EcoRI (lido "eco erre un") é un encima endonuclease illado de certas cepas da bacteria Escherichia coli, que forma parte do sistema de restrición-modificación bacteriano, que defende ás bacterias contra a presenza de ADN alleo vírico.
O seu nome consta de Eco, que fai referencia á bacteria E. coli de onde procede, R, que fai referencia á cepa RY13 de onde se obtivo, e I, o número romano 1, xa que foi o primeiro encima de restrición obtido nesa cepa.
En bioloxía molecular o EcoRI utilízase como un encima de restrición moi útil en experimentación e biotecnoloxía. O encima crea extremos no ADN en que unha das cadeas en cada lado, no extremo 5', é algo máis longa e sobresae ou colga, que se denominan extremos pegañentos, cohesivos ou adherentes, xa que as partes que sobreaen son complementarias en bases. O encima sempre recoñece e corta na mesma secuencia de nucleótidos do ADN, que é GAATTC, a cal ten unha simetría rotacional, xa que a súa secuencia complementaria é CTTAAG. __TOC__
Estrutura EcoRI contén o motivo PD..D/EXK no seu centro activo igual que moitos outros encimas de restrición. miniatura|Estrutura cristalina de EcoRI. Dímero unido ao ADN ().
O encima é un homodímero dunha subunidade de 31 kilodaltons que consta dun dominio globular de arquitectura α/β. Cada subunidade contén un bucle que sobresae do dominio globular e rodea o ADN cando se une a el. miniatura|175px|Sitio de recoñecemento de EcoRI co patrón de corte indicado pola liña verde.
EcoRI foi cocristalizado coa secuencia que normalmente corta. Estes cristais foron utilizados para resolver a estrutura do complexo . A estrutura cristalina resolta mostrou que as subunidades do homodímero interaccionan co ADN simetricamente. No complexo, dúas hélices α de cada subunidade xúntanse para formar un paquete de catro hélices. Nas hélices que interaccionan están os residuos Glu144 e Arg145, os cales interaccionan formando un anel que se cre que permite a comunicación entre os dous centros activos do encima.
Usos
Os encimas de restrición como EcoRI utilízanse nunha ampla variedade de técnicas de xenética molecular como a clonación de xenes, exame do ADN e deleción de seccións do ADN in vitro. Os encimas de restrición como EcoRI que xeran extremos cohesivos no ADN utilízanse a miúdo para cortar o ADN e despois volvelo a ligar cunha ADN ligase, xa que a complementariedade dos extremos cohesivos fan que a ligazón sexa máis eficiente. EcoRI pode mostrar tamén unha actividade de corte non específica de sitio, chamada actividade estrela (star activity), o cal depende das condicións nas que se realice a reacción. As condicións nas que se pode inducir a actividade estrela ao utilizar EcoRI son as baixas concentracións de sales, alta concentración de glicerol, cantidades excesivas de encima, alto pH (basicidade) e contaminación con certos solventes orgánicos. Noutras condicións corta no seu sitio de recoñecemento normal GAATTC, orixinando os produtos da táboa. Sitio de recoñecemento Resultado do corte 5'GAATTC 3'CTTAAG 5'---G AATTC---3' 3'---CTTAA G---5'
Notas
Véxase tamén Outros artigos EcoRII EcoRV
Ligazóns externas
Categoría:Encimas de restrición Categoría:Bioloxía molecular