue un double jeu, puisqu'elle travaille sous couverture pour le compte d'Interpol. Elle demande de l'aide à Jensen car elle soupçonne Burke et ses hommes de se livrer à un trafic d'êtres humains. Afin de s'approvisionner en armes, Keitner recommande Garvin Quinn à Jensen qui entame son enquête. En discutant avec les chercheurs, Jensen découvre la base du projet Hyron. Mais Burke s'est rendu compte de la trahison de Keitner et la tue sans sommation. Jensen vainc le colonel félon. Il rejoint ensuite Quinn qui lui avoue qu'il était la mystérieuse voix qui le guidait depuis sa capture, et qu'il s'est fait passer pour Interpol auprès de Keitner. En réalité, Quinn fait partie d'un mystérieux groupe de cyberterroristes (le nom Janus est révélé). De plus, Quinn est un nom d'emprunt. À la suite de cette conversation, Jensen quitte le camp de l'Ilot du Fusilier par hélicoptère.